More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3376 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 282 aa  582  1.0000000000000001e-165  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0873  transcriptional regulator, AraC family  45.59 
 
 		 286 aa  248  1e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.947068  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07776  putative AraC family transcriptional regulatory protein  36.21 
 
 		 279 aa  152  8.999999999999999e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.15612  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  33.2 
 
 		 290 aa  151  1e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5271  transcriptional regulator, AraC family  34.72 
 
 		 284 aa  148  8e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0620952  normal  0.0372935 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2210  transcriptional regulator, AraC family  33.74 
 
 		 286 aa  141  9.999999999999999e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.423817  normal  0.20032 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4241  transcriptional regulator, AraC family  38.97 
 
 		 331 aa  136  3.0000000000000003e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.495489  normal  0.82932 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  33.2 
 
 		 279 aa  137  3.0000000000000003e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  31.08 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5352  transcriptional regulator, AraC family  35.45 
 
 		 282 aa  133  3.9999999999999996e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.20713  normal  0.334528 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  32.14 
 
 		 294 aa  132  6e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4620  transcriptional regulator, AraC family  31.23 
 
 		 293 aa  129  4.0000000000000003e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  31.76 
 
 		 315 aa  129  8.000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  31.47 
 
 		 299 aa  124  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  30.56 
 
 		 297 aa  118  9e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  28.51 
 
 		 289 aa  118  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 293 aa  112  8.000000000000001e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  28.63 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  26.62 
 
 		 295 aa  106  5e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  27.98 
 
 		 294 aa  106  5e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  27.94 
 
 		 295 aa  103  4e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1302  transcriptional regulator, AraC family  27.71 
 
 		 289 aa  102  6e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 		 294 aa  101  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  25.38 
 
 		 307 aa  102  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  27.13 
 
 		 311 aa  100  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 289 aa  100  4e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  25.3 
 
 		 290 aa  99.4  7e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  29.55 
 
 		 285 aa  97.1  3e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  27.31 
 
 		 290 aa  95.9  7e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  25.21 
 
 		 292 aa  95.5  9e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  26.24 
 
 		 295 aa  94.7  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  26.21 
 
 		 290 aa  95.1  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  28.34 
 
 		 285 aa  94.7  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5452  transcriptional regulator, AraC family  30.61 
 
 		 280 aa  94.7  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.662844  normal  0.250366 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  25.42 
 
 		 307 aa  93.6  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  25.45 
 
 		 296 aa  93.6  3e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  34.94 
 
 		 300 aa  94  3e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04223  HpaA  31.41 
 
 		 296 aa  92.8  6e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04189  hypothetical protein  31.41 
 
 		 296 aa  92.8  6e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1172  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  31.82 
 
 		 298 aa  92.4  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.856893 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1183  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  31.82 
 
 		 298 aa  92.4  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1203  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  31.82 
 
 		 298 aa  92.4  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.375104 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1067  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  31.82 
 
 		 298 aa  92.4  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1218  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  31.82 
 
 		 298 aa  92.4  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.398586  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  34.69 
 
 		 288 aa  92.4  7e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 287 aa  92  9e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  34.69 
 
 		 288 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3709  AraC family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 296 aa  92  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.680131 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4577  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  31.41 
 
 		 296 aa  92  1e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7085  transcriptional regulator, AraC family  40.82 
 
 		 295 aa  90.5  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.425365  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  34.11 
 
 		 304 aa  89.7  5e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  26.91 
 
 		 271 aa  89.7  5e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  24.79 
 
 		 301 aa  88.6  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  42.99 
 
 		 299 aa  88.6  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 286 aa  88.6  1e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3845  AraC family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 297 aa  88.6  1e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.235864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3892  AraC family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 293 aa  87.8  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6221  AraC family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 295 aa  87.4  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 290 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3605  hypothetical protein  27.2 
 
 		 291 aa  86.7  4e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2435  AraC family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 281 aa  85.9  6e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.996011  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  26.14 
 
 		 315 aa  85.9  7e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0826  AraC family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 282 aa  85.1  0.000000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1447  AraC family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 282 aa  85.1  0.000000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  26.12 
 
 		 292 aa  84.7  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1649  AraC family transcriptional regulator  42 
 
 		 303 aa  84.7  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4935  AraC family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 319 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.645448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  31.74 
 
 		 295 aa  85.1  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  26.75 
 
 		 293 aa  84  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 295 aa  84.3  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  28.28 
 
 		 259 aa  84.3  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  38.53 
 
 		 290 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  28.32 
 
 		 321 aa  84.3  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  27.81 
 
 		 293 aa  83.6  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  26.56 
 
 		 280 aa  82.8  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3383  transcriptional regulator, AraC family  28.31 
 
 		 290 aa  82.8  0.000000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0398401  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 290 aa  82.4  0.000000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1351  transcriptional regulator, AraC family  25.38 
 
 		 284 aa  81.6  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0633  AraC family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 298 aa  82  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.274114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 305 aa  80.9  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  34.15 
 
 		 296 aa  80.9  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3473  transcriptional regulator, AraC family  32.46 
 
 		 296 aa  80.9  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.368579 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2115  transcriptional regulator, AraC family  27.8 
 
 		 279 aa  81.3  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20310  transcriptional regulator, AraC family  37.14 
 
 		 295 aa  80.5  0.00000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.944905  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4042  transcriptional regulator, AraC family  30.23 
 
 		 295 aa  80.5  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.600459  normal  0.0950634 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1200  transcriptional regulator, AraC family  28.48 
 
 		 296 aa  80.5  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 319 aa  80.5  0.00000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  29.12 
 
 		 310 aa  80.1  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2448  AraC family transcription regulator  31.03 
 
 		 299 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0683308  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  30.63 
 
 		 293 aa  79.7  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2462  AraC family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 268 aa  79.7  0.00000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529684  hitchhiker  0.000432103 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10660  putative transcriptional regulator  26.75 
 
 		 303 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.967663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 305 aa  78.6  0.0000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1116  transcriptional regulator, AraC family  26.39 
 
 		 289 aa  78.6  0.0000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899816  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  27.31 
 
 		 287 aa  78.6  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0706  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  78.6  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6762  transcriptional regulator, AraC family  25.5 
 
 		 287 aa  78.2  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3768  transcriptional regulator, AraC family  33.09 
 
 		 297 aa  78.2  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1416  AraC family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 281 aa  77.8  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00434606  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>