More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3837 on replicon NC_009956
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009956  Dshi_3837  two-component response regulator  100 
 
 		 271 aa  545  1e-154  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.539705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2932  two-component response regulator  63.24 
 
 		 269 aa  339  2.9999999999999998e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1274  two-component response regulator  62.5 
 
 		 269 aa  334  9e-91  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2703  two-component response regulator  62.13 
 
 		 269 aa  334  1e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2722  two-component response regulator  61.65 
 
 		 273 aa  313  1.9999999999999998e-84  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.625093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2822  two-component response regulator  61.65 
 
 		 267 aa  312  4.999999999999999e-84  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.230061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3566  two-component response regulator  58.56 
 
 		 275 aa  299  4e-80  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1388  two-component response regulator  53.91 
 
 		 268 aa  262  4.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.740256  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4704  two-component response regulator  53.12 
 
 		 268 aa  259  2e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.868333  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1368  two-component response regulator  53.52 
 
 		 268 aa  260  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3278  two-component response regulator  47.27 
 
 		 264 aa  251  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442682  hitchhiker  0.00956717 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2771  two-component response regulator  53.54 
 
 		 268 aa  250  2e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.724162 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4028  two-component response regulator  51.95 
 
 		 268 aa  250  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.215518 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2347  two-component response regulator  48.86 
 
 		 264 aa  247  1e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.177509  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3026  two-component response regulator  46.88 
 
 		 264 aa  247  1e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.246349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0488  two-component response regulator  50.19 
 
 		 265 aa  245  4.9999999999999997e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7001  two-component response regulator  52.46 
 
 		 254 aa  244  9.999999999999999e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.746604 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3925  two-component response regulator  50.97 
 
 		 264 aa  244  1.9999999999999999e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1604  two-component response regulator  47.27 
 
 		 264 aa  239  4e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.476211  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1246  two-component response regulator  47.27 
 
 		 264 aa  239  4e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.660623  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6000  two-component response regulator  47.27 
 
 		 264 aa  239  5e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1657  two-component response regulator  47.27 
 
 		 264 aa  239  5e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5008  two-component response regulator  50 
 
 		 267 aa  238  5.999999999999999e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.16011  normal  0.0859661 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4399  two-component response regulator  51.21 
 
 		 267 aa  237  1e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.042433  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2725  two-component response regulator  50.81 
 
 		 267 aa  236  2e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.127392 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3029  two-component response regulator  50.2 
 
 		 267 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.268272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3131  two-component response regulator  50.2 
 
 		 267 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.734649 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2905  two-component response regulator  50.2 
 
 		 293 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0052  two-component response regulator  47.31 
 
 		 264 aa  233  2.0000000000000002e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.669902 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3570  two-component response regulator  51.57 
 
 		 252 aa  233  3e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0089  two-component response regulator  47.55 
 
 		 266 aa  232  4.0000000000000004e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0453236 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0286  two-component response regulator  47.86 
 
 		 274 aa  231  7.000000000000001e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.173395 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3109  two-component response regulator  46.09 
 
 		 265 aa  230  2e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0337  two-component response regulator  46.67 
 
 		 265 aa  229  4e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.101907 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0250  two-component response regulator  42.35 
 
 		 264 aa  222  4.9999999999999996e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2024  two-component response regulator  43.08 
 
 		 263 aa  209  3e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.363014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2186  two-component response regulator  45.35 
 
 		 264 aa  207  1e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3285  two-component response regulator  41.91 
 
 		 265 aa  207  2e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0287  two-component response regulator  46.54 
 
 		 264 aa  206  3e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.162207  normal  0.615861 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3239  two-component response regulator  46.12 
 
 		 235 aa  184  2.0000000000000003e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3521  two-component response regulator  38.62 
 
 		 249 aa  132  6e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1497  putative PAS/PAC sensor protein  35.59 
 
 		 380 aa  83.2  0.000000000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.506851  normal  0.137069 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1813  response regulator receiver protein  36.36 
 
 		 316 aa  82.4  0.000000000000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.445517  normal  0.445863 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2485  response regulator  44.35 
 
 		 125 aa  80.5  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2193  response regulator  45.22 
 
 		 124 aa  79.7  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0128803  normal  0.268173 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2645  putative PAS/PAC sensor protein  33.6 
 
 		 336 aa  75.1  0.000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1242  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.75 
 
 		 472 aa  75.5  0.000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41521  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1360  putative PAS/PAC sensor protein  35.59 
 
 		 429 aa  74.3  0.000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00110028  hitchhiker  0.000665614 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1808  putative PAS/PAC sensor protein  35 
 
 		 603 aa  73.6  0.000000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.268482 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0893  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.75 
 
 		 359 aa  73.6  0.000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2117  putative PAS/PAC sensor protein  35.48 
 
 		 257 aa  72.8  0.000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0895  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.17 
 
 		 701 aa  72.8  0.000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1460  putative PAS/PAC sensor protein  35.59 
 
 		 474 aa  72.4  0.000000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.81808 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0428  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.05 
 
 		 455 aa  72  0.000000000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2639  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 817 aa  72  0.00000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4529  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.62 
 
 		 989 aa  72  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1488  response regulator receiver protein  34.75 
 
 		 450 aa  71.2  0.00000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.379239 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0985  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.19 
 
 		 704 aa  70.5  0.00000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000494124  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6935  response regulator  38.46 
 
 		 141 aa  70.1  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134474  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0439  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.2 
 
 		 455 aa  70.1  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.444664 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2510  transcriptional regulator  32.76 
 
 		 157 aa  69.7  0.00000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000843612  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3448  putative transcriptional regulator  32.77 
 
 		 143 aa  69.7  0.00000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.132297  normal  0.0606491 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2637  putative PAS/PAC sensor protein  32.48 
 
 		 461 aa  69.3  0.00000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1807  putative PAS/PAC sensor protein  31.93 
 
 		 258 aa  69.3  0.00000000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.254511 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1358  putative PAS/PAC sensor protein  32.76 
 
 		 404 aa  68.9  0.00000000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.873442  normal  0.0258422 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.58 
 
 		 481 aa  68.9  0.00000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1528  response regulator receiver protein  32.52 
 
 		 450 aa  68.6  0.0000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  hitchhiker  0.00374994  normal  0.77554 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3008  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.87 
 
 		 953 aa  68.2  0.0000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.77 
 
 		 426 aa  67.4  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2709  two component signal transduction response regulator  30 
 
 		 429 aa  67.4  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1235  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.01 
 
 		 989 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.172784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3510  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.44 
 
 		 521 aa  66.6  0.0000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.269968 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0048  putative PAS/PAC sensor protein  33.87 
 
 		 255 aa  66.6  0.0000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1012  response regulator receiver domain-containing protein  37.74 
 
 		 109 aa  66.2  0.0000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3669  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.67 
 
 		 432 aa  65.9  0.0000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2407  response regulator receiver protein  39.02 
 
 		 182 aa  65.9  0.0000000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2677  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  32.48 
 
 		 636 aa  65.9  0.0000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.068934 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3427  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.62 
 
 		 256 aa  65.5  0.0000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.239231  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1311  putative PAS/PAC sensor protein  31.67 
 
 		 340 aa  64.7  0.000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.187179 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3039  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.62 
 
 		 355 aa  65.1  0.000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.610599  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1557  response regulator receiver  33.62 
 
 		 131 aa  65.1  0.000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000412225  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2285  response regulator receiver  33.33 
 
 		 130 aa  64.7  0.000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000158247  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5458  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  33.05 
 
 		 582 aa  65.1  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.336827 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0622  response regulator  38.26 
 
 		 145 aa  64.7  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.453794 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0900  response regulator receiver protein  30.25 
 
 		 126 aa  63.9  0.000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000110071 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1730  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.48 
 
 		 591 aa  64.3  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.319599  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0841  response regulator receiver  31.62 
 
 		 135 aa  63.5  0.000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2212  response regulator receiver protein  30.17 
 
 		 122 aa  63.9  0.000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.092497  normal  0.290386 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3511  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.17 
 
 		 384 aa  63.5  0.000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.253652 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1725  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.48 
 
 		 499 aa  62.8  0.000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  27.92 
 
 		 875 aa  62.8  0.000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4556  response regulator  33.04 
 
 		 155 aa  62.4  0.000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5541  response regulator  32.46 
 
 		 134 aa  62.4  0.000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2933  response regulator receiver and ANTAR domain protein  32.48 
 
 		 194 aa  62.4  0.000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0803562  normal  0.225953 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1724  response regulator receiver domain-containing protein  30.97 
 
 		 352 aa  62.4  0.000000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1517  response regulator receiver protein  33.9 
 
 		 127 aa  62  0.000000009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.394491  normal  0.160821 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2576  response regulator receiver domain-containing protein  30.17 
 
 		 122 aa  61.6  0.00000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2671  response regulator receiver protein  35.65 
 
 		 243 aa  61.6  0.00000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000586434 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1110  response regulator receiver and ANTAR domain protein  35.04 
 
 		 197 aa  61.6  0.00000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0520878  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1007  putative GAF sensor protein  34.96 
 
 		 311 aa  62  0.00000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.164021  normal  0.860345 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>