More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_0037 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_0037  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 233 aa  469  1.0000000000000001e-131  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0767  DNA repair protein RadC  91.42 
 
 		 233 aa  407  1.0000000000000001e-112  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488652 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1307  DNA repair protein RadC  65.8 
 
 		 231 aa  317  1e-85  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00169173  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0777  DNA repair protein RadC  67.11 
 
 		 229 aa  316  2e-85  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1630  DNA repair protein RadC  54.71 
 
 		 234 aa  253  2.0000000000000002e-66  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1467  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 230 aa  229  4e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3340  DNA repair protein RadC  49.33 
 
 		 233 aa  224  8e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000661948  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0899  DNA repair protein RadC  50.45 
 
 		 226 aa  224  8e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2550  DNA repair protein RadC  51.36 
 
 		 226 aa  223  2e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.727412  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2135  DNA repair protein RadC  48.44 
 
 		 236 aa  222  4.9999999999999996e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000438114  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2549  DNA repair protein RadC  48.42 
 
 		 227 aa  217  1e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4587  DNA repair protein RadC  48.18 
 
 		 225 aa  215  5e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.46911  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4572  DNA repair protein RadC  47.73 
 
 		 225 aa  214  8e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345161  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4545  DNA repair protein RadC  48.18 
 
 		 225 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4351  DNA repair protein RadC  48.18 
 
 		 225 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.579867  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4187  DNA repair protein RadC  48.18 
 
 		 225 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4198  DNA repair protein RadC  47.73 
 
 		 225 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000602972  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4685  DNA repair protein RadC  48.18 
 
 		 225 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.92537  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0662  DNA repair protein RadC  47.73 
 
 		 225 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.92951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4352  DNA repair protein RadC  53.1 
 
 		 227 aa  212  2.9999999999999995e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000113857  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1541  DNA repair protein RadC  51.56 
 
 		 232 aa  212  4.9999999999999996e-54  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000897994  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2564  DNA repair protein RadC  44 
 
 		 229 aa  212  4.9999999999999996e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4299  DNA repair protein RadC  47.73 
 
 		 225 aa  211  7e-54  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0536  DNA repair protein RadC  54.71 
 
 		 229 aa  207  9e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.604905 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0382  DNA repair protein RadC  42.73 
 
 		 229 aa  203  2e-51  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2303  DNA repair protein RadC  43.95 
 
 		 229 aa  202  5e-51  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.432419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2111  DNA repair protein RadC  42.41 
 
 		 227 aa  194  8.000000000000001e-49  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2399  DNA repair protein RadC  42.41 
 
 		 227 aa  192  3e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1642  DNA repair protein RadC  44.68 
 
 		 235 aa  191  7e-48  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000389911  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_511  DNA repair protein RadC  44.34 
 
 		 228 aa  191  1e-47  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000324187  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14250  DNA repair protein RadC  44.69 
 
 		 228 aa  191  1e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000326992  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1825  DNA repair protein RadC  46.48 
 
 		 233 aa  186  3e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0881  DNA repair protein RadC  40.62 
 
 		 228 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.701712  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1412  DNA repair protein RadC  44.86 
 
 		 227 aa  183  2.0000000000000003e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0546  DNA repair protein RadC  43.44 
 
 		 228 aa  183  2.0000000000000003e-45  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1530  DNA repair protein RadC  45.25 
 
 		 227 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0606843  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0572  RadC family DNA repair protein  41.63 
 
 		 222 aa  179  4e-44  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.611512  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0222  DNA repair protein RadC  42.6 
 
 		 224 aa  176  4e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2972  DNA repair protein RadC  44.09 
 
 		 224 aa  176  4e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0086  DNA repair protein RadC  41.7 
 
 		 224 aa  175  5e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4138  DNA repair protein RadC  42.73 
 
 		 228 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.592557  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0528  DNA repair protein RadC  40.91 
 
 		 224 aa  173  1.9999999999999998e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.204187  unclonable  0.0000000000301239 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0358  DNA repair protein RadC  40.91 
 
 		 224 aa  173  1.9999999999999998e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  42.99 
 
 		 224 aa  171  9e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3678  DEAD/DEAH box helicase-like  41.36 
 
 		 224 aa  171  1e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00158019  normal  0.0453807 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2376  DNA repair protein RadC  36.28 
 
 		 232 aa  171  1e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000665213  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2479  DNA repair protein RadC  41.05 
 
 		 245 aa  170  2e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0514  DNA repair protein RadC  40.09 
 
 		 241 aa  169  3e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120777  hitchhiker  0.000000000242554 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0159  DNA repair protein RadC  41.71 
 
 		 221 aa  169  4e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.130887  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2664  DNA repair protein RadC  42.53 
 
 		 224 aa  169  4e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.649783  hitchhiker  0.0000127675 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  39.91 
 
 		 224 aa  169  4e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0523  DNA repair protein RadC  43.3 
 
 		 230 aa  169  5e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4376  DNA repair protein RadC  40.99 
 
 		 224 aa  168  6e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0839768 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3564  DNA repair protein RadC  41.01 
 
 		 224 aa  168  7e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.469153  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1789  DNA repair protein  39.01 
 
 		 224 aa  168  9e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.582251  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0056  DNA repair protein RadC  37.1 
 
 		 225 aa  167  2e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.183755  normal  0.0623388 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2262  DNA repair proteins  42.72 
 
 		 206 aa  166  2.9999999999999998e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.195306  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3582  DNA repair protein RadC  41.59 
 
 		 229 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2732  DNA repair protein RadC  41.44 
 
 		 228 aa  166  4e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1319  DNA repair protein RadC  38.46 
 
 		 228 aa  166  4e-40  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000567698  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0386  DNA repair protein RadC  43.42 
 
 		 229 aa  165  5.9999999999999996e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  40.91 
 
 		 224 aa  165  5.9999999999999996e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70230  DNA repair protein RadC  40.54 
 
 		 224 aa  165  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1465  DNA repair protein RadC  38.76 
 
 		 222 aa  165  6.9999999999999995e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0192  DNA repair protein RadC  41.47 
 
 		 224 aa  164  1.0000000000000001e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000306509  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0100  DNA repair protein RadC  42.08 
 
 		 223 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.234069  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2322  DNA repair protein RadC  38.18 
 
 		 224 aa  163  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0102136 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  38.29 
 
 		 224 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3960  DNA repair protein RadC  41.23 
 
 		 221 aa  162  3e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0193359  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4390  DNA repair protein RadC  41.23 
 
 		 221 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00436549  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  40.09 
 
 		 224 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3868  DNA repair protein RadC  41.05 
 
 		 231 aa  162  5.0000000000000005e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.956659 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  39.46 
 
 		 224 aa  162  6e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4842  DNA repair protein RadC  39.81 
 
 		 227 aa  161  7e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000109613  hitchhiker  0.0000409278 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1917  DNA repair protein RadC  37.99 
 
 		 237 aa  161  8.000000000000001e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2291  DNA repair protein RadC  41.63 
 
 		 242 aa  161  8.000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0121519 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2712  DNA repair protein RadC  38.18 
 
 		 224 aa  161  8.000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4541  DNA repair protein  47.19 
 
 		 186 aa  161  9e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4100  DNA repair protein RadC  40.28 
 
 		 221 aa  160  1e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0607652  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2155  DNA repair protein RadC  40.27 
 
 		 223 aa  160  1e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.365065  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3170  DNA repair protein RadC  48.3 
 
 		 185 aa  159  4e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2667  DNA repair protein RadC  37.39 
 
 		 243 aa  159  5e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.391418  normal  0.581751 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3784  DNA repair protein RadC  40.61 
 
 		 231 aa  158  6e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0061  DNA repair protein RadC  38.39 
 
 		 222 aa  158  7e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000803057  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4155  DNA repair protein RadC  38.39 
 
 		 222 aa  158  7e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000385869  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0055  DNA repair protein RadC  38.39 
 
 		 222 aa  158  7e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00110117  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1778  DNA repair protein RadC  37.12 
 
 		 243 aa  158  8e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.69629 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4009  DNA repair protein RadC  39.34 
 
 		 221 aa  157  9e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.273398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4116  DNA repair protein RadC  39.34 
 
 		 221 aa  157  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00598559  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3928  DNA repair protein RadC  39.34 
 
 		 221 aa  157  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0713663  hitchhiker  0.00154722 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  40 
 
 		 224 aa  157  1e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3946  DNA repair protein RadC  39.34 
 
 		 221 aa  157  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0929037  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4055  DNA repair protein RadC  39.34 
 
 		 221 aa  157  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0935  DNA repair protein RadC  39.01 
 
 		 222 aa  156  2e-37  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.266168  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  39.46 
 
 		 224 aa  156  2e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0176  DNA repair protein RadC  39.82 
 
 		 225 aa  156  2e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.260187  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2301  DNA repair protein RadC  40.72 
 
 		 224 aa  157  2e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0046  DNA repair protein RadC  37.22 
 
 		 224 aa  156  3e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.178856  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0735  DNA repair protein RadC  39.91 
 
 		 223 aa  155  3e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3847  DNA repair protein RadC  37.44 
 
 		 222 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.55148e-20  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>