More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3800 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_0523  putative ATP-dependent DNA helicase  43.97 
 
 		 1044 aa  657    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3800  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 1103 aa  2111    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0835078  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7808  UvrD/REP helicase  48.91 
 
 		 1134 aa  871    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1508  UvrD/REP helicase  44.75 
 
 		 1060 aa  685    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3754  UvrD/REP helicase  44.59 
 
 		 1059 aa  646    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.216008  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0925  UvrD/REP helicase  67.51 
 
 		 1135 aa  1341    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.963076 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3822  UvrD/REP helicase  43.18 
 
 		 1060 aa  627  1e-178  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0180671  hitchhiker  0.00809927 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8377  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  42.59 
 
 		 1051 aa  629  1e-178  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2974  UvrD/REP helicase  43.49 
 
 		 1074 aa  610  1e-173  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3749  UvrD/REP helicase  41.92 
 
 		 1144 aa  566  1e-160  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.612436  normal  0.203306 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4244  UvrD/REP helicase  43.72 
 
 		 1062 aa  566  1e-160  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.664691  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4131  UvrD/REP helicase  42.59 
 
 		 1096 aa  553  1e-156  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.81155  normal  0.92786 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06800  DNA/RNA helicase, superfamily I  39.56 
 
 		 1066 aa  518  1.0000000000000001e-145  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.860602  normal  0.467007 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4583  UvrD/REP helicase  36.81 
 
 		 1040 aa  515  1e-144  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.542582  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0852  UvrD/REP helicase  40.16 
 
 		 1050 aa  504  1e-141  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.986974  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1776  UvrD/REP helicase  38.07 
 
 		 1095 aa  475  1e-132  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.337618 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2143  UvrD/REP helicase  37.73 
 
 		 1099 aa  440  9.999999999999999e-123  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.23473  hitchhiker  0.00187143 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4666  UvrD/REP helicase  35.33 
 
 		 1038 aa  421  1e-116  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0501158  normal  0.218907 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1801  UvrD/REP helicase  36.35 
 
 		 1038 aa  422  1e-116  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.078646 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13225  ATP-dependent DNA helicase  35.73 
 
 		 1055 aa  421  1e-116  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1403  UvrD/REP helicase  35.87 
 
 		 1051 aa  414  1e-114  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1421  UvrD/REP helicase  35.87 
 
 		 1051 aa  414  1e-114  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1131  UvrD/REP helicase  35.55 
 
 		 1094 aa  403  1e-111  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3501  UvrD/REP helicase  34.18 
 
 		 1129 aa  405  1e-111  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.235136  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1457  UvrD/REP helicase  35.73 
 
 		 1051 aa  403  1e-111  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0431152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2479  UvrD/REP helicase  35.3 
 
 		 1115 aa  399  1e-109  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000159355 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2474  UvrD/REP helicase  37.35 
 
 		 1076 aa  396  1e-108  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.719714  hitchhiker  0.00582507 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27650  DNA/RNA helicase, superfamily I  34.85 
 
 		 1124 aa  373  1e-101  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.292433  normal  0.663943 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15100  DNA/RNA helicase, superfamily I  33.67 
 
 		 1145 aa  357  8.999999999999999e-97  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0711  UvrD/REP helicase  31.45 
 
 		 1059 aa  354  5.9999999999999994e-96  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1171  UvrD/REP helicase  36.17 
 
 		 1098 aa  346  2e-93  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.132239  normal  0.301474 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2757  UvrD/REP helicase  34.32 
 
 		 1150 aa  341  5e-92  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.21598  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19200  DNA/RNA helicase, superfamily I  34.26 
 
 		 1083 aa  320  1e-85  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.0259599 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0779  UvrD/REP helicase  37.24 
 
 		 1197 aa  289  2e-76  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2902  UvrD/REP helicase  34.3 
 
 		 1085 aa  282  3e-74  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.401068  normal  0.0918032 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11360  DNA/RNA helicase, superfamily I  33.57 
 
 		 1058 aa  271  4e-71  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.556014  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2295  UvrD/REP helicase  25.64 
 
 		 666 aa  199  3e-49  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6025  UvrD/REP helicase  29.6 
 
 		 787 aa  195  3e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  23.76 
 
 		 731 aa  190  1e-46  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  25.29 
 
 		 724 aa  185  3e-45  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  28.63 
 
 		 707 aa  182  4e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0757  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.22 
 
 		 773 aa  178  6e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.476102  hitchhiker  0.0068011 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1437  UvrD/REP helicase  24.41 
 
 		 769 aa  176  1.9999999999999998e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.618729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1352  UvrD/REP helicase  24.54 
 
 		 807 aa  175  5e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0849  UvrD/REP helicase  27.27 
 
 		 845 aa  173  1e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.462782  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.87 
 
 		 755 aa  173  2e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.9 
 
 		 729 aa  171  8e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1171  UvrD/REP helicase  29.3 
 
 		 1132 aa  171  8e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0050  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.26 
 
 		 658 aa  168  4e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0153579  normal  0.502615 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0760  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.15 
 
 		 737 aa  168  4e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0365  putative ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.55 
 
 		 1023 aa  168  5.9999999999999996e-40  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4114  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.2 
 
 		 781 aa  167  8e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2868  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.31 
 
 		 665 aa  167  1.0000000000000001e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4154  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.2 
 
 		 781 aa  167  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.906632 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.61 
 
 		 715 aa  166  2.0000000000000002e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0717  ATP-dependent DNA helicase pcrA  23.41 
 
 		 722 aa  166  3e-39  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.0979617  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0184  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.39 
 
 		 672 aa  165  4.0000000000000004e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0960  UvrD/REP helicase  27.59 
 
 		 846 aa  165  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2731  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.29 
 
 		 665 aa  165  5.0000000000000005e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4586  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27.71 
 
 		 787 aa  164  7e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.721141 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2143  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.49 
 
 		 658 aa  164  8.000000000000001e-39  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1715  UvrD/REP helicase  26.92 
 
 		 787 aa  164  8.000000000000001e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1420  UvrD/REP helicase  27.58 
 
 		 787 aa  163  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0732039  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1513  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.65 
 
 		 797 aa  163  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0218  UvrD/REP helicase  29.76 
 
 		 728 aa  163  2e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0061  UvrD/REP helicase  23.95 
 
 		 946 aa  163  2e-38  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.147591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0064  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  24.52 
 
 		 689 aa  163  2e-38  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0381  UvrD/REP helicase  28.43 
 
 		 688 aa  163  2e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0971471 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1442  UvrD/REP helicase  27.58 
 
 		 787 aa  163  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1841  UvrD/REP helicase  23.95 
 
 		 946 aa  163  2e-38  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.716843  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07720  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.67 
 
 		 831 aa  162  3e-38  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0752204  normal  0.673824 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1235  UvrD/REP helicase  28.81 
 
 		 680 aa  161  6e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.14 
 
 		 742 aa  161  7e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2070  UvrD/REP helicase  26.63 
 
 		 789 aa  161  7e-38  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.535098  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2233  ATP-dependent DNA helicase  26.07 
 
 		 658 aa  160  9e-38  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3327  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.46 
 
 		 802 aa  160  1e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2168  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.31 
 
 		 794 aa  160  1e-37  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.63993 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0375  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.11 
 
 		 763 aa  160  1e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2706  UvrD/REP helicase  28.21 
 
 		 704 aa  159  2e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.341733 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0825  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.93 
 
 		 694 aa  159  2e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0971  UvrD/REP helicase  27.07 
 
 		 668 aa  159  3e-37  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0211694  normal  0.301959 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1536  ATP-dependent DNA helicase Rep  29.44 
 
 		 768 aa  159  3e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.305848  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0363  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27.65 
 
 		 731 aa  159  3e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0670143 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1433  UvrD/REP helicase  26.5 
 
 		 788 aa  158  5.0000000000000005e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.189419 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2140  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.27 
 
 		 667 aa  158  6e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.90387  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3374  ATP-dependent DNA helicase Rep  29.44 
 
 		 671 aa  158  6e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.654782  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0546  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27.32 
 
 		 713 aa  157  7e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3026  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.03 
 
 		 829 aa  158  7e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.499575  hitchhiker  0.000248027 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10008  putative helicase  25 
 
 		 773 aa  158  7e-37  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3651  UvrD/REP helicase  29.01 
 
 		 641 aa  157  8e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00677749  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0626  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.5 
 
 		 671 aa  157  8e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2335  ATP-dependent DNA helicase UvrD  26.34 
 
 		 745 aa  157  9e-37  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000479464  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.09 
 
 		 718 aa  157  9e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04890  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.18 
 
 		 817 aa  157  9e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1633  UvrD/REP helicase  23.83 
 
 		 681 aa  157  1e-36  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0209  UvrD/REP helicase  26.78 
 
 		 786 aa  157  1e-36  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000644419  normal  0.953058 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0699  UvrD/Rep family helicase  24.62 
 
 		 689 aa  157  1e-36  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0481  UvrD/REP helicase  27.51 
 
 		 736 aa  157  1e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0959  UvrD/REP helicase  28.38 
 
 		 705 aa  156  2e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0356  UvrD/Rep family helicase  24.97 
 
 		 630 aa  155  2.9999999999999998e-36  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.190335  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>