154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_2367 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_2367  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
307 aa  615  1e-175  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4410  virulence sensor protein BvgS  50.85 
 
 
948 aa  278  8e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.213714  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30700  putative sensor/response regulator hybrid  45.76 
 
 
992 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.716544  hitchhiker  0.000396049 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1642  putative PAS/PAC sensor protein  38.77 
 
 
796 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0928458  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2100  two-component sensor protein  37.84 
 
 
1211 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349009  normal  0.142111 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3639  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.84 
 
 
1210 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.847136  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.85 
 
 
1201 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.278595  normal  0.0196406 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2326  extracellular solute-binding protein/sensory box protein  34.92 
 
 
751 aa  149  8e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0163187  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3975  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.89 
 
 
1214 aa  149  8e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2113  PAS  32.93 
 
 
1206 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.819255  normal  0.387177 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2782  Hpt sensor hybrid histidine kinase  33.91 
 
 
1091 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3413  Hpt sensor hybrid histidine kinase  31.18 
 
 
1093 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.464366 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2527  Hpt sensor hybrid histidine kinase  32.19 
 
 
1090 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120042  normal  0.0845157 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1864  Hpt sensor hybrid histidine kinase  30.19 
 
 
1069 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0404414  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2349  Hpt sensor hybrid histidine kinase  31.76 
 
 
1093 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0868194  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1292  PAS  29.18 
 
 
1209 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.746783 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1482  sensory box histidine kinase/response regulator  29.88 
 
 
1213 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0173  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.9 
 
 
1191 aa  97.1  3e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0303  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.35 
 
 
1196 aa  97.1  3e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.723835  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  30 
 
 
1165 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1162  two-component sensor  27.05 
 
 
1215 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.47 
 
 
1410 aa  73.2  0.000000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2161  sensor histidine kinase/response regulator  25.96 
 
 
1286 aa  73.2  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3409  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.47 
 
 
2654 aa  72.4  0.000000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1794  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25.85 
 
 
589 aa  71.2  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000132214  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12820  two-component sensor  25.41 
 
 
1212 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  25.88 
 
 
2213 aa  69.3  0.00000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000726448 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2003  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.88 
 
 
1109 aa  68.6  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1991  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.36 
 
 
1255 aa  67.4  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1420  sensory box histidine kinase/response regulator  27.07 
 
 
1199 aa  65.9  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.293149  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0726  histidine kinase  25.47 
 
 
570 aa  63.9  0.000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.408803  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1844  extracellular solute-binding protein  26.27 
 
 
932 aa  63.2  0.000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.192206  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2039  diguanylate cyclase with extracellular sensor  27.23 
 
 
912 aa  61.2  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0269682  hitchhiker  0.000000244551 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2037  diguanylate cyclase  27.23 
 
 
928 aa  61.2  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2424  diguanylate cyclase  27.23 
 
 
928 aa  61.2  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00236557  normal  0.130217 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2739  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with EvgA  23.75 
 
 
1197 aa  60.1  0.00000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.485487  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2308  diguanylate cyclase  26.81 
 
 
928 aa  59.7  0.00000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00466975  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  28.97 
 
 
488 aa  58.9  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4701  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.54 
 
 
1237 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.473456  normal  0.0283242 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2520  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with EvgA  24.34 
 
 
1127 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0684  extracellular solute-binding protein family 3  26.02 
 
 
228 aa  57.8  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02280  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with EvgA  23.17 
 
 
1197 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1287  Hpt sensor hybrid histidine kinase  23.17 
 
 
1197 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1299  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with EvgA  23.17 
 
 
1197 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02241  hypothetical protein  23.17 
 
 
1197 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  26.91 
 
 
1245 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2507  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with EvgA  23.17 
 
 
1197 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0203632  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.04 
 
 
1244 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0782  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.27 
 
 
729 aa  56.6  0.0000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.15545  normal  0.515162 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  26.53 
 
 
1245 aa  56.2  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2444  sensor histidine kinase  26.15 
 
 
610 aa  56.2  0.0000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.119384  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3601  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with EvgA  24.56 
 
 
1127 aa  56.2  0.0000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.317303 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  19.83 
 
 
775 aa  55.8  0.0000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2657  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with EvgA  22.78 
 
 
1197 aa  55.5  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1920  diguanylate cyclase  26.76 
 
 
893 aa  54.7  0.000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.27 
 
 
1247 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.201907  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4640  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.15 
 
 
1194 aa  54.7  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0814409  normal  0.0127622 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1136  extracellular solute-binding protein  25.2 
 
 
342 aa  55.1  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3226  Hpt sensor hybrid histidine kinase  24.57 
 
 
1251 aa  54.3  0.000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0796968  normal  0.806997 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2029  diguanylate cyclase  26.69 
 
 
932 aa  54.3  0.000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0571217  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1010  signal transduction histidine kinase  23.28 
 
 
626 aa  53.5  0.000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  28.1 
 
 
778 aa  53.5  0.000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0386  sensory box protein  27.6 
 
 
1247 aa  53.5  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.298787  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0633  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25 
 
 
1480 aa  53.1  0.000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.461456  normal  0.141694 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.23 
 
 
1248 aa  53.1  0.000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1897  diguanylate cyclase  30.68 
 
 
937 aa  53.1  0.000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0415273 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0420  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.6 
 
 
1247 aa  53.1  0.000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.285216  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1698  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  26.26 
 
 
243 aa  52.4  0.000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.176126  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2081  diguanylate cyclase  30.68 
 
 
937 aa  52.8  0.000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0379355  normal  0.0338945 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2185  diguanylate cyclase  28.25 
 
 
941 aa  52.4  0.000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.260855  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  24.29 
 
 
794 aa  52.4  0.000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3689  diguanylate cyclase  24.03 
 
 
935 aa  52.4  0.000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00865  arginine transporter subunit  23.56 
 
 
243 aa  52  0.00001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2782  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  23.56 
 
 
243 aa  52  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0257892  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4550  extracellular solute-binding protein family 3  27.01 
 
 
274 aa  52  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000001355  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2736  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  23.56 
 
 
243 aa  52  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0318086  normal  0.950747 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0913  PAS sensor protein  22.59 
 
 
2035 aa  51.6  0.00001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.271495  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2471  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  23.56 
 
 
243 aa  52  0.00001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.198291  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0888  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  23.56 
 
 
243 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.214233  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1952  diguanylate cyclase  26.5 
 
 
937 aa  52.4  0.00001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.105215  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00871  hypothetical protein  23.56 
 
 
243 aa  52  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1376  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  24.04 
 
 
243 aa  52  0.00001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0288  Hpt sensor hybrid histidine kinase  25.21 
 
 
1141 aa  52.4  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0964  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  23.56 
 
 
243 aa  52  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0932  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  23.56 
 
 
243 aa  52  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1652  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  24.76 
 
 
244 aa  51.6  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.513751 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.4 
 
 
1247 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0500  histidine kinase  25.11 
 
 
922 aa  50.8  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1019  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  22.6 
 
 
243 aa  50.4  0.00004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.211484 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1964  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  25.76 
 
 
243 aa  50.4  0.00004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.822983  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2711  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  23.74 
 
 
243 aa  50.1  0.00005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2394  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.34 
 
 
1788 aa  50.1  0.00005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0407078 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2626  arginine ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein ArtI  23.74 
 
 
243 aa  50.1  0.00005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.359067  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1582  arginine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein ArtI  23.74 
 
 
243 aa  50.1  0.00005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0480  putative PAS/PAC sensor protein  24.18 
 
 
1686 aa  49.7  0.00006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  24.05 
 
 
474 aa  49.7  0.00006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0991  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  24.04 
 
 
243 aa  49.7  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0924  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  24.04 
 
 
243 aa  49.7  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0338236  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1022  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  24.04 
 
 
243 aa  49.7  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.186752  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1041  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  24.04 
 
 
243 aa  49.7  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.385191  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>