147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_0487 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_0487  regulatory protein, MerR  100 
 
 		 301 aa  605  9.999999999999999e-173  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1049  transcriptional regulator, MerR family  49.51 
 
 		 304 aa  281  7.000000000000001e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.362937  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1448  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 319 aa  272  5.000000000000001e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6238  regulatory protein, MerR  45.87 
 
 		 324 aa  252  6e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.316883  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2972  MerR family transcriptional regulator  45.57 
 
 		 316 aa  252  6e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0234999  normal  0.559596 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0238  hypothetical protein  46.53 
 
 		 320 aa  251  1e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2399  transcriptional regulator, MerR family  45.57 
 
 		 316 aa  251  1e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0460  MerR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 319 aa  236  4e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4299  regulatory protein MerR  48.18 
 
 		 337 aa  232  6e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0130356  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1384  transcriptional regulator, MerR family  40.2 
 
 		 298 aa  207  2e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000396773  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2776  transcriptional regulator  27.8 
 
 		 290 aa  109  5e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.379235  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1753  regulatory protein MerR  28.87 
 
 		 319 aa  107  2e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1484  transcriptional regulator, MerR family  33.2 
 
 		 293 aa  102  5e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0787562  hitchhiker  0.0000374152 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2116  regulatory protein, MerR  25.94 
 
 		 319 aa  102  9e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1107  MerR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 315 aa  101  2e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00910  transcriptional regulator, MerR family protein  24.83 
 
 		 297 aa  99  8e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.307342  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2213  transcriptional regulator, MerR family  30.95 
 
 		 322 aa  99  9e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.68316  normal  0.172033 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0376  MerR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 293 aa  97.4  2e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0938  regulatory protein MerR  26.17 
 
 		 315 aa  94.4  2e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.011664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5621  transcriptional regulator, MerR family  24.32 
 
 		 294 aa  89  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.695249 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2702  cobalamin B12-binding domain-containing protein  24.07 
 
 		 305 aa  86.7  4e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1060  MerR family transcriptional regulator  25.21 
 
 		 300 aa  82  0.00000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.497246 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5173  transcriptional regulator, MerR family  22.26 
 
 		 291 aa  81.3  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3271  MerR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 335 aa  78.2  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.107511  normal  0.193811 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2028  transcriptional regulator, MerR family  26.51 
 
 		 318 aa  77.4  0.0000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000000332734  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3717  regulatory protein MerR  21.48 
 
 		 315 aa  74.3  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2032  MerR family transcriptional regulator  23.39 
 
 		 295 aa  74.7  0.000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.662057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0056  MerR family transcriptional regulator  21.74 
 
 		 299 aa  74.3  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2029  transcriptional regulator, MerR family  24.17 
 
 		 298 aa  72  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3757  MerR family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 333 aa  72  0.00000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00211459  hitchhiker  0.00419816 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3258  cobalamin B12-binding domain-containing protein  30.69 
 
 		 370 aa  67.4  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4630  MerR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 303 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3692  MerR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 290 aa  65.9  0.0000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0466  MerR family transcriptional regulator  24.13 
 
 		 305 aa  63.2  0.000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.935291  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4491  MerR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 311 aa  63.2  0.000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.51698  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0894  MerR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 319 aa  62  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1529  cobalamin B12-binding domain protein  26.34 
 
 		 372 aa  62  0.00000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4353  transcriptional regulator, MerR family  34.88 
 
 		 321 aa  62  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.651332  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4486  transcriptional regulator, MerR family  34.88 
 
 		 321 aa  62  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.892291  hitchhiker  0.0000100174 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0370  regulatory protein MerR  28.44 
 
 		 304 aa  60.8  0.00000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5846  MerR family transcriptional regulator  45 
 
 		 323 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3286  MerR family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 321 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0673  cobalamin B12-binding domain protein  26 
 
 		 349 aa  59.3  0.00000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.846284 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2639  cobalamin B12-binding  26.62 
 
 		 222 aa  59.3  0.00000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4396  transcriptional regulator, MerR family  44.78 
 
 		 342 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0291  cobalamin B12-binding domain protein  29.3 
 
 		 356 aa  57.4  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1817  transcriptional regulator, MerR family  29.45 
 
 		 287 aa  57  0.0000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4615  MerR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 311 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2355  MerR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 327 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.278081  normal  0.108483 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0914  MerR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 298 aa  55.8  0.0000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.976142  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0978  response regulator receiver protein  22.52 
 
 		 280 aa  55.5  0.000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.144383 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0822  transcriptional regulator, MerR family  43.86 
 
 		 327 aa  53.5  0.000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.528612  normal  0.372171 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61620  MerR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 299 aa  53.5  0.000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.076426 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3758  MerR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 349 aa  53.1  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.312823 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6541  transcriptional regulator, MerR family  26.43 
 
 		 309 aa  53.1  0.000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0915123  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07480  helix-turn-helix domain protein  19.41 
 
 		 301 aa  52  0.00001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.961759  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4735  MerR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 313 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.736808  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1468  methionine synthase  26.95 
 
 		 218 aa  52  0.00001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.543896  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5308  putative transcriptional regulator  41.79 
 
 		 299 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0740  MerR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 299 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0768  MerR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 299 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.819465  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4449  MerR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 293 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4228  putative sensor protein  45.1 
 
 		 282 aa  50.1  0.00004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0809123  normal  0.140287 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6401  DNA binding domain protein, excisionase family  26.34 
 
 		 279 aa  50.1  0.00005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.566174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0781  MerR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 299 aa  49.7  0.00006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.818873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1072  MerR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 320 aa  49.3  0.00007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.653703 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1397  putative transcriptional regulator, MerR family  36.71 
 
 		 319 aa  49.3  0.00007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2255  MerR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 302 aa  49.3  0.00009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0803543  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2387  B12-binding domain-containing protein  25.29 
 
 		 226 aa  48.5  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.543009  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0678  hypothetical protein  26.86 
 
 		 281 aa  48.5  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1467  cobalamin B12-binding  33.04 
 
 		 364 aa  48.9  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.225745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3324  cobalamin B12-binding protein  27.89 
 
 		 360 aa  48.5  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3386  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.89 
 
 		 360 aa  48.5  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0329482 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3335  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.89 
 
 		 360 aa  48.5  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.646328  normal  0.186158 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2211  methionine synthase  26.18 
 
 		 1178 aa  48.5  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1122  transcriptional regulator, MerR family  41.82 
 
 		 302 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0962  regulatory protein, MerR  41.82 
 
 		 300 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1825  methionine synthase (B12-dependent)  24.29 
 
 		 1158 aa  48.5  0.0002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1758  MerR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 245 aa  48.1  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000235386 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1617  homocysteine S-methyltransferase  23.56 
 
 		 1189 aa  47.4  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3385  MerR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 345 aa  47.8  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1509  MerR family transcriptional regulator  21.79 
 
 		 291 aa  47.4  0.0003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000195029  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1602  DNA binding domain protein, excisionase family  34.82 
 
 		 295 aa  47.4  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.200885  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2292  methionine synthase  25.13 
 
 		 1157 aa  47.4  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0622799  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1399  MerR family transcriptional regulator  21.79 
 
 		 292 aa  47  0.0004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.147582  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2587  transcriptional regulator, MerR family  30.95 
 
 		 354 aa  47  0.0004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.366635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1650  transcriptional regulator, MerR family  21.79 
 
 		 291 aa  47  0.0004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000245022  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1583  transcriptional regulator, MerR family  21.79 
 
 		 291 aa  47  0.0004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.53357e-31 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1371  MerR family transcriptional regulator  21.79 
 
 		 292 aa  46.6  0.0005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000540169  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1212  MerR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 302 aa  46.6  0.0005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000132783  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1812  transcriptional regulator, MerR family  43.75 
 
 		 386 aa  46.6  0.0005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.257816  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1370  MerR family transcriptional regulator  21.79 
 
 		 291 aa  46.2  0.0006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000206673  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0810  MerR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 310 aa  46.2  0.0006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.826651  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0686  transcriptional regulator, MerR family  33.67 
 
 		 363 aa  46.2  0.0006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.162378  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0675  cobalamin B12-binding domain protein  31.78 
 
 		 224 aa  46.6  0.0006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000394435  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2126  MerR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 282 aa  46.2  0.0007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0081  MerR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 265 aa  45.8  0.0008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00994643  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1531  transcriptional regulator, MerR family  34.92 
 
 		 243 aa  45.8  0.0009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.896472  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02014  hypothetical protein  32.86 
 
 		 243 aa  45.8  0.0009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1520  MerR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 243 aa  45.8  0.0009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>