More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_5186 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_5186  exonuclease  100 
 
 		 235 aa  472  1e-132  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.229542  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4703  exonuclease  64.56 
 
 		 237 aa  310  2e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.205144  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0470  exonuclease, putative  64.14 
 
 		 237 aa  305  3e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4849  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  70.14 
 
 		 236 aa  305  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0379  DNA polymerase III, epsilon subunit  65.25 
 
 		 236 aa  304  8.000000000000001e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.747837  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0353  DNA polymerase III, epsilon subunit  64.41 
 
 		 236 aa  301  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.970254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0381  DNA polymerase III, epsilon subunit  66.52 
 
 		 236 aa  290  1e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.738013  normal  0.331802 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4098  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.77 
 
 		 233 aa  260  1e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05890  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.84 
 
 		 240 aa  196  2.0000000000000003e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.75 
 
 		 235 aa  191  8e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0089  exonuclease  39.53 
 
 		 233 aa  134  9.999999999999999e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.289343 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.6 
 
 		 232 aa  120  3e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1024  exonuclease  38.33 
 
 		 236 aa  118  9e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.747104  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.29 
 
 		 236 aa  102  6e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.05 
 
 		 205 aa  99  6e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2584  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.73 
 
 		 213 aa  97.8  1e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3347  exonuclease  33.33 
 
 		 233 aa  96.7  3e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2479  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.7 
 
 		 209 aa  95.9  4e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.114272  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1452  DNA polymerase III subunit epsilon  34.3 
 
 		 205 aa  94  2e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1305  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.87 
 
 		 232 aa  91.7  9e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0481  DNA polymerase III subunit epsilon  36.07 
 
 		 220 aa  78.6  0.00000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.15 
 
 		 238 aa  78.6  0.00000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0536  DNA polymerase III subunit epsilon  30 
 
 		 218 aa  77.8  0.0000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002200  DNA polymerase III epsilon subunit  29.41 
 
 		 209 aa  77.8  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00168  DNA polymerase III subunit epsilon  30.34 
 
 		 210 aa  77.4  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  31.32 
 
 		 1390 aa  77.4  0.0000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  35.29 
 
 		 218 aa  76.6  0.0000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000240357 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2692  DNA polymerase III subunit epsilon  30.43 
 
 		 209 aa  75.9  0.0000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5959  DNA polymerase III subunit epsilon  37.29 
 
 		 212 aa  74.7  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0553  DNA polymerase III subunit epsilon  29.02 
 
 		 201 aa  74.3  0.000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000164562 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1544  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.16 
 
 		 203 aa  72  0.000000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000802339  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.26 
 
 		 244 aa  71.2  0.00000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2832  DNA polymerase III subunit epsilon  29.81 
 
 		 210 aa  70.5  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  31.72 
 
 		 616 aa  70.5  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1893  DNA polymerase III subunit epsilon  29.94 
 
 		 208 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598016  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22380  DNA polymerase III subunit epsilon  29.94 
 
 		 208 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000013182 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.94 
 
 		 203 aa  68.6  0.00000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0451  DNA polymerase III subunit epsilon  30.77 
 
 		 216 aa  68.2  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0363772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2858  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  25.85 
 
 		 198 aa  67.4  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  28.57 
 
 		 1426 aa  67.4  0.0000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.47 
 
 		 233 aa  67  0.0000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  27.96 
 
 		 1444 aa  67.4  0.0000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.55 
 
 		 247 aa  66.6  0.0000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  27.54 
 
 		 1362 aa  66.6  0.0000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0467  DNA polymerase III subunit epsilon  33.9 
 
 		 216 aa  65.9  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.268552  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.5 
 
 		 233 aa  66.2  0.0000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  26.32 
 
 		 1449 aa  65.9  0.0000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2368  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  32.54 
 
 		 226 aa  65.9  0.0000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0245873 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1752  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  28.26 
 
 		 228 aa  65.5  0.0000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.974863  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0831  DNA polymerase III PolC  25 
 
 		 1436 aa  64.7  0.000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0685824  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0437  DNA polymerase III subunit epsilon  26.73 
 
 		 203 aa  64.7  0.000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  29.21 
 
 		 1367 aa  64.3  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2621  DNA polymerase III subunit epsilon  27.49 
 
 		 222 aa  64.3  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  25.79 
 
 		 1449 aa  63.9  0.000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  26.21 
 
 		 729 aa  63.9  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  29.21 
 
 		 1367 aa  64.3  0.000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  26.02 
 
 		 584 aa  63.2  0.000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  25 
 
 		 1435 aa  63.5  0.000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000926  DNA polymerase III epsilon subunit  29.15 
 
 		 236 aa  63.5  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0874  DNA polymerase III subunit epsilon  29.24 
 
 		 205 aa  62.8  0.000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.203661  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  29.34 
 
 		 223 aa  62.8  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1698  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.3 
 
 		 228 aa  62.4  0.000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0391  DNA polymerase III subunit epsilon  26.35 
 
 		 203 aa  62.4  0.000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0160447 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2137  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.4 
 
 		 864 aa  62.4  0.000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0598  DNA polymerase III, alpha subunit  25 
 
 		 1365 aa  62.4  0.000000006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  28.49 
 
 		 223 aa  62  0.000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.193012  normal  0.0131844 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003607  DNA polymerase III epsilon subunit  26.02 
 
 		 248 aa  61.6  0.000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  30.1 
 
 		 584 aa  61.6  0.000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.07 
 
 		 722 aa  62  0.000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  28.33 
 
 		 1433 aa  61.6  0.00000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  24.88 
 
 		 1388 aa  61.6  0.00000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.67 
 
 		 921 aa  61.2  0.00000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.22 
 
 		 719 aa  61.6  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  26.21 
 
 		 707 aa  61.2  0.00000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1324  DNA polymerase III PolC  24.3 
 
 		 1438 aa  61.2  0.00000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1350  DNA polymerase III PolC  24.3 
 
 		 1438 aa  61.2  0.00000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  23.88 
 
 		 1433 aa  60.5  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  24.53 
 
 		 1402 aa  60.8  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.65 
 
 		 731 aa  60.8  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  30.51 
 
 		 719 aa  60.8  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2482  DNA-directed DNA polymerase  30.66 
 
 		 168 aa  60.8  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2834  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.3 
 
 		 226 aa  60.5  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00375381 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0149  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.19 
 
 		 187 aa  60.1  0.00000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000109294  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  23.88 
 
 		 970 aa  59.7  0.00000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  23.88 
 
 		 1433 aa  60.1  0.00000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  23.88 
 
 		 1433 aa  60.1  0.00000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1120  DNA polymerase III subunit epsilon  26.55 
 
 		 207 aa  60.5  0.00000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0809  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  23.12 
 
 		 1432 aa  60.1  0.00000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00164061 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  23.88 
 
 		 1433 aa  60.1  0.00000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  23.88 
 
 		 1433 aa  60.1  0.00000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02456  DNA polymerase III subunit epsilon  26.49 
 
 		 249 aa  60.1  0.00000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2465  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.41 
 
 		 218 aa  59.7  0.00000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  25.47 
 
 		 1397 aa  59.7  0.00000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.36 
 
 		 239 aa  59.3  0.00000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  23.38 
 
 		 1433 aa  58.9  0.00000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  23.38 
 
 		 1433 aa  58.9  0.00000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  23.38 
 
 		 1433 aa  58.9  0.00000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  23.38 
 
 		 1433 aa  58.9  0.00000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.56 
 
 		 595 aa  58.9  0.00000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0633  DNA polymerase III subunit epsilon  25.54 
 
 		 209 aa  58.5  0.00000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>