More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2126 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0718  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  76.24 
 
 		 547 aa  867    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3918  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  70.72 
 
 		 549 aa  794    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.570213  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1766  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  59.37 
 
 		 546 aa  665    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.810333  normal  0.381602 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1035  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  75.51 
 
 		 547 aa  859    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1544  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  76.98 
 
 		 547 aa  880    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0914  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  61.76 
 
 		 552 aa  685    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.963611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1188  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  79.71 
 
 		 547 aa  924    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2126  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  100 
 
 		 547 aa  1120    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.191102  decreased coverage  0.00946818 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4107  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  82.32 
 
 		 550 aa  935    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.44522 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5256  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  51.98 
 
 		 549 aa  548  1e-154  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.242586  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4296  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  49.36 
 
 		 539 aa  489  1e-137  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0876  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  44.55 
 
 		 543 aa  442  1e-123  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1192  3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  42.52 
 
 		 1004 aa  388  1e-106  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0238022  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2400  AMP-dependent synthetase and ligase  42.61 
 
 		 534 aa  387  1e-106  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0669706  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1822  short chain acyl-CoA synthetase  39.14 
 
 		 546 aa  363  3e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1994  short chain acyl-CoA synthetase  39.14 
 
 		 546 aa  363  3e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.194812  normal  0.059614 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1399  short chain acyl-CoA synthetase  38.55 
 
 		 555 aa  364  3e-99  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0216639  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1462  short chain acyl-CoA synthetase  39.14 
 
 		 546 aa  363  4e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1480  short chain acyl-CoA synthetase  38.95 
 
 		 546 aa  362  8e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.712128  normal  0.130818 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1446  short chain acyl-CoA synthetase  39.14 
 
 		 546 aa  362  1e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.191096 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3934  AMP-dependent synthetase and ligase  41.77 
 
 		 541 aa  361  1e-98  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1494  short chain acyl-CoA synthetase  39.66 
 
 		 546 aa  356  5e-97  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.433242 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1918  short chain acyl-CoA synthetase  39.47 
 
 		 548 aa  352  1e-95  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01670  hypothetical protein  39.66 
 
 		 566 aa  350  4e-95  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01659  hypothetical protein  39.66 
 
 		 566 aa  350  4e-95  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1930  short chain acyl-CoA synthetase  39.29 
 
 		 548 aa  350  4e-95  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0789974 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1904  short chain acyl-CoA synthetase  39.66 
 
 		 548 aa  350  5e-95  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.850786  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1941  AMP-dependent synthetase and ligase  39.1 
 
 		 548 aa  348  1e-94  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.889751  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1853  short chain acyl-CoA synthetase  34.01 
 
 		 543 aa  314  2.9999999999999996e-84  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.342081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08690  short chain acyl-CoA synthetase  35.74 
 
 		 550 aa  310  2.9999999999999997e-83  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0212832  normal  0.531653 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2287  AMP-dependent synthetase and ligase  34.67 
 
 		 517 aa  294  3e-78  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2335  AMP-dependent synthetase and ligase  39.32 
 
 		 567 aa  288  2e-76  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0704794  normal  0.0458127 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09310  short chain acyl-CoA synthetase  32.6 
 
 		 549 aa  287  4e-76  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.280056  normal  0.513679 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  32.59 
 
 		 518 aa  281  2e-74  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4966  AMP-dependent synthetase and ligase  36.26 
 
 		 503 aa  280  5e-74  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.436432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3489  AMP-dependent synthetase and ligase  34.01 
 
 		 540 aa  279  1e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4410  AMP-dependent synthetase and ligase  36.44 
 
 		 500 aa  276  7e-73  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4497  AMP-dependent synthetase and ligase  36.44 
 
 		 500 aa  276  7e-73  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.62299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4791  AMP-dependent synthetase and ligase  36.23 
 
 		 500 aa  275  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.743818 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3211  AMP-dependent synthetase and ligase  34.55 
 
 		 534 aa  272  1e-71  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.155051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0171  AMP-dependent synthetase and ligase  34.9 
 
 		 630 aa  268  1e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1784  AMP-dependent synthetase and ligase  36.55 
 
 		 498 aa  266  1e-69  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.599535  normal  0.650207 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2283  AMP-dependent synthetase and ligase  33.72 
 
 		 513 aa  259  8e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8740  AMP-dependent synthetase and ligase  35.83 
 
 		 512 aa  258  2e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.402683  normal  0.341368 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6445  AMP-dependent synthetase and ligase  33.58 
 
 		 542 aa  258  2e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.607182  hitchhiker  3.41608e-16 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6815  AMP-dependent synthetase and ligase  35.2 
 
 		 526 aa  256  7e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1650  AMP-binding domain protein  33.15 
 
 		 549 aa  250  4e-65  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2563  AMP-binding domain protein  33.52 
 
 		 549 aa  249  6e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.45341e-16 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  31.45 
 
 		 525 aa  248  2e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34 
 
 		 526 aa  246  9.999999999999999e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0789  AMP-dependent synthetase and ligase  30.51 
 
 		 553 aa  245  1.9999999999999999e-63  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.109867  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2396  AMP-dependent synthetase and ligase  30.15 
 
 		 552 aa  244  3e-63  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1103  AMP-binding domain protein  32.91 
 
 		 552 aa  244  3e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0869  AMP-dependent synthetase and ligase  36.86 
 
 		 503 aa  243  5e-63  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.184154  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3458  acyl-CoA synthetase  32.78 
 
 		 562 aa  242  1e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  31.82 
 
 		 520 aa  243  1e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2311  acyl-CoA synthetase  32.6 
 
 		 557 aa  241  2e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.462118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0403  AMP-binding domain protein  31.55 
 
 		 550 aa  241  2.9999999999999997e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.493287  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2941  acyl-CoA synthetase  32.47 
 
 		 557 aa  240  4e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.581775  normal  0.0544542 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2479  acyl-CoA synthetase  32.42 
 
 		 557 aa  240  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.282098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4037  AMP-dependent synthetase and ligase  30.39 
 
 		 558 aa  239  1e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0518356  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0365  AMP-dependent synthetase and ligase  34.21 
 
 		 524 aa  239  1e-61  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1971  AMP-binding domain protein  31.56 
 
 		 578 aa  238  2e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1389  AMP-binding domain protein  32.22 
 
 		 549 aa  238  2e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000722424  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1573  AMP-binding domain protein  32.72 
 
 		 552 aa  237  3e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.116566  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1803  2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase  31.96 
 
 		 542 aa  237  5.0000000000000005e-61  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0663  AMP-binding domain protein  31.59 
 
 		 547 aa  236  7e-61  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.390649  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  33.07 
 
 		 521 aa  235  1.0000000000000001e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4086  AMP-dependent synthetase and ligase  35.31 
 
 		 527 aa  235  1.0000000000000001e-60  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.432912  normal  0.782905 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4723  AMP-binding domain protein  32.22 
 
 		 560 aa  234  2.0000000000000002e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.712671  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2593  AMP-binding domain protein  30.63 
 
 		 574 aa  235  2.0000000000000002e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1563  AMP-binding domain protein  32.89 
 
 		 538 aa  235  2.0000000000000002e-60  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716975 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2692  AMP-binding domain protein  31.73 
 
 		 552 aa  234  3e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.262026  normal  0.421392 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0582  AMP-binding domain protein  29.91 
 
 		 587 aa  234  4.0000000000000004e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.44238  normal  0.647319 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0473  AMP-binding domain protein  30.99 
 
 		 568 aa  233  6e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2646  AMP-binding domain protein  30.63 
 
 		 570 aa  233  8.000000000000001e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1739  AMP-binding domain protein  30.63 
 
 		 570 aa  233  8.000000000000001e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.184325  hitchhiker  0.00142918 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2721  AMP-binding domain protein  30.63 
 
 		 570 aa  233  8.000000000000001e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.443793  normal  0.43387 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0462  AMP-binding domain protein  31.93 
 
 		 564 aa  233  9e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1693  AMP-binding domain protein  33.02 
 
 		 543 aa  233  1e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.301435  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3475  AMP-dependent synthetase and ligase  31.7 
 
 		 524 aa  233  1e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.440115  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34080  AMP-binding domain protein  33.65 
 
 		 552 aa  233  1e-59  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.448325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2607  AMP-binding domain protein  30.63 
 
 		 570 aa  232  1e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4063  AMP-binding domain protein  31.87 
 
 		 560 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.365849  normal  0.0336017 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2821  AMP-binding domain protein  31.98 
 
 		 552 aa  231  2e-59  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.187557 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0752  AMP-binding domain protein  31.84 
 
 		 576 aa  231  2e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3767  AMP-dependent synthetase and ligase  33.94 
 
 		 512 aa  231  3e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0143855  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2285  AMP-binding domain protein  30.07 
 
 		 570 aa  230  4e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0389499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0310  AMP-dependent synthetase and ligase  31.5 
 
 		 533 aa  230  4e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.280778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1904  AMP-binding domain protein  31.05 
 
 		 573 aa  231  4e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31470  AMP-binding domain protein  31.73 
 
 		 564 aa  229  9e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0028776  hitchhiker  0.0000000416298 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2328  AMP-binding domain protein  31.71 
 
 		 561 aa  229  1e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2357  AMP-binding domain protein  30.26 
 
 		 570 aa  229  1e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0641132  normal  0.0814981 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0288  AMP-binding domain protein  31.38 
 
 		 564 aa  228  2e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0229323  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1362  AMP-dependent synthetase and ligase  33.78 
 
 		 542 aa  228  2e-58  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00632075  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0870  AMP-binding domain protein  30.35 
 
 		 548 aa  228  2e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3661  AMP-binding domain protein  30.94 
 
 		 560 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000288335 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4313  AMP-dependent synthetase and ligase  33.21 
 
 		 531 aa  228  2e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1667  AMP-binding domain protein  30.95 
 
 		 549 aa  228  3e-58  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.327549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1585  AMP-binding domain protein  30.6 
 
 		 549 aa  228  3e-58  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>