136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Meso_1936 on replicon NC_008254
Organism: Chelativorans sp. BNC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008254  Meso_1936  putative spermidine/putrescine transport system substrate-binding protein  100 
 
 
359 aa  741    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7064  extracellular solute-binding protein  29.75 
 
 
353 aa  153  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4264  extracellular solute-binding protein family 1  32.31 
 
 
359 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2365  hypothetical protein  28.85 
 
 
361 aa  137  4e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5469  extracellular solute-binding protein  30.47 
 
 
361 aa  136  7.000000000000001e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.27299  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0308  hypothetical protein  30.56 
 
 
352 aa  135  8e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02720  hypothetical protein  30.56 
 
 
352 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0735461 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4873  putative spermidine/putrescine transport system substrate-binding protein  30.03 
 
 
360 aa  134  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.987187  normal  0.365367 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2914  extracellular solute-binding protein  28.93 
 
 
342 aa  132  6.999999999999999e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0748  putative ABC transporter binding protein subunit  30.65 
 
 
348 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2230  extracellular solute-binding protein family 1  30.39 
 
 
362 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07870  putative binding protein component of ABC transporter  30.34 
 
 
348 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00815045 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2543  extracellular solute-binding protein family 1  29.81 
 
 
359 aa  129  8.000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.924442  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0443  extracellular solute-binding protein  29.33 
 
 
344 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.841925 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0425  extracellular solute-binding protein family 1  27.36 
 
 
346 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2152  extracellular solute-binding protein  31.14 
 
 
360 aa  125  1e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.952962  normal  0.940122 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4790  extracellular solute-binding protein  29.33 
 
 
344 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4697  extracellular solute-binding protein family 1  28.29 
 
 
342 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0412  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  29.1 
 
 
344 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0584261  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4614  extracellular solute-binding protein  33 
 
 
344 aa  122  7e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.874692  normal  0.965424 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0446  extracellular solute-binding protein  29.1 
 
 
344 aa  122  7e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.45407 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1786  extracellular solute-binding protein family 1  30.64 
 
 
343 aa  122  8e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149849  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0563  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  33 
 
 
344 aa  122  8e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5124  extracellular solute-binding protein  30.77 
 
 
347 aa  122  8e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0612646  normal  0.703361 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0161  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  29.53 
 
 
366 aa  122  8e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.92588  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1795  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  29.53 
 
 
366 aa  122  8e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.843102  normal  0.582581 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1275  extracellular solute-binding protein family 1  30.4 
 
 
342 aa  122  9.999999999999999e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1330  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  29.53 
 
 
358 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.839911  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4002  extracellular solute-binding protein  29.41 
 
 
343 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2047  extracellular solute-binding protein  28.12 
 
 
350 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.454223  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6887  extracellular solute-binding protein family 1  27.59 
 
 
349 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.31675  normal  0.286829 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1869  extracellular solute-binding protein family 1  30.72 
 
 
343 aa  120  4.9999999999999996e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4296  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  27.11 
 
 
345 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.458319  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2382  extracellular solute-binding protein  26.55 
 
 
345 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2932  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.59 
 
 
349 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485027  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3647  extracellular solute-binding protein family 1  27.41 
 
 
349 aa  117  3e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.820698  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4044  extracellular solute-binding protein  27.66 
 
 
345 aa  116  6.9999999999999995e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1865  extracellular solute-binding protein  26.27 
 
 
352 aa  115  7.999999999999999e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00327165  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0594  extracellular solute-binding protein  27.73 
 
 
343 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003671  probable binding protein component of ABC transporter  28.49 
 
 
357 aa  113  6e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65920  hypothetical protein  27.87 
 
 
363 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.400639  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07850  putative binding protein component of ABC transporter  27.13 
 
 
344 aa  112  9e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.021503 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2169  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  26.71 
 
 
348 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00563875  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2632  extracellular solute-binding protein  27.41 
 
 
343 aa  112  1.0000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3297  extracellular solute-binding protein  26.42 
 
 
348 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.519451  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4664  extracellular solute-binding protein  26.71 
 
 
348 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0403055  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3813  extracellular solute-binding protein  26.42 
 
 
348 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.109737  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0643  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  26.79 
 
 
367 aa  110  3e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5429  extracellular solute-binding protein  26.07 
 
 
348 aa  110  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0960815 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0815  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  26.65 
 
 
408 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.713684  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2501  putative polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  26.65 
 
 
348 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2362  putative polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  26.65 
 
 
374 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5719  hypothetical protein  27.35 
 
 
363 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2870  PotD/PotF family extracellular solute-binding protein  30 
 
 
366 aa  109  6e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2819  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  30 
 
 
347 aa  109  6e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4687  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  29.14 
 
 
356 aa  108  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.616016  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0432  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  26.33 
 
 
348 aa  108  2e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1811  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  26.33 
 
 
374 aa  108  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0482  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  26.33 
 
 
374 aa  108  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1519  extracellular solute-binding protein family 1  26.33 
 
 
346 aa  107  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0240465  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1219  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  26.61 
 
 
342 aa  108  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2911  extracellular solute-binding protein  29.5 
 
 
347 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.550297  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1336  extracellular solute-binding protein  26.61 
 
 
342 aa  108  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4447  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 
348 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.415415  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3919  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 
348 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1614  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  26.91 
 
 
338 aa  107  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0746  putative ABC transporter binding protein subunit  26.4 
 
 
344 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.858473  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3608  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 
348 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.276249  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3717  extracellular solute-binding protein  27.91 
 
 
347 aa  106  5e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4322  extracellular solute-binding protein  25.54 
 
 
350 aa  106  5e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.199771  normal  0.317385 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3460  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.57 
 
 
356 aa  105  9e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.771594  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3107  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  26.3 
 
 
342 aa  104  2e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1733  putative lipoprotein signal peptide  24.85 
 
 
346 aa  104  3e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0848422  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1468  extracellular solute-binding protein family 1  25.16 
 
 
346 aa  103  3e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000302605 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3734  putative ABC transporter periplasmic solute-binding protein  26.67 
 
 
357 aa  103  4e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.22364  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0326  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  31.86 
 
 
348 aa  103  5e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.506408  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6156  extracellular solute-binding protein family 1  27.7 
 
 
368 aa  103  5e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2544  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  27.03 
 
 
370 aa  102  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.66454  normal  0.363997 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1715  extracellular solute-binding protein  30.88 
 
 
346 aa  102  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353198  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6321  extracellular solute-binding protein family 1  26.69 
 
 
356 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374689  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1739  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.73 
 
 
370 aa  101  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.124985 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0300  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  31.37 
 
 
348 aa  101  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000303787  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1503  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  26.99 
 
 
352 aa  100  6e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.541175  normal  0.0238338 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2372  extracellular solute-binding protein family 1  31.5 
 
 
351 aa  98.6  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6575  extracellular solute-binding protein  26.78 
 
 
351 aa  98.6  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.756319 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3858  extracellular solute-binding protein  27.69 
 
 
358 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4993  extracellular solute-binding protein family 1  28.12 
 
 
346 aa  97.1  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4603  putative ABC transporter binding protein component  25.63 
 
 
358 aa  96.7  5e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0921345  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2151  polyamine ABC trasnporter, periplasmic polyamine-binding protein  27.68 
 
 
359 aa  96.3  8e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.585166  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3470  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  31 
 
 
348 aa  94.4  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.595538 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6038  extracellular solute-binding protein  30.5 
 
 
351 aa  93.2  6e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.471262  hitchhiker  0.00977715 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2988  polyamine ABC trasnporter, periplasmic polyamine-binding protein  25.59 
 
 
368 aa  92.8  8e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.106267  normal  0.817563 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1883  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.54 
 
 
363 aa  92  1e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0647342  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5129  extracellular solute-binding protein family 1  27.13 
 
 
362 aa  91.3  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0531  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.75 
 
 
358 aa  91.3  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.174664  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4108  extracellular solute-binding protein family 1  30.39 
 
 
349 aa  90.1  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6089  ABC transporter substrate binding protein (polyamine)  28.57 
 
 
336 aa  90.1  6e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.183043  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6249  extracellular solute-binding protein  26.3 
 
 
336 aa  89.7  7e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.389873 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0667  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  27.75 
 
 
357 aa  89.4  8e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.872941  hitchhiker  0.00848577 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3862  extracellular solute-binding protein  27.22 
 
 
348 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>