More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amuc_1231 on replicon NC_010655
Organism: Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010655  Amuc_1231  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 246 aa  508  1e-143  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.375575 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0523  DNA repair protein RadC  43.04 
 
 		 230 aa  181  1e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0386  DNA repair protein RadC  42.25 
 
 		 229 aa  176  3e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3582  DNA repair protein RadC  43.1 
 
 		 229 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1220  DNA repair protein RadC  43.89 
 
 		 215 aa  172  3.9999999999999995e-42  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4138  DNA repair protein RadC  44.34 
 
 		 228 aa  172  3.9999999999999995e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.592557  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1235  DNA repair protein RadC  43.89 
 
 		 222 aa  171  1e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2303  DNA repair protein RadC  40.28 
 
 		 229 aa  169  3e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.432419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2399  DNA repair protein RadC  42.86 
 
 		 227 aa  167  1e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2111  DNA repair protein RadC  42.86 
 
 		 227 aa  167  2e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0176  DNA repair protein RadC  42.86 
 
 		 225 aa  166  2e-40  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.260187  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0065  DNA repair protein RadC  43.32 
 
 		 227 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  42.86 
 
 		 224 aa  166  2.9999999999999998e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  41.51 
 
 		 224 aa  164  9e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4299  DNA repair protein RadC  41.9 
 
 		 225 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4545  DNA repair protein RadC  41.9 
 
 		 225 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4351  DNA repair protein RadC  41.9 
 
 		 225 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.579867  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4187  DNA repair protein RadC  41.9 
 
 		 225 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4198  DNA repair protein RadC  41.9 
 
 		 225 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000602972  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1630  DNA repair protein RadC  42.13 
 
 		 234 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  40.95 
 
 		 224 aa  163  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4685  DNA repair protein RadC  41.9 
 
 		 225 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.92537  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4587  DNA repair protein RadC  41.9 
 
 		 225 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.46911  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1465  DNA repair protein RadC  39.37 
 
 		 222 aa  164  2.0000000000000002e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2549  DNA repair protein RadC  40.62 
 
 		 227 aa  162  5.0000000000000005e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0382  DNA repair protein RadC  44.13 
 
 		 229 aa  162  6e-39  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0100  DNA repair protein RadC  40 
 
 		 223 aa  161  7e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.234069  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4572  DNA repair protein RadC  41.43 
 
 		 225 aa  161  7e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345161  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0215  DNA repair protein RadC  38.99 
 
 		 213 aa  161  8.000000000000001e-39  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2135  DNA repair protein RadC  39.11 
 
 		 236 aa  161  9e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000438114  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3340  DNA repair protein RadC  40.65 
 
 		 233 aa  161  9e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000661948  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3928  DNA repair protein RadC  41.87 
 
 		 221 aa  160  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0713663  hitchhiker  0.00154722 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3946  DNA repair protein RadC  41.87 
 
 		 221 aa  160  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0929037  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4116  DNA repair protein RadC  41.87 
 
 		 221 aa  160  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00598559  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4055  DNA repair protein RadC  41.87 
 
 		 221 aa  160  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4009  DNA repair protein RadC  41.87 
 
 		 221 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.273398  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3868  DNA repair protein RadC  41.3 
 
 		 231 aa  160  2e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.956659 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0662  DNA repair protein RadC  40.95 
 
 		 225 aa  160  2e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.92951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1319  DNA repair protein RadC  37.23 
 
 		 228 aa  160  2e-38  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000567698  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70230  DNA repair protein RadC  40.54 
 
 		 224 aa  159  3e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  41.71 
 
 		 224 aa  159  4e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_511  DNA repair protein RadC  41.28 
 
 		 228 aa  159  5e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000324187  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1467  DNA repair protein RadC  39.91 
 
 		 230 aa  158  6e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4352  DNA repair protein RadC  43.26 
 
 		 227 aa  158  6e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000113857  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0514  DNA repair protein RadC  37.89 
 
 		 241 aa  158  6e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120777  hitchhiker  0.000000000242554 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3784  DNA repair protein RadC  40.87 
 
 		 231 aa  158  8e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1254  DNA repair protein RadC  40.09 
 
 		 225 aa  158  8e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.700963  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0546  DNA repair protein RadC  41.28 
 
 		 228 aa  157  1e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2597  DNA repair protein RadC  41.51 
 
 		 224 aa  157  1e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000367988  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0572  RadC family DNA repair protein  41.74 
 
 		 222 aa  157  2e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.611512  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0192  DNA repair protein RadC  40.48 
 
 		 224 aa  157  2e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000306509  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0144  DNA repair protein RadC  39.73 
 
 		 222 aa  156  3e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00783617  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3847  DNA repair protein RadC  38.92 
 
 		 222 aa  155  4e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.55148e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2588  DNA repair protein RadC  40 
 
 		 224 aa  155  4e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.16454 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  39.19 
 
 		 224 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4063  DNA repair protein RadC  38.92 
 
 		 222 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000737579  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03495  DNA repair protein RadC  38.92 
 
 		 222 aa  155  6e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0032943  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4139  DNA repair protein RadC  38.92 
 
 		 222 aa  155  6e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000017896  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0073  DNA repair protein RadC  38.92 
 
 		 214 aa  155  6e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000433644  hitchhiker  0.000000188277 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03447  hypothetical protein  38.92 
 
 		 222 aa  155  6e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00415391  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5008  DNA repair protein RadC  38.92 
 
 		 222 aa  155  6e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000000900324  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3973  DNA repair protein RadC  38.92 
 
 		 222 aa  155  6e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000015619  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2550  DNA repair protein RadC  40.47 
 
 		 226 aa  155  7e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.727412  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0067  DNA repair protein RadC  38.92 
 
 		 222 aa  155  8e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000216711  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3142  DNA repair protein RadC  41.12 
 
 		 226 aa  154  9e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00442306  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2712  DNA repair protein RadC  40.67 
 
 		 224 aa  154  1e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2322  DNA repair protein RadC  40.67 
 
 		 224 aa  153  2e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0102136 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  39.19 
 
 		 224 aa  154  2e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0899  DNA repair protein RadC  39.52 
 
 		 226 aa  153  2e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3678  DEAD/DEAH box helicase-like  37.74 
 
 		 224 aa  153  2e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00158019  normal  0.0453807 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2155  DNA repair protein RadC  39.52 
 
 		 223 aa  153  2e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.365065  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0101  DNA repair protein RadC  41.67 
 
 		 221 aa  153  2e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000716823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1917  DNA repair protein RadC  37.61 
 
 		 237 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  37.74 
 
 		 224 aa  152  7e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14250  DNA repair protein RadC  39.39 
 
 		 228 aa  152  7e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000326992  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0056  DNA repair protein RadC  38.81 
 
 		 225 aa  151  7e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.183755  normal  0.0623388 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1818  DNA repair protein RadC  39.01 
 
 		 222 aa  151  8.999999999999999e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.852458  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1642  DNA repair protein RadC  41.4 
 
 		 235 aa  151  8.999999999999999e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000389911  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0055  DNA repair protein RadC  39.91 
 
 		 222 aa  151  1e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00110117  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  40.28 
 
 		 224 aa  151  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0061  DNA repair protein RadC  39.91 
 
 		 222 aa  151  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000803057  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4155  DNA repair protein RadC  39.91 
 
 		 222 aa  151  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000385869  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0536  DNA repair protein RadC  43.32 
 
 		 229 aa  150  2e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.604905 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0935  DNA repair protein RadC  39.34 
 
 		 222 aa  150  2e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.266168  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1530  DNA repair protein RadC  38.26 
 
 		 227 aa  150  2e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0606843  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0086  DNA repair protein RadC  40.76 
 
 		 224 aa  150  3e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  38.97 
 
 		 224 aa  149  3e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0281  DNA repair protein RadC  36.24 
 
 		 234 aa  149  3e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.257156  normal  0.0922067 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4842  DNA repair protein RadC  38.99 
 
 		 227 aa  149  4e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000109613  hitchhiker  0.0000409278 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1654  DNA repair protein RadC  40.54 
 
 		 237 aa  149  4e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0794365  normal  0.385806 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3252  DNA repair protein RadC  41.36 
 
 		 234 aa  149  5e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3960  DNA repair protein RadC  39.6 
 
 		 221 aa  149  5e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0193359  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02919  DNA repair protein RadC  36.49 
 
 		 225 aa  148  6e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  37.14 
 
 		 224 aa  148  7e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2664  DNA repair protein RadC  38.21 
 
 		 224 aa  148  7e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.649783  hitchhiker  0.0000127675 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0159  DNA repair protein RadC  39.9 
 
 		 221 aa  148  8e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.130887  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1761  DNA repair protein RadC  38.97 
 
 		 223 aa  148  8e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1825  DNA repair protein RadC  40.8 
 
 		 233 aa  147  1.0000000000000001e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1789  DNA repair protein  34.36 
 
 		 224 aa  147  1.0000000000000001e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.582251  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2291  DNA repair protein RadC  40.09 
 
 		 242 aa  146  3e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0121519 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>