More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4358 on replicon NC_007960
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007960  Nham_4358  secretion protein HlyD  100 
 
 		 472 aa  946    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1853  secretion protein HlyD  71.67 
 
 		 471 aa  625  1e-178  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1102  secretion protein HlyD  70.43 
 
 		 470 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4658  secretion protein HlyD  69.61 
 
 		 478 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.211901 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3427  cation efflux system protein cusB precursor  69.36 
 
 		 474 aa  581  1e-164  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0060  secretion protein HlyD precursor  66.36 
 
 		 477 aa  571  1.0000000000000001e-162  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3642  putative cation efflux system protein cusB precursor  63.84 
 
 		 475 aa  555  1e-157  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2740  secretion protein HlyD  62.59 
 
 		 462 aa  535  1e-151  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.135625  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1604  efflux transporter, RND family, MFP subunit  61.3 
 
 		 464 aa  526  1e-148  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.344035  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3130  secretion protein HlyD  57.27 
 
 		 473 aa  499  1e-140  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.308652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4405  secretion protein HlyD  58.29 
 
 		 550 aa  493  9.999999999999999e-139  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.164815  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3973  RND family efflux transporter MFP subunit  56.67 
 
 		 473 aa  490  1e-137  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.181102 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7982  efflux transporter, RND family, MFP subunit  57.01 
 
 		 486 aa  481  1e-134  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.318672  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1020  efflux transporter, RND family, MFP subunit  52.77 
 
 		 508 aa  462  1e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.590428 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4111  efflux transporter, RND family, MFP subunit  54.61 
 
 		 494 aa  462  1e-129  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.38 
 
 		 509 aa  462  1e-129  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.430144 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4832  RND family efflux transporter MFP subunit  50.62 
 
 		 472 aa  455  1e-127  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0873289 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3812  RND family efflux transporter MFP subunit  53.88 
 
 		 498 aa  456  1e-127  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.999648  normal  0.340628 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4385  RND family efflux transporter MFP subunit  54.37 
 
 		 451 aa  457  1e-127  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.484161  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4592  RND family efflux transporter MFP subunit  52.74 
 
 		 477 aa  451  1e-125  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.246658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9868  Membrane-fusion protein  48.01 
 
 		 475 aa  408  1.0000000000000001e-112  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1407  secretion protein HlyD  46.94 
 
 		 540 aa  334  3e-90  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2264  secretion protein HlyD  45.19 
 
 		 546 aa  327  3e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  46.44 
 
 		 537 aa  326  7e-88  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  44.97 
 
 		 504 aa  323  5e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.91 
 
 		 537 aa  320  3e-86  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  43.97 
 
 		 538 aa  319  6e-86  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2263  heavy metal efflux pump membrane fusion protein, putative  44.13 
 
 		 422 aa  316  7e-85  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  43.11 
 
 		 537 aa  311  2e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3977  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.07 
 
 		 512 aa  297  3e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4050  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  44.8 
 
 		 517 aa  284  3.0000000000000004e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0354  RND family efflux transporter MFP subunit  40.54 
 
 		 518 aa  263  4.999999999999999e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.564378  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1529  secretion protein HlyD  33.08 
 
 		 467 aa  238  2e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  35.62 
 
 		 581 aa  238  2e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.287598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1553  RND family efflux transporter MFP subunit  38.02 
 
 		 715 aa  236  6e-61  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1715  putative cation efflux system transmembrane protein  34.31 
 
 		 500 aa  224  3e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0232855  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1930  membrane-fusion protein-like  32.71 
 
 		 629 aa  215  9.999999999999999e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.3695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0177  hypothetical protein  36.39 
 
 		 509 aa  215  9.999999999999999e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4431  RND family efflux transporter MFP subunit  35.09 
 
 		 683 aa  212  9e-54  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.746059 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4233  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.22 
 
 		 568 aa  211  2e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1389  RND family efflux transporter MFP subunit  34.79 
 
 		 502 aa  207  4e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545507 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6135  proton antiporter metal efflux protein SilB  34.33 
 
 		 521 aa  206  5e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.418414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3936  H+-transporting two-sector ATPase, delta (OSCP) subunit  32.17 
 
 		 491 aa  203  6e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0474  RND family efflux transporter MFP subunit  35.93 
 
 		 545 aa  201  1.9999999999999998e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0677608  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3492  secretion protein HlyD  35.75 
 
 		 545 aa  199  9e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.341782 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1808  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.45 
 
 		 510 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034543  normal  0.527092 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2393  RND family efflux transporter MFP subunit  32.88 
 
 		 525 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0135  RND family efflux transporter MFP subunit  32.87 
 
 		 455 aa  197  4.0000000000000005e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.301436  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2362  chemiosmotic efflux system B protein B  33.82 
 
 		 377 aa  195  1e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0088  RND family efflux transporter MFP subunit  35.63 
 
 		 468 aa  195  1e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4105  secretion protein HlyD  35.28 
 
 		 527 aa  195  2e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3363  RND family efflux transporter MFP subunit  33.79 
 
 		 483 aa  194  4e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.640634  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05406  putative cation efflux system transmembrane protein  33.89 
 
 		 513 aa  192  8e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00319  putative cation efflux system protein  29.95 
 
 		 672 aa  192  1e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4857  cation efflux system protein CusB  30.93 
 
 		 529 aa  191  2e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.81 
 
 		 460 aa  191  2e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5288  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.47 
 
 		 516 aa  190  4e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4263  RND family efflux transporter MFP subunit  35.35 
 
 		 504 aa  190  4e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0959435 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1647  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.47 
 
 		 516 aa  190  4e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0515736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3649  RND family efflux transporter MFP subunit  34.21 
 
 		 472 aa  190  4e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5356  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.17 
 
 		 510 aa  190  4e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2395  secretion protein HlyD  31.65 
 
 		 417 aa  189  1e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84223  hitchhiker  0.00226856 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1548  secretion protein HlyD  34.77 
 
 		 466 aa  188  2e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0420429  normal  0.648627 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2165  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.06 
 
 		 456 aa  187  5e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.97 
 
 		 507 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.997771  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4512  RND family efflux transporter MFP subunit  34.43 
 
 		 552 aa  184  3e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5032  copper and silver tricomponent efflux membrane fusion protein CusB (CzcB-like)  33.69 
 
 		 505 aa  183  5.0000000000000004e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.190443 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2057  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.77 
 
 		 465 aa  180  4.999999999999999e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000291349 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3074  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.23 
 
 		 497 aa  180  5.999999999999999e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.32 
 
 		 497 aa  179  8e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1260  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.83 
 
 		 497 aa  178  2e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1626  putative cation efflux system transmembrane protein  32.3 
 
 		 542 aa  177  4e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.182447 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1369  RND family efflux transporter MFP subunit  28.06 
 
 		 488 aa  174  2.9999999999999996e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.271399  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1331  RND family efflux transporter MFP subunit  34.29 
 
 		 451 aa  173  5.999999999999999e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0592  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  31.47 
 
 		 407 aa  173  7.999999999999999e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.50273  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00535  copper/silver efflux system, membrane fusion protein  30.91 
 
 		 407 aa  172  1e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3055  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.91 
 
 		 407 aa  172  1e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0655  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  30.91 
 
 		 407 aa  172  1e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.419638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3072  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  30.91 
 
 		 407 aa  172  1e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00524  hypothetical protein  30.91 
 
 		 407 aa  172  1e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0621  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  30.91 
 
 		 407 aa  172  1e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000664889  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2433  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.87 
 
 		 482 aa  171  2e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.3697  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2061  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.87 
 
 		 482 aa  171  2e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0592  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  30.91 
 
 		 407 aa  172  2e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00207274  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1948  heavy metal efflux transporter, MFP subunit, putative  32.3 
 
 		 439 aa  171  3e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1618  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.3 
 
 		 439 aa  171  3e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.215683  hitchhiker  0.000019246 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4299  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  30.41 
 
 		 430 aa  171  4e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2440  secretion protein HlyD  32.7 
 
 		 408 aa  170  4e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0261  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  30.41 
 
 		 430 aa  170  5e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0171  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.59 
 
 		 438 aa  170  6e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.538499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3535  RND family efflux transporter MFP subunit  32.65 
 
 		 529 aa  170  7e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4256  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.37 
 
 		 526 aa  169  8e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1536  secretion protein HlyD  32.32 
 
 		 625 aa  168  2e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2457  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.12 
 
 		 457 aa  168  2e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.704065  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2549  secretion protein HlyD  29.81 
 
 		 490 aa  168  2e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3474  heavy metal efflux system protein, putative  32.13 
 
 		 526 aa  167  4e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.692441 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3423  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  30.14 
 
 		 430 aa  167  4e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.639858  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5386  CzcB family heavy metal RND efflux membrane fusion protein  31.58 
 
 		 490 aa  167  5e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0277  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.99 
 
 		 627 aa  167  5e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.96943  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2049  RND family efflux transporter MFP subunit  30.52 
 
 		 523 aa  166  5.9999999999999996e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00264035 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>