More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3700 on replicon NC_009955
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009955  Dshi_3700  integrase family protein  100 
 
 		 295 aa  611  9.999999999999999e-175  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3661  integrase family protein  61.97 
 
 		 290 aa  372  1e-102  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.311976  decreased coverage  0.00000149049 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3629  integrase family protein  61.97 
 
 		 290 aa  372  1e-102  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0858  phage integrase  56.25 
 
 		 289 aa  332  7.000000000000001e-90  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2348  phage integrase family protein  55.67 
 
 		 301 aa  323  2e-87  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8452  integrase family protein  58.66 
 
 		 286 aa  322  3e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.032039  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4806  phage integrase  55.83 
 
 		 291 aa  319  3.9999999999999996e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.92941  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4502  integrase family protein  54.23 
 
 		 290 aa  315  4e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1196  phage integrase  55.05 
 
 		 291 aa  315  4e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0262  integrase family protein  53.71 
 
 		 291 aa  298  1e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0822  putative phage integrase  52.84 
 
 		 291 aa  288  6e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.341397 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1077  integrase family protein  52.65 
 
 		 291 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6657  integrase family protein  52.65 
 
 		 291 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.358251 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3470  phage integrase family protein  49.65 
 
 		 302 aa  273  4.0000000000000004e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.229271  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0826  putative phage integrase  52.92 
 
 		 266 aa  257  1e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.225694 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7619  integrase family protein  45.32 
 
 		 292 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.192826  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0068  phage integrase  48.59 
 
 		 302 aa  254  2.0000000000000002e-66  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6605  integrase family protein  45.32 
 
 		 292 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7462  integrase family protein  45.32 
 
 		 292 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.105755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6957  integrase family protein  44.96 
 
 		 292 aa  250  2e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0373  integrase domain protein SAM domain protein  52.14 
 
 		 259 aa  236  2e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5165  integrase family protein  40.96 
 
 		 291 aa  198  7.999999999999999e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1585  phage integrase  41.7 
 
 		 286 aa  191  1e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.791115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4832  phage integrase  38.01 
 
 		 291 aa  191  1e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1026  integrase family protein  35.48 
 
 		 283 aa  176  3e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319361  normal  0.791294 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0978  phage integrase family protein  34.04 
 
 		 283 aa  176  6e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3066  integrase family protein  36.57 
 
 		 390 aa  164  1.0000000000000001e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0221886  normal  0.652565 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2872  phage integrase family protein  38.49 
 
 		 279 aa  161  1e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000984905  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1145  putative transcriptional regulator, TetR family  36.05 
 
 		 408 aa  154  2e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.239655 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3109  phage integrase family protein  35.74 
 
 		 290 aa  153  4e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1683  phage integrase family protein  32.58 
 
 		 287 aa  152  5e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1162  integrase family protein  32.58 
 
 		 287 aa  152  5e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1189  integrase family protein  32.58 
 
 		 287 aa  152  5e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00933678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2013  integrase family protein  31.82 
 
 		 287 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000617639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2736  integrase family protein  31.82 
 
 		 287 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0269003  normal  0.414698 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0466  Fis family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 362 aa  144  2e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2036  phage integrase family site specific recombinase  31.44 
 
 		 287 aa  142  5e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2164  phage integrase family site specific recombinase  31.44 
 
 		 287 aa  142  5e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2211  phage integrase family site specific recombinase  31.44 
 
 		 287 aa  142  5e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2528  phage integrase family site specific recombinase  31.44 
 
 		 287 aa  142  5e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1624  phage integrase family protein  31.51 
 
 		 235 aa  138  1e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1137  phage integrase  32.4 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0092  integrase family protein  33.97 
 
 		 270 aa  137  2e-31  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.554655  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2241  integrase family protein  31.8 
 
 		 296 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000667129 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1695  phage integrase family protein  31.8 
 
 		 296 aa  135  8e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.363626  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  33.73 
 
 		 302 aa  129  5.0000000000000004e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  31.99 
 
 		 284 aa  129  8.000000000000001e-29  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  30.71 
 
 		 290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0410  integron integrase  29.6 
 
 		 334 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.761535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1787  phage integrase family protein  28.46 
 
 		 283 aa  126  3e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2959  phage integrase family protein  28.46 
 
 		 283 aa  126  4.0000000000000003e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.164424 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5043  integrase family protein  47.48 
 
 		 160 aa  126  5e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0143  integrase IntI1 for transposon Tn21  31.21 
 
 		 337 aa  125  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5342  integrase/recombinase  31.21 
 
 		 337 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.394866  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0067  integrase/recombinase  31.21 
 
 		 337 aa  125  8.000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.325485 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0120  integrase/recombinase  31.21 
 
 		 337 aa  125  8.000000000000001e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.400978 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1723  integrase family protein  39.64 
 
 		 210 aa  125  9e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0273744  normal  0.126779 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00230  putative tyrosine recombinase  43.24 
 
 		 265 aa  125  9e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.9402  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2037  phage integrase family site specific recombinase  29.69 
 
 		 319 aa  125  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03940  site-specific recombinase  35.23 
 
 		 291 aa  124  1e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.781769  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1682  integron integrase  29.38 
 
 		 319 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3360  integron integrase  28.75 
 
 		 319 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1355  phage integrase family site specific recombinase  29.56 
 
 		 318 aa  124  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.73063 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2132  integron integrase  28.75 
 
 		 319 aa  124  3e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000290373 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1347  tyrosine recombinase XerD  34.07 
 
 		 306 aa  122  8e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.816733  normal  0.74121 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1720  integron integrase  29.06 
 
 		 319 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.945826  normal  0.140223 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3427  integron integrase  31.73 
 
 		 327 aa  121  9.999999999999999e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4307  integron integrase  27.04 
 
 		 319 aa  120  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05531  site-specific tyrosine recombinase XerC  39.9 
 
 		 347 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0169  phage integrase family protein  29.37 
 
 		 282 aa  119  7e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0558238  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0257  integron integrase  30.35 
 
 		 338 aa  119  7e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0364142  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  35.94 
 
 		 298 aa  119  7.999999999999999e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2703  integron integrase  31.09 
 
 		 323 aa  119  7.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5312  integrase/recombinase  50 
 
 		 137 aa  119  9e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.169843 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03738  putative integrase  31.55 
 
 		 322 aa  118  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  30.6 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1531  phage integrase family protein  33.33 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.504949 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  31.5 
 
 		 295 aa  117  1.9999999999999998e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  33.7 
 
 		 294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0534  site-specific recombinase IntIA  29.88 
 
 		 327 aa  117  3e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  31.29 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0977  integron integrase  29.49 
 
 		 329 aa  116  3.9999999999999997e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0696  phage integrase  29.39 
 
 		 338 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2576  integron integrase  29.72 
 
 		 453 aa  115  8.999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00600674  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2815  integrase/recombinase XerD  33.57 
 
 		 311 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2048  integrase domain-containing protein  38.04 
 
 		 187 aa  115  1.0000000000000001e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.212868  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3124  putative integrase/recombinase  54.78 
 
 		 185 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.505394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  29.5 
 
 		 295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2175  tyrosine recombinase XerD  31.08 
 
 		 299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0106  phage integrase family protein  31.84 
 
 		 295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2567  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.27 
 
 		 313 aa  113  3e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.615759 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4524  Phage integrase  31.86 
 
 		 310 aa  113  3e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1799  integron integrase  32.48 
 
 		 462 aa  113  3e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.174616  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  32.97 
 
 		 309 aa  113  3e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1001  integrase family protein  34.62 
 
 		 333 aa  113  4.0000000000000004e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  30.9 
 
 		 301 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  31.96 
 
 		 304 aa  113  4.0000000000000004e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2714  integron integrase  27.86 
 
 		 332 aa  112  5e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  28.57 
 
 		 296 aa  112  5e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  35.56 
 
 		 310 aa  112  7.000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>