More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2729 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2729  peptidase M23B  100 
 
 		 389 aa  770    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.8886 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2543  peptidoglycan-binding LysM ( peptidase)  50 
 
 		 399 aa  295  1e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.97237  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1203  peptidase M23B  50.27 
 
 		 399 aa  294  2e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.104562 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1793  peptidase M23B  47.23 
 
 		 426 aa  287  2e-76  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.532041  normal  0.0360441 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2138  hypothetical protein  46.86 
 
 		 409 aa  283  5.000000000000001e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.123403  normal  0.331255 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1979  peptidase M23B  48.17 
 
 		 409 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.552283  normal  0.0521861 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1065  peptidase M23B  43.06 
 
 		 373 aa  232  8.000000000000001e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0161444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1171  peptidase M23B  27.84 
 
 		 509 aa  103  7e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.816034  normal  0.264871 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1691  Peptidase M23  28.74 
 
 		 534 aa  99  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1448  Peptidase M23  25.57 
 
 		 509 aa  97.8  3e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000360423  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1493  Peptidase M23  27.35 
 
 		 530 aa  95.9  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.323244 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0884  M24/M37 family peptidase  32.77 
 
 		 427 aa  92.4  1e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0888  M24/M37 family peptidase  32.77 
 
 		 427 aa  92  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0639  peptidase M23B  31.51 
 
 		 394 aa  90.9  4e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00338923  normal  0.454095 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2662  lipoprotein  28.82 
 
 		 538 aa  89.4  9e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0792091  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1228  peptidase M23  30.22 
 
 		 230 aa  89  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1901  peptidase M23B  25.41 
 
 		 323 aa  87.4  4e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.312919 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1073  peptidoglycan-binding LysM:peptidase M23B  29.24 
 
 		 242 aa  87  5e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0792  peptidase M23B  26.41 
 
 		 257 aa  85.9  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.814248  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4412  peptidase M23B  29.97 
 
 		 447 aa  84  0.000000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276526  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1341  Peptidase M23  38.28 
 
 		 417 aa  83.6  0.000000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.734958 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3178  Peptidase M23  28.2 
 
 		 471 aa  83.2  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0130239  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2406  peptidase M23B  28.46 
 
 		 283 aa  82.8  0.000000000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000810221  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002515  membrane protein  27.91 
 
 		 307 aa  82.4  0.00000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2522  peptidase M23B  29.88 
 
 		 464 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.158439  normal  0.260963 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2781  peptidase M23B  31.82 
 
 		 478 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.705886 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2339  peptidase M23B  27.8 
 
 		 438 aa  81.3  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1711  peptidase  30.57 
 
 		 296 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.651895  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4409  putative peptidoglycan-binding LysM  31.3 
 
 		 484 aa  82  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.35842 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3015  Peptidase M23  29.76 
 
 		 274 aa  81.6  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.508636  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0602  putative peptidoglycan-binding LysM/M23B peptidase  30.57 
 
 		 296 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.469429  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1800  peptidase M23B  29.67 
 
 		 412 aa  81.3  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0541473  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1320  putative peptidoglycan-binding LysM/M23B peptidase  30.57 
 
 		 233 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0553  putative peptidoglycan-binding LysM/M23B peptidase  30.57 
 
 		 233 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0803  lipoprotein NlpD, putative  30.57 
 
 		 233 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1542  putative peptidoglycan-binding LysM/M23B peptidase  30.57 
 
 		 233 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2472  peptidase M23B  29.01 
 
 		 446 aa  81.3  0.00000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000997494  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1461  Peptidase M23  30.54 
 
 		 261 aa  80.9  0.00000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4720  peptidase M23B  31.84 
 
 		 248 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.887961  normal  0.0183051 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3373  hypothetical protein  30.8 
 
 		 250 aa  80.1  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.507543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3193  LysM domain/M23 peptidase domain protein  29.91 
 
 		 250 aa  80.1  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.561609  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2998  M23B family peptidase  30.18 
 
 		 250 aa  80.1  0.00000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.310031 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3272  hypothetical protein  30.8 
 
 		 250 aa  80.1  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3206  YgeR  30.8 
 
 		 250 aa  80.1  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.317836 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1511  peptidase  31.56 
 
 		 236 aa  79.7  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2699  peptidase M23  37.8 
 
 		 500 aa  79.7  0.00000000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.349979  normal  0.95229 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02698  Tetratricopeptide repeat transcriptional regulator  30.63 
 
 		 251 aa  79.3  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.686613  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0827  Peptidase M23  30.63 
 
 		 251 aa  79.3  0.0000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02660  hypothetical protein  30.63 
 
 		 251 aa  79.3  0.0000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.649815  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1202  peptidase M23B  29.2 
 
 		 230 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3025  M23B family peptidase  30.63 
 
 		 251 aa  79.3  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00328229  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4989  Peptidase M23  30.63 
 
 		 267 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0293299  normal  0.0646806 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3268  hypothetical protein  30.36 
 
 		 250 aa  78.6  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1429  putative lipoprotein  27.24 
 
 		 279 aa  78.2  0.0000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000184738  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2096  peptidoglycan-binding LysM:peptidase M23B  28.07 
 
 		 287 aa  77.8  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0843  peptidase M23B  30.63 
 
 		 251 aa  78.2  0.0000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.325004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0752  peptidoglycan-binding peptidase M23B  28.99 
 
 		 291 aa  77.4  0.0000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.897589  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3768  peptidase M23B  32.14 
 
 		 289 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4600  peptidase M23B  32.14 
 
 		 289 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.204329 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0521  LysM/M23 peptidase  26.32 
 
 		 397 aa  77  0.0000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.939953  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4047  peptidase M23B  32.89 
 
 		 284 aa  77  0.0000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4030  peptidase M23B  30.57 
 
 		 279 aa  76.6  0.0000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1244  peptidase M23B  32.59 
 
 		 286 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.309455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1037  peptidase M23B  26.27 
 
 		 240 aa  75.5  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.283686 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3021  peptidase M23B  30.96 
 
 		 293 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000191073 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3033  peptidase M23B  27.62 
 
 		 328 aa  75.1  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2752  lipoprotein NlpD, putative  30.67 
 
 		 295 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.112943  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1206  lipoprotein NLPD/LppB-like protein  28.83 
 
 		 268 aa  74.7  0.000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.630097 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1176  peptidase M23B  27.78 
 
 		 285 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.534318  normal  0.430733 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1845  peptidase M23B  29.15 
 
 		 296 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.736133  normal  0.104174 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00162  lipoprotein  27.68 
 
 		 263 aa  74.7  0.000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.989449  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0676  peptidase M23B  24.24 
 
 		 285 aa  74.3  0.000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.208838  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0497  peptidase M23B  27.72 
 
 		 360 aa  74.7  0.000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0929  peptidase M23B  32.14 
 
 		 261 aa  73.9  0.000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4155  peptidase, M23B family  29.15 
 
 		 251 aa  73.6  0.000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0947828 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3190  M23B family peptidase  29.15 
 
 		 251 aa  73.9  0.000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3304  peptidase, M23B family  29.15 
 
 		 251 aa  73.6  0.000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38690  lipoprotein NlpD  29.05 
 
 		 284 aa  73.6  0.000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1759  peptidase M23B  27.93 
 
 		 295 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125432  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0899  peptidase M23B  27.56 
 
 		 240 aa  73.2  0.000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.159864 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2205  putative lipoprotein  28.12 
 
 		 256 aa  72.8  0.000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.572382 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1285  Peptidase M23  25.66 
 
 		 246 aa  72.8  0.000000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.780134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1732  peptidase M23  27.93 
 
 		 295 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0850817  normal  0.0853785 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1836  Peptidase M23  27.92 
 
 		 315 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.117063  normal  0.29408 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1299  peptidase M23B  28 
 
 		 233 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.132462  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1845  putative lipoprotein NlpD  28.32 
 
 		 296 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.362158  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1355  lipoprotein NlpD, putative  28.32 
 
 		 298 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.209854  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0052  putative lipoprotein NlpD  28.32 
 
 		 296 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2366  peptidase  28.32 
 
 		 292 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.417341  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4460  peptidase M23B  28.44 
 
 		 233 aa  72  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.561403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1252  lipoprotein NlpD  26.89 
 
 		 260 aa  72  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.18696  normal  0.0631891 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1663  putative lipoprotein  30 
 
 		 262 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.79194  normal  0.0267352 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0836  peptidase M23B  28 
 
 		 233 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0155509  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2237  M23 family peptidase  28.32 
 
 		 296 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.772749  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2199  M23 family peptidase  28.32 
 
 		 296 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.577669  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1117  putative lipoprotein NlpD  28.32 
 
 		 296 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17470  hypothetical protein  28.51 
 
 		 297 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1317  peptidase M23B  28 
 
 		 233 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3306  peptidase M23B  27.71 
 
 		 248 aa  72  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1452  peptidase M23B  28.51 
 
 		 292 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.212696 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>