More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E1317 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001637  EcDH1_2485  transcriptional regulator, MerR family  100 
 
 
243 aa  499  1e-140  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2464  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 
243 aa  499  1e-140  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1258  transcriptional regulator mlrA  100 
 
 
243 aa  499  1e-140  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00289591  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1317  transcriptional regulator mlrA  100 
 
 
243 aa  499  1e-140  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1301  transcriptional regulator mlrA-like protein  99.59 
 
 
243 aa  497  1e-140  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1987  transcriptional regulator mlrA  99.59 
 
 
243 aa  497  1e-140  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01137  predicted DNA-binding transcriptional regulator  99.18 
 
 
243 aa  495  1e-139  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01145  hypothetical protein  99.18 
 
 
243 aa  495  1e-139  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1758  MerR family transcriptional regulator  66.39 
 
 
245 aa  330  1e-89  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000235386 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2725  MerR family transcriptional regulator  50.62 
 
 
243 aa  251  5.000000000000001e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02056  DNA-binding transcriptional regulator  48.54 
 
 
243 aa  242  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1531  transcriptional regulator, MerR family  48.54 
 
 
243 aa  242  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.896472  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02014  hypothetical protein  48.54 
 
 
243 aa  242  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1520  MerR family transcriptional regulator  48.54 
 
 
243 aa  242  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2415  transcriptional regulator MlrA  48.54 
 
 
243 aa  242  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0917  transcriptional regulator MlrA  48.54 
 
 
243 aa  241  7e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.773319 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2350  MerR family transcriptional regulator  47.06 
 
 
243 aa  223  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.749654  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2395  MerR family transcriptional regulator  47.06 
 
 
243 aa  223  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2306  transcriptional regulator, MerR family protein  47.06 
 
 
243 aa  221  9e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2399  transcriptional regulator, MerR family protein  47.06 
 
 
243 aa  221  9e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2507  MerR family transcriptional regulator  46.64 
 
 
243 aa  219  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.54567  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3252  hypothetical protein  44.08 
 
 
215 aa  194  1e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000472295 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1868  transcriptional regulator, MerR family  38.33 
 
 
247 aa  186  2e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1180  transcriptional regulator, MerR family  37.23 
 
 
242 aa  167  1e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0010  transcriptional regulator, MerR family protein  36.8 
 
 
241 aa  166  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.904582  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1503  MerR family transcriptional regulator  37.72 
 
 
242 aa  162  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000104173 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1232  HTH-type transcriptional regulator MlrA  43.89 
 
 
179 aa  162  7e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1488  transcriptional regulator, MerR family protein  37.89 
 
 
242 aa  161  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.372841  normal  0.479872 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1781  transcriptional regulator, MerR family protein  37.28 
 
 
242 aa  160  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.329966  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0064  MerR family transcriptional regulator  37.23 
 
 
242 aa  160  1e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1525  MerR family transcriptional regulator  37.28 
 
 
242 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00175945 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1372  putative transcriptional regulator  31.51 
 
 
282 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0122562  hitchhiker  0.0000765424 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1387  putative transcriptional regulator  31.51 
 
 
282 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00489991  normal  0.361581 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1914  putative transcriptional regulator  31.51 
 
 
282 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000412659  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2095  putative transcriptional regulator  31.51 
 
 
282 aa  122  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000221737  hitchhiker  0.000000256129 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1356  putative transcriptional regulator  31.51 
 
 
282 aa  122  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000135283  normal  0.653551 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001251  transcriptional regulator MerR family  34.16 
 
 
267 aa  121  9.999999999999999e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05121  hypothetical protein  35.15 
 
 
267 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1072  MerR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
320 aa  103  3e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.653703 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4449  MerR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
293 aa  102  5e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0740  MerR family transcriptional regulator  32.84 
 
 
299 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1155  MerR family transcriptional regulator  41.6 
 
 
317 aa  100  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0511253  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0768  MerR family transcriptional regulator  32.35 
 
 
299 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.819465  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0081  MerR family transcriptional regulator  40 
 
 
265 aa  98.6  9e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00994643  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0781  MerR family transcriptional regulator  31.86 
 
 
299 aa  96.7  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.818873  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1164  MerR family transcriptional regulator  53.09 
 
 
361 aa  95.5  7e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1235  MerR family transcriptional regulator  53.09 
 
 
366 aa  95.1  8e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61620  MerR family transcriptional regulator  39.37 
 
 
299 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.076426 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0466  MerR family transcriptional regulator  37.88 
 
 
305 aa  93.2  3e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.935291  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3286  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
321 aa  90.9  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0914  MerR family transcriptional regulator  40.3 
 
 
298 aa  91.3  1e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.976142  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2740  MerR family transcriptional regulator  62.71 
 
 
295 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41410  transcriptional regulatory protein, MerR-family  30.22 
 
 
314 aa  90.5  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3013  MerR family transcriptional regulator  62.71 
 
 
295 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1165  MerR family transcriptional regulator  50.62 
 
 
352 aa  89  6e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5308  putative transcriptional regulator  39.32 
 
 
299 aa  87  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3169  MerR family transcriptional regulator  53.97 
 
 
315 aa  87  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0340158  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3385  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 
345 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0962  regulatory protein, MerR  43.68 
 
 
300 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1122  transcriptional regulator, MerR family  43.68 
 
 
302 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4735  MerR family transcriptional regulator  39.09 
 
 
313 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.736808  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0894  MerR family transcriptional regulator  52.86 
 
 
319 aa  82.8  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2126  MerR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
282 aa  82.8  0.000000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2715  MerR family transcriptional regulator  45.35 
 
 
326 aa  82.8  0.000000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1308  transcriptional regulator, MerR family  51.43 
 
 
342 aa  82  0.000000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3212  MerR family transcriptional regulator  51.43 
 
 
335 aa  82  0.000000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.645977  normal  0.909294 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0376  MerR family transcriptional regulator  32.56 
 
 
293 aa  80.5  0.00000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3069  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 
337 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3055  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 
342 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1484  transcriptional regulator, MerR family  32.56 
 
 
293 aa  79  0.00000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0787562  hitchhiker  0.0000374152 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4615  MerR family transcriptional regulator  33.07 
 
 
311 aa  78.6  0.00000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1397  putative transcriptional regulator, MerR family  48.61 
 
 
319 aa  78.2  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2255  MerR family transcriptional regulator  36.46 
 
 
302 aa  77.4  0.0000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0803543  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1212  MerR family transcriptional regulator  29.55 
 
 
302 aa  76.6  0.0000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000132783  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4491  MerR family transcriptional regulator  28.32 
 
 
311 aa  75.9  0.0000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.51698  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0810  MerR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
310 aa  75.5  0.0000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.826651  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4630  MerR family transcriptional regulator  29.38 
 
 
303 aa  75.1  0.0000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0822  transcriptional regulator, MerR family  45.33 
 
 
327 aa  74.7  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.528612  normal  0.372171 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3801  transcriptional regulator, MerR family  28 
 
 
291 aa  72.4  0.000000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000260127  hitchhiker  0.0000000000000558476 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1544  transcriptional regulator, MerR family  28.67 
 
 
291 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00914127  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0938  regulatory protein MerR  29.09 
 
 
315 aa  70.5  0.00000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.011664  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1399  MerR family transcriptional regulator  28.67 
 
 
292 aa  68.6  0.00000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.147582  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1509  MerR family transcriptional regulator  28.67 
 
 
291 aa  68.6  0.00000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000195029  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1371  MerR family transcriptional regulator  28.77 
 
 
292 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000540169  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1370  MerR family transcriptional regulator  28.77 
 
 
291 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000206673  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1583  transcriptional regulator, MerR family  28.77 
 
 
291 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.53357e-31 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1650  transcriptional regulator, MerR family  28.77 
 
 
291 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000245022  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1411  MerR family transcriptional regulator  27.4 
 
 
291 aa  66.2  0.0000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000846806  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1577  transcriptional regulator, MerR family  39.47 
 
 
343 aa  65.9  0.0000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1614  MerR family transcriptional regulator  28.77 
 
 
169 aa  65.5  0.0000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000141352  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1612  putative transcriptional regulator, MerR family  46.03 
 
 
351 aa  63.5  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3757  MerR family transcriptional regulator  28.47 
 
 
333 aa  63.9  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00211459  hitchhiker  0.00419816 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1753  regulatory protein MerR  25.84 
 
 
319 aa  63.5  0.000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2355  MerR family transcriptional regulator  39.39 
 
 
327 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.278081  normal  0.108483 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2116  regulatory protein, MerR  37.08 
 
 
319 aa  61.6  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3271  MerR family transcriptional regulator  25.36 
 
 
335 aa  61.2  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.107511  normal  0.193811 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3184  transcriptional regulator, MerR family  36.84 
 
 
142 aa  60.8  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2028  transcriptional regulator, MerR family  39.08 
 
 
318 aa  59.7  0.00000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000000332734  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2032  MerR family transcriptional regulator  31.52 
 
 
295 aa  58.9  0.00000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.662057  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0686  transcriptional regulator, MerR family  40.58 
 
 
363 aa  58.5  0.00000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.162378  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>