More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS05531 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS05531  site-specific tyrosine recombinase XerC  100 
 
 		 347 aa  697    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  49.38 
 
 		 366 aa  286  5e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0306  site-specific tyrosine recombinase XerC  49.38 
 
 		 366 aa  286  5e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0688352  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1918  site-specific tyrosine recombinase XerC  49.08 
 
 		 369 aa  285  7e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.250204  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1924  site-specific tyrosine recombinase XerC  49.08 
 
 		 369 aa  285  7e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0242507  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  35.19 
 
 		 296 aa  191  2e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  40.56 
 
 		 304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  40.21 
 
 		 295 aa  189  7e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2329  tyrosine recombinase XerD  42.26 
 
 		 277 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00235896  normal  0.0350779 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  39.16 
 
 		 295 aa  184  2.0000000000000003e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.46 
 
 		 298 aa  183  3e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  39.34 
 
 		 309 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2038  tyrosine recombinase XerD  46.4 
 
 		 311 aa  182  7e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.487981  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1716  tyrosine recombinase XerD  39.39 
 
 		 303 aa  182  7e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.500655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  34.74 
 
 		 295 aa  181  2e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4151  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.38 
 
 		 298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.596099 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3191  tyrosine recombinase XerD subunit  39.3 
 
 		 300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.44 
 
 		 298 aa  180  4e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  38.41 
 
 		 303 aa  179  4.999999999999999e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0577  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.87 
 
 		 305 aa  179  5.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0855221  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  40.18 
 
 		 296 aa  179  7e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.01 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.34 
 
 		 298 aa  177  3e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2544  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.69 
 
 		 308 aa  176  4e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1478  integrase/recombinase XerD  36.3 
 
 		 298 aa  176  4e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0755097  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.92 
 
 		 299 aa  176  4e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1468  site-specific tyrosine recombinase XerD  36.39 
 
 		 298 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.208903 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4253  site-specific tyrosine recombinase XerD  36.39 
 
 		 298 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  40.61 
 
 		 296 aa  176  6e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  45.25 
 
 		 310 aa  176  6e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  36.36 
 
 		 298 aa  175  8e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1073  site-specific tyrosine recombinase XerD  36.39 
 
 		 298 aa  175  9e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.344511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  37.29 
 
 		 295 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  33.45 
 
 		 302 aa  175  9.999999999999999e-43  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  35.03 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  36.24 
 
 		 296 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1174  tyrosine recombinase XerD  38.46 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.784052  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1347  tyrosine recombinase XerD  37.11 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.816733  normal  0.74121 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1286  site-specific tyrosine recombinase XerD  36.3 
 
 		 298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0511461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.04 
 
 		 311 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  38.03 
 
 		 304 aa  173  3.9999999999999995e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1313  tyrosine recombinase XerD  39.3 
 
 		 309 aa  172  5e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0750  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.04 
 
 		 311 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0537  tyrosine recombinase XerD subunit  36.99 
 
 		 302 aa  172  7.999999999999999e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  36.12 
 
 		 308 aa  172  7.999999999999999e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0519  site-specific tyrosine recombinase XerD  38.28 
 
 		 302 aa  172  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0998774  normal  0.238721 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  39.46 
 
 		 297 aa  172  1e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.19 
 
 		 296 aa  171  2e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.64 
 
 		 298 aa  171  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0523  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.11 
 
 		 315 aa  171  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.221654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2276  tyrosine recombinase XerD  42.6 
 
 		 301 aa  169  5e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.235275  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2022  tyrosine recombinase XerD subunit  44.14 
 
 		 309 aa  169  5e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  39.46 
 
 		 302 aa  169  6e-41  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  35.67 
 
 		 297 aa  169  9e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  36.24 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2255  tyrosine recombinase XerD  37.54 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000204462  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2654  tyrosine recombinase XerD  37.29 
 
 		 306 aa  168  1e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  44.64 
 
 		 308 aa  168  1e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  37.29 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  35.99 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.29 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.95 
 
 		 296 aa  167  2e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  37.91 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0903  tyrosine recombinase XerD  38.25 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.19 
 
 		 296 aa  167  2e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.19 
 
 		 296 aa  168  2e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.19 
 
 		 296 aa  168  2e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.19 
 
 		 296 aa  168  2e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.19 
 
 		 296 aa  168  2e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  40.23 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0988  tyrosine recombinase XerD  38.25 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.252447  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.19 
 
 		 296 aa  167  2e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.19 
 
 		 296 aa  168  2e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5117  tyrosine recombinase XerD  39.1 
 
 		 327 aa  167  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.843466 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1520  tyrosine recombinase XerD  39.04 
 
 		 362 aa  167  2e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000383292 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.29 
 
 		 298 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.29 
 
 		 298 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1146  tyrosine recombinase XerD  40.46 
 
 		 286 aa  167  2.9999999999999998e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.29 
 
 		 298 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.42 
 
 		 305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.29 
 
 		 298 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  33.92 
 
 		 296 aa  166  4e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.29 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  37.29 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.29 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1659  tyrosine recombinase XerD  44.39 
 
 		 254 aa  166  5e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.29 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1118  tyrosine recombinase XerD  36.86 
 
 		 304 aa  166  5e-40  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.29 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5250  site-specific tyrosine recombinase XerC  39.82 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.29 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  37.29 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1067  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.37 
 
 		 305 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.29 
 
 		 298 aa  166  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0726  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.72 
 
 		 333 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.218987  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0914  site-specific tyrosine recombinase XerD  36.62 
 
 		 333 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.1246  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  32.89 
 
 		 294 aa  166  6.9999999999999995e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  36.3 
 
 		 299 aa  166  8e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  36.3 
 
 		 299 aa  166  8e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3304  tyrosine recombinase XerD  39.46 
 
 		 298 aa  166  8e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0133185  normal  0.394454 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>