More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_2791 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_2791  pseudouridine synthase  100 
 
 		 240 aa  485  1e-136  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0744  pseudouridine synthase  51.97 
 
 		 230 aa  243  1.9999999999999999e-63  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1807  pseudouridine synthase  50.42 
 
 		 240 aa  239  4e-62  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2758  pseudouridine synthase  51.9 
 
 		 240 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1466  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  49.58 
 
 		 243 aa  232  4.0000000000000004e-60  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000808741  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3219  pseudouridine synthase  49.58 
 
 		 249 aa  226  2e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0675  pseudouridine synthase  50.21 
 
 		 248 aa  226  4e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2249  16S pseudouridylate synthase  49.16 
 
 		 239 aa  225  4e-58  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2588  pseudouridine synthase  48.72 
 
 		 245 aa  225  4e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2171  pseudouridine synthase  50.43 
 
 		 245 aa  225  5.0000000000000005e-58  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000100732  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2546  16S pseudouridylate synthase  48.74 
 
 		 239 aa  225  5.0000000000000005e-58  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1843  pseudouridine synthase  48.47 
 
 		 231 aa  222  3e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.48228  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1808  pseudouridine synthase  48.47 
 
 		 231 aa  222  3e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1475  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  48.31 
 
 		 240 aa  222  4.9999999999999996e-57  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00514925  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2374  pseudouridine synthase  49.35 
 
 		 233 aa  220  9.999999999999999e-57  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  50.43 
 
 		 243 aa  219  3.9999999999999997e-56  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00693564  normal  0.573112 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1312  pseudouridine synthase family 1 protein  45.65 
 
 		 230 aa  218  1e-55  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0766504  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2545  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  48.35 
 
 		 242 aa  213  1.9999999999999998e-54  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0418  RNA pseudouridine synthase family protein  47.46 
 
 		 242 aa  212  4.9999999999999996e-54  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.12702  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4818  RNA pseudouridine synthase family protein  47.03 
 
 		 242 aa  210  1e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4848  RNA pseudouridylate synthase family protein  46.61 
 
 		 242 aa  208  5e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4438  pseudouridylate synthase (ribosomal small subunit pseudouridine synthase A)  46.61 
 
 		 242 aa  208  5e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4958  RNA pseudouridine synthase family protein  46.61 
 
 		 242 aa  208  5e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4841  RNA pseudouridine synthase family protein  46.61 
 
 		 242 aa  208  5e-53  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.490184  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4823  RNA pseudouridine synthase family protein  46.61 
 
 		 242 aa  208  5e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4456  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  46.61 
 
 		 242 aa  207  1e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3369  pseudouridine synthase  46.61 
 
 		 242 aa  206  3e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4537  pseudouridine synthase  46.19 
 
 		 242 aa  204  7e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0736  pseudouridine synthase  46.93 
 
 		 245 aa  199  3e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000262919  decreased coverage  0.00132516 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4602  RNA pseudouridylate synthase  45.81 
 
 		 233 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1222  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related pseudouridylate synthase  45.3 
 
 		 245 aa  193  2e-48  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000251934  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0860  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  43.57 
 
 		 245 aa  191  6e-48  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0593  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  43.4 
 
 		 239 aa  189  2e-47  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000243633  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3161  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  45.73 
 
 		 244 aa  188  5.999999999999999e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1220  pseudouridine synthase  43.81 
 
 		 233 aa  186  4e-46  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2975  pseudouridine synthase  40.69 
 
 		 230 aa  181  1e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0220169  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0801  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A, putative  42.13 
 
 		 239 aa  177  1e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0182974  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  40.69 
 
 		 239 aa  177  2e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0096  RNA-binding S4 domain protein  42.19 
 
 		 243 aa  176  3e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.110386  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  40.69 
 
 		 239 aa  176  4e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1494  pseudouridine synthase  42.06 
 
 		 232 aa  175  5e-43  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0916  pseudouridine synthase  39.74 
 
 		 236 aa  175  7e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2438  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40 
 
 		 232 aa  174  9.999999999999999e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.157492  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1241  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  42.17 
 
 		 231 aa  173  1.9999999999999998e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000134561  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1115  pseudouridine synthase  43.04 
 
 		 256 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.288715  hitchhiker  0.0098701 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0183  pseudouridine synthase  42.49 
 
 		 257 aa  172  3.9999999999999995e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000206046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1019  pseudouridine synthase  43.48 
 
 		 236 aa  172  5e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1950  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.91 
 
 		 232 aa  172  5.999999999999999e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.588471  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1696  RNA-binding S4 domain protein  40.76 
 
 		 244 aa  172  5.999999999999999e-42  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1013  pseudouridine synthase  42.61 
 
 		 256 aa  171  7.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.163733  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3730  pseudouridine synthase  40.69 
 
 		 230 aa  170  1e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.754242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0996  pseudouridine synthase  43.36 
 
 		 247 aa  171  1e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2997  pseudouridine synthase, Rsu  43.67 
 
 		 241 aa  170  1e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000190948  normal  0.168091 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2352  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.39 
 
 		 232 aa  171  1e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3265  putative ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  40.43 
 
 		 232 aa  170  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.777332  normal  0.943696 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3276  pseudouridine synthase  42.61 
 
 		 235 aa  169  3e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.471385  normal  0.11353 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1049  pseudouridine synthase  42.73 
 
 		 236 aa  169  3e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3078  pseudouridine synthase, Rsu  43.23 
 
 		 241 aa  169  3e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0152798  normal  0.772446 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1090  pseudouridine synthase, Rsu  40.43 
 
 		 229 aa  169  4e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000837656  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1355  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  40.26 
 
 		 230 aa  169  4e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.440564 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1082  pseudouridine synthase  42.61 
 
 		 256 aa  169  5e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0607342  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0911  pseudouridine synthase, Rsu  40.09 
 
 		 237 aa  167  1e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000299595  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02655  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  41.38 
 
 		 233 aa  167  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3176  pseudouridine synthase  37.66 
 
 		 230 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3507  pseudouridine synthase  38.82 
 
 		 256 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0107621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0889  pseudouridine synthase  40.09 
 
 		 234 aa  166  4e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2459  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.26 
 
 		 231 aa  166  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.8368  hitchhiker  0.0000353867 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3252  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.13 
 
 		 237 aa  165  5e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.274461 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02113  16S rRNA pseudouridylate 516 synthase  38.26 
 
 		 231 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.09778  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1474  pseudouridine synthase  38.26 
 
 		 231 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000156324  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.26 
 
 		 231 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0340688  normal  0.608364 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2793  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.7 
 
 		 235 aa  163  2.0000000000000002e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.863598  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1464  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.26 
 
 		 231 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00167101  normal  0.759434 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1490  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.7 
 
 		 235 aa  163  2.0000000000000002e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.708247  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.26 
 
 		 231 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.170949  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2481  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.26 
 
 		 231 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0457418  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2332  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.26 
 
 		 231 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0531797  normal  0.0465983 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0888  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related enzyme  42.92 
 
 		 245 aa  163  2.0000000000000002e-39  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000206154 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2718  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.7 
 
 		 235 aa  163  2.0000000000000002e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00684404  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02072  hypothetical protein  38.26 
 
 		 231 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.114044  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0775  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.26 
 
 		 231 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.329505  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3175  pseudouridine synthase, Rsu  42.36 
 
 		 241 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.974586  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2785  pseudouridine synthase, Rsu  40 
 
 		 251 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.50538 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2237  pseudouridine synthase  40.34 
 
 		 255 aa  162  6e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.588412 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2416  16S rRNA pseudouridylate synthase A  37.83 
 
 		 231 aa  161  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0365053  normal  0.123384 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2573  16S rRNA pseudouridylate synthase A  37.83 
 
 		 231 aa  161  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  hitchhiker  0.00365879 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2462  16S rRNA pseudouridylate synthase A  37.83 
 
 		 231 aa  161  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54800  putative pseudouridylate synthase  39.57 
 
 		 230 aa  161  8.000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000413274  hitchhiker  0.000000000000196922 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2371  16S rRNA pseudouridylate synthase A  37.83 
 
 		 231 aa  161  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000147517  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2779  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.26 
 
 		 235 aa  161  9e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480199  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003781  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  40.52 
 
 		 233 aa  160  1e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000946261  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2614  pseudouridine synthase, Rsu  38.53 
 
 		 230 aa  159  3e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.736823 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2018  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A (16S pseudouridine 516 synthase)  38.79 
 
 		 234 aa  159  3e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136483  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3527  pseudouridine synthase  36.36 
 
 		 230 aa  159  5e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0423129  hitchhiker  0.000538559 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1919  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.84 
 
 		 242 aa  158  7e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000207089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3623  pseudouridine synthase  37.83 
 
 		 246 aa  158  8e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3746  pseudouridine synthase  37.83 
 
 		 256 aa  158  9e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.43387 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3981  pseudouridine synthase, Rsu  37.39 
 
 		 230 aa  158  9e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3555  pseudouridine synthase  37.83 
 
 		 250 aa  158  9e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.114028  hitchhiker  0.00457022 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1335  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.86 
 
 		 230 aa  158  9e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>