198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2954 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_2954  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  100 
 
 
368 aa  705    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.826684  normal  0.0199101 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0504  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  59.83 
 
 
363 aa  399  9.999999999999999e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.483735  normal  0.282235 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3952  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  61.05 
 
 
360 aa  385  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0242262 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3550  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  59.88 
 
 
365 aa  370  1e-101  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.370469  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0946  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  56.22 
 
 
369 aa  362  5.0000000000000005e-99  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.374713  normal  0.411304 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1924  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  50.95 
 
 
360 aa  306  5.0000000000000004e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0724806 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0170  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  35.17 
 
 
376 aa  148  2.0000000000000003e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.135886  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0188  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.88 
 
 
376 aa  145  1e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3018  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.43 
 
 
376 aa  142  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.559203  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4117  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  35.75 
 
 
385 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0599  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.8 
 
 
392 aa  141  1.9999999999999998e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.38894  normal  0.541606 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2565  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.7 
 
 
390 aa  133  6e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.461378  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1846  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.7 
 
 
385 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000726333 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3187  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.7 
 
 
395 aa  130  3e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1681  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.25 
 
 
386 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4680  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  37.33 
 
 
380 aa  126  6e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.502037  normal  0.843824 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0804  tRNA synthetase class II (G H P and S)  32.76 
 
 
371 aa  123  5e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0821563 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1775  tRNA synthetase class II (G H P and S)  32.79 
 
 
379 aa  121  1.9999999999999998e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.349459  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1341  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.15 
 
 
382 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.354944  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2646  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  32.98 
 
 
378 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0666766 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4292  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.42 
 
 
380 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.390792  normal  0.0362525 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0420  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.17 
 
 
373 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.019387  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4717  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.8 
 
 
388 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.413844  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0404  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  30.85 
 
 
377 aa  109  7.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.133547  normal  0.0561317 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5795  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.73 
 
 
372 aa  109  9.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.831254  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4934  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  32.46 
 
 
379 aa  105  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4746  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.78 
 
 
392 aa  105  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.934073 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1499  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  32.59 
 
 
387 aa  104  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.355503  normal  0.535692 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1498  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  33.15 
 
 
387 aa  103  4e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.694394  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1777  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  32.5 
 
 
387 aa  100  3e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.253476  normal  0.1933 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2187  histidyl-tRNA synthetase 2  31.69 
 
 
479 aa  99.4  9e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0465  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  30.08 
 
 
373 aa  99  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.238845  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0510  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  28.34 
 
 
373 aa  92.8  9e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0121409 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3835  histidine--tRNA ligase  30.27 
 
 
466 aa  89.4  8e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000618349  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3187  histidyl-tRNA synthetase  29.95 
 
 
484 aa  88.6  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1442  histidyl-tRNA synthetase  27.53 
 
 
448 aa  84.3  0.000000000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2915  histidyl-tRNA synthetase  31.15 
 
 
484 aa  77.8  0.0000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0924  histidyl-tRNA synthetase  23.6 
 
 
418 aa  76.3  0.0000000000008  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0577  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  23.36 
 
 
517 aa  72.4  0.00000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2267  histidyl-tRNA synthetase  26.79 
 
 
430 aa  71.6  0.00000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.921097  normal  0.960691 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02180  histidyl-tRNA synthetase  25.34 
 
 
418 aa  69.7  0.00000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000127032  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2981  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  25.79 
 
 
392 aa  67.4  0.0000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4470  histidyl-tRNA synthetase 2  29.68 
 
 
449 aa  65.9  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0933  histidyl-tRNA synthetase  25.36 
 
 
470 aa  65.1  0.000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.638014  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0659  histidyl-tRNA synthetase  27.35 
 
 
431 aa  64.3  0.000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1055  histidyl-tRNA synthetase  23.16 
 
 
418 aa  62.8  0.000000009  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1794  histidyl-tRNA synthetase  24.09 
 
 
418 aa  61.6  0.00000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0862  histidyl-tRNA synthetase  21.75 
 
 
418 aa  61.2  0.00000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.393397  hitchhiker  0.0052458 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2918  histidyl-tRNA synthetase  29.88 
 
 
408 aa  60.5  0.00000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.377078 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0658  histidyl-tRNA synthetase  25.85 
 
 
427 aa  60.8  0.00000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.269942  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0380  histidyl-tRNA synthetase 2  23.56 
 
 
419 aa  59.7  0.00000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1255  histidyl-tRNA synthetase  25.78 
 
 
426 aa  59.7  0.00000008  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.505298  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0030  histidyl-tRNA synthetase  21.81 
 
 
418 aa  59.7  0.00000009  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.289573  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3452  histidyl-tRNA synthetase  24.78 
 
 
409 aa  59.3  0.0000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.192864 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1585  histidyl-tRNA synthetase  32.24 
 
 
410 aa  59.3  0.0000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0658  histidyl-tRNA synthetase  27.16 
 
 
419 aa  58.9  0.0000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2313  histidyl-tRNA synthetase  27.17 
 
 
415 aa  58.2  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.335262 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0985  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  23.48 
 
 
404 aa  57.8  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0965259  normal  0.656469 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15290  ATP phosphoribosyltransferase  26.3 
 
 
538 aa  57  0.0000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0483798 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4938  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit, putative  29.97 
 
 
395 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2975  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  26.14 
 
 
384 aa  55.8  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.810613 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0999  histidine--tRNA ligase  20.62 
 
 
380 aa  55.8  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.357666  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2348  histidyl-tRNA synthetase  25.53 
 
 
377 aa  55.8  0.000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.901013  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3158  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.78 
 
 
394 aa  55.5  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1100  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  26.89 
 
 
413 aa  55.1  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0886  histidyl-tRNA synthetase 2  23.18 
 
 
404 aa  55.5  0.000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.151754  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1621  histidyl-tRNA synthetase  25.3 
 
 
421 aa  54.3  0.000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0415  histidyl-tRNA synthetase  29.27 
 
 
410 aa  54.3  0.000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.11603  hitchhiker  0.00165896 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2655  histidyl-tRNA synthetase  27.53 
 
 
437 aa  54.7  0.000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.234034  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0527  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  27.96 
 
 
395 aa  53.9  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.558326  normal  0.282871 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1457  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  23.93 
 
 
420 aa  53.5  0.000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1947  histidyl-tRNA synthetase  22.53 
 
 
442 aa  53.5  0.000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4890  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  28.92 
 
 
395 aa  53.1  0.000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.625991  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4766  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  28.92 
 
 
395 aa  53.1  0.000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011698  PHATRDRAFT_16944  predicted protein  24.87 
 
 
438 aa  53.1  0.000008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.994947  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2880  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  24.24 
 
 
418 aa  53.1  0.000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.164097  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1734  histidyl-tRNA synthetase  28.87 
 
 
410 aa  53.1  0.000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1240  histidyl-tRNA synthetase  27.51 
 
 
439 aa  52.8  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2359  histidine--tRNA ligase  28.33 
 
 
401 aa  52.4  0.00001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0640  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  30.18 
 
 
395 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00226727 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3887  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  23.61 
 
 
420 aa  52.4  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12150  histidyl-tRNA synthetase  24.5 
 
 
419 aa  51.6  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000175223  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1489  Histidine--tRNA ligase  28.89 
 
 
383 aa  52  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00266166  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1563  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  21.96 
 
 
420 aa  52  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0236  histidyl-tRNA synthetase  24.71 
 
 
427 aa  51.6  0.00002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0287  histidyl-tRNA synthetase  28.32 
 
 
439 aa  51.6  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4681  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  27.27 
 
 
395 aa  52  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4942  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  29.58 
 
 
395 aa  52  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0052087 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1289  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  22.3 
 
 
420 aa  51.2  0.00003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0676  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  25.3 
 
 
434 aa  50.8  0.00003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3590  histidyl-tRNA synthetase  25.63 
 
 
400 aa  51.2  0.00003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2108  histidyl-tRNA synthetase  23.79 
 
 
426 aa  50.8  0.00004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1340  histidyl-tRNA synthetase  29.94 
 
 
424 aa  50.8  0.00004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.667499  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1950  histidyl-tRNA synthetase  25.35 
 
 
426 aa  50.8  0.00004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2198  histidyl-tRNA synthetase  38.37 
 
 
409 aa  50.8  0.00004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0905  histidyl-tRNA synthetase  35.96 
 
 
420 aa  50.4  0.00005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0576  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  26.83 
 
 
395 aa  50.4  0.00005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0644  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  21.1 
 
 
387 aa  50.4  0.00005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1288  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  21.96 
 
 
420 aa  50.1  0.00006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0025  histidyl-tRNA synthetase  23.66 
 
 
444 aa  50.1  0.00006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.320028  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>