More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_853 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 300 aa  618  1e-176  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  81 
 
 		 300 aa  504  9.999999999999999e-143  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  76.67 
 
 		 300 aa  482  1e-135  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  45.08 
 
 		 297 aa  233  4.0000000000000004e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 304 aa  227  2e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  51.89 
 
 		 303 aa  224  9e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  42.62 
 
 		 300 aa  224  2e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  39.53 
 
 		 307 aa  222  4.9999999999999996e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  39.74 
 
 		 307 aa  221  9.999999999999999e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  39.74 
 
 		 307 aa  221  9.999999999999999e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  38.41 
 
 		 307 aa  221  9.999999999999999e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  39.74 
 
 		 307 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  39.53 
 
 		 307 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  39.74 
 
 		 307 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  39.4 
 
 		 307 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  44.58 
 
 		 304 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  38.74 
 
 		 307 aa  219  3e-56  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  39.07 
 
 		 307 aa  219  6e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  39.4 
 
 		 307 aa  219  6e-56  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  39.2 
 
 		 302 aa  218  7.999999999999999e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  42.66 
 
 		 301 aa  215  7e-55  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  38.89 
 
 		 302 aa  214  9.999999999999999e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  39.93 
 
 		 299 aa  214  9.999999999999999e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  41.96 
 
 		 310 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  42.4 
 
 		 292 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  40.36 
 
 		 298 aa  212  4.9999999999999996e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  39.93 
 
 		 297 aa  212  5.999999999999999e-54  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  44.09 
 
 		 299 aa  210  2e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  40.34 
 
 		 293 aa  209  3e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  41.92 
 
 		 294 aa  207  2e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  38.01 
 
 		 309 aa  206  3e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  41.96 
 
 		 301 aa  206  4e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  42.29 
 
 		 303 aa  205  6e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  37.16 
 
 		 305 aa  204  2e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1237  tRNA pseudouridine synthase B  35.89 
 
 		 330 aa  204  2e-51  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.657883  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1053  tRNA pseudouridine synthase B  39.34 
 
 		 305 aa  203  3e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253025  hitchhiker  0.00000016309 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1288  tRNA pseudouridine synthase B  42.59 
 
 		 308 aa  202  4e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  35.37 
 
 		 308 aa  202  4e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  43.98 
 
 		 299 aa  202  4e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  41.63 
 
 		 294 aa  202  7e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1317  tRNA pseudouridine synthase B  41.01 
 
 		 308 aa  201  9.999999999999999e-51  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.583255 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  35.02 
 
 		 302 aa  201  9.999999999999999e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3031  tRNA pseudouridine synthase B  37.32 
 
 		 303 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000998148  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5113  tRNA pseudouridine synthase B  44.75 
 
 		 308 aa  200  1.9999999999999998e-50  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.679584 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  41.63 
 
 		 294 aa  200  1.9999999999999998e-50  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  39.18 
 
 		 293 aa  199  3e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  36.71 
 
 		 307 aa  199  3.9999999999999996e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2771  tRNA pseudouridine synthase B  36.54 
 
 		 307 aa  199  5e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01762  tRNA pseudouridine synthase B  39.08 
 
 		 323 aa  199  6e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0258018  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1591  tRNA pseudouridine synthase B  40.8 
 
 		 304 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00165016  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2418  tRNA pseudouridine synthase B  42 
 
 		 307 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0980712  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2227  tRNA pseudouridine synthase B  41.83 
 
 		 313 aa  197  2.0000000000000003e-49  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00164056  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  40.96 
 
 		 291 aa  197  2.0000000000000003e-49  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  39.68 
 
 		 307 aa  196  3e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  39.41 
 
 		 371 aa  196  4.0000000000000005e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  46.23 
 
 		 241 aa  196  5.000000000000001e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  35.47 
 
 		 305 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  35.47 
 
 		 305 aa  195  6e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0998  tRNA pseudouridine synthase B  38.67 
 
 		 294 aa  195  9e-49  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0507198  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  36.45 
 
 		 328 aa  195  9e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1954  tRNA pseudouridine synthase B  41.15 
 
 		 310 aa  194  1e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1125  tRNA pseudouridine synthase B  34.48 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  41.34 
 
 		 309 aa  194  2e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  35.57 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  37.33 
 
 		 311 aa  193  3e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  34.13 
 
 		 309 aa  193  3e-48  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  35.57 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  35.57 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  35.57 
 
 		 311 aa  193  4e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  35.57 
 
 		 321 aa  192  4e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  34.48 
 
 		 302 aa  193  4e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  35.57 
 
 		 321 aa  192  4e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1105  tRNA pseudouridine synthase B  36.33 
 
 		 313 aa  192  5e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.26874  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  34.25 
 
 		 309 aa  192  5e-48  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0612  tRNA pseudouridine synthase B  38.64 
 
 		 298 aa  192  5e-48  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.259864  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  35.57 
 
 		 302 aa  192  6e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  38.93 
 
 		 295 aa  191  1e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2009  tRNA pseudouridine synthase B  36.9 
 
 		 347 aa  191  2e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.845229  normal  0.607065 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  35.59 
 
 		 308 aa  190  2e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  35.27 
 
 		 305 aa  190  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  38.58 
 
 		 310 aa  190  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1233  tRNA pseudouridine synthase B  36.33 
 
 		 313 aa  191  2e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0870856  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1091  tRNA pseudouridine synthase B  35.79 
 
 		 303 aa  190  2e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0150332  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0727  tRNA pseudouridine synthase B  34.63 
 
 		 319 aa  190  2e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.414989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0071  tRNA pseudouridine synthase B  37.15 
 
 		 309 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  34.02 
 
 		 307 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1029  tRNA pseudouridine synthase B  39.84 
 
 		 308 aa  189  5e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0136597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  35.55 
 
 		 309 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  38.82 
 
 		 306 aa  188  8e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  35.02 
 
 		 310 aa  187  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1165  tRNA pseudouridine synthase B  36.33 
 
 		 313 aa  187  1e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.705511  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0071  tRNA pseudouridine synthase B  36.81 
 
 		 309 aa  188  1e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.861563  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  35.35 
 
 		 310 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  35.14 
 
 		 305 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  35.14 
 
 		 305 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  35.35 
 
 		 310 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1511  tRNA pseudouridine synthase B  39.22 
 
 		 283 aa  187  2e-46  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1862  tRNA pseudouridine synthase B  35 
 
 		 313 aa  187  2e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.552372  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  36.04 
 
 		 324 aa  187  2e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  36.04 
 
 		 324 aa  187  2e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>