More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_0260 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_1589  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  64.39 
 
 
609 aa  642    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0260  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  100 
 
 
577 aa  1151    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4667  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  63.4 
 
 
545 aa  626  1e-178  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.528462  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1386  DEAD/DEAH box helicase  61.6 
 
 
677 aa  623  1e-177  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2928  DEAD/DEAH box helicase domain protein  63.53 
 
 
545 aa  619  1e-176  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0876  DEAD/DEAH box helicase-like  59.28 
 
 
659 aa  619  1e-176  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4525  DEAD/DEAH box helicase domain protein  59.13 
 
 
691 aa  607  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4450  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.7 
 
 
568 aa  603  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.181916 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3218  DEAD/DEAH box helicase-like  58.24 
 
 
691 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4914  DEAD/DEAH box helicase domain protein  58.7 
 
 
568 aa  604  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4919  putative DEAD-box cold-shock protein, ATP-independent RNA helicase  59.44 
 
 
656 aa  601  1e-170  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.730754  normal  0.525378 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0179  DEAD/DEAH box helicase  58.5 
 
 
679 aa  600  1e-170  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.970165  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3396  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  62.12 
 
 
583 aa  592  1e-168  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.112042 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4964  DEAD/DEAH box helicase domain protein  62.14 
 
 
567 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.323707  normal  0.0708927 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2184  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.54 
 
 
776 aa  572  1.0000000000000001e-162  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.383881 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.57 
 
 
593 aa  562  1.0000000000000001e-159  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.172046 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0223  DEAD/DEAH box helicase domain protein  67.34 
 
 
505 aa  549  1e-155  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.295607 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2584  DEAD/DEAH box helicase-like  57.41 
 
 
590 aa  547  1e-154  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.780763  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1119  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.09 
 
 
596 aa  547  1e-154  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.538016 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1844  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.48 
 
 
574 aa  545  1e-153  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.360564  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1826  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.76 
 
 
659 aa  535  1e-150  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00351087 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0067  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.04 
 
 
626 aa  535  1e-150  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.237297  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2023  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.71 
 
 
651 aa  530  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.995582  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1832  DEAD/DEAH box helicase-like protein  54.17 
 
 
610 aa  528  1e-148  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00214348  normal  0.596692 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2871  cold-shock dead-box protein A  53.7 
 
 
673 aa  520  1e-146  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.975529  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0900  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.29 
 
 
787 aa  513  1e-144  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00172468  normal  0.0499652 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2893  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.77 
 
 
764 aa  509  1e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2913  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.57 
 
 
585 aa  511  1e-143  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.898805  normal  0.138469 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0120  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  50.47 
 
 
626 aa  504  1e-141  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.352683  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0124  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  50.28 
 
 
626 aa  501  1e-140  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.232236  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0135  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.29 
 
 
793 aa  500  1e-140  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.776582  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0138  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.56 
 
 
644 aa  499  1e-140  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.113541  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3142  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.61 
 
 
565 aa  497  1e-139  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4366  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.96 
 
 
687 aa  496  1e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3243  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.44 
 
 
565 aa  494  9.999999999999999e-139  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.629149  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3044  DEAD/DEAH box helicase-like  52.09 
 
 
565 aa  494  9.999999999999999e-139  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0590  DEAD/DEAH box helicase-like  52.35 
 
 
710 aa  492  9.999999999999999e-139  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00331406 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0850  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.32 
 
 
730 aa  491  1e-137  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00336665  normal  0.272992 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1574  DEAD/DEAH box helicase-like  49.15 
 
 
706 aa  485  1e-136  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.226882  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1485  ATP-dependent RNA helicase  55.32 
 
 
602 aa  480  1e-134  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16789  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4213  DEAD/DEAH box helicase-like  64.56 
 
 
340 aa  353  2.9999999999999997e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.985867  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1397  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.65 
 
 
533 aa  276  1.0000000000000001e-72  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.796672  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3818  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.13 
 
 
527 aa  265  2e-69  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00215503  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0508  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35 
 
 
558 aa  265  2e-69  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000225477  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1921  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.6 
 
 
532 aa  263  8e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000118371  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28600  DNA/RNA helicase, superfamily II  35.12 
 
 
570 aa  258  1e-67  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.219312 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3118  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.64 
 
 
530 aa  258  1e-67  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1365  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.26 
 
 
529 aa  258  3e-67  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0591  ATP-dependent RNA helicase DeaD  33.9 
 
 
625 aa  256  7e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2267  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.42 
 
 
561 aa  256  7e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1472  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.47 
 
 
541 aa  256  7e-67  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.000000440496  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5577  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family  35.52 
 
 
481 aa  255  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.652435  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0456  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.27 
 
 
546 aa  256  1.0000000000000001e-66  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.441946  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0145  ATP-dependent RNA helicase  34.99 
 
 
579 aa  255  1.0000000000000001e-66  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.432053  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.47 
 
 
546 aa  256  1.0000000000000001e-66  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.661924  normal  0.15207 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1774  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.96 
 
 
589 aa  255  2.0000000000000002e-66  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1629  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.67 
 
 
538 aa  253  6e-66  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.343673  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5370  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family  34.77 
 
 
481 aa  253  8.000000000000001e-66  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.200249  hitchhiker  0.000118205 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1927  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.46 
 
 
594 aa  253  9.000000000000001e-66  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.118281  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0495  ATP-dependent RNA helicase DeaD  33.46 
 
 
653 aa  252  1e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.148315  normal  0.959969 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05480  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.57 
 
 
527 aa  252  1e-65  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.00000000000000471221  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5592  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  36.02 
 
 
481 aa  251  2e-65  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.99386  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3724  ATP-dependent RNA helicase DeaD  33.33 
 
 
664 aa  251  2e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0649  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.61 
 
 
532 aa  252  2e-65  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3034  ATP-dependent RNA helicase DeaD  37.31 
 
 
595 aa  251  2e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000047314  decreased coverage  0.00000137402 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5639  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family  36.53 
 
 
481 aa  251  3e-65  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0860387  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4969  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.62 
 
 
584 aa  251  3e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.465149  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3590  ATP-dependent RNA helicase DeaD  33.33 
 
 
664 aa  251  4e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4001  ATP-dependent RNA helicase DeaD  33.33 
 
 
664 aa  251  4e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0636  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.49 
 
 
571 aa  250  5e-65  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0067613  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1259  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.85 
 
 
608 aa  250  5e-65  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5247  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.76 
 
 
481 aa  250  5e-65  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1182  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30 
 
 
541 aa  250  5e-65  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00431867  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03693  ATP-dependent RNA helicase  32.08 
 
 
589 aa  250  6e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0566  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.05 
 
 
623 aa  249  1e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0368  ATP-independent RNA helicase  34.26 
 
 
561 aa  249  1e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3048  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.52 
 
 
747 aa  248  2e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0250  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.77 
 
 
643 aa  248  2e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.173354  decreased coverage  0.00154512 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0328  cold-shock inducible ATP-independent RNA helicase  34.46 
 
 
583 aa  248  3e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011259  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0371  hypothetical protein  29.96 
 
 
656 aa  247  4e-64  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1040  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.28 
 
 
550 aa  247  4e-64  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0636  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.15 
 
 
605 aa  247  4e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0593463 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1897  ATP-dependent RNA helicase  31.4 
 
 
530 aa  246  6e-64  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0512  ATP-dependent RNA helicase DeaD  39.08 
 
 
637 aa  246  6e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.782929 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4034  ATP-dependent RNA helicase DeaD  32.15 
 
 
623 aa  245  9.999999999999999e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3459  ATP-dependent RNA helicase DeaD  33.77 
 
 
624 aa  245  1.9999999999999999e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.319039  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2640  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.59 
 
 
651 aa  244  3e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.596616  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2734  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.59 
 
 
652 aa  244  3e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.305554  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3104  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.94 
 
 
539 aa  244  3e-63  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000955018  normal  0.89853 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0522  DEAD/DEAH box helicase domain protein  34.83 
 
 
562 aa  244  3e-63  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1225  DEAD/DEAH box helicase  36.59 
 
 
628 aa  244  3e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.75882  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0814  ATP-dependent RNA helicase DeaD  32.71 
 
 
632 aa  244  3e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0212558  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0531  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.44 
 
 
599 aa  244  3.9999999999999997e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2815  DEAD/DEAH box helicase  43.5 
 
 
533 aa  244  3.9999999999999997e-63  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.386188  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5149  ATP-dependent RNA helicase  36.46 
 
 
481 aa  243  5e-63  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5703  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  36.46 
 
 
481 aa  243  5e-63  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5548  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family  36.46 
 
 
481 aa  243  5e-63  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000095828 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0528  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.2 
 
 
622 aa  243  5e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2488  DEAD/DEAH box helicase domain protein  29.26 
 
 
565 aa  244  5e-63  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000211561  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4601  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.14 
 
 
589 aa  243  5e-63  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>