More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3799 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_7807  UvrD/REP helicase  50.04 
 
 		 1124 aa  933    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0524  putative DNA helicase  42.63 
 
 		 1108 aa  671    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.98499  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3748  UvrD/REP helicase  44.5 
 
 		 1144 aa  680    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.355168 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3753  UvrD/REP helicase  42.37 
 
 		 1128 aa  657    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0304881  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2973  UvrD/REP helicase  42.86 
 
 		 1128 aa  661    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.707906 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3799  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 1130 aa  2179    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0121759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4130  UvrD/REP helicase  44.4 
 
 		 1162 aa  662    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.88214 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3821  UvrD/REP helicase  41.9 
 
 		 1150 aa  647    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0155122  decreased coverage  0.00328324 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1509  UvrD/REP helicase  45.72 
 
 		 1073 aa  754    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.254062  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0926  UvrD/REP helicase  67.9 
 
 		 1088 aa  1284    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0780  UvrD/REP helicase  42.97 
 
 		 1192 aa  607  9.999999999999999e-173  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.15427  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2473  UvrD/REP helicase  43.14 
 
 		 1162 aa  607  9.999999999999999e-173  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.131096  hitchhiker  0.00644747 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4665  UvrD/REP helicase  42.79 
 
 		 1091 aa  599  1e-170  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.6139  normal  0.718694 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1132  UvrD/REP helicase  41.25 
 
 		 1111 aa  583  1.0000000000000001e-165  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.378694  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1458  UvrD/REP helicase  41.47 
 
 		 1091 aa  582  1e-164  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.901245  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3500  UvrD/REP helicase  40.31 
 
 		 1119 aa  581  1e-164  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.516923  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13224  ATP-dependent DNA helicase  41.17 
 
 		 1101 aa  582  1e-164  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4243  UvrD/REP helicase  41.93 
 
 		 1120 aa  575  1.0000000000000001e-162  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1404  UvrD/REP helicase  41.34 
 
 		 1091 aa  571  1e-161  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1422  UvrD/REP helicase  41.34 
 
 		 1091 aa  571  1e-161  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2756  UvrD/REP helicase  37.69 
 
 		 1183 aa  568  1e-160  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06810  DNA/RNA helicase, superfamily I  41.09 
 
 		 1090 aa  565  1.0000000000000001e-159  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.289217  normal  0.25894 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1172  UvrD/REP helicase  42.39 
 
 		 1128 aa  561  1e-158  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0506148  normal  0.313669 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27640  DNA/RNA helicase, superfamily I  39.47 
 
 		 1111 aa  558  1e-157  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0910071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1775  UvrD/REP helicase  38.97 
 
 		 1164 aa  553  1e-156  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.579512 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2478  UvrD/REP helicase  38.44 
 
 		 1167 aa  554  1e-156  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000366481 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1802  UvrD/REP helicase  42.22 
 
 		 1086 aa  550  1e-155  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.103668  normal  0.0746176 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2144  UvrD/REP helicase  41.06 
 
 		 1106 aa  542  9.999999999999999e-153  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.101146  hitchhiker  0.00462342 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15090  DNA/RNA helicase, superfamily I  38.89 
 
 		 1176 aa  538  1e-151  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8376  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  43.3 
 
 		 1228 aa  537  1e-151  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4584  UvrD/REP helicase  43.4 
 
 		 1041 aa  535  1e-150  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.446149  normal  0.423836 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2901  UvrD/REP helicase  40.43 
 
 		 1136 aa  528  1e-148  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0570587  normal  0.095819 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0712  UvrD/REP helicase  37.01 
 
 		 1103 aa  529  1e-148  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0851  UvrD/REP helicase  42.19 
 
 		 1349 aa  469  1.0000000000000001e-131  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11370  DNA/RNA helicase, superfamily I  37.5 
 
 		 1094 aa  466  1e-129  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.976622  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19190  DNA/RNA helicase, superfamily I  36.99 
 
 		 1119 aa  454  1.0000000000000001e-126  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00563476  normal  0.0769767 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0954  superfamily I DNA and RNA helicase  29.06 
 
 		 1343 aa  234  7.000000000000001e-60  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.07 
 
 		 732 aa  190  1e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04260  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.89 
 
 		 858 aa  190  1e-46  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.69 
 
 		 729 aa  189  3e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0647  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.58 
 
 		 838 aa  188  4e-46  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0160292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0085  UvrD/REP helicase  20.29 
 
 		 1016 aa  182  2.9999999999999997e-44  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.60174  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0757  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.21 
 
 		 773 aa  180  1e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.476102  hitchhiker  0.0068011 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07720  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.43 
 
 		 831 aa  178  4e-43  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0752204  normal  0.673824 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4586  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27.01 
 
 		 787 aa  178  5e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.721141 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4430  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.73 
 
 		 765 aa  177  7e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0928  DNA helicase II  27.14 
 
 		 787 aa  177  9e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0421  DNA helicase II  27.14 
 
 		 787 aa  177  9e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1461  DNA helicase II  27.14 
 
 		 787 aa  177  9e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.564541  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0742  DNA helicase II  27.14 
 
 		 787 aa  177  9e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1670  DNA helicase II  27.14 
 
 		 787 aa  177  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2632  DNA helicase II  26.85 
 
 		 787 aa  176  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5987  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.49 
 
 		 851 aa  176  1.9999999999999998e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0573497  normal  0.0186357 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0825  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.83 
 
 		 694 aa  176  1.9999999999999998e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1442  UvrD/REP helicase  26.88 
 
 		 787 aa  176  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1420  UvrD/REP helicase  26.88 
 
 		 787 aa  176  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0732039  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1692  DNA helicase II  27.01 
 
 		 787 aa  176  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1847  DNA helicase II  27.01 
 
 		 787 aa  176  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.478149  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.4 
 
 		 715 aa  176  2.9999999999999996e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0960  UvrD/REP helicase  26.91 
 
 		 846 aa  175  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1322  UvrD/REP helicase  27.48 
 
 		 840 aa  175  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0546  ATP-dependent DNA helicase UvrD  26.28 
 
 		 713 aa  175  5e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0776  UvrD/REP helicase  29.65 
 
 		 1143 aa  175  5e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.240899 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0670  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.76 
 
 		 833 aa  174  5.999999999999999e-42  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.117887 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4330  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.74 
 
 		 785 aa  174  9e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.82343  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4416  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.74 
 
 		 785 aa  174  9e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.464468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1363  UvrD/REP helicase  27.35 
 
 		 787 aa  172  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.485952 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1873  UvrD/REP helicase  27.35 
 
 		 786 aa  172  3e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.340872  normal  0.0203553 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4223  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.53 
 
 		 768 aa  172  3e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.80047  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0994  superfamily I DNA/RNA helicase  24.93 
 
 		 770 aa  172  3e-41  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3327  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.73 
 
 		 802 aa  172  4e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2235  DNA helicase II protein  27.84 
 
 		 829 aa  171  6e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4710  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.71 
 
 		 784 aa  171  6e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1516  superfamily I DNA/RNA helicase  23.66 
 
 		 757 aa  171  7e-41  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.476962 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1153  UvrD/REP helicase  28.52 
 
 		 1397 aa  171  9e-41  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.546412 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2069  UvrD/REP helicase  26.77 
 
 		 665 aa  171  1e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000529489  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2542  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.97 
 
 		 751 aa  170  1e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2246  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.71 
 
 		 751 aa  170  1e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.453558  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1142  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.16 
 
 		 759 aa  170  2e-40  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00645373  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28230  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.8 
 
 		 857 aa  170  2e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0652  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.58 
 
 		 786 aa  169  2e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.782155  normal  0.523807 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0375  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.74 
 
 		 763 aa  169  2e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0699  UvrD/Rep family helicase  23.75 
 
 		 689 aa  169  2.9999999999999998e-40  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0595  UvrD/REP helicase  27.7 
 
 		 790 aa  169  2.9999999999999998e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.77908 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04890  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.7 
 
 		 817 aa  169  2.9999999999999998e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.99 
 
 		 718 aa  169  4e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0059  UvrD/REP helicase  26.02 
 
 		 731 aa  166  2.0000000000000002e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.5097000000000001e-19 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  26.68 
 
 		 707 aa  167  2.0000000000000002e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  26.44 
 
 		 768 aa  166  2.0000000000000002e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0674  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.91 
 
 		 734 aa  166  2.0000000000000002e-39  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.96 
 
 		 785 aa  166  3e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1146  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.85 
 
 		 725 aa  166  3e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2836  DNA helicase II  25.32 
 
 		 858 aa  166  3e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0076  UvrD/REP helicase  26.15 
 
 		 732 aa  165  4.0000000000000004e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111848  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0864  ATP-dependent DNA helicase UvrD  26.51 
 
 		 786 aa  164  7e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1285  UvrD/REP helicase  22.97 
 
 		 714 aa  164  7e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000916129  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22 
 
 		 729 aa  164  8.000000000000001e-39  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1293  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.95 
 
 		 765 aa  164  8.000000000000001e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2539  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.08 
 
 		 858 aa  164  9e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.676904  normal  0.762866 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0356  UvrD/Rep family helicase  25.1 
 
 		 630 aa  164  9e-39  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.190335  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>