More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2871 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_0135  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  61.08 
 
 
793 aa  644    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.776582  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1826  DEAD/DEAH box helicase domain protein  65.81 
 
 
659 aa  850    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00351087 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2023  DEAD/DEAH box helicase domain protein  65.05 
 
 
651 aa  854    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.995582  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1574  DEAD/DEAH box helicase-like  59.96 
 
 
706 aa  643    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.226882  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0850  DEAD/DEAH box helicase domain protein  57.4 
 
 
730 aa  650    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00336665  normal  0.272992 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0590  DEAD/DEAH box helicase-like  53.03 
 
 
710 aa  657    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00331406 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0900  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.38 
 
 
787 aa  645    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00172468  normal  0.0499652 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0067  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  64.2 
 
 
626 aa  801    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.237297  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2871  cold-shock dead-box protein A  100 
 
 
673 aa  1372    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.975529  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2893  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.91 
 
 
764 aa  654    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4366  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.99 
 
 
687 aa  630  1e-179  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1485  ATP-dependent RNA helicase  64.51 
 
 
602 aa  593  1e-168  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16789  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0120  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  52.86 
 
 
626 aa  590  1e-167  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.352683  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1589  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.74 
 
 
609 aa  585  1e-166  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0124  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  52.69 
 
 
626 aa  587  1e-166  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.232236  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0138  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.96 
 
 
644 aa  586  1e-166  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.113541  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.52 
 
 
593 aa  588  1e-166  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.172046 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4667  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.33 
 
 
545 aa  582  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.528462  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2184  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.43 
 
 
776 aa  583  1.0000000000000001e-165  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.383881 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2928  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.31 
 
 
545 aa  573  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1119  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.12 
 
 
596 aa  574  1.0000000000000001e-162  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.538016 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0179  DEAD/DEAH box helicase  54.41 
 
 
679 aa  559  1e-158  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.970165  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4919  putative DEAD-box cold-shock protein, ATP-independent RNA helicase  56.36 
 
 
656 aa  556  1e-157  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.730754  normal  0.525378 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1386  DEAD/DEAH box helicase  47.77 
 
 
677 aa  555  1e-157  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0876  DEAD/DEAH box helicase-like  48.22 
 
 
659 aa  550  1e-155  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1844  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.83 
 
 
574 aa  548  1e-154  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.360564  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4525  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.44 
 
 
691 aa  546  1e-154  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2584  DEAD/DEAH box helicase-like  54.17 
 
 
590 aa  547  1e-154  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.780763  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3218  DEAD/DEAH box helicase-like  54.46 
 
 
691 aa  546  1e-154  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3396  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.26 
 
 
583 aa  541  9.999999999999999e-153  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.112042 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1832  DEAD/DEAH box helicase-like protein  49.57 
 
 
610 aa  541  9.999999999999999e-153  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00214348  normal  0.596692 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4450  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.82 
 
 
568 aa  526  1e-148  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.181916 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4914  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.62 
 
 
568 aa  523  1e-147  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0260  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.7 
 
 
577 aa  520  1e-146  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4964  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.89 
 
 
567 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.323707  normal  0.0708927 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2913  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.05 
 
 
585 aa  504  1e-141  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.898805  normal  0.138469 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0223  DEAD/DEAH box helicase domain protein  62.25 
 
 
505 aa  476  1e-133  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.295607 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3044  DEAD/DEAH box helicase-like  50.39 
 
 
565 aa  458  1e-127  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3243  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.22 
 
 
565 aa  451  1e-125  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.629149  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3142  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.22 
 
 
565 aa  451  1e-125  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4213  DEAD/DEAH box helicase-like  59.27 
 
 
340 aa  318  3e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.985867  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0508  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.5 
 
 
558 aa  283  8.000000000000001e-75  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000225477  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3818  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.85 
 
 
527 aa  278  2e-73  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00215503  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1182  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.41 
 
 
541 aa  268  2e-70  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00431867  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0456  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.36 
 
 
546 aa  266  1e-69  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.441946  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1629  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.46 
 
 
538 aa  266  1e-69  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.343673  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05480  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.14 
 
 
527 aa  265  3e-69  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.00000000000000471221  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0650  ATP-dependent RNA helicase DbpA  41.76 
 
 
468 aa  263  4.999999999999999e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.88 
 
 
546 aa  261  3e-68  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.661924  normal  0.15207 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0649  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.24 
 
 
532 aa  260  5.0000000000000005e-68  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3577  ATP-dependent RNA helicase DbpA  40.93 
 
 
473 aa  259  1e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2820  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.37 
 
 
556 aa  259  1e-67  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00179058  normal  0.0521879 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2125  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.46 
 
 
531 aa  258  2e-67  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2746  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.4 
 
 
678 aa  258  3e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.633229  normal  0.123801 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0430  ATP-dependent RNA helicase DeaD  34.48 
 
 
663 aa  257  5e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0524797  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0528  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.17 
 
 
622 aa  257  5e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28600  DNA/RNA helicase, superfamily II  33.09 
 
 
570 aa  257  6e-67  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.219312 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1921  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.66 
 
 
532 aa  257  6e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000118371  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0396  superfamily II DNA/RNA helicase  37.28 
 
 
551 aa  257  6e-67  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.16 
 
 
619 aa  257  6e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0244  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.28 
 
 
498 aa  256  1.0000000000000001e-66  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0681922  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3424  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.17 
 
 
622 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0250  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.53 
 
 
643 aa  254  3e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.173354  decreased coverage  0.00154512 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0666  DEAD/DEAH box helicase domain protein  31.81 
 
 
625 aa  254  3e-66  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.477317  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3389  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.29 
 
 
590 aa  254  3e-66  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1688  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  33.71 
 
 
509 aa  254  5.000000000000001e-66  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.279594  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1046  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35 
 
 
627 aa  254  5.000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.835563  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0291  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.31 
 
 
577 aa  253  8.000000000000001e-66  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.279788 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0371  hypothetical protein  31.76 
 
 
656 aa  253  9.000000000000001e-66  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1816  DEAD/DEAH box helicase-like  33.08 
 
 
531 aa  252  1e-65  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1643  superfamily II DNA/RNA helicase  38.68 
 
 
521 aa  252  1e-65  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000605464  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2156  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.48 
 
 
506 aa  251  2e-65  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00000532471  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2118  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.48 
 
 
506 aa  251  2e-65  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000739492  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1725  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.8 
 
 
595 aa  251  2e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0636  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.76 
 
 
571 aa  252  2e-65  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0067613  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.42 
 
 
514 aa  251  3e-65  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0423  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.33 
 
 
550 aa  250  7e-65  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109819  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1397  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.65 
 
 
533 aa  250  7e-65  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.796672  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2752  DEAD/DEAH box helicase domain protein  31.68 
 
 
694 aa  249  8e-65  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0117058 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0583  DEAD/DEAH box helicase domain protein  30.17 
 
 
640 aa  249  1e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4245  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.67 
 
 
477 aa  249  1e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.694527 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0637  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.17 
 
 
640 aa  249  1e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.17 
 
 
640 aa  249  1e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0552  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.17 
 
 
640 aa  249  1e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0439  cold-shock DEAD box protein A (ATP-independent RNA helicase)  34.2 
 
 
641 aa  249  1e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.251569  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3118  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.09 
 
 
530 aa  248  2e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0202  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.04 
 
 
590 aa  248  2e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.940477  normal  0.073291 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2996  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.14 
 
 
618 aa  249  2e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.733228 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1650  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  32.31 
 
 
528 aa  249  2e-64  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.00000109109  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1389  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  32.31 
 
 
528 aa  249  2e-64  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  0.0000000667125  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0704  ATP-dependent RNA helicase  31.76 
 
 
601 aa  249  2e-64  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3048  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.44 
 
 
747 aa  248  2e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1472  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.28 
 
 
541 aa  248  2e-64  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.000000440496  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0079  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.1 
 
 
532 aa  248  3e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0577  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.14 
 
 
640 aa  247  4.9999999999999997e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0430169 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1305  DEAD/DEAH box helicase domain protein  31.83 
 
 
602 aa  247  4.9999999999999997e-64  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0152  DEAD/DEAH box helicase-like  39.3 
 
 
572 aa  247  4.9999999999999997e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2252  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.26 
 
 
990 aa  247  6e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1598  ATP-dependent RNA helicase (cold-shock DEAD-box protein A)  37.43 
 
 
580 aa  247  6e-64  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.602418 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0722  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.21 
 
 
607 aa  246  6.999999999999999e-64  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.017054  normal  0.720031 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>