More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_2236 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_2236  D-alanine--D-alanine ligase  100 
 
 
326 aa  632  1e-180  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0429667  normal  0.174652 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1640  D-alanine--D-alanine ligase  70.82 
 
 
329 aa  443  1e-123  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3582  D-alanine/D-alanine ligase  59.49 
 
 
316 aa  366  1e-100  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301963  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6711  D-alanine--D-alanine ligase  63.17 
 
 
321 aa  367  1e-100  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9380  D-alanine--D-alanine ligase  59.49 
 
 
318 aa  360  2e-98  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4976  D-alanine/D-alanine ligase  60.39 
 
 
319 aa  341  9e-93  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4691  D-alanine--D-alanine ligase  58.06 
 
 
323 aa  327  1.0000000000000001e-88  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9048  D-alanine/D-alanine ligase  54.31 
 
 
315 aa  325  6e-88  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.499515  normal  0.480227 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2153  D-alanine--D-alanine ligase  57.41 
 
 
333 aa  320  1.9999999999999998e-86  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39720  D-alanine--D-alanine ligase  52.58 
 
 
316 aa  315  9e-85  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5088  D-alanine--D-alanine ligase  55.97 
 
 
329 aa  310  2e-83  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2550  D-alanine--D-alanine ligase  53.57 
 
 
319 aa  307  2.0000000000000002e-82  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.352521  normal  0.520823 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4584  D-alanine--D-alanine ligase  54.84 
 
 
326 aa  304  1.0000000000000001e-81  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.984407  hitchhiker  0.000547053 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37970  D-alanine--D-alanine ligase  54.22 
 
 
317 aa  302  5.000000000000001e-81  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4215  D-alanine--D-alanine ligase  59.11 
 
 
313 aa  301  8.000000000000001e-81  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3371  D-alanine/D-alanine ligase  55.16 
 
 
349 aa  301  1e-80  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0642922  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5102  D-alanine--D-alanine ligase  55.48 
 
 
327 aa  298  6e-80  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.842129  unclonable  0.0000000223224 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6426  D-alanine/D-alanine ligase  51.94 
 
 
317 aa  292  4e-78  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5406  D-alanine--D-alanine ligase  51.77 
 
 
315 aa  291  1e-77  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7091  D-alanine--D-alanine ligase  52.75 
 
 
314 aa  287  1e-76  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.581394  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2329  D-alanine--D-alanine ligase  43.62 
 
 
318 aa  208  1e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.304126  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28460  D-alanine--D-alanine ligase  39.68 
 
 
317 aa  200  3e-50  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.289482  hitchhiker  0.00300353 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0319  D-alanine--D-alanine ligase  40.48 
 
 
333 aa  194  1e-48  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0126271  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1588  D-alanyl-alanine synthetase A  34.7 
 
 
316 aa  191  1e-47  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000341303  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  40 
 
 
308 aa  189  5e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1244  D-alanine/D-alanine ligase  41.35 
 
 
316 aa  189  7e-47  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00234913  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2491  D-alanine--D-alanine ligase  37.79 
 
 
306 aa  186  5e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2649  D-alanine--D-alanine ligase  40.8 
 
 
303 aa  185  8e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0203  D-alanine--D-alanine ligase  38.17 
 
 
308 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.43186  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0382  D-alanine/D-alanine ligase  38.17 
 
 
308 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0398495  normal  0.161369 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14120  D-alanine--D-alanine ligase  38.46 
 
 
313 aa  184  1.0000000000000001e-45  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1360  D-alanine/D-alanine ligase  37.94 
 
 
319 aa  185  1.0000000000000001e-45  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0366  D-alanine--D-alanine ligase  40.27 
 
 
308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3590  D-alanine--D-alanine ligase  36.36 
 
 
306 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224564  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0360  D-alanine--D-alanine ligase  35.81 
 
 
308 aa  183  4.0000000000000006e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3114  D-alanine/D-alanine ligase  38.39 
 
 
307 aa  182  9.000000000000001e-45  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188134  hitchhiker  0.0000000168198 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0952  D-alanine/D-alanine ligase  33.67 
 
 
311 aa  181  1e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4671  D-alanine--D-alanine ligase  37.9 
 
 
324 aa  181  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0129578  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3914  D-alanine--D-alanine ligase  39.03 
 
 
308 aa  179  4.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3830  D-alanine--D-alanine ligase  39.03 
 
 
308 aa  179  5.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03490  ATP-grasp enzyme, D-alanine-D-alanine ligase  36.79 
 
 
327 aa  179  5.999999999999999e-44  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.160227 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4510  D-alanine--D-alanine ligase  38.29 
 
 
318 aa  179  7e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.926971  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0085  D-alanine--D-alanine ligase  36.88 
 
 
306 aa  179  7e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.34447  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0638  D-alanine--D-alanine ligase  35.37 
 
 
306 aa  178  1e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00195193  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00093  D-alanylalanine synthetase  36.54 
 
 
306 aa  177  2e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.149308  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3508  D-alanine/D-alanine ligase  36.54 
 
 
306 aa  177  2e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00134071  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3565  D-alanine--D-alanine ligase  36.54 
 
 
306 aa  177  2e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00231129  hitchhiker  0.00551648 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2148  D-alanine--D-alanine ligase  34.78 
 
 
314 aa  177  2e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.628633  normal  0.0222251 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00092  hypothetical protein  36.54 
 
 
306 aa  177  2e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.144888  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0098  D-alanine--D-alanine ligase  36.54 
 
 
306 aa  177  2e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699622  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0183  D-alanine--D-alanine ligase  35.67 
 
 
337 aa  177  3e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000736036  normal  0.566039 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0946  D-alanine--D-alanine ligase  37.9 
 
 
318 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.427679  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1339  D-alanine--D-alanine ligase  37.66 
 
 
318 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266833  normal  0.0340242 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0094  D-alanine--D-alanine ligase  36.54 
 
 
306 aa  176  4e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000101829  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0100  D-alanine--D-alanine ligase  36.88 
 
 
306 aa  176  5e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0814155  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  36.24 
 
 
306 aa  176  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1074  D-alanine/D-alanine ligase  38.98 
 
 
302 aa  175  8e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.254672  normal  0.307992 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0097  D-alanine--D-alanine ligase  36.54 
 
 
306 aa  175  9e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00164222  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4385  D-alanine--D-alanine ligase  37.66 
 
 
318 aa  175  9e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0215233  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2266  D-alanine--D-alanine ligase  39.74 
 
 
302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.297566  hitchhiker  0.00504643 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0147  D-alanine--D-alanine ligase  35.91 
 
 
306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000287396  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  35.91 
 
 
306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  0.00000371528 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1155  D-alanine--D-alanine ligase  37.46 
 
 
309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.112058  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0665  D-alanyl-alanine synthetase A  36.22 
 
 
303 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619225  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3778  D-alanine--D-alanine ligase  35.71 
 
 
306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2988  D-alanine--D-alanine ligase  36.28 
 
 
328 aa  173  3.9999999999999995e-42  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13270  D-alanine--D-alanine ligase  38.59 
 
 
315 aa  172  5e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.122637  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  37.5 
 
 
305 aa  172  5.999999999999999e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4982  D-alanine--D-alanine ligase  39.19 
 
 
319 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.380222  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0146  D-alanine--D-alanine ligase  35.57 
 
 
306 aa  172  5.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.302602  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4102  D-alanine--D-alanine ligase  39.94 
 
 
311 aa  172  6.999999999999999e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.422713 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0763  D-alanine--D-alanine ligase  36.58 
 
 
306 aa  172  7.999999999999999e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00284913  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0689  D-alanyl-alanine synthetase A  36.01 
 
 
303 aa  171  1e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000234965  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3774  D-alanine--D-alanine ligase  39.55 
 
 
308 aa  171  2e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0511  D-alanine/D-alanine ligase  37.5 
 
 
305 aa  170  3e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2612  D-alanine--D-alanine ligase  36.31 
 
 
317 aa  170  3e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000431315  unclonable  0.00000000000418412 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3423  D-alanine--D-alanine ligase  35.67 
 
 
346 aa  169  4e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.206359  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0084  D-alanine--D-alanine ligase  33.43 
 
 
340 aa  169  5e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1967  D-alanine--D-alanine ligase  36.98 
 
 
320 aa  168  1e-40  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000254256  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1796  D-alanine--D-alanine ligase  36.7 
 
 
312 aa  168  1e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3887  D-alanine--D-alanine ligase  37.74 
 
 
308 aa  167  2e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0809283  normal  0.435651 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0137  D-alanine/D-alanine ligase  30.94 
 
 
288 aa  167  2e-40  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000588497  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0169  D-alanine--D-alanine ligase  34.49 
 
 
337 aa  167  2e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0022958  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4406  D-alanine--D-alanine ligase  38.51 
 
 
319 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.206514  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4100  D-alanine--D-alanine ligase  38.17 
 
 
319 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.555114 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3415  D-alanine--D-alanine ligase  35.67 
 
 
325 aa  166  4e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0675936  normal  0.934291 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2046  D-alanine--D-alanine ligase  36.66 
 
 
320 aa  166  5e-40  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000802497  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0494  D-alanine--D-alanine ligase  36.49 
 
 
305 aa  166  5e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.922593  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1077  D-alanine--D-alanine ligase  34.91 
 
 
338 aa  166  5e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0742794  normal  0.822876 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57320  D-alanine--D-alanine ligase  38.85 
 
 
319 aa  166  5e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3385  D-alanine--D-alanine ligase  35.23 
 
 
306 aa  166  6.9999999999999995e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0172099  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2916  D-alanine--D-alanine ligase  35.23 
 
 
306 aa  166  6.9999999999999995e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.253667  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3516  D-alanine--D-alanine ligase  35.23 
 
 
306 aa  166  6.9999999999999995e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.730478  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04365  D-alanine--D-alanine ligase  38.59 
 
 
318 aa  165  8e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.628824  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0420  D-alanine/D-alanine ligase  29.81 
 
 
299 aa  165  8e-40  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379989  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0524  D-alanine--D-alanine ligase  36.75 
 
 
329 aa  165  1.0000000000000001e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.860729 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1140  D-alanine--D-alanine ligase  35.71 
 
 
309 aa  164  1.0000000000000001e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000909084  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0924  D-alanine--D-alanine ligase  39.19 
 
 
313 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.783773  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1149  D-alanine--D-alanine ligase  33.12 
 
 
306 aa  165  1.0000000000000001e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.927057  normal  0.917542 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0850  D-alanine--D-alanine ligase  34.82 
 
 
314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.868675  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>