More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_1484 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_1484  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 77 aa  160  5.0000000000000005e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1619  DNA repair protein RadC  88.89 
 
 		 166 aa  118  3e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0935  DNA repair protein RadC  53.73 
 
 		 222 aa  79  0.00000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.266168  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1818  DNA repair protein RadC  57.38 
 
 		 222 aa  78.2  0.00000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.852458  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0598  DNA repair protein RadC  55.74 
 
 		 223 aa  76.3  0.0000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1761  DNA repair protein RadC  55.74 
 
 		 223 aa  76.6  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0735  DNA repair protein RadC  55.74 
 
 		 223 aa  74.7  0.0000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1235  DNA repair protein RadC  47.69 
 
 		 222 aa  73.9  0.0000000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1220  DNA repair protein RadC  47.69 
 
 		 215 aa  73.9  0.0000000000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1231  DNA repair protein RadC  48.57 
 
 		 246 aa  72.8  0.000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.375575 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3340  DNA repair protein RadC  52.46 
 
 		 233 aa  72  0.000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000661948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2262  DNA repair proteins  50.82 
 
 		 206 aa  72  0.000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.195306  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0413  DNA repair protein RadC  53.33 
 
 		 229 aa  72  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.319313  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0523  DNA repair protein RadC  47.54 
 
 		 230 aa  71.6  0.000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3582  DNA repair protein RadC  43.06 
 
 		 229 aa  71.6  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1319  DNA repair protein RadC  49.15 
 
 		 228 aa  71.2  0.000000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000567698  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0894  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 227 aa  71.2  0.000000000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.823184 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2374  DNA repair protein RadC  49.18 
 
 		 165 aa  70.9  0.000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2599  DNA repair protein RadC  54.1 
 
 		 230 aa  70.9  0.000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.129734  normal  0.187954 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1101  DNA repair protein RadC  43.84 
 
 		 226 aa  70.5  0.000000000007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0831  DNA repair protein RadC  52.46 
 
 		 223 aa  70.5  0.000000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.950681  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0386  DNA repair protein RadC  47.54 
 
 		 229 aa  70.5  0.000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2168  DNA repair protein RadC  45.16 
 
 		 163 aa  70.1  0.000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00702134  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1467  DNA repair protein RadC  50.82 
 
 		 230 aa  69.7  0.00000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1412  DNA repair protein RadC  45.9 
 
 		 227 aa  69.7  0.00000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1530  DNA repair protein RadC  46.77 
 
 		 227 aa  69.7  0.00000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0606843  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0973  DNA repair protein RadC  58.82 
 
 		 225 aa  69.3  0.00000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0497584  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0625  DNA repair protein RadC, putative  47.54 
 
 		 218 aa  68.9  0.00000000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.42242  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1917  DNA repair protein RadC  44.26 
 
 		 237 aa  69.3  0.00000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0286  DNA repair protein RadC  54.24 
 
 		 257 aa  68.9  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2621  DNA repair protein RadC  49.21 
 
 		 246 aa  68.9  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4138  DNA repair protein RadC  44.26 
 
 		 228 aa  68.9  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.592557  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1642  DNA repair protein RadC  51.67 
 
 		 235 aa  68.9  0.00000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000389911  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0216  DNA repair protein RadC  45.16 
 
 		 163 aa  69.3  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1462  RadC family DNA repair protein  55 
 
 		 271 aa  68.2  0.00000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.457457  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4390  DNA repair protein RadC  46.97 
 
 		 221 aa  68.6  0.00000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00436549  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4100  DNA repair protein RadC  46.97 
 
 		 221 aa  68.6  0.00000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0607652  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1513  DNA repair protein RadC  45.9 
 
 		 222 aa  68.2  0.00000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4352  DNA repair protein RadC  49.18 
 
 		 227 aa  68.6  0.00000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000113857  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1240  DNA repair protein  53.23 
 
 		 275 aa  67.8  0.00000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.770366  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1263  DNA repair protein RadC  55 
 
 		 272 aa  68.2  0.00000000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.94843  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14250  DNA repair protein RadC  47.54 
 
 		 228 aa  68.2  0.00000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000326992  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2135  DNA repair protein RadC  49.18 
 
 		 236 aa  67.8  0.00000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000438114  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0275  DNA repair protein RadC  43.55 
 
 		 163 aa  68.2  0.00000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00125645  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1885  DNA repair protein RadC  44.78 
 
 		 166 aa  68.2  0.00000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2277  DNA repair protein RadC  45.16 
 
 		 166 aa  67.8  0.00000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0244  DNA repair protein  49.18 
 
 		 151 aa  67.8  0.00000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.483345  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1171  DNA repair protein RadC  54.24 
 
 		 254 aa  67.8  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3086  DNA repair protein RadC  49.18 
 
 		 225 aa  67.8  0.00000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.599972 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3004  DNA repair protein RadC  43.55 
 
 		 147 aa  67.8  0.00000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00190795  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1465  DNA repair protein RadC  56.36 
 
 		 222 aa  67.8  0.00000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3662  DNA repair protein RadC  50.85 
 
 		 154 aa  67.4  0.00000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.591059  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2376  DNA repair protein RadC  45.76 
 
 		 232 aa  67.4  0.00000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000665213  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2549  DNA repair protein RadC  49.18 
 
 		 227 aa  67.4  0.00000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0159  DNA repair protein RadC  46.15 
 
 		 221 aa  67.4  0.00000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.130887  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1864  DNA repair protein RadC  50.82 
 
 		 225 aa  67.4  0.00000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0732  DNA repair protein RadC  45.9 
 
 		 243 aa  67  0.00000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0144  DNA repair protein RadC  52.54 
 
 		 222 aa  67.4  0.00000000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00783617  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3737  DNA repair protein RadC  43.55 
 
 		 168 aa  67  0.00000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3960  DNA repair protein RadC  45.45 
 
 		 221 aa  66.2  0.0000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0193359  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0786  DNA repair protein RadC  43.55 
 
 		 166 aa  66.6  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1825  DNA repair protein RadC  43.55 
 
 		 233 aa  66.6  0.0000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0803  DNA repair protein, RadC-like  43.28 
 
 		 166 aa  66.6  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3569  DNA repair protein RadC  52.54 
 
 		 254 aa  66.2  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1095  DNA repair protein RadC  52.83 
 
 		 217 aa  66.6  0.0000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.912816  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1463  DNA repair protein RadC  45 
 
 		 167 aa  66.2  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.794646 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2304  DNA repair protein RadC  52.46 
 
 		 263 aa  66.6  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.138327  normal  0.0504467 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03495  DNA repair protein RadC  47.69 
 
 		 222 aa  65.5  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0032943  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0067  DNA repair protein RadC  47.69 
 
 		 222 aa  65.5  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000216711  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0692  DNA repair protein RadC  45.9 
 
 		 158 aa  65.5  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0257  DNA repair protein RadC, truncation  47.54 
 
 		 99 aa  65.5  0.0000000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.784842  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0054  DNA repair protein RadC  52.46 
 
 		 226 aa  65.9  0.0000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.00000000185738  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0110  hypothetical protein  45.61 
 
 		 247 aa  65.5  0.0000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.222701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0037  DNA repair protein RadC  46.67 
 
 		 233 aa  65.9  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3973  DNA repair protein RadC  47.69 
 
 		 222 aa  65.5  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000015619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3847  DNA repair protein RadC  47.69 
 
 		 222 aa  65.5  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.55148e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2550  DNA repair protein RadC  50.85 
 
 		 226 aa  66.2  0.0000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.727412  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03447  hypothetical protein  47.69 
 
 		 222 aa  65.5  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00415391  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1311  DNA repair protein RadC  43.94 
 
 		 245 aa  65.9  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0777  DNA repair protein RadC  48.33 
 
 		 229 aa  65.9  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0899  DNA repair protein RadC  50.85 
 
 		 226 aa  65.9  0.0000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0382  DNA repair protein RadC  49.15 
 
 		 229 aa  65.9  0.0000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4745  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 162 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0218895  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0073  DNA repair protein RadC  47.69 
 
 		 214 aa  65.5  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000433644  hitchhiker  0.000000188277 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5008  DNA repair protein RadC  47.69 
 
 		 222 aa  65.5  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000000900324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4139  DNA repair protein RadC  47.69 
 
 		 222 aa  65.5  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000017896  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2564  DNA repair protein RadC  44.83 
 
 		 229 aa  65.9  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1789  DNA repair protein  47.54 
 
 		 224 aa  65.5  0.0000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.582251  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2303  DNA repair protein RadC  42.62 
 
 		 229 aa  65.1  0.0000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.432419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0536  DNA repair protein RadC  45.9 
 
 		 229 aa  65.1  0.0000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.604905 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1541  DNA repair protein RadC  47.54 
 
 		 232 aa  65.1  0.0000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000897994  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02919  DNA repair protein RadC  48.39 
 
 		 225 aa  65.1  0.0000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3784  DNA repair protein RadC  44.07 
 
 		 231 aa  65.1  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3868  DNA repair protein RadC  44.07 
 
 		 231 aa  65.1  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.956659 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1383  putative DNA repair protein RadC  42.11 
 
 		 158 aa  65.1  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0008  DNA repair protein RadC  50.82 
 
 		 258 aa  65.1  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0728991  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2319  DNA repair protein RadC  45.9 
 
 		 169 aa  65.5  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.094604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0767  DNA repair protein RadC  46.67 
 
 		 233 aa  64.7  0.0000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488652 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0917  DNA repair protein RadC  48.33 
 
 		 225 aa  64.7  0.0000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.372898  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0101  DNA repair protein RadC  47.69 
 
 		 221 aa  64.7  0.0000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000716823  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>