More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1544 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0718  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  86.47 
 
 		 547 aa  982    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3918  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  68.99 
 
 		 549 aa  784    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.570213  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0914  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  59.82 
 
 		 552 aa  668    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.963611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1035  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  88.85 
 
 		 547 aa  1001    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1544  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  100 
 
 		 547 aa  1115    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1188  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  75.87 
 
 		 547 aa  877    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2126  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  76.98 
 
 		 547 aa  880    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.191102  decreased coverage  0.00946818 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4107  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  71.93 
 
 		 550 aa  828    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.44522 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1766  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  57.7 
 
 		 546 aa  634  1e-180  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.810333  normal  0.381602 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5256  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  51.85 
 
 		 549 aa  545  1e-153  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.242586  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4296  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  50.09 
 
 		 539 aa  492  9.999999999999999e-139  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0876  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  46.62 
 
 		 543 aa  456  1e-127  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1192  3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  44.29 
 
 		 1004 aa  394  1e-108  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0238022  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3934  AMP-dependent synthetase and ligase  44.03 
 
 		 541 aa  378  1e-103  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2400  AMP-dependent synthetase and ligase  39.77 
 
 		 534 aa  369  1e-101  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0669706  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1399  short chain acyl-CoA synthetase  37.06 
 
 		 555 aa  351  2e-95  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0216639  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1822  short chain acyl-CoA synthetase  36.51 
 
 		 546 aa  333  4e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1994  short chain acyl-CoA synthetase  36.51 
 
 		 546 aa  333  4e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.194812  normal  0.059614 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1462  short chain acyl-CoA synthetase  36.51 
 
 		 546 aa  333  5e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1480  short chain acyl-CoA synthetase  36.33 
 
 		 546 aa  332  1e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.712128  normal  0.130818 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1446  short chain acyl-CoA synthetase  36.51 
 
 		 546 aa  332  1e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.191096 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1494  short chain acyl-CoA synthetase  35.57 
 
 		 546 aa  319  6e-86  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.433242 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1918  short chain acyl-CoA synthetase  35.65 
 
 		 548 aa  315  9.999999999999999e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1930  short chain acyl-CoA synthetase  35.27 
 
 		 548 aa  313  3.9999999999999997e-84  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0789974 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1904  short chain acyl-CoA synthetase  35.65 
 
 		 548 aa  312  1e-83  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.850786  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01670  hypothetical protein  35.27 
 
 		 566 aa  311  2e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1941  AMP-dependent synthetase and ligase  35.08 
 
 		 548 aa  311  2e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.889751  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01659  hypothetical protein  35.27 
 
 		 566 aa  311  2e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1853  short chain acyl-CoA synthetase  32.72 
 
 		 543 aa  298  2e-79  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.342081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08690  short chain acyl-CoA synthetase  32.53 
 
 		 550 aa  296  9e-79  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0212832  normal  0.531653 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2335  AMP-dependent synthetase and ligase  40.92 
 
 		 567 aa  288  2e-76  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0704794  normal  0.0458127 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3489  AMP-dependent synthetase and ligase  34.31 
 
 		 540 aa  284  3.0000000000000004e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4966  AMP-dependent synthetase and ligase  35.34 
 
 		 503 aa  282  9e-75  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.436432  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  31.33 
 
 		 518 aa  278  1e-73  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09310  short chain acyl-CoA synthetase  31.5 
 
 		 549 aa  278  2e-73  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.280056  normal  0.513679 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4410  AMP-dependent synthetase and ligase  36.61 
 
 		 500 aa  277  3e-73  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4497  AMP-dependent synthetase and ligase  36.61 
 
 		 500 aa  277  3e-73  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.62299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2287  AMP-dependent synthetase and ligase  31.95 
 
 		 517 aa  277  4e-73  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4791  AMP-dependent synthetase and ligase  36.04 
 
 		 500 aa  275  1.0000000000000001e-72  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.743818 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3211  AMP-dependent synthetase and ligase  35.48 
 
 		 534 aa  274  3e-72  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.155051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1784  AMP-dependent synthetase and ligase  36.85 
 
 		 498 aa  271  2e-71  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.599535  normal  0.650207 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0171  AMP-dependent synthetase and ligase  35.71 
 
 		 630 aa  262  1e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217721  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8740  AMP-dependent synthetase and ligase  35.37 
 
 		 512 aa  262  1e-68  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.402683  normal  0.341368 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6445  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 542 aa  261  2e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.607182  hitchhiker  3.41608e-16 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2283  AMP-dependent synthetase and ligase  31.57 
 
 		 513 aa  250  5e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1803  2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase  33.83 
 
 		 542 aa  250  5e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.93 
 
 		 526 aa  249  1e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1650  AMP-binding domain protein  31.73 
 
 		 549 aa  246  9.999999999999999e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0473  AMP-binding domain protein  31.94 
 
 		 568 aa  246  9.999999999999999e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1103  AMP-binding domain protein  32.78 
 
 		 552 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1563  AMP-binding domain protein  33.46 
 
 		 538 aa  244  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716975 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2396  AMP-dependent synthetase and ligase  30.63 
 
 		 552 aa  244  3.9999999999999997e-63  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2563  AMP-binding domain protein  31.54 
 
 		 549 aa  243  9e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.45341e-16 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0789  AMP-dependent synthetase and ligase  30.76 
 
 		 553 aa  241  2e-62  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.109867  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6815  AMP-dependent synthetase and ligase  34.96 
 
 		 526 aa  242  2e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2692  AMP-binding domain protein  32.23 
 
 		 552 aa  240  5e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.262026  normal  0.421392 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1573  AMP-binding domain protein  32.15 
 
 		 552 aa  239  6.999999999999999e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.116566  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  32.67 
 
 		 520 aa  239  1e-61  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1389  AMP-binding domain protein  31.97 
 
 		 549 aa  236  6e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000722424  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3066  AMP-dependent synthetase and ligase  32.9 
 
 		 558 aa  236  1.0000000000000001e-60  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.479156  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1904  AMP-binding domain protein  30.71 
 
 		 573 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34080  AMP-binding domain protein  32.7 
 
 		 552 aa  234  2.0000000000000002e-60  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.448325  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3661  AMP-binding domain protein  32.17 
 
 		 560 aa  234  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000288335 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0365  AMP-dependent synthetase and ligase  32.96 
 
 		 524 aa  234  4.0000000000000004e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  31.71 
 
 		 1043 aa  232  2e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3774  (2,3-dihydroxybenzoyl)adenylate synthase  35.55 
 
 		 537 aa  230  4e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.212838 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0582  AMP-binding domain protein  30.49 
 
 		 587 aa  230  4e-59  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.44238  normal  0.647319 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5140  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.33 
 
 		 525 aa  230  4e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.24744  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  32.31 
 
 		 525 aa  230  4e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4723  AMP-binding domain protein  31.18 
 
 		 560 aa  230  6e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.712671  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1667  AMP-binding domain protein  31.37 
 
 		 549 aa  229  9e-59  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.327549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4867  AMP-binding domain protein  33.2 
 
 		 538 aa  229  1e-58  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.223701  normal  0.186874 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2328  AMP-binding domain protein  30.7 
 
 		 561 aa  229  1e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2089  AMP-dependent synthetase and ligase  32.83 
 
 		 530 aa  228  2e-58  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2816  AMP-dependent synthetase and ligase  33.65 
 
 		 566 aa  228  2e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.269281  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3108  AMP-binding domain protein  33.52 
 
 		 546 aa  228  2e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.580008  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0869  AMP-dependent synthetase and ligase  36.59 
 
 		 503 aa  228  3e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.184154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.81 
 
 		 525 aa  227  4e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1778  AMP-binding domain protein  31.73 
 
 		 560 aa  227  4e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0198659 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1241  acyl-CoA synthetase  30.85 
 
 		 572 aa  227  5.0000000000000005e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2768  AMP-dependent synthetase and ligase  31.78 
 
 		 558 aa  226  8e-58  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000354199 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1818  AMP-dependent synthetase and ligase  30.74 
 
 		 563 aa  226  1e-57  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.122494  normal  0.361334 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3103  AMP-dependent synthetase and ligase  31.56 
 
 		 550 aa  226  1e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.8985  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  33.15 
 
 		 571 aa  226  1e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.153732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3937  AMP-binding domain protein  30.13 
 
 		 539 aa  226  1e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.104158  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3458  acyl-CoA synthetase  31.73 
 
 		 562 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0403  AMP-binding domain protein  29.43 
 
 		 550 aa  225  2e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.493287  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2803  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 532 aa  224  2e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2311  acyl-CoA synthetase  31.73 
 
 		 557 aa  224  3e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.462118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2440  AMP-binding domain protein  31.61 
 
 		 544 aa  224  3e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5941  AMP-dependent synthetase and ligase  31.83 
 
 		 578 aa  224  3e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0214212  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3316  AMP-dependent synthetase and ligase  32.51 
 
 		 541 aa  224  3e-57  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4872  AMP-binding domain protein  32.48 
 
 		 549 aa  224  4e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3209  AMP-binding domain protein  33.08 
 
 		 546 aa  224  4e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.609491  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0870  AMP-binding domain protein  29.66 
 
 		 548 aa  223  7e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4063  AMP-binding domain protein  31.17 
 
 		 560 aa  223  9e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.365849  normal  0.0336017 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2821  AMP-binding domain protein  29.85 
 
 		 552 aa  222  9.999999999999999e-57  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.187557 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31470  AMP-binding domain protein  32.11 
 
 		 564 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0028776  hitchhiker  0.0000000416298 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2941  acyl-CoA synthetase  31.17 
 
 		 557 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.581775  normal  0.0544542 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2479  acyl-CoA synthetase  31.55 
 
 		 557 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.282098  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>