More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2049 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2049  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 523 aa  1031    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00264035 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4014  CzcB family heavy metal RND efflux membrane fusion protein  54.65 
 
 		 491 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.615519  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5386  CzcB family heavy metal RND efflux membrane fusion protein  49.7 
 
 		 490 aa  449  1e-125  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2325  RND family efflux transporter MFP subunit  50.93 
 
 		 513 aa  448  1.0000000000000001e-124  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.757874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2211  RND family efflux transporter MFP subunit  51.16 
 
 		 486 aa  443  1e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.450324  normal  0.240082 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0023  RND family efflux transporter MFP subunit  49.7 
 
 		 488 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0021  RND family efflux transporter MFP subunit  49.7 
 
 		 488 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.249144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0021  RND family efflux transporter MFP subunit  49.7 
 
 		 488 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.561063  hitchhiker  0.00444957 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2549  secretion protein HlyD  50.43 
 
 		 490 aa  441  9.999999999999999e-123  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3042  RND family efflux transporter MFP subunit  48.89 
 
 		 487 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1334  secretion protein HlyD  52.93 
 
 		 497 aa  434  1e-120  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2395  secretion protein HlyD  53.28 
 
 		 417 aa  404  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84223  hitchhiker  0.00226856 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3492  secretion protein HlyD  43.51 
 
 		 545 aa  381  1e-104  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.341782 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2394  secretion protein HlyD  49.75 
 
 		 410 aa  373  1e-102  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.372512  normal  0.032408 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1626  putative cation efflux system transmembrane protein  43.35 
 
 		 542 aa  365  1e-100  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.182447 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2440  secretion protein HlyD  50.92 
 
 		 408 aa  365  2e-99  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5032  copper and silver tricomponent efflux membrane fusion protein CusB (CzcB-like)  41.68 
 
 		 505 aa  363  6e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.190443 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3363  RND family efflux transporter MFP subunit  43.01 
 
 		 483 aa  360  4e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.640634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4512  RND family efflux transporter MFP subunit  46.96 
 
 		 552 aa  357  2.9999999999999997e-97  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3401  RND family efflux transporter MFP subunit  45.08 
 
 		 507 aa  352  1e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1260  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.43 
 
 		 497 aa  352  1e-95  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4766  secretion protein HlyD  45.08 
 
 		 507 aa  352  1e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0474  RND family efflux transporter MFP subunit  41.65 
 
 		 545 aa  352  1e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0677608  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3074  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.1 
 
 		 497 aa  350  4e-95  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3344  RND family efflux transporter MFP subunit  43.7 
 
 		 506 aa  348  1e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4115  RND family efflux transporter MFP subunit  44.93 
 
 		 507 aa  347  2e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.997894 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6283  RND family efflux transporter MFP subunit  41.99 
 
 		 509 aa  346  5e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0732635  normal  0.436599 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5687  RND family efflux transporter MFP subunit  41.59 
 
 		 509 aa  345  1e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0349806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5181  RND family efflux transporter MFP subunit  43.57 
 
 		 505 aa  343  5.999999999999999e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.71 
 
 		 497 aa  339  8e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0331  RND family efflux transporter MFP subunit  41.94 
 
 		 523 aa  336  5e-91  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.957664  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3045  RND family efflux transporter MFP subunit  41.6 
 
 		 521 aa  333  5e-90  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2237  RND family efflux transporter MFP subunit  41.6 
 
 		 521 aa  333  5e-90  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3375  RND family efflux transporter MFP subunit  41.6 
 
 		 521 aa  333  5e-90  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2047  RND family efflux transporter MFP subunit  41.6 
 
 		 521 aa  333  5e-90  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0513  RND family efflux transporter MFP subunit  40.98 
 
 		 523 aa  332  1e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0318  RND family efflux transporter MFP subunit  40.78 
 
 		 523 aa  330  5.0000000000000004e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05406  putative cation efflux system transmembrane protein  39.77 
 
 		 513 aa  327  4.0000000000000003e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.19 
 
 		 507 aa  327  4.0000000000000003e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.997771  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5288  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.63 
 
 		 516 aa  324  2e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1647  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.63 
 
 		 516 aa  324  2e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0515736  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6300  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.88 
 
 		 500 aa  323  7e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1808  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.58 
 
 		 510 aa  322  9.999999999999999e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034543  normal  0.527092 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5356  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.9 
 
 		 510 aa  319  7.999999999999999e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6135  proton antiporter metal efflux protein SilB  41.22 
 
 		 521 aa  319  1e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.418414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4299  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  35.58 
 
 		 430 aa  277  4e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0261  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  35.58 
 
 		 430 aa  276  5e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1156  RND family efflux transporter MFP subunit  41.47 
 
 		 401 aa  276  5e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.820375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3423  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  35.58 
 
 		 430 aa  274  4.0000000000000004e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.639858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0592  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  38.07 
 
 		 407 aa  271  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.50273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0655  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  38.07 
 
 		 407 aa  269  1e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.419638  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00535  copper/silver efflux system, membrane fusion protein  37.83 
 
 		 407 aa  268  2e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3055  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.83 
 
 		 407 aa  268  2e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00524  hypothetical protein  37.83 
 
 		 407 aa  268  2e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0621  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  37.83 
 
 		 407 aa  268  2e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000664889  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3072  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  37.83 
 
 		 407 aa  268  2e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0592  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  37.83 
 
 		 407 aa  268  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00207274  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001396  probable Co/Zn/Cd efflux system membrane fusion protein  32.84 
 
 		 571 aa  265  2e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06365  hypothetical protein  33.82 
 
 		 577 aa  263  6e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0468  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  38.99 
 
 		 375 aa  261  3e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3936  H+-transporting two-sector ATPase, delta (OSCP) subunit  32.99 
 
 		 491 aa  259  1e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00319  putative cation efflux system protein  33.2 
 
 		 672 aa  258  2e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1389  RND family efflux transporter MFP subunit  35.45 
 
 		 502 aa  258  2e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545507 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1930  membrane-fusion protein-like  33.4 
 
 		 629 aa  257  5e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.3695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  31.97 
 
 		 538 aa  253  8.000000000000001e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  32.23 
 
 		 537 aa  252  1e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3977  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.38 
 
 		 512 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0177  hypothetical protein  33.4 
 
 		 509 aa  241  2e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.69 
 
 		 537 aa  241  2.9999999999999997e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  32.05 
 
 		 537 aa  240  4e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  32.39 
 
 		 504 aa  240  5e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1407  secretion protein HlyD  31.17 
 
 		 540 aa  240  5e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4050  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  34.87 
 
 		 517 aa  236  9e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2264  secretion protein HlyD  31.98 
 
 		 546 aa  233  5e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0171  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.72 
 
 		 438 aa  227  4e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.538499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  31.8 
 
 		 581 aa  227  4e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.287598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1618  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.95 
 
 		 439 aa  225  1e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.215683  hitchhiker  0.000019246 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1948  heavy metal efflux transporter, MFP subunit, putative  37.95 
 
 		 439 aa  225  1e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1715  putative cation efflux system transmembrane protein  32.61 
 
 		 500 aa  224  3e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0232855  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0715  putative cation efflux system protein  30.36 
 
 		 489 aa  222  9.999999999999999e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2433  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.95 
 
 		 482 aa  221  1.9999999999999999e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.3697  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2061  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.95 
 
 		 482 aa  221  1.9999999999999999e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4857  cation efflux system protein CusB  35.95 
 
 		 529 aa  219  7e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0135  RND family efflux transporter MFP subunit  33.82 
 
 		 455 aa  215  9.999999999999999e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.301436  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2393  RND family efflux transporter MFP subunit  33.6 
 
 		 525 aa  216  9.999999999999999e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0088  RND family efflux transporter MFP subunit  32.67 
 
 		 468 aa  207  3e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0277  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.92 
 
 		 627 aa  206  7e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.96943  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7982  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.87 
 
 		 486 aa  206  7e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.318672  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1369  RND family efflux transporter MFP subunit  33.7 
 
 		 488 aa  206  8e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.271399  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.42 
 
 		 460 aa  206  9e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4263  RND family efflux transporter MFP subunit  33.51 
 
 		 504 aa  203  7e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0959435 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3649  RND family efflux transporter MFP subunit  31.04 
 
 		 472 aa  202  8e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3812  RND family efflux transporter MFP subunit  35.52 
 
 		 498 aa  200  6e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.999648  normal  0.340628 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1553  RND family efflux transporter MFP subunit  34.95 
 
 		 715 aa  199  7e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1529  secretion protein HlyD  30.14 
 
 		 467 aa  198  2.0000000000000003e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1548  secretion protein HlyD  31.47 
 
 		 466 aa  198  2.0000000000000003e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0420429  normal  0.648627 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2165  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.07 
 
 		 456 aa  195  2e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9868  Membrane-fusion protein  34.05 
 
 		 475 aa  194  4e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2263  heavy metal efflux pump membrane fusion protein, putative  33.17 
 
 		 422 aa  193  7e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  33.25 
 
 		 455 aa  193  7e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>