More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3974 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3974  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 328 aa  662    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.140467 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1860  LysR family transcriptional regulator  98.78 
 
 		 328 aa  656    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0547107 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5946  transcriptional regulator LysR family  42.47 
 
 		 312 aa  247  2e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1371  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 308 aa  234  1.0000000000000001e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2367  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 299 aa  220  3e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.47568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3779  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 292 aa  219  7e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.750193 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2844  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 300 aa  218  1e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223887  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3052  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 292 aa  215  7e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3832  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 290 aa  208  1e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4279  LysR substrate-binding  39.06 
 
 		 334 aa  207  3e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.373841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4646  transcriptional regulator, LysR family  39.38 
 
 		 312 aa  197  3e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0479434  normal  0.927807 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4796  transcriptional regulator, LysR family  38.57 
 
 		 292 aa  190  2e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.511675  normal  0.87125 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0148  LysR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.148101  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 313 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  32 
 
 		 313 aa  146  5e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 313 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  32 
 
 		 313 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3944  transcriptional regulator, LysR family  33.09 
 
 		 296 aa  142  7e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3977  transcriptional regulatory protein  30.48 
 
 		 315 aa  142  9.999999999999999e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121113 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4165  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 289 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3189  LysR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 279 aa  139  4.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4540  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 339 aa  138  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0590293  normal  0.826937 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 294 aa  135  9e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0242  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 318 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4731  helix-turn-helix, Fis-type  29.35 
 
 		 288 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210244  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6201  transcriptional regulator, LysR family  28.74 
 
 		 334 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0977  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 311 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.465087  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4317  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 319 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4049  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 319 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0950657  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0722  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 294 aa  133  5e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3308  transcription regulator protein  31.39 
 
 		 294 aa  132  9e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.31701  normal  0.818104 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  31.89 
 
 		 311 aa  131  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3188  LysR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 291 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.708036  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4568  transcriptional regulator, LysR family  31.88 
 
 		 298 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.759587 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2031  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 319 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.810813  normal  0.25422 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0386  transcriptional regulator, LysR family  32.21 
 
 		 298 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.447442 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3476  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 319 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0142034 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 291 aa  129  6e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2886  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 299 aa  129  6e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0958949  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3578  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3368  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 		 298 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.57 
 
 		 295 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6115  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.15 
 
 		 289 aa  125  7e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 294 aa  125  7e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2289  transcriptional regulator, LysR family  31.99 
 
 		 293 aa  125  7e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1565  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3444  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 323 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7356  LysR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 305 aa  123  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1158  LysR substrate-binding  28.12 
 
 		 317 aa  123  5e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.326337 
 
 
-
 
NC_003296  RS03181  transcription regulator protein  31.23 
 
 		 328 aa  122  6e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.582864  normal  0.30577 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3951  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 319 aa  122  6e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.358181 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1317  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 298 aa  122  7e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 301 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1154  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 300 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3503  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 293 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.061821 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4532  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 316 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.176427  normal  0.951111 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1135  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 299 aa  120  3e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0556811  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0055  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 295 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000554839 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4668  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 316 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1782  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 302 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4666  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 316 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  0.172024 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 316 aa  120  4.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2725  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 283 aa  119  6e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4405  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 298 aa  119  7.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3178  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 293 aa  119  9e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0766  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 338 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.207763 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4178  LysR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 294 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2385  LysR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 289 aa  118  9.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0716599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  27.84 
 
 		 317 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0071  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 295 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000017949 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0071  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 295 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.328388  hitchhiker  0.00942011 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0074  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 295 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.183793  hitchhiker  0.0000000265009 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  26.28 
 
 		 317 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 297 aa  116  3.9999999999999997e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 295 aa  116  3.9999999999999997e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4928  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 307 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.595965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0706  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 293 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.265048  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  31.07 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  27.6 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 303 aa  114  3e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 319 aa  114  3e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 315 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 315 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33750  LysR family transcriptional regulator protein  31.03 
 
 		 293 aa  114  3e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3421  LysR family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 305 aa  113  4.0000000000000004e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  27.11 
 
 		 303 aa  113  4.0000000000000004e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0694  LysR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 329 aa  113  5e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 291 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 297 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 297 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 322 aa  112  6e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4310  LysR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 304 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.43061 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1036  transcriptional regulator, LysR family  30.98 
 
 		 294 aa  112  9e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 290 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0825  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 303 aa  112  1.0000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5996  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 296 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0861093  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8528  transcriptional regulator, LysR family  26.83 
 
 		 298 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>