More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_511 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013552  DhcVS_511  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 228 aa  453  1.0000000000000001e-126  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000324187  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0546  DNA repair protein RadC  92.98 
 
 		 228 aa  420  1e-117  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0572  RadC family DNA repair protein  92.34 
 
 		 222 aa  412  1e-114  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.611512  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1467  DNA repair protein RadC  47.09 
 
 		 230 aa  213  1.9999999999999998e-54  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2549  DNA repair protein RadC  47.32 
 
 		 227 aa  208  5e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2135  DNA repair protein RadC  48.18 
 
 		 236 aa  202  3e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000438114  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3340  DNA repair protein RadC  47.09 
 
 		 233 aa  201  6e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000661948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0514  DNA repair protein RadC  45.29 
 
 		 241 aa  201  7e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120777  hitchhiker  0.000000000242554 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4587  DNA repair protein RadC  47.73 
 
 		 225 aa  200  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.46911  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4198  DNA repair protein RadC  47.73 
 
 		 225 aa  199  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000602972  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4545  DNA repair protein RadC  47.73 
 
 		 225 aa  199  3e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4351  DNA repair protein RadC  47.73 
 
 		 225 aa  199  3e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.579867  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4187  DNA repair protein RadC  47.73 
 
 		 225 aa  199  3e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4685  DNA repair protein RadC  47.73 
 
 		 225 aa  199  3e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.92537  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4299  DNA repair protein RadC  47.27 
 
 		 225 aa  198  5e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4572  DNA repair protein RadC  47.27 
 
 		 225 aa  198  6e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345161  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4138  DNA repair protein RadC  46.43 
 
 		 228 aa  197  9e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.592557  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0662  DNA repair protein RadC  46.82 
 
 		 225 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.92951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3582  DNA repair protein RadC  44.98 
 
 		 229 aa  195  5.000000000000001e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2550  DNA repair protein RadC  45.95 
 
 		 226 aa  194  9e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.727412  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0899  DNA repair protein RadC  46.4 
 
 		 226 aa  194  1e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0382  DNA repair protein RadC  45.05 
 
 		 229 aa  194  1e-48  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1642  DNA repair protein RadC  46.93 
 
 		 235 aa  191  1e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000389911  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0386  DNA repair protein RadC  47.81 
 
 		 229 aa  190  2e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2303  DNA repair protein RadC  44.14 
 
 		 229 aa  189  2e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.432419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0523  DNA repair protein RadC  45.13 
 
 		 230 aa  187  1e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14250  DNA repair protein RadC  43.9 
 
 		 228 aa  186  3e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000326992  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0881  DNA repair protein RadC  43.95 
 
 		 228 aa  186  3e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.701712  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0065  DNA repair protein RadC  44.1 
 
 		 227 aa  184  7e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1530  DNA repair protein RadC  44.84 
 
 		 227 aa  184  9e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0606843  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1630  DNA repair protein RadC  40.99 
 
 		 234 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2564  DNA repair protein RadC  41.52 
 
 		 229 aa  182  3e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2111  DNA repair protein RadC  42.98 
 
 		 227 aa  182  5.0000000000000004e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3868  DNA repair protein RadC  44.98 
 
 		 231 aa  180  2e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.956659 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2399  DNA repair protein RadC  42.11 
 
 		 227 aa  179  2.9999999999999997e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1825  DNA repair protein RadC  45.87 
 
 		 233 aa  178  7e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4352  DNA repair protein RadC  44.59 
 
 		 227 aa  178  8e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000113857  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0735  DNA repair protein RadC  41.44 
 
 		 223 aa  177  1e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0777  DNA repair protein RadC  41.89 
 
 		 229 aa  177  1e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3784  DNA repair protein RadC  44.54 
 
 		 231 aa  176  3e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0061  DNA repair protein RadC  44.74 
 
 		 223 aa  176  3e-43  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1412  DNA repair protein RadC  43.72 
 
 		 227 aa  175  5e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1541  DNA repair protein RadC  43.69 
 
 		 232 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000897994  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0831  DNA repair protein RadC  41.89 
 
 		 223 aa  172  2.9999999999999996e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.950681  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1818  DNA repair protein RadC  41.44 
 
 		 222 aa  171  9e-42  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.852458  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0935  DNA repair protein RadC  41.89 
 
 		 222 aa  170  1e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.266168  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0598  DNA repair protein RadC  40.54 
 
 		 223 aa  170  2e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1307  DNA repair protein RadC  39.01 
 
 		 231 aa  169  3e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00169173  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0037  DNA repair protein RadC  44.34 
 
 		 233 aa  169  3e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0536  DNA repair protein RadC  46.64 
 
 		 229 aa  168  6e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.604905 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1319  DNA repair protein RadC  40.87 
 
 		 228 aa  167  9e-41  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000567698  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0302  DNA repair protein RadC  41.52 
 
 		 225 aa  166  2e-40  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.473834 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2155  DNA repair protein RadC  40.81 
 
 		 223 aa  167  2e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.365065  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1761  DNA repair protein RadC  40.54 
 
 		 223 aa  166  2.9999999999999998e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1513  DNA repair protein RadC  38.74 
 
 		 222 aa  165  6.9999999999999995e-40  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  40.09 
 
 		 224 aa  164  1.0000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0222  DNA repair protein RadC  40.36 
 
 		 224 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3564  DNA repair protein RadC  40.64 
 
 		 224 aa  164  1.0000000000000001e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.469153  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0767  DNA repair protein RadC  42.08 
 
 		 233 aa  164  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488652 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70230  DNA repair protein RadC  40.36 
 
 		 224 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1789  DNA repair protein  39.01 
 
 		 224 aa  163  2.0000000000000002e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.582251  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0086  DNA repair protein RadC  40.36 
 
 		 224 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  41.9 
 
 		 224 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0100  DNA repair protein RadC  40.09 
 
 		 223 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.234069  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  39.91 
 
 		 224 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  38.57 
 
 		 224 aa  161  7e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0101  DNA repair protein RadC  39.55 
 
 		 221 aa  161  1e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000716823  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2479  DNA repair protein RadC  40 
 
 		 245 aa  160  2e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4376  DNA repair protein RadC  39.91 
 
 		 224 aa  160  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0839768 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3678  DEAD/DEAH box helicase-like  37.67 
 
 		 224 aa  160  2e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00158019  normal  0.0453807 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1231  DNA repair protein RadC  41.28 
 
 		 246 aa  159  4e-38  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.375575 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00049  DNA repair protein RadC  37.22 
 
 		 225 aa  159  4e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00103184  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  38.91 
 
 		 224 aa  157  1e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2262  DNA repair proteins  43.28 
 
 		 206 aa  157  1e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.195306  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0159  DNA repair protein RadC  37.56 
 
 		 221 aa  157  2e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.130887  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2301  DNA repair protein RadC  39.46 
 
 		 224 aa  156  2e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0081  DNA repair protein RadC  39.11 
 
 		 220 aa  156  2e-37  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2322  DNA repair protein RadC  38.91 
 
 		 224 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0102136 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0176  DNA repair protein RadC  38.18 
 
 		 225 aa  156  2e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.260187  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3142  DNA repair protein RadC  42.99 
 
 		 226 aa  155  4e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00442306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2664  DNA repair protein RadC  39.01 
 
 		 224 aa  155  4e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.649783  hitchhiker  0.0000127675 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2712  DNA repair protein RadC  39.37 
 
 		 224 aa  155  6e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0585  DNA repair protein RadC  37.61 
 
 		 242 aa  155  7e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.92591 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  39.01 
 
 		 224 aa  154  8e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5335  DNA repair protein RadC  39.46 
 
 		 226 aa  154  9e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00550179 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0818  DNA repair protein RadC  38.5 
 
 		 253 aa  154  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84629 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4541  DNA repair protein  45.2 
 
 		 186 aa  152  4e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  38.12 
 
 		 224 aa  152  5.9999999999999996e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3960  DNA repair protein RadC  37.56 
 
 		 221 aa  152  5.9999999999999996e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0193359  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1494  DNA repair protein  38.32 
 
 		 233 aa  151  7e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000647961  decreased coverage  0.0000976606 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0358  DNA repair protein RadC  37.1 
 
 		 224 aa  150  1e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0528  DNA repair protein RadC  37.1 
 
 		 224 aa  150  1e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.204187  unclonable  0.0000000000301239 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0983  DNA repair protein RadC  49.07 
 
 		 231 aa  150  1e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4009  DNA repair protein RadC  36.62 
 
 		 221 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.273398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3928  DNA repair protein RadC  36.62 
 
 		 221 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0713663  hitchhiker  0.00154722 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3481  DNA repair protein RadC  36.77 
 
 		 233 aa  149  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000421033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4055  DNA repair protein RadC  36.62 
 
 		 221 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3946  DNA repair protein RadC  36.62 
 
 		 221 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0929037  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3828  DNA repair protein RadC  36.49 
 
 		 225 aa  150  2e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.760529  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0215  DNA repair protein RadC  39.17 
 
 		 213 aa  150  2e-35  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>