More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0223 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_0223  DEAD/DEAH box helicase domain protein  100 
 
 
505 aa  995    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.295607 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1589  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  72.58 
 
 
609 aa  624  1e-177  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0179  DEAD/DEAH box helicase  68.63 
 
 
679 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.970165  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3218  DEAD/DEAH box helicase-like  68.92 
 
 
691 aa  604  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4525  DEAD/DEAH box helicase domain protein  66.25 
 
 
691 aa  600  1e-170  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4667  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  72.08 
 
 
545 aa  596  1e-169  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.528462  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1386  DEAD/DEAH box helicase  70.21 
 
 
677 aa  595  1e-169  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0876  DEAD/DEAH box helicase-like  68.98 
 
 
659 aa  592  1e-168  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4914  DEAD/DEAH box helicase domain protein  64.86 
 
 
568 aa  582  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2928  DEAD/DEAH box helicase domain protein  70.25 
 
 
545 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0260  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  67.34 
 
 
577 aa  578  1e-164  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4450  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  64.66 
 
 
568 aa  580  1e-164  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.181916 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4919  putative DEAD-box cold-shock protein, ATP-independent RNA helicase  67.83 
 
 
656 aa  578  1e-164  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.730754  normal  0.525378 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3396  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  68.56 
 
 
583 aa  575  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.112042 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4964  DEAD/DEAH box helicase domain protein  65.49 
 
 
567 aa  566  1e-160  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.323707  normal  0.0708927 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2184  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  63.91 
 
 
776 aa  550  1e-155  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.383881 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  65.61 
 
 
593 aa  536  1e-151  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.172046 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1844  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  62.82 
 
 
574 aa  521  1e-146  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.360564  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1826  DEAD/DEAH box helicase domain protein  57.76 
 
 
659 aa  517  1.0000000000000001e-145  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00351087 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2023  DEAD/DEAH box helicase domain protein  57.14 
 
 
651 aa  513  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.995582  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1119  DEAD/DEAH box helicase domain protein  59.65 
 
 
596 aa  509  1e-143  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.538016 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0067  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.23 
 
 
626 aa  509  1e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.237297  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2584  DEAD/DEAH box helicase-like  61.43 
 
 
590 aa  493  9.999999999999999e-139  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.780763  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1832  DEAD/DEAH box helicase-like protein  58.8 
 
 
610 aa  494  9.999999999999999e-139  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00214348  normal  0.596692 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0138  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.05 
 
 
644 aa  490  1e-137  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.113541  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0120  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  59.81 
 
 
626 aa  491  1e-137  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.352683  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0124  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  59.58 
 
 
626 aa  488  1e-136  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.232236  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2871  cold-shock dead-box protein A  59.35 
 
 
673 aa  488  1e-136  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.975529  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0900  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.45 
 
 
787 aa  487  1e-136  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00172468  normal  0.0499652 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4366  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  61.58 
 
 
687 aa  480  1e-134  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2893  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.45 
 
 
764 aa  480  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1485  ATP-dependent RNA helicase  60.86 
 
 
602 aa  480  1e-134  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16789  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0135  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.86 
 
 
793 aa  481  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.776582  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0850  DEAD/DEAH box helicase domain protein  59.19 
 
 
730 aa  473  1e-132  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00336665  normal  0.272992 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1574  DEAD/DEAH box helicase-like  57.61 
 
 
706 aa  468  1.0000000000000001e-131  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.226882  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2913  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.91 
 
 
585 aa  468  9.999999999999999e-131  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.898805  normal  0.138469 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0590  DEAD/DEAH box helicase-like  58.88 
 
 
710 aa  457  1e-127  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00331406 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3142  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.32 
 
 
565 aa  442  1e-123  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3243  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.32 
 
 
565 aa  441  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.629149  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3044  DEAD/DEAH box helicase-like  56.61 
 
 
565 aa  433  1e-120  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4213  DEAD/DEAH box helicase-like  70.21 
 
 
340 aa  392  1e-108  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.985867  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0508  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.5 
 
 
558 aa  264  3e-69  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000225477  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2467  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.47 
 
 
487 aa  264  4e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.554014  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0250  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.95 
 
 
643 aa  261  1e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.173354  decreased coverage  0.00154512 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3818  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41 
 
 
527 aa  258  2e-67  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00215503  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1921  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.39 
 
 
532 aa  257  3e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000118371  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1760  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42 
 
 
527 aa  256  5e-67  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1598  ATP-dependent RNA helicase (cold-shock DEAD-box protein A)  42.12 
 
 
580 aa  256  8e-67  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.602418 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2488  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.08 
 
 
565 aa  255  1.0000000000000001e-66  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000211561  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2292  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.68 
 
 
482 aa  254  3e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.229861  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3118  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.86 
 
 
530 aa  254  3e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4034  ATP-dependent RNA helicase DeaD  39.71 
 
 
623 aa  254  4.0000000000000004e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0396  superfamily II DNA/RNA helicase  38.8 
 
 
551 aa  254  4.0000000000000004e-66  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0649  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.43 
 
 
532 aa  253  5.000000000000001e-66  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05480  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.01 
 
 
527 aa  253  8.000000000000001e-66  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.00000000000000471221  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0202  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.02 
 
 
590 aa  252  1e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.940477  normal  0.073291 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0512  ATP-dependent RNA helicase DeaD  40.17 
 
 
637 aa  250  4e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.782929 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0528  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.71 
 
 
622 aa  250  4e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.95 
 
 
514 aa  250  5e-65  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0265  superfamily II DNA/RNA helicase  37.3 
 
 
485 aa  249  6e-65  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0423  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.53 
 
 
550 aa  249  7e-65  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109819  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3424  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.71 
 
 
622 aa  249  7e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2820  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41 
 
 
556 aa  249  8e-65  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00179058  normal  0.0521879 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.71 
 
 
619 aa  249  8e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0368  ATP-independent RNA helicase  39.95 
 
 
561 aa  249  1e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5212  ATP-dependent RNA helicase DbpA  44.35 
 
 
476 aa  249  1e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0371  hypothetical protein  34.43 
 
 
656 aa  248  1e-64  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1040  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.22 
 
 
550 aa  248  2e-64  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1397  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.91 
 
 
533 aa  248  2e-64  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.796672  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3577  ATP-dependent RNA helicase DbpA  43.11 
 
 
473 aa  248  2e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1897  ATP-dependent RNA helicase  36.24 
 
 
530 aa  248  2e-64  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4969  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.89 
 
 
584 aa  247  3e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.465149  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0636  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.41 
 
 
605 aa  248  3e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0593463 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1440  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  41.28 
 
 
562 aa  247  3e-64  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.706802  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1305  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.4 
 
 
602 aa  248  3e-64  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1083  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.81 
 
 
536 aa  247  3e-64  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2815  DEAD/DEAH box helicase  43.53 
 
 
533 aa  247  4e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.386188  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0566  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.41 
 
 
623 aa  247  4e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2746  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.69 
 
 
678 aa  247  4e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.633229  normal  0.123801 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0583  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.84 
 
 
640 aa  246  6.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0577  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.84 
 
 
640 aa  246  6.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0430169 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.84 
 
 
640 aa  246  6.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0552  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.84 
 
 
640 aa  246  6.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3753  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.06 
 
 
908 aa  246  8e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.237591  normal  0.30492 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1365  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.11 
 
 
529 aa  245  9.999999999999999e-64  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0637  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.84 
 
 
640 aa  245  9.999999999999999e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0152  DEAD/DEAH box helicase-like  36.67 
 
 
572 aa  245  9.999999999999999e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3034  ATP-dependent RNA helicase DeaD  36.6 
 
 
595 aa  245  9.999999999999999e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000047314  decreased coverage  0.00000137402 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3714  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.36 
 
 
634 aa  246  9.999999999999999e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00250632  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2144  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.11 
 
 
560 aa  245  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.101709  normal  0.616746 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4254  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.97 
 
 
611 aa  245  1.9999999999999999e-63  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.214353  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3317  DEAD/DEAH box helicase-like protein  35.45 
 
 
611 aa  244  3e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.289713  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0531  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41 
 
 
599 aa  244  3e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4245  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.87 
 
 
477 aa  243  3.9999999999999997e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.694527 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0489  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.27 
 
 
469 aa  244  3.9999999999999997e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1129  ATP-dependent RNA helicase DbpA  41.43 
 
 
466 aa  243  6e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.965871  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0328  cold-shock inducible ATP-independent RNA helicase  36.95 
 
 
583 aa  243  6e-63  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011259  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3705  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.27 
 
 
469 aa  243  7.999999999999999e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0825839  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.53 
 
 
610 aa  242  9e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00643169 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3020  ATP-dependent RNA helicase DbpA  41.53 
 
 
465 aa  243  9e-63  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.93907  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>