More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1951 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1951  hypothetical protein  100 
 
 		 1097 aa  2175    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00270024  hitchhiker  0.000836755 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1836  hypothetical protein  27.8 
 
 		 865 aa  128  5e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1862  hypothetical protein  27.8 
 
 		 865 aa  128  5e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2823  HlyD family secretion protein  29.73 
 
 		 329 aa  95.1  7e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0659  secretion protein HlyD  28.77 
 
 		 335 aa  93.6  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0195539 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0916  secretion protein HlyD family protein  29.52 
 
 		 335 aa  85.9  0.000000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2920  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.27 
 
 		 505 aa  79.7  0.0000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.214189 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0748  putative PAS/PAC sensor protein  23.37 
 
 		 607 aa  76.3  0.000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1040  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.28 
 
 		 500 aa  73.9  0.00000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4261  secretion protein HlyD family protein  25.1 
 
 		 347 aa  72  0.00000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1101  RND family efflux transporter MFP subunit  26.33 
 
 		 414 aa  70.5  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.402678  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2543  secretion protein HlyD  27.84 
 
 		 471 aa  69.7  0.0000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.467529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4226  RND family efflux transporter MFP subunit  25.19 
 
 		 426 aa  69.7  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.499264  normal  0.926991 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23 
 
 		 432 aa  69.3  0.0000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2825  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.74 
 
 		 476 aa  68.9  0.0000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.292175  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1596  secretion protein HlyD family protein  26.91 
 
 		 420 aa  68.9  0.0000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0836964  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6769  secretion protein HlyD family protein  27.03 
 
 		 393 aa  68.6  0.0000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.238192  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1777  secretion protein HlyD family protein  29.67 
 
 		 320 aa  68.6  0.0000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0865879  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2355  secretion protein HlyD  29.17 
 
 		 509 aa  67.8  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0694634 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1147  secretion protein HlyD family protein  28.72 
 
 		 328 aa  67.4  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000143256  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1256  membrane fusion protein (MFP) family auxiliary transport protein  23.87 
 
 		 397 aa  67.8  0.000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2701  secretion protein HlyD family protein  29.58 
 
 		 333 aa  67.4  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8104  secretion protein HlyD family protein  28.97 
 
 		 354 aa  66.2  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1047  RND family efflux transporter subunit MFP  27.51 
 
 		 461 aa  66.2  0.000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0423833  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2446  secretion protein HlyD  29.41 
 
 		 331 aa  65.9  0.000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0391443  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1613  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.1 
 
 		 469 aa  65.9  0.000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6561  secretion protein HlyD family protein  28.09 
 
 		 397 aa  64.7  0.000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0560581  normal  0.0514365 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3250  hypothetical protein  27.87 
 
 		 337 aa  64.3  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2812  hypothetical protein  27.16 
 
 		 328 aa  63.9  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.659594  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2900  hypothetical protein  27.16 
 
 		 328 aa  63.9  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.441654  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1938  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.48 
 
 		 462 aa  64.3  0.00000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000755017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2225  secretion protein HlyD family protein  26.8 
 
 		 351 aa  64.3  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.670197 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  26.86 
 
 		 379 aa  64.3  0.00000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1602  RND family efflux transporter MFP subunit  29.8 
 
 		 641 aa  63.5  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3464  secretion protein HlyD  25.26 
 
 		 335 aa  63.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1902  secretion protein HlyD  25.6 
 
 		 395 aa  63.5  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0432629  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2100  secretion protein HlyD family protein  26.8 
 
 		 351 aa  63.5  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.528355 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20080  hypothetical protein  24.76 
 
 		 323 aa  63.5  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1115  secretion protein HlyD family protein  27.8 
 
 		 347 aa  63.5  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.719605  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3236  GAF domain-containing protein  24.88 
 
 		 578 aa  63.2  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.604941 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1263  efflux transporter  31.43 
 
 		 415 aa  63.2  0.00000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.471028  normal  0.778162 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1874  secretion protein HlyD family protein  26.8 
 
 		 351 aa  63.2  0.00000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.982887 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1339  RND family efflux transporter MFP subunit  26.09 
 
 		 384 aa  63.2  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2115  secretion protein HlyD family protein  25.82 
 
 		 334 aa  63.2  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.441068  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1833  RND family efflux transporter MFP subunit  25.53 
 
 		 464 aa  62.4  0.00000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.36059  unclonable  0.000000000906287 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1084  MacA  25.1 
 
 		 402 aa  62  0.00000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1329  hypothetical protein  24.16 
 
 		 328 aa  62  0.00000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1728  hypothetical protein  24.76 
 
 		 323 aa  61.6  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0534587  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  24.15 
 
 		 368 aa  60.8  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2858  secretion protein HlyD  20.93 
 
 		 517 aa  60.8  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  24.15 
 
 		 367 aa  61.2  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2400  GAF domain-containing protein  24.7 
 
 		 628 aa  60.8  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4021  secretion protein HlyD  28.04 
 
 		 345 aa  61.2  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.127081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2777  RND family efflux transporter MFP subunit  22.71 
 
 		 489 aa  60.8  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000975793  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0080  RND family efflux transporter MFP subunit  26.06 
 
 		 414 aa  61.2  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.95759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2810  secretion protein HlyD family protein  33.64 
 
 		 368 aa  60.1  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.653473 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1731  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.45 
 
 		 402 aa  60.1  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0919  AcrA/AcrE family efflux protein  23.58 
 
 		 377 aa  60.1  0.0000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4284  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.19 
 
 		 382 aa  59.7  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.19 
 
 		 382 aa  59.7  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.321467  normal  0.9163 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1422  secretion protein HlyD  28.4 
 
 		 359 aa  59.7  0.0000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0497268  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1839  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.38 
 
 		 420 aa  59.7  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3408  RND family efflux transporter MFP subunit  24.27 
 
 		 389 aa  58.9  0.0000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0128497  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1286  hypothetical protein  26.2 
 
 		 331 aa  58.9  0.0000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3883  secretion protein HlyD  23.33 
 
 		 424 aa  58.9  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.135938  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2177  GAF domain-containing protein  25.71 
 
 		 611 aa  58.9  0.0000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.266529 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4584  secretion protein HlyD family protein  25.64 
 
 		 402 aa  58.5  0.0000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0270  putative MacA-like membrane transport protein  27.68 
 
 		 417 aa  58.5  0.0000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3037  secretion protein HlyD  26 
 
 		 344 aa  58.5  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.714598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1341  putative phytochrome sensor protein  25.41 
 
 		 612 aa  58.5  0.0000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2062  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.16 
 
 		 419 aa  58.2  0.0000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0208015  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1671  HlyD family secretion protein  23.48 
 
 		 408 aa  57.8  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3412  secretion protein HlyD  27.12 
 
 		 443 aa  58.2  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0866166  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3361  secretion protein HlyD family protein  23.93 
 
 		 373 aa  57.8  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1544  secretion protein HlyD family protein  30.35 
 
 		 504 aa  57.4  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2020  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.97 
 
 		 414 aa  57.8  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.152554 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0663  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.6 
 
 		 453 aa  57  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1793  hypothetical protein  27.64 
 
 		 347 aa  57  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0463341  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  27.6 
 
 		 381 aa  57  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  23.16 
 
 		 400 aa  57.4  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0782  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.32 
 
 		 428 aa  57.4  0.000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00204407  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1354  secretion protein HlyD family protein  21.77 
 
 		 349 aa  57  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.34 
 
 		 453 aa  57.4  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3589  HlyD family secretion protein  36.67 
 
 		 320 aa  57.4  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1847  putative efflux transporter  24.73 
 
 		 421 aa  56.2  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0234  secretion protein HlyD family protein  28.51 
 
 		 321 aa  56.6  0.000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.600771 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1774  secretion protein HlyD family protein  23.88 
 
 		 355 aa  56.2  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3727  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.34 
 
 		 359 aa  56.6  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00335506  normal  0.0890337 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1480  secretion protein HlyD family protein  23.17 
 
 		 349 aa  55.8  0.000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.785095  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1672  RND family efflux transporter MFP subunit  23.49 
 
 		 429 aa  55.8  0.000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  25 
 
 		 368 aa  55.8  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3060  secretion protein HlyD family protein  25.48 
 
 		 353 aa  55.5  0.000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0563  secretion protein HlyD  25.52 
 
 		 456 aa  55.5  0.000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3892  secretion protein HlyD family protein  28.29 
 
 		 352 aa  55.5  0.000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0926  GAF domain-containing protein  25 
 
 		 614 aa  55.5  0.000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1469  secretion protein HlyD  24.18 
 
 		 421 aa  55.5  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.910926 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4203  hypothetical protein  27.59 
 
 		 316 aa  55.1  0.000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.99855  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1617  secretion protein HlyD  23.95 
 
 		 408 aa  55.1  0.000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0160623  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4545  secretion protein HlyD family protein  25.29 
 
 		 335 aa  55.1  0.000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0511236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1586  secretion protein HlyD family protein  28.16 
 
 		 328 aa  55.1  0.000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.125031  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>