More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_1171 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014151  Cfla_2474  UvrD/REP helicase  46.82 
 
 		 1076 aa  637    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.719714  hitchhiker  0.00582507 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0523  putative ATP-dependent DNA helicase  43.66 
 
 		 1044 aa  654    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8377  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  43.18 
 
 		 1051 aa  639    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1171  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 1098 aa  2065    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.132239  normal  0.301474 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27650  DNA/RNA helicase, superfamily I  45.33 
 
 		 1124 aa  691    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.292433  normal  0.663943 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2479  UvrD/REP helicase  43 
 
 		 1115 aa  661    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000159355 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3822  UvrD/REP helicase  44.6 
 
 		 1060 aa  632  1e-180  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0180671  hitchhiker  0.00809927 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2757  UvrD/REP helicase  42.07 
 
 		 1150 aa  621  1e-176  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.21598  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3754  UvrD/REP helicase  42.41 
 
 		 1059 aa  603  1.0000000000000001e-171  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.216008  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3749  UvrD/REP helicase  43.85 
 
 		 1144 aa  599  1e-169  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.612436  normal  0.203306 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2974  UvrD/REP helicase  42.02 
 
 		 1074 aa  588  1e-166  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4131  UvrD/REP helicase  44.94 
 
 		 1096 aa  579  1.0000000000000001e-163  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.81155  normal  0.92786 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06800  DNA/RNA helicase, superfamily I  41.91 
 
 		 1066 aa  575  1.0000000000000001e-162  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.860602  normal  0.467007 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0852  UvrD/REP helicase  41.5 
 
 		 1050 aa  563  1.0000000000000001e-159  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.986974  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4244  UvrD/REP helicase  42.51 
 
 		 1062 aa  552  1e-155  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.664691  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0711  UvrD/REP helicase  35.92 
 
 		 1059 aa  546  1e-154  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2902  UvrD/REP helicase  43.44 
 
 		 1085 aa  545  1e-153  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.401068  normal  0.0918032 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4583  UvrD/REP helicase  39.73 
 
 		 1040 aa  535  1e-150  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.542582  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15100  DNA/RNA helicase, superfamily I  39.91 
 
 		 1145 aa  521  1e-146  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3501  UvrD/REP helicase  38.71 
 
 		 1129 aa  494  9.999999999999999e-139  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.235136  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1801  UvrD/REP helicase  38.55 
 
 		 1038 aa  482  1e-134  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.078646 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1403  UvrD/REP helicase  38.76 
 
 		 1051 aa  470  1.0000000000000001e-131  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1421  UvrD/REP helicase  38.76 
 
 		 1051 aa  470  1.0000000000000001e-131  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13225  ATP-dependent DNA helicase  36.84 
 
 		 1055 aa  468  9.999999999999999e-131  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1457  UvrD/REP helicase  38.75 
 
 		 1051 aa  468  9.999999999999999e-131  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0431152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4666  UvrD/REP helicase  37.94 
 
 		 1038 aa  467  9.999999999999999e-131  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0501158  normal  0.218907 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1131  UvrD/REP helicase  37.37 
 
 		 1094 aa  454  1.0000000000000001e-126  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7808  UvrD/REP helicase  35.14 
 
 		 1134 aa  454  1.0000000000000001e-126  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19200  DNA/RNA helicase, superfamily I  38.07 
 
 		 1083 aa  437  1e-121  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.0259599 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0779  UvrD/REP helicase  43.63 
 
 		 1197 aa  424  1e-117  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0925  UvrD/REP helicase  36.44 
 
 		 1135 aa  407  1.0000000000000001e-112  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.963076 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2143  UvrD/REP helicase  37.34 
 
 		 1099 aa  387  1e-106  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.23473  hitchhiker  0.00187143 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3800  UvrD/REP helicase  37.05 
 
 		 1103 aa  368  1e-100  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0835078  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11360  DNA/RNA helicase, superfamily I  36.01 
 
 		 1058 aa  351  5e-95  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.556014  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1508  UvrD/REP helicase  39.3 
 
 		 1060 aa  213  2e-53  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1776  UvrD/REP helicase  42.38 
 
 		 1095 aa  193  1e-47  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.337618 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0085  UvrD/REP helicase  19.03 
 
 		 1016 aa  111  8.000000000000001e-23  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.60174  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0955  superfamily I DNA and RNA helicase  30.42 
 
 		 1428 aa  108  7e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0365  putative ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.35 
 
 		 1023 aa  105  5e-21  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1154  hypothetical protein  31.43 
 
 		 1528 aa  102  4e-20  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.193707 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0524  putative DNA helicase  27.08 
 
 		 1108 aa  99.4  3e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.98499  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  21.07 
 
 		 715 aa  94.7  9e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0577  ATP-dependent DNA helicase PcrA  19.97 
 
 		 743 aa  94  1e-17  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.893036  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0627  superfamily I DNA and RNA helicase  24.82 
 
 		 900 aa  93.6  2e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.40075  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6025  UvrD/REP helicase  24.39 
 
 		 787 aa  92  5e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0061  UvrD/REP helicase  20.05 
 
 		 946 aa  90.9  1e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.147591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1841  UvrD/REP helicase  20.05 
 
 		 946 aa  90.9  1e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.716843  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.24 
 
 		 742 aa  90.5  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0481  UvrD/REP helicase  26.36 
 
 		 736 aa  87.8  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  18.54 
 
 		 729 aa  87.4  0.000000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  19.22 
 
 		 785 aa  87.8  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16340  DNA/RNA helicase, superfamily I  22.74 
 
 		 772 aa  87.8  0.000000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0144318 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0218  UvrD/REP helicase  25.5 
 
 		 728 aa  87  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0825  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.5 
 
 		 694 aa  87  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1513  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.27 
 
 		 797 aa  86.7  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0625  UvrD/REP helicase  22.6 
 
 		 1019 aa  86.3  0.000000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.243128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3458  UvrD/REP helicase  26.39 
 
 		 762 aa  85.9  0.000000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1285  UvrD/REP helicase  18.67 
 
 		 714 aa  85.1  0.000000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000916129  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1994  ATP-dependent DNA helicase PcrA  18.85 
 
 		 730 aa  85.1  0.000000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1960  ATP-dependent DNA helicase PcrA  18.85 
 
 		 730 aa  85.1  0.000000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  18.25 
 
 		 731 aa  85.5  0.000000000000006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2295  UvrD/REP helicase  18.42 
 
 		 666 aa  84.7  0.000000000000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1516  superfamily I DNA/RNA helicase  20.05 
 
 		 757 aa  84.7  0.000000000000009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.476962 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  23.78 
 
 		 707 aa  84  0.00000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2580  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.71 
 
 		 754 aa  83.6  0.00000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1509  UvrD/REP helicase  26.64 
 
 		 1073 aa  83.2  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.254062  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2973  UvrD/REP helicase  27.4 
 
 		 1128 aa  83.2  0.00000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.707906 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04260  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.56 
 
 		 858 aa  82.4  0.00000000000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.73 
 
 		 729 aa  82.8  0.00000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  23.59 
 
 		 706 aa  82  0.00000000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4430  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.36 
 
 		 765 aa  82  0.00000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0950  UvrD/REP helicase  22.78 
 
 		 813 aa  81.6  0.00000000000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000846771 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1807  DNA-dependent helicase II  23.14 
 
 		 721 aa  81.3  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0502  UvrD/REP helicase  24.27 
 
 		 620 aa  81.3  0.0000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1007  UvrD/REP helicase  21 
 
 		 738 aa  80.9  0.0000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0076  UvrD/REP helicase  24.86 
 
 		 732 aa  80.9  0.0000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111848  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0059  UvrD/REP helicase  25.93 
 
 		 731 aa  80.9  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.5097000000000001e-19 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0903  ATP-dependent DNA helicase PcrA  19.59 
 
 		 662 aa  80.5  0.0000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000149159  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0868  UvrD/REP helicase  23.5 
 
 		 741 aa  80.1  0.0000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009048  PICST_51012  protein required for proper timing of committment to meiotic recombination and the transition from Meiosis I to Meiosis II  21.38 
 
 		 908 aa  80.1  0.0000000000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.875639  normal  0.91244 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4038  DNA-dependent helicase II  22.59 
 
 		 720 aa  79.7  0.0000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0971  UvrD/REP helicase  21.54 
 
 		 668 aa  79.3  0.0000000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0211694  normal  0.301959 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.62 
 
 		 718 aa  79.7  0.0000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4273  DNA-dependent helicase II  22.59 
 
 		 720 aa  79.7  0.0000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4194  DNA-dependent helicase II  22.59 
 
 		 720 aa  79.7  0.0000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.452287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1445  ATP-dependent DNA helicase PcrA  18.14 
 
 		 757 aa  79.7  0.0000000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.715662  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0419  DNA-dependent helicase II  23.2 
 
 		 721 aa  79.7  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.590239  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4180  DNA-dependent helicase II  22.59 
 
 		 720 aa  79.3  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.328302  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03689  DNA-dependent ATPase I and helicase II  22.59 
 
 		 720 aa  79  0.0000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4166  DNA helicase II  22.59 
 
 		 720 aa  79  0.0000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4231  DNA-dependent helicase II  22.59 
 
 		 720 aa  79  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4279  DNA-dependent helicase II  22.59 
 
 		 720 aa  79  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4179  DNA-dependent helicase II  22.59 
 
 		 720 aa  79  0.0000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.654606  normal  0.0232596 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3799  UvrD/REP helicase  27.02 
 
 		 1130 aa  79  0.0000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0121759  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3327  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.98 
 
 		 802 aa  79  0.0000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4338  DNA-dependent helicase II  22.59 
 
 		 720 aa  79  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03638  hypothetical protein  22.59 
 
 		 720 aa  79  0.0000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4161  DNA-dependent helicase II  22.59 
 
 		 720 aa  79  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5252  DNA-dependent helicase II  22.59 
 
 		 720 aa  79  0.0000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2863  ATP-dependent DNA helicase UvrD  25.55 
 
 		 725 aa  78.6  0.0000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>