175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_5158 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_5158  hypothetical protein  100 
 
 
235 aa  464  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0381  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  94.04 
 
 
235 aa  404  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.450102  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  85.53 
 
 
235 aa  400  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.744175  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4893  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  78.3 
 
 
235 aa  384  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.37927  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5019  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  78.3 
 
 
235 aa  381  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5069  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  77.02 
 
 
235 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0446  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  76.6 
 
 
235 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.633705  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66990  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  77.02 
 
 
235 aa  368  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.244729  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0515  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  77.54 
 
 
236 aa  367  1e-100  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5810  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  77.02 
 
 
235 aa  366  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45490  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  77.45 
 
 
235 aa  315  3e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.829624  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3423  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  55.74 
 
 
239 aa  256  3e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.700022  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0907  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  54.24 
 
 
236 aa  228  6e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3763  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.19 
 
 
239 aa  212  3.9999999999999995e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.389406  normal  0.99117 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2222  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.34 
 
 
245 aa  203  2e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.78 
 
 
247 aa  191  6e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.00237916  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3091  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.03 
 
 
252 aa  186  3e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.912853  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2956  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.15 
 
 
251 aa  183  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.412069 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0867  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.74 
 
 
237 aa  183  3e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000680151 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1548  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.89 
 
 
247 aa  180  2e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.030383  normal  0.492518 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1595  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.68 
 
 
234 aa  177  1e-43  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.377803  decreased coverage  0.000639268 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1729  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.68 
 
 
247 aa  177  2e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.2392  normal  0.535958 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.03 
 
 
242 aa  176  4e-43  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0264251  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2992  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.22 
 
 
249 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0758461  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1850  protein of unknown function DUF558  39.66 
 
 
248 aa  155  4e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.693954 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_45316  predicted protein  33.9 
 
 
260 aa  121  9.999999999999999e-27  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0840012  normal  0.295548 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2720  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.66 
 
 
278 aa  99.4  4e-20  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_32846  predicted protein  31.14 
 
 
333 aa  87.4  2e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0682  hypothetical protein  31.2 
 
 
247 aa  79.7  0.00000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.356679  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1997  protein of unknown function DUF558  31.22 
 
 
232 aa  73.2  0.000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0063  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  23.31 
 
 
238 aa  69.3  0.00000000005  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1587  hypothetical protein  33.33 
 
 
232 aa  69.3  0.00000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.721814  normal  0.561066 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.31 
 
 
244 aa  65.5  0.0000000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0215  hypothetical protein  28.7 
 
 
254 aa  63.5  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.79026  normal  0.274516 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.16 
 
 
244 aa  59.3  0.00000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.68 
 
 
246 aa  59.3  0.00000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  27.46 
 
 
248 aa  58.9  0.00000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1169  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.47 
 
 
252 aa  58.2  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.979878  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.91 
 
 
250 aa  58.2  0.0000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.53 
 
 
250 aa  57.4  0.0000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.16 
 
 
242 aa  56.6  0.0000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1997  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.31 
 
 
238 aa  57  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.650979  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3082  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.94 
 
 
245 aa  56.6  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.584805  normal  0.179452 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0173  protein of unknown function DUF558  25.1 
 
 
236 aa  56.6  0.0000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0340  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.92 
 
 
239 aa  56.6  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.240035 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3110  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.51 
 
 
247 aa  56.2  0.0000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00328118  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  27.4 
 
 
242 aa  56.2  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3975  protein of unknown function DUF558  25.75 
 
 
251 aa  56.2  0.0000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4176  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.47 
 
 
243 aa  56.2  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0838  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.82 
 
 
230 aa  55.5  0.0000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.083399 
 
 
-
 
NC_002950  PG2156  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.75 
 
 
248 aa  55.1  0.000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.37 
 
 
244 aa  54.3  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0047  hypothetical protein  25.1 
 
 
251 aa  54.7  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.133218 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1175  protein of unknown function DUF558  25.93 
 
 
241 aa  55.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.51 
 
 
234 aa  55.1  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.108692 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0090  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.07 
 
 
250 aa  54.3  0.000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  24.79 
 
 
247 aa  55.1  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.54 
 
 
247 aa  54.7  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0419762  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5042  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.82 
 
 
235 aa  54.3  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.319742  normal  0.272315 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0585  hypothetical protein  25.21 
 
 
253 aa  53.9  0.000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000651764  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0449  protein of unknown function DUF558  24.89 
 
 
235 aa  54.3  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.48 
 
 
244 aa  53.1  0.000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1795  protein of unknown function DUF558  24.67 
 
 
245 aa  53.5  0.000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0765  hypothetical protein  26.79 
 
 
235 aa  52  0.000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.417208  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.03 
 
 
244 aa  52  0.000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  22.81 
 
 
249 aa  51.6  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00520295  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0661  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.95 
 
 
244 aa  51.2  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.35 
 
 
244 aa  51.2  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0719  hypothetical protein  24.9 
 
 
246 aa  51.2  0.00001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000868128  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0361  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  19.75 
 
 
243 aa  50.8  0.00002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0176387  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3079  hypothetical protein  27.11 
 
 
244 aa  50.4  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0240  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.94 
 
 
246 aa  50.8  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000270837  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  30 
 
 
244 aa  50.8  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1876  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50.85 
 
 
238 aa  50.4  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.115169  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  48.98 
 
 
246 aa  50.4  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4058  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.56 
 
 
249 aa  49.7  0.00003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0577638  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0247  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.51 
 
 
240 aa  50.4  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.148044  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1295  protein of unknown function DUF558  26.79 
 
 
239 aa  50.1  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1323  protein of unknown function DUF558  26.61 
 
 
239 aa  50.1  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.107771 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4594  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.48 
 
 
235 aa  50.1  0.00003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.246782  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.19 
 
 
240 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3037  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.05 
 
 
249 aa  49.7  0.00004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000274607  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  25.33 
 
 
242 aa  49.3  0.00006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  29.74 
 
 
244 aa  49.3  0.00006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.91 
 
 
263 aa  48.9  0.00007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0765647  normal 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0298  RNA methyltransferase, RsmE family  23.5 
 
 
234 aa  48.5  0.00008  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  29.47 
 
 
239 aa  48.5  0.00009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1016  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.85 
 
 
258 aa  48.5  0.00009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4210  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.11 
 
 
249 aa  48.1  0.0001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0876638  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4048  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.11 
 
 
249 aa  48.1  0.0001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.702448  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1088  protein of unknown function DUF558  24.17 
 
 
233 aa  48.1  0.0001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.15 
 
 
243 aa  48.1  0.0001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0525282  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4536  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.11 
 
 
249 aa  48.1  0.0001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0995  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  53.33 
 
 
249 aa  48.5  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4333  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.11 
 
 
249 aa  48.1  0.0001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.98604e-48 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.88 
 
 
246 aa  47.8  0.0001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.110015  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0913  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.3 
 
 
300 aa  48.1  0.0001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1212  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.67 
 
 
228 aa  47.4  0.0002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  27.62 
 
 
242 aa  47  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3944  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  52.08 
 
 
247 aa  47.8  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>