More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_3117 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_3117  TonB-dependent receptor plug  100 
 
 
619 aa  1268    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1178  TonB-dependent receptor plug  87.28 
 
 
621 aa  1069    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1964  TonB-dependent receptor, plug  43.11 
 
 
618 aa  467  9.999999999999999e-131  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0576  TonB-dependent receptor plug  40.97 
 
 
621 aa  423  1e-117  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2389  TonB-dependent receptor plug  38.73 
 
 
615 aa  365  1e-99  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000607441  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1830  TonB-dependent receptor plug  37.88 
 
 
616 aa  343  4e-93  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000821839 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0883  ferric enterobactin receptor, putative  34.32 
 
 
627 aa  320  3e-86  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.277897  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1445  TonB-dependent receptor, putative  34.18 
 
 
593 aa  315  1.9999999999999998e-84  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2900  TonB-dependent receptor plug  36.36 
 
 
609 aa  308  1.0000000000000001e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2735  TonB-dependent receptor, plug  33.75 
 
 
650 aa  295  2e-78  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1245  TonB-dependent receptor, plug  33.39 
 
 
636 aa  288  2e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0339996 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2426  TonB-dependent receptor, plug  33.33 
 
 
652 aa  287  4e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000164352  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1358  TonB-dependent receptor, plug  31.04 
 
 
626 aa  265  2e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00131062  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3783  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  36.21 
 
 
615 aa  96.7  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000781057  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1539  receptor, putative  23.89 
 
 
639 aa  95.9  2e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1925  TonB-dependent receptor  26.19 
 
 
642 aa  95.1  3e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55144  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4073  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  41.18 
 
 
630 aa  94.4  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000943492  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0142  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  41.18 
 
 
630 aa  94.4  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000593825  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4413  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  37.33 
 
 
614 aa  93.2  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000903793  hitchhiker  0.00898611 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4020  TonB-dependent vitamin B12 receptor  36.67 
 
 
614 aa  92.4  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00348064  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4507  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  36.67 
 
 
614 aa  92.4  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000315572  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4372  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  42.37 
 
 
614 aa  92.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0258695  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4462  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  42.37 
 
 
614 aa  92.8  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0180001  hitchhiker  0.0000000000824718 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4200  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  36.67 
 
 
614 aa  92.4  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000101627  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4341  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  42.37 
 
 
614 aa  92.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.139999  normal  0.582372 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4050  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  36.67 
 
 
614 aa  92.4  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00780594  decreased coverage  0.000540594 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2648  TonB-dependent receptor  26.33 
 
 
602 aa  92.8  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4459  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  42.37 
 
 
614 aa  92.8  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0519388  hitchhiker  0.0000109547 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4536  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  42.37 
 
 
614 aa  92.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.329693  hitchhiker  0.0000000267555 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5430  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  36.67 
 
 
614 aa  92.8  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0043717  normal  0.0207602 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  31.96 
 
 
638 aa  91.3  4e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  33.71 
 
 
646 aa  91.7  4e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0132  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  40.83 
 
 
631 aa  91.3  5e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00107286  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1459  TonB-dependent receptor  22.98 
 
 
647 aa  90.5  8e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.208108  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4770  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  33.14 
 
 
623 aa  90.1  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000262019  normal  0.0314633 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0123  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  42.37 
 
 
631 aa  90.1  1e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000105264  normal  0.11479 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  40 
 
 
631 aa  89  2e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3730  TonB-dependent receptor  33.53 
 
 
637 aa  88.6  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0159073  normal  0.0113192 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00261  phosphatidylglycerophosphatase  28.81 
 
 
617 aa  87.8  5e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0192  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  34.81 
 
 
631 aa  87.8  5e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.051851  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4020  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  38.98 
 
 
615 aa  88.2  5e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000194494  normal  0.015002 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  34.59 
 
 
617 aa  87.4  7e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  30.59 
 
 
618 aa  87  8e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03647  TonB-dependent receptor  23.64 
 
 
640 aa  87  9e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00288042  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002156  outer membrane vitamin B12 receptor BtuB  40.56 
 
 
611 aa  86.3  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000122091  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3757  TonB-dependent receptor plug  37.06 
 
 
612 aa  86.3  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  31.63 
 
 
613 aa  85.5  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2368  TonB-dependent receptor, plug  34.03 
 
 
617 aa  85.5  0.000000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.848515  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  40.16 
 
 
628 aa  85.5  0.000000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1012  TonB-dependent receptor  32.54 
 
 
626 aa  85.1  0.000000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1096  TonB-dependent receptor  32.54 
 
 
626 aa  85.1  0.000000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4773  TonB-dependent receptor  31.66 
 
 
624 aa  84  0.000000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.386912  normal  0.53176 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2165  TonB-dependent vitamin B12 receptor  29.56 
 
 
616 aa  84  0.000000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2342  TonB-dependent receptor  34.05 
 
 
611 aa  84  0.000000000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.499314  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  28.31 
 
 
634 aa  82.8  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0185  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  22.49 
 
 
728 aa  82.4  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0848528 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0488  TonB-dependent receptor  33.68 
 
 
682 aa  82  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1502  TonB-dependent receptor  33.54 
 
 
613 aa  82  0.00000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  28.64 
 
 
614 aa  81.6  0.00000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0852  TonB-dependent outer membrane receptor for Fe3+/colicin I  22.43 
 
 
633 aa  80.9  0.00000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.00000258389  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1859  TonB-dependent receptor plug  37.58 
 
 
686 aa  80.9  0.00000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000014407  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1110  TonB-dependent receptor  28.19 
 
 
625 aa  80.9  0.00000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000459108  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0969  outer membrane receptor for transport of vitamin B  32.57 
 
 
645 aa  80.9  0.00000000000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.01117 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  34.55 
 
 
673 aa  80.1  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1186  TonB-dependent receptor  24.35 
 
 
634 aa  79.7  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.874956  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1004  TonB-dependent receptor  27.98 
 
 
618 aa  79  0.0000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0684927  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1065  TonB-dependent receptor  23.28 
 
 
611 aa  79.7  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.362217 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  35.4 
 
 
634 aa  79.3  0.0000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4414  TonB-dependent receptor plug  32.47 
 
 
639 aa  78.6  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1099  TonB-dependent receptor  29.22 
 
 
643 aa  78.2  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0195  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  30.61 
 
 
653 aa  77.8  0.0000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.28696e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33130  TonB-dependent vitamin B12 receptor  42.06 
 
 
1023 aa  77.8  0.0000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0812  TonB-dependent receptor plug  32.32 
 
 
659 aa  77.4  0.0000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.183722  normal  0.24775 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1162  tonB-dependent vitamin B12 receptor  36.54 
 
 
622 aa  77.4  0.0000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2720  iron complex outermembrane recepter protein  33.33 
 
 
631 aa  77.4  0.0000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83965  normal  0.415567 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2547  TonB-dependent receptor plug  35.09 
 
 
615 aa  77  0.0000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.792273  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1541  TonB-dependent receptor  27.59 
 
 
665 aa  77.4  0.0000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000885863  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47800  putative tonB-dependent receptor  36.42 
 
 
616 aa  76.6  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.173562  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3157  TonB-dependent receptor  31.34 
 
 
714 aa  76.3  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5373  TonB-dependent outer-membrane transporter  27.11 
 
 
661 aa  75.5  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0456572  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0521  TonB-dependent receptor  24.43 
 
 
617 aa  76.3  0.000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0249  TonB-dependent receptor  23.72 
 
 
688 aa  75.9  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2030  TonB-dependent receptor, plug  24.37 
 
 
668 aa  75.5  0.000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1537  TonB-dependent receptor  32.78 
 
 
593 aa  75.5  0.000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00891985  normal  0.735799 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1493  putative TonB-dependent receptor  30 
 
 
697 aa  75.1  0.000000000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.404893  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2092  TonB-dependent receptor  27.07 
 
 
670 aa  75.1  0.000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1269  TonB-dependent receptor  32.99 
 
 
710 aa  74.7  0.000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2402  putative TonB dependent vitamin B12 outer membrane receptor  24.14 
 
 
611 aa  75.1  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0471  TonB-dependent receptor, putative, degenerate  30 
 
 
704 aa  74.3  0.000000000006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0565  TonB-dependent receptor  31.22 
 
 
613 aa  74.3  0.000000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.228454 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0729  TonB-dependent receptor, plug  31.11 
 
 
656 aa  73.9  0.000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000181168  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6079  putative TonB-dependent receptor  31.48 
 
 
680 aa  73.6  0.000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0972806  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0084  TonB-dependent receptor, plug  31.25 
 
 
671 aa  73.2  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.380129  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2804  outer membrane receptor protein  30.28 
 
 
692 aa  72.4  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02084  ferric iron-catecholate outer membrane transporter  28.79 
 
 
663 aa  72  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1503  TonB-dependent receptor plug  28.79 
 
 
663 aa  72  0.00000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000115095  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02043  hypothetical protein  28.79 
 
 
663 aa  72  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.214275  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1493  colicin I receptor  28.79 
 
 
663 aa  72  0.00000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.351325 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3290  colicin I receptor  28.79 
 
 
659 aa  72  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.359827  normal  0.810258 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3189  TonB-dependent receptor, plug  30.56 
 
 
623 aa  72.4  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>