More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2567 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2567  periplasmic binding protein  100 
 
 		 365 aa  736    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0204616  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2696  periplasmic binding protein  43.55 
 
 		 377 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.773462  normal  0.636131 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3611  periplasmic binding protein  43.73 
 
 		 380 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486041  normal  0.0848378 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1538  putative ABC transporter periplasmic iron siderophore/cobalamin-binding protein  37.94 
 
 		 381 aa  253  4.0000000000000004e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.204367 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2751  periplasmic binding protein  37.94 
 
 		 389 aa  253  5.000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.369256  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2669  putative ABC transporter, periplasmic iron siderophore/cobalamin-binding protein  37.94 
 
 		 389 aa  253  5.000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0283  periplasmic binding protein  37.97 
 
 		 383 aa  238  2e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.996344  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1127  periplasmic binding protein  38.71 
 
 		 368 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1015  periplasmic binding protein  36.99 
 
 		 371 aa  232  1e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.543354 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4771  periplasmic binding protein  38.12 
 
 		 370 aa  229  4e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2194  ferrichrome/ferrioxamine B periplasmic transporter  35.26 
 
 		 377 aa  226  5.0000000000000005e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.301282  normal  0.0100465 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7105  ABC Fe3+-hydroxamate transporter, periplasmic ligand binding protein  39.19 
 
 		 401 aa  222  6e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.320123  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1058  periplasmic binding protein  36.73 
 
 		 370 aa  223  6e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.530502  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4418  periplasmic binding protein  35.47 
 
 		 377 aa  222  8e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.468441 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4137  ferrichrome/ferrioxamine B periplasmic transporter  36.97 
 
 		 365 aa  219  6e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0816  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.07 
 
 		 366 aa  219  7.999999999999999e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0816  periplasmic binding protein  39.07 
 
 		 366 aa  219  7.999999999999999e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0919646  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0154  hypothetical protein  39.07 
 
 		 366 aa  219  7.999999999999999e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000656293 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2249  periplasmic binding protein  32.97 
 
 		 378 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.254495 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3000  periplasmic binding protein  36.84 
 
 		 369 aa  212  7.999999999999999e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.796809  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2027  periplasmic binding protein  32.97 
 
 		 378 aa  212  7.999999999999999e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.683361  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3089  periplasmic binding protein  35.26 
 
 		 375 aa  211  2e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1220  ABC transporter substrate binding protein (iron)  35 
 
 		 383 aa  206  7e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0484482  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3531  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component-like protein  36.16 
 
 		 382 aa  205  1e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.826718  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1235  periplasmic binding protein  33.43 
 
 		 375 aa  204  2e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3040  periplasmic binding protein  33.43 
 
 		 375 aa  203  4e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.174043  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1221  ABC transporter substrate binding protein (iron)  32.4 
 
 		 406 aa  203  5e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1097  periplasmic binding protein  32.6 
 
 		 373 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.508447  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1774  periplasmic binding protein  37.89 
 
 		 363 aa  200  3e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2758  periplasmic binding protein  32.34 
 
 		 373 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.593995  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0573  ABC transporter, substrate binding protein  33.73 
 
 		 374 aa  191  2e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.470776  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3141  periplasmic binding protein  32.88 
 
 		 371 aa  188  1e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3900  periplasmic binding protein  30.42 
 
 		 386 aa  187  4e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1693  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component-like protein  32.96 
 
 		 370 aa  186  8e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4077  periplasmic binding protein  30.83 
 
 		 383 aa  182  6e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0797  periplasmic binding protein  35.06 
 
 		 367 aa  181  2e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0161104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2140  periplasmic binding protein  30.81 
 
 		 394 aa  178  1e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.07383  normal  0.925288 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2755  ABC transporter, substrate binding protein  31.39 
 
 		 375 aa  172  7.999999999999999e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0000138231  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0467  Fe(III) dicitrate ABC transporter, permease  29.06 
 
 		 384 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2735  putative iron complex transport system substrate-binding protein  28.41 
 
 		 427 aa  157  4e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0180927  decreased coverage  0.0000609348 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1240  periplasmic binding protein  29.61 
 
 		 372 aa  154  2e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1702  periplasmic binding protein  29.65 
 
 		 364 aa  154  2e-36  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0745  periplasmic binding protein  28.73 
 
 		 407 aa  153  5e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300436 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3035  periplasmic binding protein  29.67 
 
 		 372 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.938947  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1100  ABC transporter, substrate binding protein  29.97 
 
 		 374 aa  147  3e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0595516  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7622  ABC transporter substrate binding protein (iron)  27.5 
 
 		 429 aa  140  4.999999999999999e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2718  periplasmic binding protein  28.18 
 
 		 360 aa  139  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.410203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2539  periplasmic binding protein  27.67 
 
 		 368 aa  137  4e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1708  periplasmic binding protein  26.26 
 
 		 392 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1701  periplasmic binding protein  26.94 
 
 		 365 aa  129  8.000000000000001e-29  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2635  iron chelate ABC transporter periplasmic iron/siderophore-binding protein  25.66 
 
 		 363 aa  110  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  3.97529e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2720  periplasmic binding protein  25.66 
 
 		 363 aa  110  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000000254593  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1321  periplasmic binding protein  29.31 
 
 		 366 aa  101  2e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.77394  normal  0.0125945 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0972  periplasmic binding protein  26.57 
 
 		 429 aa  99.8  6e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1314  periplasmic binding protein  25.71 
 
 		 380 aa  94  4e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0394754 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0219  periplasmic binding protein  25.56 
 
 		 370 aa  89.7  6e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.293771  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1195  periplasmic binding protein  27.27 
 
 		 374 aa  89.4  1e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2098  periplasmic binding protein  28.21 
 
 		 402 aa  88.2  2e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2617  periplasmic binding protein  25.87 
 
 		 380 aa  87.8  2e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1151  hypothetical protein  25.56 
 
 		 333 aa  86.7  6e-16  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2396  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  24.85 
 
 		 375 aa  85.5  0.000000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.507465 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1218  periplasmic binding protein  27.41 
 
 		 358 aa  85.1  0.000000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0017043  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1597  periplasmic binding protein  28.09 
 
 		 409 aa  82.8  0.000000000000009  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.465677  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1422  periplasmic binding protein  24.5 
 
 		 333 aa  79.7  0.00000000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.158314 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  23.68 
 
 		 478 aa  79  0.0000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2486  ferrichrome-binding periplasmic protein  23.71 
 
 		 370 aa  79  0.0000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  29.91 
 
 		 299 aa  79  0.0000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1283  periplasmic binding protein  26.59 
 
 		 409 aa  77  0.0000000000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.907  normal  0.591849 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2734  periplasmic binding protein  27.3 
 
 		 363 aa  76.6  0.0000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.148787  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0029  periplasmic binding protein  26.01 
 
 		 361 aa  76.3  0.0000000000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1559  iron chelatin ABC transporter, substrate binding protein  28.57 
 
 		 337 aa  74.7  0.000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.307142  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1042  periplasmic binding protein  26.46 
 
 		 354 aa  74.7  0.000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2225  periplasmic binding protein  25.68 
 
 		 348 aa  74.3  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000231713  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  22.41 
 
 		 483 aa  73.9  0.000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1499  periplasmic binding protein  30.31 
 
 		 382 aa  73.9  0.000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0555  periplasmic binding protein  25.75 
 
 		 317 aa  73.2  0.000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0185  periplasmic binding protein  28.32 
 
 		 426 aa  72.4  0.00000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0952847  normal  0.560438 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1047  Fe3+-hydroxamate binding protein  24.01 
 
 		 370 aa  72  0.00000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.271921  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1645  periplasmic binding protein  26.43 
 
 		 354 aa  72  0.00000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.399451  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  30.74 
 
 		 300 aa  71.2  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2271  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  23.77 
 
 		 393 aa  71.6  0.00000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.79737  normal  0.104601 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  27.97 
 
 		 307 aa  71.2  0.00000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0148  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  25.21 
 
 		 349 aa  70.1  0.00000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0440522  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0978  periplasmic binding protein  26.51 
 
 		 689 aa  70.1  0.00000000005  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.194046 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0890  ABC-transporter periplasmic-binding component  23.58 
 
 		 344 aa  69.7  0.00000000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00338938  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1591  periplasmic binding protein  26.32 
 
 		 377 aa  69.7  0.00000000008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0970823  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0428  periplasmic binding protein  24.59 
 
 		 375 aa  69.3  0.0000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0024  periplasmic binding protein  24.71 
 
 		 360 aa  69.3  0.0000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1185  periplasmic binding protein  25.07 
 
 		 354 aa  68.9  0.0000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.306422  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0025  FMN-binding domain protein  25.74 
 
 		 517 aa  68.6  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1593  periplasmic binding protein  25 
 
 		 372 aa  68.2  0.0000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0653353  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0735  periplasmic binding protein  24.59 
 
 		 358 aa  67.4  0.0000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000243949  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0377  periplasmic binding protein  24.32 
 
 		 682 aa  67.4  0.0000000004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.786135  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0513  ABC transporter, solute-binding protein  23.08 
 
 		 365 aa  67  0.0000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1168  periplasmic binding protein  24.86 
 
 		 353 aa  66.6  0.0000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.61734  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  22.81 
 
 		 305 aa  66.6  0.0000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1093  V-type ATPase, 116 kDa subunit  23.01 
 
 		 376 aa  66.6  0.0000000007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1492  periplasmic binding protein  23.32 
 
 		 362 aa  66.6  0.0000000007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.104614  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0547  periplasmic binding protein  23.49 
 
 		 359 aa  66.2  0.0000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0059  periplasmic binding protein  24.86 
 
 		 688 aa  66.2  0.0000000008  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.932595  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>