More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0740 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0740  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 
299 aa  596  1e-169  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0768  MerR family transcriptional regulator  98.66 
 
 
299 aa  586  1e-166  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.819465  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0781  MerR family transcriptional regulator  87.96 
 
 
299 aa  507  1e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.818873  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4449  MerR family transcriptional regulator  77.82 
 
 
293 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61620  MerR family transcriptional regulator  48.4 
 
 
299 aa  251  1e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.076426 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4735  MerR family transcriptional regulator  47.2 
 
 
313 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.736808  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1122  transcriptional regulator, MerR family  50 
 
 
302 aa  243  3e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0962  regulatory protein, MerR  50.18 
 
 
300 aa  241  7.999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1072  MerR family transcriptional regulator  47.52 
 
 
320 aa  241  7.999999999999999e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.653703 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5308  putative transcriptional regulator  51.17 
 
 
299 aa  241  1e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41410  transcriptional regulatory protein, MerR-family  50 
 
 
314 aa  223  4e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0466  MerR family transcriptional regulator  39.57 
 
 
305 aa  162  5.0000000000000005e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.935291  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2255  MerR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
302 aa  129  7.000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0803543  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1155  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0511253  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3286  MerR family transcriptional regulator  33.81 
 
 
321 aa  124  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0894  MerR family transcriptional regulator  34.16 
 
 
319 aa  122  7e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1397  putative transcriptional regulator, MerR family  42.44 
 
 
319 aa  116  3e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01137  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.33 
 
 
243 aa  112  6e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01145  hypothetical protein  33.33 
 
 
243 aa  112  6e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1987  transcriptional regulator mlrA  33.33 
 
 
243 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2485  transcriptional regulator, MerR family  32.84 
 
 
243 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1258  transcriptional regulator mlrA  32.84 
 
 
243 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00289591  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1301  transcriptional regulator mlrA-like protein  32.84 
 
 
243 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2464  MerR family transcriptional regulator  32.84 
 
 
243 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1317  transcriptional regulator mlrA  32.84 
 
 
243 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1164  MerR family transcriptional regulator  39.05 
 
 
361 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2715  MerR family transcriptional regulator  38.32 
 
 
326 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0914  MerR family transcriptional regulator  34.48 
 
 
298 aa  108  1e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.976142  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3212  MerR family transcriptional regulator  38.65 
 
 
335 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.645977  normal  0.909294 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3055  MerR family transcriptional regulator  38.65 
 
 
342 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1308  transcriptional regulator, MerR family  38.32 
 
 
342 aa  106  4e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1165  MerR family transcriptional regulator  37.28 
 
 
352 aa  106  5e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3385  MerR family transcriptional regulator  36.78 
 
 
345 aa  106  6e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1235  MerR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
366 aa  104  2e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3069  MerR family transcriptional regulator  37.8 
 
 
337 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0810  MerR family transcriptional regulator  35.12 
 
 
310 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.826651  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05121  hypothetical protein  29.47 
 
 
267 aa  99.4  7e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4491  MerR family transcriptional regulator  31.03 
 
 
311 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.51698  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001251  transcriptional regulator MerR family  29.81 
 
 
267 aa  98.2  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2725  MerR family transcriptional regulator  34.23 
 
 
243 aa  97.4  3e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4630  MerR family transcriptional regulator  32.18 
 
 
303 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4615  MerR family transcriptional regulator  34.36 
 
 
311 aa  95.5  9e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2350  MerR family transcriptional regulator  40.65 
 
 
243 aa  93.6  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.749654  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2399  transcriptional regulator, MerR family protein  40.65 
 
 
243 aa  93.2  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2306  transcriptional regulator, MerR family protein  40.65 
 
 
243 aa  93.2  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2395  MerR family transcriptional regulator  40.65 
 
 
243 aa  93.6  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2507  MerR family transcriptional regulator  40.65 
 
 
243 aa  93.6  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.54567  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0081  MerR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
265 aa  93.2  5e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00994643  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1758  MerR family transcriptional regulator  31.28 
 
 
245 aa  92.4  9e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000235386 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3169  MerR family transcriptional regulator  32.59 
 
 
315 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0340158  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1868  transcriptional regulator, MerR family  42.5 
 
 
247 aa  90.5  3e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0010  transcriptional regulator, MerR family protein  40.83 
 
 
241 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.904582  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02056  DNA-binding transcriptional regulator  30.74 
 
 
243 aa  89  8e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02014  hypothetical protein  30.74 
 
 
243 aa  89  8e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1531  transcriptional regulator, MerR family  30.74 
 
 
243 aa  89  9e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.896472  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2415  transcriptional regulator MlrA  30.74 
 
 
243 aa  89  9e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0917  transcriptional regulator MlrA  39.02 
 
 
243 aa  89  9e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.773319 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1520  MerR family transcriptional regulator  30.74 
 
 
243 aa  89  9e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3013  MerR family transcriptional regulator  31.33 
 
 
295 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2126  MerR family transcriptional regulator  48.78 
 
 
282 aa  87.4  3e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1525  MerR family transcriptional regulator  40 
 
 
242 aa  87  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00175945 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1488  transcriptional regulator, MerR family protein  40 
 
 
242 aa  87  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.372841  normal  0.479872 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1781  transcriptional regulator, MerR family protein  40 
 
 
242 aa  86.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.329966  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1503  MerR family transcriptional regulator  40 
 
 
242 aa  86.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000104173 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2740  MerR family transcriptional regulator  32 
 
 
295 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0064  MerR family transcriptional regulator  40 
 
 
242 aa  85.1  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1180  transcriptional regulator, MerR family  37.5 
 
 
242 aa  82  0.00000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1544  transcriptional regulator, MerR family  25.61 
 
 
291 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00914127  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0938  regulatory protein MerR  27.59 
 
 
315 aa  80.1  0.00000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.011664  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2116  regulatory protein, MerR  28.07 
 
 
319 aa  79  0.0000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0822  transcriptional regulator, MerR family  48.68 
 
 
327 aa  78.6  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.528612  normal  0.372171 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3801  transcriptional regulator, MerR family  23.87 
 
 
291 aa  76.3  0.0000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000260127  hitchhiker  0.0000000000000558476 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1577  transcriptional regulator, MerR family  44.44 
 
 
343 aa  74.3  0.000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3271  MerR family transcriptional regulator  26.52 
 
 
335 aa  73.2  0.000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.107511  normal  0.193811 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0376  MerR family transcriptional regulator  29.56 
 
 
293 aa  72  0.00000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1753  regulatory protein MerR  26.75 
 
 
319 aa  70.1  0.00000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3757  MerR family transcriptional regulator  26.03 
 
 
333 aa  68.9  0.00000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00211459  hitchhiker  0.00419816 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1583  transcriptional regulator, MerR family  24.12 
 
 
291 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.53357e-31 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1650  transcriptional regulator, MerR family  24.12 
 
 
291 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000245022  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1399  MerR family transcriptional regulator  24.35 
 
 
292 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.147582  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1371  MerR family transcriptional regulator  23.68 
 
 
292 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000540169  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1484  transcriptional regulator, MerR family  25.48 
 
 
293 aa  67.4  0.0000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0787562  hitchhiker  0.0000374152 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1509  MerR family transcriptional regulator  24.35 
 
 
291 aa  67  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000195029  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2972  MerR family transcriptional regulator  32.41 
 
 
316 aa  67.4  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0234999  normal  0.559596 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1370  MerR family transcriptional regulator  24.12 
 
 
291 aa  66.6  0.0000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000206673  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2399  transcriptional regulator, MerR family  32.87 
 
 
316 aa  67  0.0000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3692  MerR family transcriptional regulator  28.12 
 
 
290 aa  65.9  0.0000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2702  cobalamin B12-binding domain-containing protein  24.15 
 
 
305 aa  63.9  0.000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1212  MerR family transcriptional regulator  22.22 
 
 
302 aa  63.9  0.000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000132783  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2032  MerR family transcriptional regulator  25.09 
 
 
295 aa  63.5  0.000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.662057  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6238  regulatory protein, MerR  30.56 
 
 
324 aa  62.4  0.000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.316883  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1411  MerR family transcriptional regulator  22.73 
 
 
291 aa  62  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000846806  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1049  transcriptional regulator, MerR family  28.7 
 
 
304 aa  62.4  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.362937  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2029  transcriptional regulator, MerR family  24.68 
 
 
298 aa  59.3  0.00000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1287  MerR family transcriptional regulator  40.45 
 
 
155 aa  58.5  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.422706  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2213  transcriptional regulator, MerR family  42.19 
 
 
322 aa  57.8  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.68316  normal  0.172033 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1614  MerR family transcriptional regulator  37.88 
 
 
169 aa  57.4  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000141352  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2028  transcriptional regulator, MerR family  25.31 
 
 
318 aa  57  0.0000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000000332734  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2355  MerR family transcriptional regulator  43.75 
 
 
327 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.278081  normal  0.108483 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0460  MerR family transcriptional regulator  45.45 
 
 
319 aa  56.6  0.0000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>