More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4213 on replicon NC_007959
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007959  Nham_4213  DEAD/DEAH box helicase-like  100 
 
 		 340 aa  689    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.985867  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4919  putative DEAD-box cold-shock protein, ATP-independent RNA helicase  83.69 
 
 		 656 aa  478  1e-134  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.730754  normal  0.525378 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0876  DEAD/DEAH box helicase-like  83.69 
 
 		 659 aa  474  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3218  DEAD/DEAH box helicase-like  82.27 
 
 		 691 aa  458  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4525  DEAD/DEAH box helicase domain protein  80.14 
 
 		 691 aa  443  1e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0179  DEAD/DEAH box helicase  79.43 
 
 		 679 aa  441  1e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.970165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1589  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  72.66 
 
 		 609 aa  403  1e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0223  DEAD/DEAH box helicase domain protein  63.44 
 
 		 505 aa  387  1e-106  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.295607 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1386  DEAD/DEAH box helicase  70.8 
 
 		 677 aa  379  1e-104  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4667  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  69.5 
 
 		 545 aa  376  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.528462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4914  DEAD/DEAH box helicase domain protein  65.96 
 
 		 568 aa  369  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4450  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  66.31 
 
 		 568 aa  371  1e-101  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.181916 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4964  DEAD/DEAH box helicase domain protein  68.09 
 
 		 567 aa  368  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.323707  normal  0.0708927 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2184  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  65.96 
 
 		 776 aa  366  1e-100  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.383881 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2928  DEAD/DEAH box helicase domain protein  66.67 
 
 		 545 aa  362  6e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3396  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  65.96 
 
 		 583 aa  359  4e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.112042 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  64.89 
 
 		 593 aa  356  2.9999999999999997e-97  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.172046 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0260  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  64.56 
 
 		 577 aa  353  2e-96  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1119  DEAD/DEAH box helicase domain protein  63.03 
 
 		 596 aa  348  1e-94  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.538016 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0067  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  62.18 
 
 		 626 aa  340  2e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.237297  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0900  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.57 
 
 		 787 aa  335  7.999999999999999e-91  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00172468  normal  0.0499652 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1844  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  62.77 
 
 		 574 aa  334  2e-90  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.360564  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1826  DEAD/DEAH box helicase domain protein  61.09 
 
 		 659 aa  331  1e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00351087 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2023  DEAD/DEAH box helicase domain protein  61.09 
 
 		 651 aa  330  3e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.995582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2584  DEAD/DEAH box helicase-like  60.28 
 
 		 590 aa  327  2.0000000000000001e-88  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.780763  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0135  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  62.41 
 
 		 793 aa  324  1e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.776582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1485  ATP-dependent RNA helicase  62.41 
 
 		 602 aa  323  3e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16789  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2893  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  61.28 
 
 		 764 aa  322  5e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1832  DEAD/DEAH box helicase-like protein  60.07 
 
 		 610 aa  319  5e-86  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00214348  normal  0.596692 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2871  cold-shock dead-box protein A  59.27 
 
 		 673 aa  317  1e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.975529  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0138  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.6 
 
 		 644 aa  316  4e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.113541  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2913  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  61.37 
 
 		 585 aa  313  3.9999999999999997e-84  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.898805  normal  0.138469 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0120  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  56.54 
 
 		 626 aa  310  2e-83  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.352683  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1574  DEAD/DEAH box helicase-like  58.97 
 
 		 706 aa  307  1.0000000000000001e-82  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.226882  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0124  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  56.18 
 
 		 626 aa  307  2.0000000000000002e-82  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.232236  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0590  DEAD/DEAH box helicase-like  57.54 
 
 		 710 aa  302  4.0000000000000003e-81  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00331406 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4366  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.27 
 
 		 687 aa  300  2e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0850  DEAD/DEAH box helicase domain protein  57.3 
 
 		 730 aa  294  1e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00336665  normal  0.272992 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3044  DEAD/DEAH box helicase-like  59.21 
 
 		 565 aa  294  1e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3243  DEAD/DEAH box helicase domain protein  59.57 
 
 		 565 aa  293  3e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.629149  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3142  DEAD/DEAH box helicase domain protein  59.57 
 
 		 565 aa  293  3e-78  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0508  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.7 
 
 		 558 aa  203  4e-51  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000225477  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3705  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.35 
 
 		 469 aa  192  9e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0825839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0489  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.35 
 
 		 469 aa  191  2e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05480  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.68 
 
 		 527 aa  189  4e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.00000000000000471221  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0649  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.63 
 
 		 532 aa  190  4e-47  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1397  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.08 
 
 		 533 aa  189  5.999999999999999e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.796672  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3818  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.91 
 
 		 527 aa  188  1e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00215503  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0636  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.99 
 
 		 605 aa  187  2e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0593463 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0566  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.77 
 
 		 623 aa  186  6e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0650  ATP-dependent RNA helicase DbpA  41.64 
 
 		 468 aa  186  7e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2467  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.35 
 
 		 487 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.554014  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1365  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.36 
 
 		 529 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1083  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.59 
 
 		 536 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3577  ATP-dependent RNA helicase DbpA  42.09 
 
 		 473 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0531  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.99 
 
 		 599 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1040  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.71 
 
 		 550 aa  183  3e-45  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.63 
 
 		 610 aa  184  3e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00643169 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5212  ATP-dependent RNA helicase DbpA  42.24 
 
 		 476 aa  183  4.0000000000000006e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1598  ATP-dependent RNA helicase (cold-shock DEAD-box protein A)  38.77 
 
 		 580 aa  183  4.0000000000000006e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.602418 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09651  putative ATP-dependent RNA helicase  38.63 
 
 		 636 aa  182  6e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3020  ATP-dependent RNA helicase DbpA  40.58 
 
 		 465 aa  182  6e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.93907  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00762  ATP-dependent RNA helicase DbpA  39.43 
 
 		 459 aa  182  7e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001711  ATP-dependent RNA helicase DbpA  39.43 
 
 		 459 aa  182  7e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.177181  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4245  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.94 
 
 		 477 aa  182  9.000000000000001e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.694527 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0371  hypothetical protein  36.59 
 
 		 656 aa  182  1e-44  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2488  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.94 
 
 		 565 aa  181  1e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000211561  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1129  ATP-dependent RNA helicase DbpA  39.5 
 
 		 466 aa  181  1e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.965871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.09 
 
 		 514 aa  182  1e-44  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3424  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.32 
 
 		 622 aa  181  2e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0528  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.32 
 
 		 622 aa  181  2e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.32 
 
 		 619 aa  181  2e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4034  ATP-dependent RNA helicase DeaD  37.32 
 
 		 623 aa  180  4e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1648  DEAD/DEAH box helicase-like  39.57 
 
 		 607 aa  179  4e-44  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4436  ATP-dependent RNA helicase DbpA  40.14 
 
 		 467 aa  180  4e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0030  ATP-dependent RNA helicase DbpA  40.49 
 
 		 467 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1394  ATP-dependent RNA helicase DbpA  38.32 
 
 		 474 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4994  ATP-dependent RNA helicase DbpA  40.57 
 
 		 465 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.317597  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4313  ATP-dependent RNA helicase DbpA  40.57 
 
 		 465 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393352  hitchhiker  0.00000166759 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1760  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.41 
 
 		 527 aa  179  7e-44  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0189  ATP-dependent RNA helicase DbpA  38.63 
 
 		 460 aa  178  1e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4969  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.1 
 
 		 584 aa  178  1e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.465149  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0250  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.87 
 
 		 643 aa  178  1e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.173354  decreased coverage  0.00154512 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0924  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.35 
 
 		 599 aa  177  2e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  38.93 
 
 		 590 aa  177  2e-43  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.795312  normal  0.95213 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3118  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.35 
 
 		 530 aa  177  2e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1854  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.99 
 
 		 610 aa  177  2e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0512  ATP-dependent RNA helicase DeaD  39.05 
 
 		 637 aa  177  2e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.782929 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0636  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.02 
 
 		 571 aa  177  3e-43  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0067613  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0637  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.59 
 
 		 640 aa  177  3e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1305  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.82 
 
 		 602 aa  177  3e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28600  DNA/RNA helicase, superfamily II  39.58 
 
 		 570 aa  177  3e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.219312 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1774  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.35 
 
 		 589 aa  177  3e-43  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0368  ATP-independent RNA helicase  40.21 
 
 		 561 aa  176  4e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0423  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40 
 
 		 550 aa  176  4e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109819  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2267  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.64 
 
 		 561 aa  176  4e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0552  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.23 
 
 		 640 aa  176  5e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0583  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.23 
 
 		 640 aa  176  5e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.23 
 
 		 640 aa  176  5e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0013  ATP-dependent RNA helicase DbpA  38.73 
 
 		 463 aa  176  6e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.12565 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>