More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2781 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2781  peptidase M23B  100 
 
 		 478 aa  939    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.705886 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2736  peptidase M23B  82.27 
 
 		 474 aa  601  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.446493 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3178  Peptidase M23  73.46 
 
 		 471 aa  549  1e-155  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0130239  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2522  peptidase M23B  64.89 
 
 		 464 aa  477  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.158439  normal  0.260963 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1772  peptidase M23B  59.88 
 
 		 453 aa  470  1.0000000000000001e-131  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.306427  decreased coverage  0.00457712 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1795  peptidase M23B  59.92 
 
 		 449 aa  465  1e-129  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.792228  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4409  putative peptidoglycan-binding LysM  56.29 
 
 		 484 aa  406  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.35842 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2699  peptidase M23  41.93 
 
 		 500 aa  222  9.999999999999999e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.349979  normal  0.95229 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1171  peptidase M23B  36.2 
 
 		 509 aa  204  4e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.816034  normal  0.264871 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3033  peptidase M23B  37.72 
 
 		 328 aa  194  4e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1341  Peptidase M23  68.94 
 
 		 417 aa  193  6e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.734958 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1691  Peptidase M23  36.93 
 
 		 534 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0884  M24/M37 family peptidase  42.86 
 
 		 427 aa  189  8e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1493  Peptidase M23  36.08 
 
 		 530 aa  189  9e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.323244 
 
 
-
 
NC_004310  BR0888  M24/M37 family peptidase  42.86 
 
 		 427 aa  189  1e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2662  lipoprotein  35.75 
 
 		 538 aa  187  3e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0792091  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1800  peptidase M23B  42.81 
 
 		 412 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0541473  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4601  Peptidase M23  68.29 
 
 		 455 aa  183  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0813649  normal  0.686442 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4750  Peptidase M23  68.29 
 
 		 446 aa  183  6e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.282212 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2270  peptidase M23  68.22 
 
 		 494 aa  180  4e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0701101  normal  0.561142 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6574  peptidase M23B  66.12 
 
 		 501 aa  178  2e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.189098  normal  0.018456 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1767  peptidase M23B  60.16 
 
 		 465 aa  177  5e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7396  Peptidase M23  66.12 
 
 		 537 aa  177  5e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.128641  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1901  peptidase M23B  34.46 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.312919 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3112  peptidase M23B  33.91 
 
 		 633 aa  169  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.233689 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0639  peptidase M23B  34.23 
 
 		 394 aa  167  4e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00338923  normal  0.454095 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0521  LysM/M23 peptidase  34.75 
 
 		 397 aa  152  8.999999999999999e-36  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.939953  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0799  Peptidase M23  37.32 
 
 		 294 aa  145  2e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.00788388  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0803  Peptidase M23  40.94 
 
 		 292 aa  144  4e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0752  peptidoglycan-binding peptidase M23B  38.41 
 
 		 291 aa  143  7e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.897589  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1212  peptidase M23B  34.1 
 
 		 310 aa  140  6e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10980  peptidase M23B  31.91 
 
 		 274 aa  139  7.999999999999999e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000310987  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02698  Tetratricopeptide repeat transcriptional regulator  33.47 
 
 		 251 aa  137  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.686613  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0827  Peptidase M23  33.47 
 
 		 251 aa  137  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3025  M23B family peptidase  33.47 
 
 		 251 aa  137  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00328229  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02660  hypothetical protein  33.47 
 
 		 251 aa  137  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.649815  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0843  peptidase M23B  33.47 
 
 		 251 aa  136  9e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.325004  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1836  Peptidase M23  36.44 
 
 		 315 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.117063  normal  0.29408 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2998  M23B family peptidase  33.88 
 
 		 250 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.310031 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1297  peptidase M23B  34.62 
 
 		 270 aa  135  1.9999999999999998e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0650361  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3343  peptidase M23B  32.37 
 
 		 298 aa  134  3e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0875471  unclonable  0.00000001454 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38690  lipoprotein NlpD  35.83 
 
 		 284 aa  134  5e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1564  lipoprotein NlpD, putative  35.27 
 
 		 288 aa  133  6.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3021  peptidase M23B  38.31 
 
 		 293 aa  133  6.999999999999999e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000191073 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1059  peptidase M23B  33.72 
 
 		 309 aa  133  6.999999999999999e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0497  peptidase M23B  34.39 
 
 		 360 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2351  putative lipoprotein/metalloendopeptidase  36.48 
 
 		 311 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0718469  normal  0.0896324 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4155  peptidase M23B  35.39 
 
 		 262 aa  131  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.647334  normal  0.0748574 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1622  peptidase M23B  35.39 
 
 		 262 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.752531  normal  0.248121 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1307  peptidase M23B  35.12 
 
 		 265 aa  130  5.0000000000000004e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.654603 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1732  peptidase M23  36.63 
 
 		 295 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0850817  normal  0.0853785 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2406  peptidase M23B  30.96 
 
 		 283 aa  130  7.000000000000001e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000810221  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1176  peptidase M23B  36.48 
 
 		 285 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.534318  normal  0.430733 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1845  peptidase M23B  35.1 
 
 		 296 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.736133  normal  0.104174 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3190  M23B family peptidase  33.47 
 
 		 251 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4155  peptidase, M23B family  33.47 
 
 		 251 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0947828 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3304  peptidase, M23B family  33.47 
 
 		 251 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1429  putative lipoprotein  31.29 
 
 		 279 aa  127  3e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000184738  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3131  lipoprotein NlpD  33.72 
 
 		 377 aa  127  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.143103 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3050  lipoprotein NlpD  33.72 
 
 		 377 aa  127  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3114  lipoprotein NlpD  33.72 
 
 		 377 aa  127  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.378129  normal  0.89385 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1759  peptidase M23B  34.71 
 
 		 295 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125432  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002515  membrane protein  31.09 
 
 		 307 aa  127  5e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3234  lipoprotein NlpD  33.72 
 
 		 377 aa  127  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0676  peptidase M23B  29.75 
 
 		 285 aa  127  5e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.208838  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3075  lipoprotein NlpD  33.72 
 
 		 377 aa  127  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.567477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2089  Peptidase M23  30.6 
 
 		 751 aa  126  8.000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000016694 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0657  Peptidase M23  34.96 
 
 		 252 aa  126  8.000000000000001e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1355  lipoprotein NlpD, putative  48.76 
 
 		 298 aa  126  9e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.209854  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1117  putative lipoprotein NlpD  48.76 
 
 		 296 aa  126  9e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0052  putative lipoprotein NlpD  48.76 
 
 		 296 aa  126  9e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2237  M23 family peptidase  48.76 
 
 		 296 aa  126  9e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.772749  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1845  putative lipoprotein NlpD  48.76 
 
 		 296 aa  126  9e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.362158  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2199  M23 family peptidase  48.76 
 
 		 296 aa  126  9e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.577669  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2366  peptidase  48.76 
 
 		 292 aa  126  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.417341  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1203  peptidase M23B  31.82 
 
 		 311 aa  125  1e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000304892  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1373  peptidoglycan-binding LysM:peptidase M23B  35.95 
 
 		 288 aa  125  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.142196  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02592  predicted outer membrane lipoprotein  33.72 
 
 		 379 aa  124  3e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1078  putative lipoprotein NlpD  29.05 
 
 		 283 aa  124  3e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02557  hypothetical protein  33.72 
 
 		 379 aa  124  3e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0970  lipoprotein NlpD  33.72 
 
 		 379 aa  124  3e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.957286  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3132  lipoprotein NlpD  33.72 
 
 		 363 aa  124  3e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2225  lipoprotein NlpD, putative  35.56 
 
 		 292 aa  124  3e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.483803  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2880  lipoprotein NlpD  33.72 
 
 		 379 aa  124  3e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.704845  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3043  lipoprotein NlpD  33.72 
 
 		 379 aa  124  3e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0299  peptidase M23B  33.05 
 
 		 249 aa  124  3e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000319427 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17470  hypothetical protein  34.46 
 
 		 297 aa  124  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2345  peptidase M23B  32.09 
 
 		 452 aa  124  4e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000378681  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0961  peptidase M23B  46.28 
 
 		 312 aa  124  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1826  peptidase M23B  32.79 
 
 		 264 aa  124  5e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1123  peptidase M23B  31.37 
 
 		 298 aa  124  5e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3433  lipoprotein NlpD  31.87 
 
 		 298 aa  123  6e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0929  peptidase M23B  45.45 
 
 		 261 aa  123  6e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3213  lipoprotein NlpD  32.57 
 
 		 374 aa  123  7e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.160012 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6258  peptidase M23B  47.11 
 
 		 296 aa  123  8e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0271245  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1821  peptidase M23B  47.11 
 
 		 296 aa  123  8e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.361225  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1228  peptidase M23  33.2 
 
 		 230 aa  123  9e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1416  peptidase M23B  33.59 
 
 		 299 aa  123  9e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1452  peptidase M23B  46.28 
 
 		 292 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.212696 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3272  hypothetical protein  34.57 
 
 		 250 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>