More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_1304 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_1304  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 201 aa  413  9.999999999999999e-116  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.366521  normal  0.14728 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0875  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.29 
 
 		 177 aa  243  9e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.377088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.61 
 
 		 186 aa  119  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0104717 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0545  cold-shock DNA-binding domain protein  40 
 
 		 168 aa  115  6e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.803384  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.35 
 
 		 204 aa  112  5e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0537  cold-shock DNA-binding protein family protein  33.88 
 
 		 195 aa  109  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.120085  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3355  cold-shock DNA-binding protein family protein  35.83 
 
 		 193 aa  107  9.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3697  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.71 
 
 		 203 aa  107  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0733  cold shock domain-contain protein  32.83 
 
 		 203 aa  105  4e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0659  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.56 
 
 		 217 aa  105  6e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0689  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30 
 
 		 219 aa  103  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1486  cold-shock protein  34.27 
 
 		 176 aa  103  2e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00940094  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.48 
 
 		 217 aa  102  4e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0680  cold-shock DNA-binding domain protein  29.82 
 
 		 219 aa  101  6e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.86 
 
 		 205 aa  100  1e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3373  cold-shock DNA-binding protein family protein  30.6 
 
 		 185 aa  95.5  4e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3678  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.35 
 
 		 188 aa  94.7  8e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3544  cold-shock DNA-binding protein family protein  29.69 
 
 		 192 aa  94.4  1e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4295  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  28.92 
 
 		 206 aa  92.8  3e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0441  cold-shock protein, DNA-binding  26.16 
 
 		 239 aa  79  0.00000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00249195  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4786  putative cold-shock protein, DNA-binding  56.9 
 
 		 104 aa  75.5  0.0000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.548437  normal  0.675436 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1043  hypothetical protein  50.88 
 
 		 156 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0355222  normal  0.453598 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0580  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.33 
 
 		 197 aa  69.3  0.00000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0693  hypothetical protein  62.22 
 
 		 143 aa  69.3  0.00000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01686  cold shock domain protein  36.21 
 
 		 129 aa  68.2  0.00000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.711044  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3072  cold-shock protein, DNA-binding  24.87 
 
 		 197 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2336  hypothetical protein  57.45 
 
 		 111 aa  63.2  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.900928  n/a   
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4616  hypothetical protein  49.02 
 
 		 231 aa  62.8  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.825297 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2482  cold-shock DNA-binding domain protein  39.39 
 
 		 204 aa  61.2  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1911  hypothetical protein  57.89 
 
 		 87 aa  58.9  0.00000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.357462  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47870  SNase-like protein  42.19 
 
 		 225 aa  58.2  0.00000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.02 
 
 		 237 aa  58.2  0.00000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.326591  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2851  hypothetical protein  46.94 
 
 		 207 aa  58.2  0.00000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1412  cold-shock DNA-binding domain protein  40.18 
 
 		 204 aa  57.8  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0521  cold-shock DNA-binding domain protein  46.15 
 
 		 67 aa  57  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.14 
 
 		 224 aa  57  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0199101  normal  0.508028 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3443  cold-shock protein, DNA-binding:protein of unknown function DUF1294  50 
 
 		 206 aa  55.8  0.0000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2053  cold-shock DNA-binding domain protein  49.21 
 
 		 67 aa  55.5  0.0000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.203977  normal  0.0111256 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0396  hypothetical protein  39.34 
 
 		 134 aa  55.1  0.0000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.713289  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2028  cold shock DNA-binding domain-containing protein  50.77 
 
 		 203 aa  55.5  0.0000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.344773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0400  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.91 
 
 		 223 aa  55.1  0.0000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.666449  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1832  cold-shock DNA-binding domain protein  43.75 
 
 		 204 aa  53.9  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2047  cold-shock DNA-binding domain protein  32.2 
 
 		 127 aa  54.3  0.000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.716085 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.38 
 
 		 67 aa  54.3  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1465  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.38 
 
 		 67 aa  54.3  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.359616  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2942  prophage MuMc02, nuclease, putative  55.81 
 
 		 216 aa  53.5  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.375298  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2176  hypothetical protein  44.74 
 
 		 240 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.979062  normal  0.0387048 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0927  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.94 
 
 		 205 aa  53.1  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4798  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.45 
 
 		 67 aa  53.5  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0073  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 		 67 aa  53.9  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.621224  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4884  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.45 
 
 		 67 aa  53.5  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.71911  normal  0.101787 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5398  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.45 
 
 		 67 aa  53.1  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.262283  normal  0.0908383 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2966  hypothetical protein  36.84 
 
 		 214 aa  53.5  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5184  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.45 
 
 		 67 aa  53.5  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00427326 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0312  cold-shock DNA-binding domain protein  43.08 
 
 		 418 aa  52.8  0.000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.147611  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3705  Excalibur domain-containing protein  45.83 
 
 		 97 aa  53.1  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0143  putative cold-shock DNA-binding domain protein  43.94 
 
 		 67 aa  52.4  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1392  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.94 
 
 		 67 aa  52.8  0.000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.124556  normal  0.329269 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04410  cold shock domain protein CspD  45.16 
 
 		 317 aa  52  0.000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.528564 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1356  cold-shock DNA-binding domain protein  44.68 
 
 		 211 aa  52  0.000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000728005 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1327  cold-shock DNA-binding domain protein  44.68 
 
 		 209 aa  52  0.000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06258  integral membrane protein  44.9 
 
 		 60 aa  52  0.000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0533489  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01099  integral membrane protein  44.9 
 
 		 60 aa  52  0.000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0894512  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13677  cold shock protein A cspA  42.86 
 
 		 67 aa  51.6  0.000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0108357  normal  0.108106 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2865  hypothetical protein  42.86 
 
 		 196 aa  51.6  0.000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00327413  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0573  Cold-shock protein DNA-binding protein  43.94 
 
 		 67 aa  51.2  0.00001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29050  cold-shock DNA-binding protein family  42.42 
 
 		 67 aa  50.8  0.00001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.415515  normal  0.771728 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2965  cold-shock DNA-binding domain protein  46.88 
 
 		 68 aa  51.2  0.00001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000138264 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01731  hypothetical protein  44.12 
 
 		 68 aa  50.8  0.00001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1841  Excalibur domain protein  31.33 
 
 		 102 aa  50.8  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3336  hypothetical protein  53.19 
 
 		 238 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.928903  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2874  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.54 
 
 		 68 aa  51.2  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1440  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.79 
 
 		 67 aa  50.8  0.00001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3159  cold shock protein CspE  43.28 
 
 		 69 aa  50.4  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000139034  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  41.54 
 
 		 311 aa  50.1  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1172  cold shock protein CspE  43.28 
 
 		 69 aa  50.4  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000586616  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  43.75 
 
 		 67 aa  50.4  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0221  cold-shock DNA-binding domain protein  47.62 
 
 		 70 aa  50.1  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0255  Cold-shock protein DNA-binding protein  43.94 
 
 		 71 aa  50.1  0.00002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1042  cold-shock DNA-binding domain protein  43.75 
 
 		 68 aa  50.1  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5254  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.93 
 
 		 219 aa  49.7  0.00003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.737386  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2974  cold shock protein CspE  43.28 
 
 		 69 aa  49.7  0.00003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0637761  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2246  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.68 
 
 		 67 aa  49.7  0.00003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000000157436  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0260  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.42 
 
 		 67 aa  49.7  0.00003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6575  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.42 
 
 		 67 aa  49.7  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.513102  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5929  putative cold-shock DNA-binding domain protein  42.42 
 
 		 67 aa  49.7  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.380899  normal  0.0156128 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3141  cold-shock DNA-binding domain protein  47.54 
 
 		 67 aa  49.3  0.00003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0244532  hitchhiker  0.00153434 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5421  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.94 
 
 		 68 aa  48.9  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.14942  normal  0.64967 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1083  cold-shock DNA-binding domain protein  43.28 
 
 		 69 aa  49.3  0.00004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0261  cold shock protein CspE  43.28 
 
 		 69 aa  49.3  0.00004  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2295  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.29 
 
 		 67 aa  49.3  0.00004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.904352  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2342  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.29 
 
 		 67 aa  49.3  0.00004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.432439 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2334  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.29 
 
 		 67 aa  49.3  0.00004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.213577  normal  0.0207687 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0648  cold shock protein CspE  42.19 
 
 		 69 aa  48.9  0.00005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00594526  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00582  hypothetical protein  42.19 
 
 		 69 aa  48.9  0.00005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.287726  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3002  cold-shock DNA-binding domain protein  42.19 
 
 		 69 aa  48.9  0.00005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0574427  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1410  cold-shock protein, DNA-binding  45.65 
 
 		 66 aa  48.9  0.00005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0538  cold shock protein CspE  42.19 
 
 		 69 aa  48.9  0.00005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1466  cold-shock DNA-binding domain protein  43.75 
 
 		 67 aa  48.9  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00122582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0684  cold shock protein CspE  42.19 
 
 		 69 aa  48.9  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>