More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3218 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_4525  DEAD/DEAH box helicase domain protein  77.36 
 
 
691 aa  1010    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1386  DEAD/DEAH box helicase  60.88 
 
 
677 aa  660    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0179  DEAD/DEAH box helicase  83.19 
 
 
679 aa  1123    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.970165  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0876  DEAD/DEAH box helicase-like  72.5 
 
 
659 aa  896    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3396  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.91 
 
 
583 aa  641    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.112042 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3218  DEAD/DEAH box helicase-like  100 
 
 
691 aa  1392    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2928  DEAD/DEAH box helicase domain protein  62.72 
 
 
545 aa  659    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4667  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  64.29 
 
 
545 aa  681    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.528462  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2184  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.78 
 
 
776 aa  637    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.383881 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1589  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.27 
 
 
609 aa  681    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4919  putative DEAD-box cold-shock protein, ATP-independent RNA helicase  76.4 
 
 
656 aa  818    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.730754  normal  0.525378 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0260  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.24 
 
 
577 aa  615  1e-175  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4450  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.74 
 
 
568 aa  603  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.181916 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4914  DEAD/DEAH box helicase domain protein  59.55 
 
 
568 aa  601  1e-170  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2023  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.38 
 
 
651 aa  599  1e-170  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.995582  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1826  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.67 
 
 
659 aa  600  1e-170  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00351087 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4964  DEAD/DEAH box helicase domain protein  58.78 
 
 
567 aa  593  1e-168  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.323707  normal  0.0708927 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.59 
 
 
593 aa  587  1e-166  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.172046 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1119  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.47 
 
 
596 aa  577  1.0000000000000001e-163  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.538016 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0067  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.39 
 
 
626 aa  578  1.0000000000000001e-163  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.237297  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1832  DEAD/DEAH box helicase-like protein  54.91 
 
 
610 aa  574  1.0000000000000001e-162  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00214348  normal  0.596692 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1844  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.05 
 
 
574 aa  574  1.0000000000000001e-162  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.360564  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0223  DEAD/DEAH box helicase domain protein  68.92 
 
 
505 aa  574  1.0000000000000001e-162  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.295607 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2584  DEAD/DEAH box helicase-like  52.49 
 
 
590 aa  559  1e-158  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.780763  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0900  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.5 
 
 
787 aa  553  1e-156  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00172468  normal  0.0499652 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2871  cold-shock dead-box protein A  47.06 
 
 
673 aa  553  1e-156  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.975529  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0138  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.77 
 
 
644 aa  546  1e-154  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.113541  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4366  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.1 
 
 
687 aa  544  1e-153  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0120  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  51.76 
 
 
626 aa  541  9.999999999999999e-153  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.352683  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0124  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  51.57 
 
 
626 aa  537  1e-151  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.232236  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2893  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.01 
 
 
764 aa  536  1e-151  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2913  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.66 
 
 
585 aa  534  1e-150  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.898805  normal  0.138469 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0590  DEAD/DEAH box helicase-like  53.56 
 
 
710 aa  531  1e-149  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00331406 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1574  DEAD/DEAH box helicase-like  52.34 
 
 
706 aa  525  1e-148  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.226882  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0135  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.35 
 
 
793 aa  526  1e-148  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.776582  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1485  ATP-dependent RNA helicase  54.69 
 
 
602 aa  501  1e-140  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16789  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3243  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.8 
 
 
565 aa  499  1e-139  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.629149  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3142  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.8 
 
 
565 aa  499  1e-139  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0850  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.57 
 
 
730 aa  492  9.999999999999999e-139  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00336665  normal  0.272992 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3044  DEAD/DEAH box helicase-like  52.26 
 
 
565 aa  494  9.999999999999999e-139  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4213  DEAD/DEAH box helicase-like  82.27 
 
 
340 aa  459  9.999999999999999e-129  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.985867  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0508  DEAD/DEAH box helicase domain protein  34.39 
 
 
558 aa  270  5.9999999999999995e-71  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000225477  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1443  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35 
 
 
560 aa  270  8.999999999999999e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.31662  normal  0.276111 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1868  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  35.18 
 
 
559 aa  268  4e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0935982  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3847  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.18 
 
 
559 aa  268  4e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.460611  normal  0.310213 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3619  helicase, C-terminal:DbpA, RNA-binding:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  34.81 
 
 
557 aa  265  1e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.219568 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3987  DEAD/DEAH box helicase-like  34.72 
 
 
557 aa  260  6e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0649  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.63 
 
 
532 aa  260  7e-68  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1775  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family  33.92 
 
 
562 aa  259  8e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0250  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.29 
 
 
643 aa  259  1e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.173354  decreased coverage  0.00154512 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1477  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.91 
 
 
559 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.682084  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09651  putative ATP-dependent RNA helicase  33.27 
 
 
636 aa  258  2e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3818  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.88 
 
 
527 aa  257  4e-67  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00215503  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1680  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.25 
 
 
677 aa  256  1.0000000000000001e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.139881  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0522  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.35 
 
 
562 aa  254  5.000000000000001e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3724  ATP-dependent RNA helicase DeaD  32.91 
 
 
664 aa  253  6e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0368  ATP-independent RNA helicase  43.22 
 
 
561 aa  253  9.000000000000001e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4001  ATP-dependent RNA helicase DeaD  32.91 
 
 
664 aa  253  1e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3590  ATP-dependent RNA helicase DeaD  32.91 
 
 
664 aa  253  1e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28600  DNA/RNA helicase, superfamily II  39.49 
 
 
570 aa  252  2e-65  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.219312 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1365  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.24 
 
 
529 aa  251  2e-65  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3753  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.04 
 
 
908 aa  252  2e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.237591  normal  0.30492 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3577  ATP-dependent RNA helicase DbpA  44.15 
 
 
473 aa  251  2e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1598  ATP-dependent RNA helicase (cold-shock DEAD-box protein A)  37.84 
 
 
580 aa  252  2e-65  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.602418 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1305  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.94 
 
 
602 aa  251  3e-65  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1259  DEAD/DEAH box helicase domain protein  31.32 
 
 
608 aa  251  4e-65  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1921  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.14 
 
 
532 aa  250  5e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000118371  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0531  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.33 
 
 
599 aa  250  6e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1726  RNA helicase DeaD  31.94 
 
 
611 aa  249  8e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.226291  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0577  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.22 
 
 
640 aa  249  1e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0430169 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0265  superfamily II DNA/RNA helicase  39.48 
 
 
485 aa  249  1e-64  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0583  DEAD/DEAH box helicase domain protein  31.03 
 
 
640 aa  249  2e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.03 
 
 
640 aa  249  2e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1397  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.04 
 
 
533 aa  248  2e-64  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.796672  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1083  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.86 
 
 
536 aa  248  2e-64  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0704  ATP-dependent RNA helicase  32.48 
 
 
601 aa  248  2e-64  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2488  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.82 
 
 
565 aa  248  2e-64  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000211561  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0637  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.22 
 
 
640 aa  248  2e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0552  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.03 
 
 
640 aa  249  2e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0924  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.21 
 
 
599 aa  248  2e-64  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1629  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.66 
 
 
538 aa  248  3e-64  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.343673  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3389  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.7 
 
 
590 aa  248  3e-64  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.33 
 
 
619 aa  247  4e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3104  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.45 
 
 
539 aa  247  4.9999999999999997e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000955018  normal  0.89853 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0528  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.82 
 
 
622 aa  247  6e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0589  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family  34 
 
 
617 aa  246  9e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.159875  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0741  DEAD/DEAH box helicase domain protein  34 
 
 
617 aa  246  9e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000324399  unclonable  0.0000000000803743 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1394  ATP-dependent RNA helicase DbpA  40.33 
 
 
474 aa  246  9.999999999999999e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0603  DEAD/DEAH box helicase-like protein  38.63 
 
 
591 aa  246  9.999999999999999e-64  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.365924 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3424  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.82 
 
 
622 aa  246  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1774  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.55 
 
 
589 aa  246  9.999999999999999e-64  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0371  hypothetical protein  35.92 
 
 
656 aa  246  9.999999999999999e-64  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.71 
 
 
610 aa  245  1.9999999999999999e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00643169 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3459  ATP-dependent RNA helicase DeaD  31.94 
 
 
624 aa  245  1.9999999999999999e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.319039  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1040  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.62 
 
 
550 aa  245  1.9999999999999999e-63  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  32.26 
 
 
590 aa  245  1.9999999999999999e-63  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.795312  normal  0.95213 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4969  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.94 
 
 
584 aa  245  1.9999999999999999e-63  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.465149  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2267  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.9 
 
 
561 aa  244  3e-63  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4601  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.21 
 
 
589 aa  244  3e-63  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.4 
 
 
546 aa  244  3e-63  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.661924  normal  0.15207 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>