More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1766 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007348  Reut_B3918  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  59.18 
 
 		 549 aa  640    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.570213  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1188  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  59.93 
 
 		 547 aa  661    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1766  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  100 
 
 		 546 aa  1113    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.810333  normal  0.381602 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2126  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  59.37 
 
 		 547 aa  665    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.191102  decreased coverage  0.00946818 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4107  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  59.18 
 
 		 550 aa  656    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.44522 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5256  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  56.8 
 
 		 549 aa  634  1e-180  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.242586  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1544  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  57.7 
 
 		 547 aa  634  1e-180  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0718  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  56.4 
 
 		 547 aa  626  1e-178  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0914  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  56.67 
 
 		 552 aa  624  1e-177  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.963611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1035  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  56.96 
 
 		 547 aa  623  1e-177  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4296  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  51.76 
 
 		 539 aa  509  1e-143  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0876  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  47.42 
 
 		 543 aa  481  1e-134  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2400  AMP-dependent synthetase and ligase  44.4 
 
 		 534 aa  426  1e-118  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0669706  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1192  3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  43.58 
 
 		 1004 aa  421  1e-116  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0238022  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3934  AMP-dependent synthetase and ligase  41.1 
 
 		 541 aa  367  1e-100  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1399  short chain acyl-CoA synthetase  36.86 
 
 		 555 aa  369  1e-100  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0216639  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1494  short chain acyl-CoA synthetase  38.19 
 
 		 546 aa  363  5.0000000000000005e-99  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.433242 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1918  short chain acyl-CoA synthetase  38.19 
 
 		 548 aa  362  1e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1994  short chain acyl-CoA synthetase  38.27 
 
 		 546 aa  360  3e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.194812  normal  0.059614 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1822  short chain acyl-CoA synthetase  38.27 
 
 		 546 aa  360  3e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1462  short chain acyl-CoA synthetase  38.27 
 
 		 546 aa  360  3e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1904  short chain acyl-CoA synthetase  37.8 
 
 		 548 aa  360  4e-98  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.850786  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1480  short chain acyl-CoA synthetase  38.09 
 
 		 546 aa  359  5e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.712128  normal  0.130818 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1930  short chain acyl-CoA synthetase  38.01 
 
 		 548 aa  359  6e-98  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0789974 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1446  short chain acyl-CoA synthetase  38.09 
 
 		 546 aa  358  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.191096 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1941  AMP-dependent synthetase and ligase  37.52 
 
 		 548 aa  357  2.9999999999999997e-97  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.889751  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01670  hypothetical protein  37.71 
 
 		 566 aa  357  3.9999999999999996e-97  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01659  hypothetical protein  37.71 
 
 		 566 aa  357  3.9999999999999996e-97  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2287  AMP-dependent synthetase and ligase  35.76 
 
 		 517 aa  311  2e-83  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1853  short chain acyl-CoA synthetase  34.92 
 
 		 543 aa  308  2.0000000000000002e-82  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.342081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09310  short chain acyl-CoA synthetase  34.58 
 
 		 549 aa  297  3e-79  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.280056  normal  0.513679 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3211  AMP-dependent synthetase and ligase  36.33 
 
 		 534 aa  297  4e-79  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.155051  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08690  short chain acyl-CoA synthetase  34.51 
 
 		 550 aa  295  2e-78  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0212832  normal  0.531653 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4966  AMP-dependent synthetase and ligase  36.74 
 
 		 503 aa  284  3.0000000000000004e-75  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.436432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2335  AMP-dependent synthetase and ligase  37.86 
 
 		 567 aa  283  6.000000000000001e-75  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0704794  normal  0.0458127 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4791  AMP-dependent synthetase and ligase  35.97 
 
 		 500 aa  282  1e-74  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.743818 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4410  AMP-dependent synthetase and ligase  36.77 
 
 		 500 aa  281  3e-74  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4497  AMP-dependent synthetase and ligase  36.77 
 
 		 500 aa  281  3e-74  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.62299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6445  AMP-dependent synthetase and ligase  34.15 
 
 		 542 aa  277  3e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.607182  hitchhiker  3.41608e-16 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0171  AMP-dependent synthetase and ligase  35.73 
 
 		 630 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217721  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8740  AMP-dependent synthetase and ligase  35.42 
 
 		 512 aa  274  3e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.402683  normal  0.341368 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3489  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 		 540 aa  273  5.000000000000001e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  30.96 
 
 		 518 aa  273  8.000000000000001e-72  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0870  AMP-binding domain protein  33.46 
 
 		 548 aa  272  1e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1784  AMP-dependent synthetase and ligase  37.53 
 
 		 498 aa  270  7e-71  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.599535  normal  0.650207 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2440  AMP-binding domain protein  34.97 
 
 		 544 aa  268  2e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0789  AMP-dependent synthetase and ligase  32.47 
 
 		 553 aa  265  1e-69  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.109867  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1103  AMP-binding domain protein  34.38 
 
 		 552 aa  265  2e-69  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1667  AMP-binding domain protein  33.03 
 
 		 549 aa  263  8e-69  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.327549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4372  AMP-dependent synthetase and ligase  33.52 
 
 		 539 aa  263  8.999999999999999e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0473  AMP-binding domain protein  33.09 
 
 		 568 aa  262  1e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1650  AMP-binding domain protein  32.72 
 
 		 549 aa  262  1e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0462  AMP-binding domain protein  33.89 
 
 		 564 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  32.41 
 
 		 566 aa  260  4e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2816  AMP-dependent synthetase and ligase  35.19 
 
 		 566 aa  260  4e-68  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.269281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1803  2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase  35.08 
 
 		 542 aa  260  5.0000000000000005e-68  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2400  2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase  32.65 
 
 		 538 aa  259  8e-68  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.584614  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2177  2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase  32.46 
 
 		 538 aa  259  9e-68  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00190695  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2563  AMP-binding domain protein  32.35 
 
 		 549 aa  259  1e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.45341e-16 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2396  AMP-dependent synthetase and ligase  31.41 
 
 		 552 aa  258  1e-67  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2335  2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase  32.71 
 
 		 538 aa  258  2e-67  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138928  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  33.06 
 
 		 525 aa  258  2e-67  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2470  2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase  32.84 
 
 		 538 aa  258  3e-67  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00193535  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2990  2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase  33.15 
 
 		 538 aa  258  3e-67  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.830414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1871  2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase  33.96 
 
 		 543 aa  257  4e-67  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.412507  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0663  AMP-binding domain protein  32.7 
 
 		 547 aa  256  5e-67  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.390649  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1389  AMP-binding domain protein  33.4 
 
 		 549 aa  256  6e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000722424  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2206  2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase  33.09 
 
 		 538 aa  256  7e-67  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2370  2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase  33.09 
 
 		 538 aa  256  7e-67  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1693  AMP-binding domain protein  32.74 
 
 		 543 aa  256  8e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.301435  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2692  AMP-binding domain protein  34.37 
 
 		 552 aa  255  1.0000000000000001e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.262026  normal  0.421392 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2019  2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase  34.9 
 
 		 552 aa  255  1.0000000000000001e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.6073 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5941  AMP-dependent synthetase and ligase  33.51 
 
 		 578 aa  256  1.0000000000000001e-66  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0214212  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2145  2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase  32.9 
 
 		 538 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0403  AMP-binding domain protein  31.42 
 
 		 550 aa  254  2.0000000000000002e-66  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.493287  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2283  AMP-dependent synthetase and ligase  32.94 
 
 		 513 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34080  AMP-binding domain protein  33.9 
 
 		 552 aa  254  2.0000000000000002e-66  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.448325  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2129  2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase  32.84 
 
 		 538 aa  254  3e-66  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.933368  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3475  AMP-dependent synthetase and ligase  32.89 
 
 		 524 aa  254  4.0000000000000004e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.440115  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3458  acyl-CoA synthetase  33.39 
 
 		 562 aa  253  6e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4872  AMP-binding domain protein  34.06 
 
 		 549 aa  253  8.000000000000001e-66  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2388  2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase  32.71 
 
 		 538 aa  253  9.000000000000001e-66  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0327  AMP-binding domain protein  31.16 
 
 		 549 aa  252  9.000000000000001e-66  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.347146  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4818  AMP-binding domain protein  32.01 
 
 		 540 aa  251  2e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5134  AMP-binding domain protein  33.6 
 
 		 518 aa  251  2e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0657606  normal  0.735688 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2821  AMP-binding domain protein  31.4 
 
 		 552 aa  251  3e-65  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.187557 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0807  AMP-dependent synthetase and ligase  34.07 
 
 		 551 aa  251  4e-65  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.472076  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1904  AMP-binding domain protein  32.84 
 
 		 573 aa  250  5e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1756  2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase  32.4 
 
 		 540 aa  250  5e-65  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0218117  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1041  AMP-binding domain protein  30.98 
 
 		 549 aa  250  6e-65  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4437  AMP-binding domain protein  32.7 
 
 		 540 aa  249  7e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4524  AMP-binding domain protein  32.7 
 
 		 540 aa  249  7e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1573  AMP-binding domain protein  32.35 
 
 		 552 aa  249  1e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.116566  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3009  AMP-binding domain protein  32.65 
 
 		 546 aa  249  1e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0344  AMP-binding domain protein  31.85 
 
 		 562 aa  249  1e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.100012  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2593  AMP-binding domain protein  31.14 
 
 		 574 aa  248  2e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1585  AMP-binding domain protein  31.88 
 
 		 549 aa  248  2e-64  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0252  AMP-binding domain protein  32.78 
 
 		 564 aa  248  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0869  AMP-dependent synthetase and ligase  37.08 
 
 		 503 aa  248  2e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.184154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0312  AMP-binding domain protein  32.85 
 
 		 550 aa  248  2e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>