More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_3899 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_3899  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 512 aa  988    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.306952  normal  0.0467716 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2365  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.73 
 
 		 517 aa  447  1.0000000000000001e-124  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000394511  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0646  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.52 
 
 		 546 aa  412  1e-113  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4747  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.84 
 
 		 527 aa  337  2.9999999999999997e-91  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.494659  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4100  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.5 
 
 		 515 aa  265  2e-69  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0908626  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0530  choline dehydrogenase  35.36 
 
 		 570 aa  257  3e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.830173 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37100  putative dehydrogenase  39.33 
 
 		 545 aa  256  7e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0776  choline dehydrogenase  32.77 
 
 		 549 aa  256  9e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0802775 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0102  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.59 
 
 		 518 aa  253  4.0000000000000004e-66  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.97 
 
 		 534 aa  251  2e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0562  choline dehydrogenase  32.7 
 
 		 549 aa  250  5e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.55111 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0889  choline dehydrogenase  32.14 
 
 		 549 aa  250  5e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.62 
 
 		 536 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3020  choline dehydrogenase  33.03 
 
 		 553 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2709  choline dehydrogenase  31.31 
 
 		 549 aa  240  4e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4076  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.67 
 
 		 516 aa  239  1e-61  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00359507  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2310  choline dehydrogenase  33.52 
 
 		 548 aa  237  3e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.568209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0554  choline dehydrogenase  31.97 
 
 		 549 aa  237  4e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1144  choline dehydrogenase  32.34 
 
 		 551 aa  236  7e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2363  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.89 
 
 		 509 aa  236  7e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121084 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2161  choline dehydrogenase  36.06 
 
 		 588 aa  236  9e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0553  choline dehydrogenase  31.78 
 
 		 549 aa  236  1.0000000000000001e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.93918  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0481  choline dehydrogenase  33.46 
 
 		 565 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1882  choline dehydrogenase  32.1 
 
 		 551 aa  235  1.0000000000000001e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3708  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.27 
 
 		 543 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3063  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.21 
 
 		 559 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.924929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3099  choline dehydrogenase  31.46 
 
 		 562 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2634  choline dehydrogenase  31.73 
 
 		 569 aa  231  2e-59  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2688  choline dehydrogenase  31.73 
 
 		 569 aa  231  2e-59  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2458  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.16 
 
 		 554 aa  232  2e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.144677  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1543  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.5 
 
 		 530 aa  230  4e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0856  choline dehydrogenase  32.52 
 
 		 548 aa  230  4e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2822  choline dehydrogenase  33.33 
 
 		 551 aa  230  4e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6157  choline dehydrogenase  33.7 
 
 		 561 aa  230  6e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.103614  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2184  choline dehydrogenase  32.33 
 
 		 548 aa  229  1e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0130  choline dehydrogenase  32.56 
 
 		 547 aa  228  1e-58  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000000105235  normal  0.777409 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1515  choline dehydrogenase  32.1 
 
 		 555 aa  228  2e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.307618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6705  choline dehydrogenase  38.43 
 
 		 516 aa  228  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0425945 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3910  Choline dehydrogenase  36.21 
 
 		 531 aa  228  3e-58  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1582  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.69 
 
 		 533 aa  227  4e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6326  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.69 
 
 		 554 aa  226  8e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70940  choline dehydrogenase  33.52 
 
 		 561 aa  226  8e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.512014 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5064  choline dehydrogenase  32.72 
 
 		 565 aa  225  2e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.193049  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3295  choline dehydrogenase  31.61 
 
 		 556 aa  224  3e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3312  choline dehydrogenase  31.61 
 
 		 556 aa  224  3e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0370  choline dehydrogenase  31.41 
 
 		 556 aa  224  3e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0326  choline dehydrogenase  31.41 
 
 		 556 aa  224  3e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1624  choline dehydrogenase  33.98 
 
 		 558 aa  224  3e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.529123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3611  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.06 
 
 		 534 aa  224  3e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00267  choline dehydrogenase  31.61 
 
 		 556 aa  224  4e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1514  choline dehydrogenase  30.87 
 
 		 560 aa  223  4e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0264792  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00270  hypothetical protein  31.61 
 
 		 556 aa  224  4e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1639  choline dehydrogenase  34.3 
 
 		 558 aa  223  4.9999999999999996e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.58518 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5115  choline dehydrogenase  33.09 
 
 		 565 aa  223  6e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.179508  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5834  choline dehydrogenase  32.65 
 
 		 577 aa  223  6e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0373  choline dehydrogenase  31.41 
 
 		 562 aa  223  6e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.868243  normal  0.338212 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4937  choline dehydrogenase  32.23 
 
 		 565 aa  223  7e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3726  choline dehydrogenase  32.94 
 
 		 567 aa  223  7e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.191041  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10850  putative dehydrogenase  32.71 
 
 		 559 aa  223  9e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000202363  normal  0.801894 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1710  choline dehydrogenase  34.91 
 
 		 561 aa  222  9.999999999999999e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0401  choline dehydrogenase  32.23 
 
 		 563 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.726855 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1258  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.33 
 
 		 571 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.564674  decreased coverage  0.00861873 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1213  putative alcohol dehydrogenase (acceptor)  33.33 
 
 		 534 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2072  choline dehydrogenase  29.43 
 
 		 562 aa  221  1.9999999999999999e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2554  choline dehydrogenase  31.23 
 
 		 559 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0102453  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.9 
 
 		 546 aa  221  1.9999999999999999e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0991  choline dehydrogenase  32.96 
 
 		 552 aa  221  1.9999999999999999e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0436021  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1031  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.4 
 
 		 539 aa  221  1.9999999999999999e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1032  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.08 
 
 		 476 aa  221  3e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0392411  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0342  choline dehydrogenase  31.42 
 
 		 562 aa  221  3e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.87 
 
 		 577 aa  221  3e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713026  normal  0.534597 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1022  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.08 
 
 		 476 aa  221  3e-56  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.980314  normal  0.873475 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1072  choline dehydrogenase  33.09 
 
 		 565 aa  221  3e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00240234  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3595  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.98 
 
 		 549 aa  221  3e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3226  choline dehydrogenase  33.59 
 
 		 556 aa  221  3e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.191345 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3854  choline dehydrogenase  35.16 
 
 		 546 aa  220  5e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.131347  hitchhiker  0.00687272 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1832  choline dehydrogenase  31.91 
 
 		 560 aa  220  5e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.287087  normal  0.448798 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5244  choline dehydrogenase  32.29 
 
 		 567 aa  219  6e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.80037  normal  0.0658003 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0084  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.1 
 
 		 561 aa  219  6e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.87 
 
 		 578 aa  219  7e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.111773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0073  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.59 
 
 		 561 aa  219  7e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0728  choline dehydrogenase  31.73 
 
 		 566 aa  219  7.999999999999999e-56  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1005  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.96 
 
 		 503 aa  219  8.999999999999998e-56  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.374818  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0100  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.23 
 
 		 561 aa  219  1e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2917  choline dehydrogenase  31.19 
 
 		 567 aa  218  1e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.80885  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2831  choline dehydrogenase  31.19 
 
 		 567 aa  218  1e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.121193  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1334  choline dehydrogenase  30.65 
 
 		 560 aa  218  2e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2044  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.57 
 
 		 562 aa  218  2e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.544058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1896  choline dehydrogenase  32.1 
 
 		 550 aa  218  2e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.338897 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2379  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.91 
 
 		 571 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  30.4 
 
 		 574 aa  217  2.9999999999999998e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4867  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.28 
 
 		 560 aa  218  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.348286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06179  choline dehydrogenase  30.5 
 
 		 569 aa  217  5e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3840  choline dehydrogenase  31.17 
 
 		 561 aa  216  5.9999999999999996e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0996  alcohol dehydrogenase  32.53 
 
 		 559 aa  216  7e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.54 
 
 		 529 aa  216  8e-55  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4293  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.18 
 
 		 567 aa  216  8e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.485972  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1592  choline dehydrogenase  31.74 
 
 		 561 aa  216  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.860333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2973  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.87 
 
 		 578 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.87 
 
 		 578 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>