159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0460 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0460  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 319 aa  633  1e-180  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0238  hypothetical protein  52.68 
 
 		 320 aa  306  3e-82  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1448  MerR family transcriptional regulator  47.35 
 
 		 319 aa  273  2.0000000000000002e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1049  transcriptional regulator, MerR family  47.02 
 
 		 304 aa  266  4e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.362937  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2399  transcriptional regulator, MerR family  45.36 
 
 		 316 aa  258  7e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2972  MerR family transcriptional regulator  45.03 
 
 		 316 aa  256  3e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0234999  normal  0.559596 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6238  regulatory protein, MerR  43.93 
 
 		 324 aa  255  6e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.316883  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4299  regulatory protein MerR  46.25 
 
 		 337 aa  250  2e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0130356  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0487  regulatory protein, MerR  46.03 
 
 		 301 aa  243  3e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1384  transcriptional regulator, MerR family  35.37 
 
 		 298 aa  172  5.999999999999999e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000396773  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2776  transcriptional regulator  28.67 
 
 		 290 aa  112  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.379235  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2213  transcriptional regulator, MerR family  34.62 
 
 		 322 aa  107  2e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.68316  normal  0.172033 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0376  MerR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 293 aa  101  1e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1484  transcriptional regulator, MerR family  33.33 
 
 		 293 aa  99  9e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0787562  hitchhiker  0.0000374152 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1753  regulatory protein MerR  29.63 
 
 		 319 aa  97.8  2e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0938  regulatory protein MerR  29.27 
 
 		 315 aa  97.8  2e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.011664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2116  regulatory protein, MerR  28.4 
 
 		 319 aa  95.9  8e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2702  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.21 
 
 		 305 aa  87.8  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1060  MerR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 300 aa  86.3  6e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.497246 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2029  transcriptional regulator, MerR family  27.1 
 
 		 298 aa  86.3  7e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1107  MerR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 315 aa  83.2  0.000000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3271  MerR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 335 aa  82.8  0.000000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.107511  normal  0.193811 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3757  MerR family transcriptional regulator  26.93 
 
 		 333 aa  82  0.00000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00211459  hitchhiker  0.00419816 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2028  transcriptional regulator, MerR family  28.86 
 
 		 318 aa  81.6  0.00000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000000332734  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00910  transcriptional regulator, MerR family protein  22.79 
 
 		 297 aa  78.2  0.0000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.307342  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2032  MerR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 295 aa  77.4  0.0000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.662057  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5621  transcriptional regulator, MerR family  25 
 
 		 294 aa  71.6  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.695249 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5173  transcriptional regulator, MerR family  22.49 
 
 		 291 aa  68.6  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3717  regulatory protein MerR  23.86 
 
 		 315 aa  65.5  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5846  MerR family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 323 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4486  transcriptional regulator, MerR family  39.06 
 
 		 321 aa  62.8  0.000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.892291  hitchhiker  0.0000100174 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4353  transcriptional regulator, MerR family  39.06 
 
 		 321 aa  62.8  0.000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.651332  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4396  transcriptional regulator, MerR family  44.29 
 
 		 342 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2355  MerR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 327 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.278081  normal  0.108483 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2255  MerR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 302 aa  59.3  0.00000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0803543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3692  MerR family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 290 aa  57.4  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2639  cobalamin B12-binding  28.17 
 
 		 222 aa  57  0.0000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0740  MerR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 299 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0768  MerR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 299 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.819465  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0370  regulatory protein MerR  28.78 
 
 		 304 aa  56.6  0.0000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0466  MerR family transcriptional regulator  24.21 
 
 		 305 aa  55.1  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.935291  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05121  hypothetical protein  24.63 
 
 		 267 aa  55.1  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4449  MerR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 293 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0781  MerR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 299 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.818873  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1122  transcriptional regulator, MerR family  38.1 
 
 		 302 aa  54.3  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1397  putative transcriptional regulator, MerR family  30.48 
 
 		 319 aa  53.9  0.000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3758  MerR family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 349 aa  54.3  0.000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.312823 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3258  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.35 
 
 		 370 aa  53.1  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1072  MerR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 320 aa  53.5  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.653703 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0962  regulatory protein, MerR  38.1 
 
 		 300 aa  52.8  0.000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61620  MerR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 299 aa  52.4  0.000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.076426 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001251  transcriptional regulator MerR family  27.01 
 
 		 267 aa  52.4  0.000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3286  MerR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 321 aa  52.4  0.000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4228  putative sensor protein  47.06 
 
 		 282 aa  52.4  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0809123  normal  0.140287 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0894  MerR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 319 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5308  putative transcriptional regulator  47.37 
 
 		 299 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4630  MerR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 303 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1817  transcriptional regulator, MerR family  27.88 
 
 		 287 aa  50.8  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0914  MerR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 298 aa  51.2  0.00003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.976142  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0822  transcriptional regulator, MerR family  43.64 
 
 		 327 aa  50.8  0.00003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.528612  normal  0.372171 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1531  transcriptional regulator, MerR family  36.23 
 
 		 243 aa  50.4  0.00004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.896472  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2415  transcriptional regulator MlrA  36.23 
 
 		 243 aa  50.4  0.00004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1520  MerR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 243 aa  50.4  0.00004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0810  MerR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 310 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.826651  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02056  DNA-binding transcriptional regulator  36.23 
 
 		 243 aa  50.1  0.00005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02014  hypothetical protein  36.23 
 
 		 243 aa  50.1  0.00005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4735  MerR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 313 aa  50.1  0.00005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.736808  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4491  MerR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 311 aa  50.1  0.00005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.51698  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4615  MerR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 311 aa  50.1  0.00005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0917  transcriptional regulator MlrA  36.23 
 
 		 243 aa  50.1  0.00005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.773319 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2350  MerR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 243 aa  50.1  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.749654  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2395  MerR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 243 aa  50.1  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2507  MerR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 243 aa  50.1  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.54567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2399  transcriptional regulator, MerR family protein  37.1 
 
 		 243 aa  49.7  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2306  transcriptional regulator, MerR family protein  37.1 
 
 		 243 aa  49.7  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2725  MerR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 243 aa  49.7  0.00007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0673  cobalamin B12-binding domain protein  27.85 
 
 		 349 aa  49.7  0.00007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.846284 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1868  transcriptional regulator, MerR family  29.73 
 
 		 247 aa  49.3  0.00008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0056  MerR family transcriptional regulator  20.96 
 
 		 299 aa  49.3  0.00008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2211  methionine synthase  22.92 
 
 		 1178 aa  48.9  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1617  homocysteine S-methyltransferase  23.18 
 
 		 1189 aa  48.9  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0978  response regulator receiver protein  21.62 
 
 		 280 aa  48.9  0.0001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.144383 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3385  MerR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 345 aa  48.5  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4798  MerR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 136 aa  48.1  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4499  methionine synthase  21.74 
 
 		 1173 aa  48.1  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.629663  hitchhiker  0.00843884 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0686  transcriptional regulator, MerR family  37.68 
 
 		 363 aa  47.8  0.0002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.162378  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2126  MerR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 282 aa  47.4  0.0003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1467  cobalamin B12-binding  25.56 
 
 		 364 aa  47.4  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.225745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1301  transcriptional regulator mlrA-like protein  33.85 
 
 		 243 aa  47.8  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1529  cobalamin B12-binding domain protein  23.75 
 
 		 372 aa  47  0.0004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1155  MerR family transcriptional regulator  22.78 
 
 		 317 aa  47.4  0.0004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0511253  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01137  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.87 
 
 		 243 aa  47  0.0005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2485  transcriptional regulator, MerR family  33.87 
 
 		 243 aa  47  0.0005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41410  transcriptional regulatory protein, MerR-family  38.67 
 
 		 314 aa  47  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01145  hypothetical protein  33.87 
 
 		 243 aa  47  0.0005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1258  transcriptional regulator mlrA  33.87 
 
 		 243 aa  47  0.0005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00289591  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1792  homocysteine S-methyltransferase  23.02 
 
 		 774 aa  47  0.0005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.709712  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2464  MerR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 243 aa  47  0.0005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1987  transcriptional regulator mlrA  33.85 
 
 		 243 aa  47  0.0005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1317  transcriptional regulator mlrA  33.87 
 
 		 243 aa  47  0.0005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>