More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3178 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_3178  Peptidase M23  100 
 
 
471 aa  932    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0130239  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2781  peptidase M23B  73.01 
 
 
478 aa  558  1e-158  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.705886 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2736  peptidase M23B  75.36 
 
 
474 aa  537  1e-151  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.446493 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1772  peptidase M23B  58.32 
 
 
453 aa  469  1.0000000000000001e-131  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.306427  decreased coverage  0.00457712 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1795  peptidase M23B  58.97 
 
 
449 aa  461  9.999999999999999e-129  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.792228  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2522  peptidase M23B  61.49 
 
 
464 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.158439  normal  0.260963 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4409  putative peptidoglycan-binding LysM  54.53 
 
 
484 aa  398  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.35842 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2699  peptidase M23  41.34 
 
 
500 aa  223  8e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.349979  normal  0.95229 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1171  peptidase M23B  37.6 
 
 
509 aa  216  9.999999999999999e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.816034  normal  0.264871 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1691  Peptidase M23  35.92 
 
 
534 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4412  peptidase M23B  62.42 
 
 
447 aa  197  3e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276526  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1341  Peptidase M23  71.43 
 
 
417 aa  197  4.0000000000000005e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.734958 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1493  Peptidase M23  37.85 
 
 
530 aa  193  5e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.323244 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1800  peptidase M23B  39.94 
 
 
412 aa  187  2e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0541473  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0884  M24/M37 family peptidase  43.27 
 
 
427 aa  188  2e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0888  M24/M37 family peptidase  43.27 
 
 
427 aa  187  5e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4601  Peptidase M23  69.92 
 
 
455 aa  186  5e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0813649  normal  0.686442 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6574  peptidase M23B  70.25 
 
 
501 aa  187  5e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.189098  normal  0.018456 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4231  peptidase M23B  69.92 
 
 
451 aa  187  5e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4750  Peptidase M23  69.92 
 
 
446 aa  186  7e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.282212 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2662  lipoprotein  37.47 
 
 
538 aa  186  1.0000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0792091  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7396  Peptidase M23  70.25 
 
 
537 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.128641  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2270  peptidase M23  68.99 
 
 
494 aa  182  9.000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0701101  normal  0.561142 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3033  peptidase M23B  34.29 
 
 
328 aa  181  2.9999999999999997e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2339  peptidase M23B  40.16 
 
 
438 aa  181  4e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1901  peptidase M23B  34.98 
 
 
323 aa  176  7e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.312919 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1767  peptidase M23B  56.91 
 
 
465 aa  167  5e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3112  peptidase M23B  31.75 
 
 
633 aa  160  6e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.233689 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0639  peptidase M23B  32.73 
 
 
394 aa  159  7e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00338923  normal  0.454095 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0521  LysM/M23 peptidase  35.14 
 
 
397 aa  157  4e-37  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.939953  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38690  lipoprotein NlpD  38.11 
 
 
284 aa  145  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3021  peptidase M23B  41.46 
 
 
293 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000191073 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1212  peptidase M23B  34.36 
 
 
310 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10980  peptidase M23B  31.87 
 
 
274 aa  140  3.9999999999999997e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000310987  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0803  Peptidase M23  38.2 
 
 
292 aa  137  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1836  Peptidase M23  36.84 
 
 
315 aa  137  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.117063  normal  0.29408 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02698  Tetratricopeptide repeat transcriptional regulator  32.92 
 
 
251 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.686613  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0827  Peptidase M23  32.92 
 
 
251 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1176  peptidase M23B  36.51 
 
 
285 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.534318  normal  0.430733 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3025  M23B family peptidase  32.92 
 
 
251 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00328229  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0799  Peptidase M23  37.31 
 
 
294 aa  135  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.00788388  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02660  hypothetical protein  32.92 
 
 
251 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.649815  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1622  peptidase M23B  36.93 
 
 
262 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.752531  normal  0.248121 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4155  peptidase M23B  36.93 
 
 
262 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.647334  normal  0.0748574 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17470  hypothetical protein  37.79 
 
 
297 aa  134  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0843  peptidase M23B  32.92 
 
 
251 aa  134  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.325004  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0676  peptidase M23B  30.33 
 
 
285 aa  134  3.9999999999999996e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.208838  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2998  M23B family peptidase  33.75 
 
 
250 aa  133  6e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.310031 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0752  peptidoglycan-binding peptidase M23B  38.27 
 
 
291 aa  133  7.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.897589  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0497  peptidase M23B  35.44 
 
 
360 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1564  lipoprotein NlpD, putative  35.83 
 
 
288 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3343  peptidase M23B  33.82 
 
 
298 aa  131  3e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0875471  unclonable  0.00000001454 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1373  peptidoglycan-binding LysM:peptidase M23B  35.52 
 
 
288 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.142196  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2351  putative lipoprotein/metalloendopeptidase  36.51 
 
 
311 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0718469  normal  0.0896324 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1845  peptidase M23B  37.24 
 
 
296 aa  130  6e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.736133  normal  0.104174 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2089  Peptidase M23  29.86 
 
 
751 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000016694 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3190  M23B family peptidase  32.92 
 
 
251 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3304  peptidase, M23B family  32.92 
 
 
251 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4155  peptidase, M23B family  32.92 
 
 
251 aa  129  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0947828 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2345  peptidase M23B  30.69 
 
 
452 aa  127  5e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000378681  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0929  peptidase M23B  46.85 
 
 
261 aa  127  6e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1732  peptidase M23  37.13 
 
 
295 aa  126  7e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0850817  normal  0.0853785 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1251  Peptidase M23  30.72 
 
 
430 aa  125  1e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.767497  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1297  peptidase M23B  32.97 
 
 
270 aa  125  1e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0650361  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0961  peptidase M23B  36.25 
 
 
312 aa  125  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002515  membrane protein  30.77 
 
 
307 aa  125  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1297  peptidase M23B  35.66 
 
 
304 aa  125  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.353225  hitchhiker  0.00000000164338 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1078  putative lipoprotein NlpD  29.71 
 
 
283 aa  124  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3114  lipoprotein NlpD  33.85 
 
 
377 aa  125  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.378129  normal  0.89385 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3131  lipoprotein NlpD  33.85 
 
 
377 aa  125  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.143103 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3075  lipoprotein NlpD  33.85 
 
 
377 aa  125  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.567477  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3234  lipoprotein NlpD  33.85 
 
 
377 aa  125  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1307  peptidase M23B  32.8 
 
 
265 aa  125  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.654603 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3050  lipoprotein NlpD  33.85 
 
 
377 aa  125  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4053  peptidase M23B  33.33 
 
 
285 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000777294 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1131  peptidase M23B  36.19 
 
 
293 aa  124  4e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1059  peptidase M23B  31.78 
 
 
309 aa  124  4e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1502  lipoprotein B  31.68 
 
 
290 aa  124  5e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.176009  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1759  peptidase M23B  35.86 
 
 
295 aa  124  5e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125432  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3268  hypothetical protein  34.17 
 
 
250 aa  123  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1123  peptidase M23B  32.68 
 
 
298 aa  123  8e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02592  predicted outer membrane lipoprotein  33.85 
 
 
379 aa  122  9e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02557  hypothetical protein  33.85 
 
 
379 aa  122  9e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3043  lipoprotein NlpD  33.85 
 
 
379 aa  122  9e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0970  lipoprotein NlpD  33.85 
 
 
379 aa  122  9e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.957286  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03726  hypothetical lipoprotein NlpD  32.1 
 
 
289 aa  123  9e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2880  lipoprotein NlpD  33.85 
 
 
379 aa  122  9e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.704845  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3132  lipoprotein NlpD  33.85 
 
 
363 aa  122  9e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2225  lipoprotein NlpD, putative  34.73 
 
 
292 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.483803  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1203  peptidase M23B  33.21 
 
 
311 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000304892  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6258  peptidase M23B  34.15 
 
 
296 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0271245  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3015  Peptidase M23  38.33 
 
 
274 aa  122  9.999999999999999e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.508636  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1826  peptidase M23B  31.25 
 
 
264 aa  122  9.999999999999999e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1821  peptidase M23B  34.15 
 
 
296 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.361225  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1355  lipoprotein NlpD, putative  47.93 
 
 
298 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.209854  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1461  Peptidase M23  33.47 
 
 
261 aa  122  1.9999999999999998e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2366  peptidase  47.93 
 
 
292 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.417341  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1117  putative lipoprotein NlpD  47.93 
 
 
296 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2199  M23 family peptidase  47.93 
 
 
296 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.577669  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0052  putative lipoprotein NlpD  47.93 
 
 
296 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>