More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5673 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 287 aa  586  1e-166  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1434  transcriptional regulator, AraC family  35.06 
 
 		 304 aa  150  2e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.872144  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  34.55 
 
 		 280 aa  140  3.9999999999999997e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1116  transcriptional regulator, AraC family  33.21 
 
 		 289 aa  137  2e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899816  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 292 aa  129  8.000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  32.92 
 
 		 278 aa  125  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 305 aa  120  3e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  27.82 
 
 		 282 aa  109  5e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  26.61 
 
 		 285 aa  102  5e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  31.35 
 
 		 279 aa  100  2e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0706  AraC family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 300 aa  99.8  5e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  29.46 
 
 		 289 aa  99  8e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0297  AraC family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 307 aa  99  8e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1200  transcriptional regulator, AraC family  26.8 
 
 		 296 aa  99  8e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07776  putative AraC family transcriptional regulatory protein  28.69 
 
 		 279 aa  98.6  9e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.15612  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  28.52 
 
 		 295 aa  98.6  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  25.98 
 
 		 294 aa  98.6  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  33.95 
 
 		 283 aa  98.2  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  26.59 
 
 		 299 aa  97.4  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  29.13 
 
 		 294 aa  96.3  5e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 286 aa  94  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  26.94 
 
 		 303 aa  94.4  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 309 aa  93.2  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 297 aa  93.6  4e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  26.88 
 
 		 294 aa  93.2  5e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3499  helix-turn-helix, AraC type  29.27 
 
 		 289 aa  92.4  8e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  33.54 
 
 		 300 aa  92.4  8e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 282 aa  92  9e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  30.23 
 
 		 282 aa  92  9e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  27.63 
 
 		 290 aa  92  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1400  transcriptional regulator, AraC family  25.33 
 
 		 329 aa  91.7  1e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301522  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  24.08 
 
 		 292 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 292 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 292 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 295 aa  91.3  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  26.56 
 
 		 299 aa  90.5  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  28.83 
 
 		 304 aa  90.5  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  29.6 
 
 		 287 aa  90.5  3e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 297 aa  90.5  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1908  transcriptional regulator PobR  26.51 
 
 		 289 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104323  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 		 307 aa  90.1  4e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  26.61 
 
 		 271 aa  89.4  6e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 290 aa  89  9e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  33.77 
 
 		 307 aa  88.6  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  25.49 
 
 		 297 aa  88.2  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  31.58 
 
 		 288 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0873  transcriptional regulator, AraC family  26.19 
 
 		 286 aa  86.7  4e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.947068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  26.56 
 
 		 315 aa  86.7  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1218  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  25.75 
 
 		 298 aa  86.7  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.398586  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1067  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  25.75 
 
 		 298 aa  86.7  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1183  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  25.75 
 
 		 298 aa  86.7  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1172  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  25.75 
 
 		 298 aa  86.7  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.856893 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1203  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  25.75 
 
 		 298 aa  86.7  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.375104 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1351  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 284 aa  85.9  7e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  30.92 
 
 		 288 aa  85.9  7e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04223  HpaA  25.82 
 
 		 296 aa  84.7  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1649  AraC family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 303 aa  85.1  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3709  AraC family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 296 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.680131 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  27.89 
 
 		 292 aa  85.5  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  24.11 
 
 		 280 aa  84.7  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 317 aa  85.1  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4577  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  25.82 
 
 		 296 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7085  transcriptional regulator, AraC family  40.62 
 
 		 295 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.425365  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04189  hypothetical protein  25.82 
 
 		 296 aa  84.7  0.000000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2386  AraC family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 292 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.939671 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5021  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 295 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.579106  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  25.5 
 
 		 294 aa  84.3  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6221  AraC family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 295 aa  84  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 319 aa  84  0.000000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  28.68 
 
 		 290 aa  84  0.000000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  25.58 
 
 		 298 aa  84  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2106  hypothetical protein  25.5 
 
 		 291 aa  84  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.89932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3260  AraC family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 294 aa  84  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  32 
 
 		 293 aa  84  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0640  pobR protein  35.61 
 
 		 305 aa  83.2  0.000000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  36.27 
 
 		 293 aa  83.2  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4241  transcriptional regulator, AraC family  32.64 
 
 		 331 aa  82.8  0.000000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.495489  normal  0.82932 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 289 aa  82.8  0.000000000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  38.24 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 305 aa  82.8  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1199  AraC family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 310 aa  82.8  0.000000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3242  helix-turn-helix domain-containing protein  26.85 
 
 		 276 aa  82.4  0.000000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  30.66 
 
 		 286 aa  82  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3892  AraC family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 293 aa  82  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2048  AraC family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0841586  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  32.59 
 
 		 293 aa  81.6  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  25.97 
 
 		 290 aa  80.9  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2992  helix-turn-helix domain-containing protein  39.02 
 
 		 266 aa  80.9  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0239813  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  44.33 
 
 		 285 aa  80.9  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  26.87 
 
 		 290 aa  80.5  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 298 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  24.11 
 
 		 310 aa  80.1  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  28.64 
 
 		 310 aa  79.7  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2210  transcriptional regulator, AraC family  31.29 
 
 		 286 aa  79.7  0.00000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.423817  normal  0.20032 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 295 aa  79.3  0.00000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  30.3 
 
 		 296 aa  79.3  0.00000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  40.62 
 
 		 295 aa  79.3  0.00000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3473  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 296 aa  79.3  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.368579 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5055  transcriptional regulator AraC family  37.25 
 
 		 299 aa  79  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 290 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>