More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0179 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_4919  putative DEAD-box cold-shock protein, ATP-independent RNA helicase  67.16 
 
 
656 aa  805    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.730754  normal  0.525378 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1589  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  63.51 
 
 
609 aa  676    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4525  DEAD/DEAH box helicase domain protein  79.62 
 
 
691 aa  1002    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1386  DEAD/DEAH box helicase  63.05 
 
 
677 aa  672    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0179  DEAD/DEAH box helicase  100 
 
 
679 aa  1360    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.970165  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0876  DEAD/DEAH box helicase-like  72.63 
 
 
659 aa  879    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3218  DEAD/DEAH box helicase-like  83.19 
 
 
691 aa  1123    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4667  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  65.54 
 
 
545 aa  681    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.528462  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3396  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  62.39 
 
 
583 aa  635    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.112042 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2928  DEAD/DEAH box helicase domain protein  62.75 
 
 
545 aa  654    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2184  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.36 
 
 
776 aa  629  1e-179  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.383881 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4450  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.34 
 
 
568 aa  610  1e-173  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.181916 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0260  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.5 
 
 
577 aa  611  1e-173  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1826  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.19 
 
 
659 aa  609  1e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00351087 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4914  DEAD/DEAH box helicase domain protein  59.17 
 
 
568 aa  608  9.999999999999999e-173  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2023  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.66 
 
 
651 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.995582  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4964  DEAD/DEAH box helicase domain protein  59.23 
 
 
567 aa  597  1e-169  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.323707  normal  0.0708927 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1119  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.71 
 
 
596 aa  587  1e-166  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.538016 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.79 
 
 
593 aa  577  1.0000000000000001e-163  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.172046 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1844  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.94 
 
 
574 aa  571  1e-161  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.360564  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0223  DEAD/DEAH box helicase domain protein  69.86 
 
 
505 aa  570  1e-161  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.295607 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2871  cold-shock dead-box protein A  47 
 
 
673 aa  565  1e-160  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.975529  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0067  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.22 
 
 
626 aa  566  1e-160  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.237297  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1832  DEAD/DEAH box helicase-like protein  55.43 
 
 
610 aa  563  1.0000000000000001e-159  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00214348  normal  0.596692 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2584  DEAD/DEAH box helicase-like  54.27 
 
 
590 aa  554  1e-156  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.780763  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0120  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  52.79 
 
 
626 aa  542  1e-153  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.352683  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0138  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.45 
 
 
644 aa  542  1e-153  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.113541  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0900  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.33 
 
 
787 aa  544  1e-153  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00172468  normal  0.0499652 
 
 
-
 
NC_004310  BR0124  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  52.6 
 
 
626 aa  538  9.999999999999999e-153  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.232236  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4366  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.11 
 
 
687 aa  537  1e-151  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1574  DEAD/DEAH box helicase-like  53.46 
 
 
706 aa  531  1e-149  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.226882  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0590  DEAD/DEAH box helicase-like  53.43 
 
 
710 aa  530  1e-149  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00331406 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2893  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.15 
 
 
764 aa  528  1e-148  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0135  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.89 
 
 
793 aa  524  1e-147  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.776582  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2913  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.03 
 
 
585 aa  517  1.0000000000000001e-145  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.898805  normal  0.138469 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1485  ATP-dependent RNA helicase  54.02 
 
 
602 aa  500  1e-140  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16789  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3142  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.54 
 
 
565 aa  493  9.999999999999999e-139  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3243  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.36 
 
 
565 aa  491  1e-137  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.629149  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3044  DEAD/DEAH box helicase-like  51.8 
 
 
565 aa  489  1e-137  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0850  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.76 
 
 
730 aa  491  1e-137  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00336665  normal  0.272992 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4213  DEAD/DEAH box helicase-like  79.43 
 
 
340 aa  442  1e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.985867  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0508  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.08 
 
 
558 aa  266  1e-69  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000225477  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3619  helicase, C-terminal:DbpA, RNA-binding:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  34.91 
 
 
557 aa  258  2e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.219568 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1775  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family  35.21 
 
 
562 aa  257  4e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3987  DEAD/DEAH box helicase-like  34.88 
 
 
557 aa  255  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3818  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.01 
 
 
527 aa  255  2.0000000000000002e-66  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00215503  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0250  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.8 
 
 
643 aa  254  3e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.173354  decreased coverage  0.00154512 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1443  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.5 
 
 
560 aa  254  3e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.31662  normal  0.276111 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1477  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.06 
 
 
559 aa  254  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.682084  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0512  ATP-dependent RNA helicase DeaD  33.64 
 
 
637 aa  254  4.0000000000000004e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.782929 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.73 
 
 
514 aa  253  6e-66  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09651  putative ATP-dependent RNA helicase  33.21 
 
 
636 aa  253  7e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0649  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.26 
 
 
532 aa  252  2e-65  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1868  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  34.69 
 
 
559 aa  251  4e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0935982  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3847  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.69 
 
 
559 aa  251  4e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.460611  normal  0.310213 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1365  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.83 
 
 
529 aa  250  6e-65  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.49 
 
 
610 aa  250  8e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00643169 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0704  ATP-dependent RNA helicase  33.21 
 
 
601 aa  249  1e-64  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0265  superfamily II DNA/RNA helicase  39.49 
 
 
485 aa  249  1e-64  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1397  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.95 
 
 
533 aa  248  3e-64  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.796672  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28600  DNA/RNA helicase, superfamily II  39.11 
 
 
570 aa  248  3e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.219312 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0531  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.44 
 
 
599 aa  248  3e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3577  ATP-dependent RNA helicase DbpA  44.48 
 
 
473 aa  247  4.9999999999999997e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2488  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.52 
 
 
565 aa  247  4.9999999999999997e-64  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000211561  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3389  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.54 
 
 
590 aa  247  6e-64  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1921  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.32 
 
 
532 aa  247  6e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000118371  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3724  ATP-dependent RNA helicase DeaD  32.36 
 
 
664 aa  246  9e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0577  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.41 
 
 
640 aa  246  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0430169 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0368  ATP-independent RNA helicase  42.18 
 
 
561 aa  245  1.9999999999999999e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0552  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.41 
 
 
640 aa  245  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3753  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.6 
 
 
908 aa  245  1.9999999999999999e-63  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.237591  normal  0.30492 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0583  DEAD/DEAH box helicase domain protein  30.41 
 
 
640 aa  245  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1305  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.35 
 
 
602 aa  245  1.9999999999999999e-63  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.41 
 
 
640 aa  245  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0636  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.41 
 
 
571 aa  245  1.9999999999999999e-63  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0067613  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0528  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.42 
 
 
622 aa  245  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1629  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.1 
 
 
538 aa  245  1.9999999999999999e-63  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.343673  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4001  ATP-dependent RNA helicase DeaD  32.36 
 
 
664 aa  245  1.9999999999999999e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3590  ATP-dependent RNA helicase DeaD  32.36 
 
 
664 aa  245  1.9999999999999999e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03693  ATP-dependent RNA helicase  32.47 
 
 
589 aa  244  3e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2144  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.25 
 
 
560 aa  244  3e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.101709  normal  0.616746 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0636  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.88 
 
 
605 aa  244  3e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0593463 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0637  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.26 
 
 
640 aa  244  3.9999999999999997e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3424  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.42 
 
 
622 aa  244  3.9999999999999997e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0522  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.05 
 
 
562 aa  244  5e-63  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2009  DEAD/DEAH box helicase-like  31.68 
 
 
574 aa  243  6e-63  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2292  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.84 
 
 
482 aa  243  6e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.229861  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1598  ATP-dependent RNA helicase (cold-shock DEAD-box protein A)  40.52 
 
 
580 aa  243  7e-63  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.602418 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1648  DEAD/DEAH box helicase-like  39.15 
 
 
607 aa  243  7.999999999999999e-63  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3340  ATP-dependent RNA helicase DeaD  33.02 
 
 
621 aa  243  7.999999999999999e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0603  DEAD/DEAH box helicase-like protein  38.53 
 
 
591 aa  243  9e-63  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.365924 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1225  DEAD/DEAH box helicase domain protein  31.38 
 
 
646 aa  243  9e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.115574 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.58 
 
 
619 aa  243  9e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0202  DEAD/DEAH box helicase domain protein  34.69 
 
 
590 aa  242  1e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.940477  normal  0.073291 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1259  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.98 
 
 
608 aa  242  2e-62  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4034  ATP-dependent RNA helicase DeaD  31.58 
 
 
623 aa  242  2e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2820  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.44 
 
 
556 aa  242  2e-62  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00179058  normal  0.0521879 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1083  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.23 
 
 
536 aa  242  2e-62  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0152  DEAD/DEAH box helicase-like  41.32 
 
 
572 aa  242  2e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3714  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.24 
 
 
634 aa  242  2e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00250632  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>