More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1188 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1188  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  100 
 
 		 547 aa  1120    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3918  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  70.22 
 
 		 549 aa  800    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.570213  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0718  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  76.05 
 
 		 547 aa  876    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1035  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  75.5 
 
 		 547 aa  876    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1544  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  75.87 
 
 		 547 aa  877    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0914  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  62.57 
 
 		 552 aa  703    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.963611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1766  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  59.93 
 
 		 546 aa  661    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.810333  normal  0.381602 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2126  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  79.71 
 
 		 547 aa  924    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.191102  decreased coverage  0.00946818 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4107  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  76.47 
 
 		 550 aa  867    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.44522 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5256  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  52.03 
 
 		 549 aa  565  1e-160  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.242586  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4296  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  51.19 
 
 		 539 aa  498  1e-139  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0876  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  47.09 
 
 		 543 aa  463  1e-129  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2400  AMP-dependent synthetase and ligase  41.07 
 
 		 534 aa  396  1e-109  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0669706  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1192  3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  42 
 
 		 1004 aa  397  1e-109  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0238022  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3934  AMP-dependent synthetase and ligase  44.65 
 
 		 541 aa  382  1e-105  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1399  short chain acyl-CoA synthetase  37.52 
 
 		 555 aa  356  5.999999999999999e-97  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0216639  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1822  short chain acyl-CoA synthetase  36.95 
 
 		 546 aa  344  2e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1994  short chain acyl-CoA synthetase  36.95 
 
 		 546 aa  344  2e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.194812  normal  0.059614 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1462  short chain acyl-CoA synthetase  36.95 
 
 		 546 aa  344  2.9999999999999997e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1480  short chain acyl-CoA synthetase  36.76 
 
 		 546 aa  343  4e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.712128  normal  0.130818 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1446  short chain acyl-CoA synthetase  36.95 
 
 		 546 aa  343  5e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.191096 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1494  short chain acyl-CoA synthetase  36.85 
 
 		 546 aa  331  2e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.433242 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1918  short chain acyl-CoA synthetase  37.15 
 
 		 548 aa  330  5.0000000000000004e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1930  short chain acyl-CoA synthetase  36.96 
 
 		 548 aa  328  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0789974 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01670  hypothetical protein  36.96 
 
 		 566 aa  327  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01659  hypothetical protein  36.96 
 
 		 566 aa  327  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1904  short chain acyl-CoA synthetase  36.82 
 
 		 548 aa  325  2e-87  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.850786  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1941  AMP-dependent synthetase and ligase  36.3 
 
 		 548 aa  323  4e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.889751  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2287  AMP-dependent synthetase and ligase  34.42 
 
 		 517 aa  306  5.0000000000000004e-82  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08690  short chain acyl-CoA synthetase  35.06 
 
 		 550 aa  303  7.000000000000001e-81  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0212832  normal  0.531653 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1853  short chain acyl-CoA synthetase  33.09 
 
 		 543 aa  296  4e-79  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.342081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2335  AMP-dependent synthetase and ligase  40.99 
 
 		 567 aa  292  1e-77  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0704794  normal  0.0458127 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  33.54 
 
 		 518 aa  291  2e-77  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0171  AMP-dependent synthetase and ligase  37.03 
 
 		 630 aa  288  1e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3489  AMP-dependent synthetase and ligase  34.82 
 
 		 540 aa  281  2e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4410  AMP-dependent synthetase and ligase  36.88 
 
 		 500 aa  280  3e-74  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4497  AMP-dependent synthetase and ligase  36.88 
 
 		 500 aa  280  3e-74  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.62299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09310  short chain acyl-CoA synthetase  32.4 
 
 		 549 aa  280  6e-74  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.280056  normal  0.513679 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4966  AMP-dependent synthetase and ligase  36.07 
 
 		 503 aa  278  1e-73  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.436432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4791  AMP-dependent synthetase and ligase  36.46 
 
 		 500 aa  277  5e-73  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.743818 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3211  AMP-dependent synthetase and ligase  35.81 
 
 		 534 aa  274  2.0000000000000002e-72  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.155051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6445  AMP-dependent synthetase and ligase  34.39 
 
 		 542 aa  270  4e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.607182  hitchhiker  3.41608e-16 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1784  AMP-dependent synthetase and ligase  36.76 
 
 		 498 aa  269  1e-70  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.599535  normal  0.650207 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2396  AMP-dependent synthetase and ligase  31.53 
 
 		 552 aa  257  3e-67  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.61 
 
 		 526 aa  256  5e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4086  AMP-dependent synthetase and ligase  36.43 
 
 		 527 aa  255  1.0000000000000001e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.432912  normal  0.782905 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6815  AMP-dependent synthetase and ligase  35.47 
 
 		 526 aa  251  2e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1650  AMP-binding domain protein  32.84 
 
 		 549 aa  251  2e-65  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2283  AMP-dependent synthetase and ligase  32.56 
 
 		 513 aa  251  3e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8740  AMP-dependent synthetase and ligase  35.67 
 
 		 512 aa  249  7e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.402683  normal  0.341368 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1103  AMP-binding domain protein  33.03 
 
 		 552 aa  249  1e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2563  AMP-binding domain protein  32.66 
 
 		 549 aa  248  2e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.45341e-16 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3475  AMP-dependent synthetase and ligase  32.26 
 
 		 524 aa  245  9.999999999999999e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.440115  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0789  AMP-dependent synthetase and ligase  31.42 
 
 		 553 aa  245  1.9999999999999999e-63  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.109867  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4872  AMP-binding domain protein  33.99 
 
 		 549 aa  243  7e-63  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3103  AMP-dependent synthetase and ligase  33.96 
 
 		 550 aa  243  9e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.8985  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1563  AMP-binding domain protein  33.58 
 
 		 538 aa  241  2e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716975 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1803  2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase  32.09 
 
 		 542 aa  239  6.999999999999999e-62  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  30.84 
 
 		 520 aa  239  1e-61  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  30.69 
 
 		 525 aa  238  3e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4867  AMP-binding domain protein  33.94 
 
 		 538 aa  237  4e-61  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.223701  normal  0.186874 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2440  AMP-binding domain protein  32.81 
 
 		 544 aa  237  5.0000000000000005e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3767  AMP-dependent synthetase and ligase  33.13 
 
 		 512 aa  236  8e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0143855  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3458  acyl-CoA synthetase  32.3 
 
 		 562 aa  236  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2692  AMP-binding domain protein  32.04 
 
 		 552 aa  236  1.0000000000000001e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.262026  normal  0.421392 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1389  AMP-binding domain protein  31.4 
 
 		 549 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000722424  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0288  AMP-binding domain protein  32.41 
 
 		 564 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0229323  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0365  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 524 aa  234  3e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1241  acyl-CoA synthetase  31.56 
 
 		 572 aa  234  4.0000000000000004e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1573  AMP-binding domain protein  32.33 
 
 		 552 aa  234  4.0000000000000004e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.116566  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2311  acyl-CoA synthetase  32.12 
 
 		 557 aa  233  5e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.462118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3661  AMP-binding domain protein  30.94 
 
 		 560 aa  233  5e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000288335 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1693  AMP-binding domain protein  32.08 
 
 		 543 aa  232  1e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.301435  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0473  AMP-binding domain protein  30.24 
 
 		 568 aa  232  1e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2479  acyl-CoA synthetase  31.75 
 
 		 557 aa  232  1e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.282098  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4063  AMP-binding domain protein  31 
 
 		 560 aa  232  2e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.365849  normal  0.0336017 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4723  AMP-binding domain protein  31.84 
 
 		 560 aa  231  3e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.712671  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0663  AMP-binding domain protein  30.74 
 
 		 547 aa  230  4e-59  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.390649  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0869  AMP-dependent synthetase and ligase  36.2 
 
 		 503 aa  231  4e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.184154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4037  AMP-dependent synthetase and ligase  29.71 
 
 		 558 aa  229  7e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0518356  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2089  AMP-dependent synthetase and ligase  32.02 
 
 		 530 aa  229  9e-59  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0462  AMP-binding domain protein  31.55 
 
 		 564 aa  229  1e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2319  AMP-binding domain protein  31.86 
 
 		 565 aa  229  1e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.770298  normal  0.0254377 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3066  AMP-dependent synthetase and ligase  32.47 
 
 		 558 aa  229  1e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.479156  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1498  AMP-dependent synthetase and ligase  31.99 
 
 		 531 aa  228  1e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2941  acyl-CoA synthetase  31.62 
 
 		 557 aa  229  1e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.581775  normal  0.0544542 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  33.02 
 
 		 1043 aa  229  1e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0807  AMP-dependent synthetase and ligase  32.77 
 
 		 551 aa  228  2e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.472076  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34080  AMP-binding domain protein  31.94 
 
 		 552 aa  228  2e-58  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.448325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1963  AMP-binding domain protein  31.27 
 
 		 560 aa  228  2e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.17114  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4034  AMP-dependent synthetase and ligase  29.43 
 
 		 552 aa  228  2e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1813  AMP-binding domain protein  31.35 
 
 		 560 aa  228  3e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.659175  normal  0.258259 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1778  AMP-binding domain protein  30.81 
 
 		 560 aa  227  4e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0198659 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2593  AMP-binding domain protein  29.62 
 
 		 574 aa  227  5.0000000000000005e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3108  AMP-binding domain protein  33.08 
 
 		 546 aa  226  6e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.580008  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0403  AMP-binding domain protein  29.94 
 
 		 550 aa  226  6e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.493287  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0870  AMP-binding domain protein  30.87 
 
 		 548 aa  226  6e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2328  AMP-binding domain protein  31.22 
 
 		 561 aa  226  7e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1971  AMP-binding domain protein  29.41 
 
 		 578 aa  226  9e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  30.6 
 
 		 566 aa  225  1e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>