More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_3232 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_3232  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 
212 aa  431  1e-120  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.72 
 
 
219 aa  93.2  3e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0860  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.98 
 
 
234 aa  93.2  3e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.693979  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1955  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.51 
 
 
229 aa  88.2  7e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1297  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.04 
 
 
222 aa  85.1  7e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2075  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.18 
 
 
210 aa  85.1  7e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1803  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
249 aa  85.1  7e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0808632  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0755  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.11 
 
 
223 aa  84.7  9e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.125698 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1262  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.75 
 
 
222 aa  84  0.000000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.247212  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1234  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.43 
 
 
232 aa  84  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0269  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.59 
 
 
238 aa  83.2  0.000000000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1062  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.27 
 
 
236 aa  82  0.000000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2058  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.27 
 
 
225 aa  81.6  0.000000000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2082  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.27 
 
 
225 aa  81.6  0.000000000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0372  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.11 
 
 
225 aa  81.3  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2076  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.7 
 
 
234 aa  80.9  0.00000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.398696  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1798  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.13 
 
 
224 aa  80.1  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.112724  normal  0.701218 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1250  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.73 
 
 
236 aa  80.5  0.00000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.403908  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3158  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.26 
 
 
223 aa  80.1  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0127  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.65 
 
 
222 aa  79.7  0.00000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.867755  normal  0.325855 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0292  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.23 
 
 
224 aa  80.1  0.00000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.210312  normal  0.0189188 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2833  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.18 
 
 
213 aa  79  0.00000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0320601  normal  0.661336 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2023  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.65 
 
 
221 aa  79  0.00000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0496812 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3283  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.57 
 
 
223 aa  78.2  0.00000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0252  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.68 
 
 
218 aa  78.2  0.00000000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000185636  normal  0.131428 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.53 
 
 
234 aa  77.8  0.0000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4199  cyclic nucleotide-binding protein  24.12 
 
 
260 aa  77  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.2 
 
 
254 aa  77  0.0000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1065  Crp/Fnr family transcriptional regulator  29.57 
 
 
223 aa  77.4  0.0000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.547512  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1641  cyclic nucleotide-binding  26.92 
 
 
267 aa  77  0.0000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.13 
 
 
222 aa  76.3  0.0000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24561  CRP family global nitrogen regulatory protein  30.77 
 
 
222 aa  75.9  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1592  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.63 
 
 
228 aa  75.9  0.0000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0778  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.36 
 
 
236 aa  75.5  0.0000000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000312841  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1849  cyclic nucleotide-binding  32.4 
 
 
195 aa  75.1  0.0000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.00134256  normal  0.103049 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0303  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.15 
 
 
228 aa  74.7  0.0000000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2928  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.14 
 
 
232 aa  74.7  0.0000000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.39759 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0754  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.24 
 
 
236 aa  74.7  0.0000000000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000212493  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2750  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.16 
 
 
222 aa  74.3  0.000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000000354449  normal  0.602467 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.12 
 
 
231 aa  73.9  0.000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.87 
 
 
231 aa  74.3  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22000  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.39 
 
 
235 aa  73.9  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.457493  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1482  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.67 
 
 
235 aa  73.9  0.000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000238682  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2083  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.6 
 
 
258 aa  73.6  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.193038 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  27.03 
 
 
224 aa  73.2  0.000000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0880  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.96 
 
 
219 aa  72.8  0.000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.812688  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3873  cAMP-regulatory protein  27.09 
 
 
211 aa  72.8  0.000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000159716  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0248  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.18 
 
 
244 aa  72.4  0.000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3747  cAMP-regulatory protein  27.09 
 
 
211 aa  72.8  0.000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0179283  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.74 
 
 
226 aa  72.4  0.000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3690  cAMP-regulatory protein  27.09 
 
 
211 aa  72.8  0.000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0119951  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0578  cAMP-regulatory protein  27.09 
 
 
211 aa  72.8  0.000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.001638  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0585  cAMP-regulatory protein  27.09 
 
 
211 aa  72  0.000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000009188  normal  0.481967 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5316  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.71 
 
 
354 aa  72  0.000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.100222 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3725  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.15 
 
 
237 aa  72  0.000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0054318  normal  0.342144 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0388  cAMP-regulatory protein  30.3 
 
 
212 aa  71.6  0.000000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0189183  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3943  cAMP-regulatory protein  27.7 
 
 
214 aa  71.6  0.000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.87 
 
 
227 aa  71.6  0.000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.74 
 
 
227 aa  71.6  0.000000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.09 
 
 
229 aa  71.6  0.000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.15 
 
 
224 aa  71.6  0.000000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4187  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.27 
 
 
254 aa  71.2  0.000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.338954  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.96 
 
 
227 aa  70.9  0.00000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0652  cAMP-regulatory protein  26.6 
 
 
211 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000433673  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0624  cAMP-regulatory protein  26.6 
 
 
211 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3771  cAMP-regulatory protein  29.29 
 
 
210 aa  71.2  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.275024  normal  0.523362 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4871  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.88 
 
 
208 aa  71.2  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0245964  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 
239 aa  71.2  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3737  cAMP-regulatory protein  29.29 
 
 
210 aa  71.2  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0176942 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3834  cAMP-regulatory protein  29.29 
 
 
210 aa  71.2  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.429858  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0139  cAMP-regulatory protein  30.3 
 
 
214 aa  70.9  0.00000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0618  cAMP-regulatory protein  26.6 
 
 
211 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000475791  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3412  cAMP-regulatory protein  26.6 
 
 
211 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000398691  normal  0.338767 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3292  cAMP-regulatory protein  26.6 
 
 
211 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0112541  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3663  cAMP-regulatory protein  29.29 
 
 
210 aa  71.2  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0617  cAMP-regulatory protein  26.6 
 
 
211 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000135204  normal  0.325091 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3004  cAMP-regulatory protein  26.6 
 
 
211 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000032723  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3663  cAMP-regulatory protein  29.29 
 
 
210 aa  71.2  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.185514  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3827  cAMP-regulatory protein  29.29 
 
 
210 aa  71.2  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6158  cyclic nucleotide-binding protein  26.04 
 
 
251 aa  71.2  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02681  CRP family global nitrogen regulatory protein  29.59 
 
 
244 aa  70.9  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.548193  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02791  CRP family global nitrogen regulatory protein  30.18 
 
 
244 aa  70.9  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.696842  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  24.74 
 
 
225 aa  70.9  0.00000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02691  CRP family global nitrogen regulatory protein  29.59 
 
 
244 aa  70.9  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0662  cAMP-regulatory protein  26.6 
 
 
211 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000339306  hitchhiker  0.000137041 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0248  cAMP-regulatory protein  29.29 
 
 
210 aa  70.5  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0369  cAMP-regulatory protein  28.79 
 
 
210 aa  70.1  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3873  cAMP-regulatory protein  26.6 
 
 
211 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000105148  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6152  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.94 
 
 
256 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3702  cAMP-regulatory protein  29.29 
 
 
210 aa  70.5  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.18 
 
 
228 aa  70.5  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3945  cAMP-regulatory protein  29.29 
 
 
210 aa  70.5  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0757  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.73 
 
 
236 aa  70.5  0.00000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0100726  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.29 
 
 
223 aa  70.1  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3509  cAMP-regulatory protein  26.6 
 
 
211 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000247338  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  25.68 
 
 
222 aa  70.1  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0291  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.5 
 
 
227 aa  70.1  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277011  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0355  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.79 
 
 
210 aa  69.7  0.00000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000236327  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0781  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.59 
 
 
236 aa  69.7  0.00000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0113537  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3733  cAMP-regulatory protein  28.79 
 
 
210 aa  69.7  0.00000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>