40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1154 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010816  BLD_0955  superfamily I DNA and RNA helicase  37.65 
 
 		 1428 aa  897    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1154  hypothetical protein  100 
 
 		 1528 aa  3162    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.193707 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27650  DNA/RNA helicase, superfamily I  27.43 
 
 		 1124 aa  118  1.0000000000000001e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.292433  normal  0.663943 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0779  UvrD/REP helicase  28.41 
 
 		 1197 aa  105  5e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1171  UvrD/REP helicase  25.79 
 
 		 1098 aa  104  1e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.132239  normal  0.301474 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06800  DNA/RNA helicase, superfamily I  23.42 
 
 		 1066 aa  100  2e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.860602  normal  0.467007 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0711  UvrD/REP helicase  23.77 
 
 		 1059 aa  99.4  4e-19  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0852  UvrD/REP helicase  26.21 
 
 		 1050 aa  99  6e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.986974  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1776  UvrD/REP helicase  29.36 
 
 		 1095 aa  94  2e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.337618 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2902  UvrD/REP helicase  24.95 
 
 		 1085 aa  92.4  6e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.401068  normal  0.0918032 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2474  UvrD/REP helicase  28.07 
 
 		 1076 aa  92  7e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.719714  hitchhiker  0.00582507 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8377  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  26.88 
 
 		 1051 aa  90.1  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2479  UvrD/REP helicase  29.67 
 
 		 1115 aa  86.3  0.000000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000159355 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2757  UvrD/REP helicase  31.3 
 
 		 1150 aa  85.5  0.000000000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.21598  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2974  UvrD/REP helicase  28.4 
 
 		 1074 aa  84  0.00000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3822  UvrD/REP helicase  25.45 
 
 		 1060 aa  79.7  0.0000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0180671  hitchhiker  0.00809927 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11360  DNA/RNA helicase, superfamily I  27.15 
 
 		 1058 aa  76.6  0.000000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.556014  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19200  DNA/RNA helicase, superfamily I  25.26 
 
 		 1083 aa  75.5  0.000000000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.0259599 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1801  UvrD/REP helicase  22.95 
 
 		 1038 aa  75.1  0.000000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.078646 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4666  UvrD/REP helicase  22.98 
 
 		 1038 aa  73.2  0.00000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0501158  normal  0.218907 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4131  UvrD/REP helicase  31.64 
 
 		 1096 aa  70.9  0.0000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.81155  normal  0.92786 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3754  UvrD/REP helicase  27.95 
 
 		 1059 aa  70.5  0.0000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.216008  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1421  UvrD/REP helicase  22.57 
 
 		 1051 aa  70.9  0.0000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1403  UvrD/REP helicase  22.57 
 
 		 1051 aa  70.9  0.0000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1131  UvrD/REP helicase  29.67 
 
 		 1094 aa  70.1  0.0000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15100  DNA/RNA helicase, superfamily I  27.94 
 
 		 1145 aa  70.1  0.0000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3749  UvrD/REP helicase  32.02 
 
 		 1144 aa  70.5  0.0000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.612436  normal  0.203306 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1457  UvrD/REP helicase  22.38 
 
 		 1051 aa  70.1  0.0000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0431152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0523  putative ATP-dependent DNA helicase  26.44 
 
 		 1044 aa  67  0.000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7808  UvrD/REP helicase  27.92 
 
 		 1134 aa  62.8  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3501  UvrD/REP helicase  26 
 
 		 1129 aa  62.4  0.00000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.235136  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0925  UvrD/REP helicase  24.57 
 
 		 1135 aa  62.4  0.00000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.963076 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4244  UvrD/REP helicase  26.29 
 
 		 1062 aa  61.6  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.664691  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4583  UvrD/REP helicase  27.27 
 
 		 1040 aa  60.1  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.542582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13225  ATP-dependent DNA helicase  22.05 
 
 		 1055 aa  59.7  0.0000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1508  UvrD/REP helicase  30.28 
 
 		 1060 aa  56.2  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2143  UvrD/REP helicase  23.82 
 
 		 1099 aa  52.4  0.00007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.23473  hitchhiker  0.00187143 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3800  UvrD/REP helicase  27.59 
 
 		 1103 aa  49.3  0.0006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0835078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1171  UvrD/REP helicase  30.34 
 
 		 1132 aa  45.4  0.008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3655  UvrD/REP helicase  32.35 
 
 		 774 aa  45.4  0.008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>