More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4919 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010338  Caul_2184  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.72 
 
 
776 aa  644    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.383881 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1386  DEAD/DEAH box helicase  63.57 
 
 
677 aa  671    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0179  DEAD/DEAH box helicase  68.43 
 
 
679 aa  827    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.970165  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4525  DEAD/DEAH box helicase domain protein  70.89 
 
 
691 aa  835    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0876  DEAD/DEAH box helicase-like  72.73 
 
 
659 aa  866    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3218  DEAD/DEAH box helicase-like  76.4 
 
 
691 aa  840    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3396  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.78 
 
 
583 aa  637    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.112042 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1589  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.41 
 
 
609 aa  695    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2928  DEAD/DEAH box helicase domain protein  62.08 
 
 
545 aa  640    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4919  putative DEAD-box cold-shock protein, ATP-independent RNA helicase  100 
 
 
656 aa  1313    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.730754  normal  0.525378 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4667  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  64.22 
 
 
545 aa  662    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.528462  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4450  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  62.06 
 
 
568 aa  630  1e-179  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.181916 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4914  DEAD/DEAH box helicase domain protein  61.87 
 
 
568 aa  627  1e-178  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0260  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.65 
 
 
577 aa  628  1e-178  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4964  DEAD/DEAH box helicase domain protein  61.2 
 
 
567 aa  622  1e-177  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.323707  normal  0.0708927 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1826  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.69 
 
 
659 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00351087 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2023  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.52 
 
 
651 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.995582  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1119  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.31 
 
 
596 aa  600  1e-170  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.538016 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.9 
 
 
593 aa  585  1e-166  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.172046 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1832  DEAD/DEAH box helicase-like protein  56.52 
 
 
610 aa  587  1e-166  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00214348  normal  0.596692 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0067  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.95 
 
 
626 aa  587  1e-166  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.237297  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1844  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.98 
 
 
574 aa  576  1.0000000000000001e-163  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.360564  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2871  cold-shock dead-box protein A  55.89 
 
 
673 aa  569  1e-161  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.975529  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0900  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.46 
 
 
787 aa  569  1e-161  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00172468  normal  0.0499652 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0223  DEAD/DEAH box helicase domain protein  69.86 
 
 
505 aa  568  1e-160  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.295607 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2584  DEAD/DEAH box helicase-like  52.66 
 
 
590 aa  561  1e-158  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.780763  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0138  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.34 
 
 
644 aa  549  1e-155  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.113541  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2893  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.68 
 
 
764 aa  543  1e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0120  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  53.49 
 
 
626 aa  540  9.999999999999999e-153  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.352683  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0124  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  53.31 
 
 
626 aa  537  1e-151  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.232236  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0135  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.74 
 
 
793 aa  535  1e-151  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.776582  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0590  DEAD/DEAH box helicase-like  48.21 
 
 
710 aa  533  1e-150  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00331406 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1574  DEAD/DEAH box helicase-like  51.45 
 
 
706 aa  523  1e-147  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.226882  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2913  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.3 
 
 
585 aa  521  1e-146  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.898805  normal  0.138469 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4366  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.29 
 
 
687 aa  521  1e-146  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0850  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.66 
 
 
730 aa  511  1e-143  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00336665  normal  0.272992 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1485  ATP-dependent RNA helicase  55.89 
 
 
602 aa  508  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16789  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3142  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.45 
 
 
565 aa  494  9.999999999999999e-139  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3243  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.45 
 
 
565 aa  494  9.999999999999999e-139  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.629149  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3044  DEAD/DEAH box helicase-like  53.09 
 
 
565 aa  494  9.999999999999999e-139  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4213  DEAD/DEAH box helicase-like  83.69 
 
 
340 aa  478  1e-133  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.985867  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0508  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.45 
 
 
558 aa  292  1e-77  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000225477  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3724  ATP-dependent RNA helicase DeaD  35.36 
 
 
664 aa  277  4e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3590  ATP-dependent RNA helicase DeaD  35.36 
 
 
664 aa  276  6e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4001  ATP-dependent RNA helicase DeaD  35.36 
 
 
664 aa  276  6e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28600  DNA/RNA helicase, superfamily II  35.58 
 
 
570 aa  260  4e-68  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.219312 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1397  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.77 
 
 
533 aa  261  4e-68  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.796672  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1921  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.28 
 
 
532 aa  260  5.0000000000000005e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000118371  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09651  putative ATP-dependent RNA helicase  35.65 
 
 
636 aa  259  1e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.71 
 
 
514 aa  259  1e-67  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1443  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.94 
 
 
560 aa  259  1e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.31662  normal  0.276111 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1868  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  35.19 
 
 
559 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0935982  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3847  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.19 
 
 
559 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.460611  normal  0.310213 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3818  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.21 
 
 
527 aa  258  2e-67  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00215503  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3987  DEAD/DEAH box helicase-like  35.87 
 
 
557 aa  257  6e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3619  helicase, C-terminal:DbpA, RNA-binding:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  35.17 
 
 
557 aa  256  7e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.219568 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3459  ATP-dependent RNA helicase DeaD  33.46 
 
 
624 aa  256  9e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.319039  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0704  ATP-dependent RNA helicase  34.28 
 
 
601 aa  256  9e-67  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1477  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.51 
 
 
559 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.682084  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0814  ATP-dependent RNA helicase DeaD  33.58 
 
 
632 aa  255  2.0000000000000002e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0212558  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1775  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family  34.19 
 
 
562 aa  254  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1650  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  36.84 
 
 
528 aa  253  9.000000000000001e-66  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.00000109109  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1389  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  36.84 
 
 
528 aa  253  9.000000000000001e-66  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  0.0000000667125  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3753  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.41 
 
 
908 aa  253  9.000000000000001e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.237591  normal  0.30492 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1648  DEAD/DEAH box helicase-like  39.39 
 
 
607 aa  253  1e-65  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2250  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.64 
 
 
574 aa  252  2e-65  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.460178  normal  0.714612 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0202  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.04 
 
 
590 aa  252  2e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.940477  normal  0.073291 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4969  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.79 
 
 
584 aa  251  2e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.465149  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0495  ATP-dependent RNA helicase DeaD  33.7 
 
 
653 aa  252  2e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.148315  normal  0.959969 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0512  ATP-dependent RNA helicase DeaD  34.07 
 
 
637 aa  252  2e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.782929 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0250  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.21 
 
 
643 aa  251  4e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.173354  decreased coverage  0.00154512 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2267  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.5 
 
 
561 aa  251  4e-65  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2544  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.84 
 
 
680 aa  250  5e-65  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.711022  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4245  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.03 
 
 
477 aa  250  5e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.694527 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0368  ATP-independent RNA helicase  36.04 
 
 
561 aa  250  6e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3340  ATP-dependent RNA helicase DeaD  33.4 
 
 
621 aa  250  7e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0591  ATP-dependent RNA helicase DeaD  33.46 
 
 
625 aa  249  8e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0636  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.17 
 
 
571 aa  249  1e-64  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0067613  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0636  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.03 
 
 
605 aa  248  2e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0593463 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1365  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.58 
 
 
529 aa  248  2e-64  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1139  DEAD/DEAH box helicase-like protein  35.07 
 
 
568 aa  248  3e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03693  ATP-dependent RNA helicase  33.71 
 
 
589 aa  248  3e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0637  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.24 
 
 
640 aa  247  4e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0528  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32 
 
 
622 aa  247  4e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0577  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.24 
 
 
640 aa  247  4e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0430169 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0531  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.64 
 
 
599 aa  247  6e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2144  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.35 
 
 
560 aa  247  6e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.101709  normal  0.616746 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3424  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32 
 
 
622 aa  246  6e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3599  ATP-dependent RNA helicase DeaD  40.22 
 
 
655 aa  246  6.999999999999999e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00604869 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1305  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.94 
 
 
602 aa  246  8e-64  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0583  DEAD/DEAH box helicase domain protein  30.77 
 
 
640 aa  246  8e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0552  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.77 
 
 
640 aa  246  8e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.77 
 
 
640 aa  246  8e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3536  ATP-dependent RNA helicase DeaD  33.9 
 
 
629 aa  246  9e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0589  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family  33.33 
 
 
617 aa  246  9.999999999999999e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.159875  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00762  ATP-dependent RNA helicase DbpA  42.43 
 
 
459 aa  246  9.999999999999999e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0566  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.57 
 
 
623 aa  246  9.999999999999999e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3467  ATP-dependent RNA helicase DeaD  33.9 
 
 
629 aa  246  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3573  ATP-dependent RNA helicase DeaD  33.9 
 
 
629 aa  246  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3467  ATP-dependent RNA helicase DeaD  33.9 
 
 
629 aa  246  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>