More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpha266_1761 on replicon NC_008639
Organism: Chlorobium phaeobacteroides DSM 266



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008639  Cpha266_1761  DNA repair protein RadC  100 
 
 
223 aa  454  1e-127  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1818  DNA repair protein RadC  78.38 
 
 
222 aa  364  1e-100  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.852458  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0935  DNA repair protein RadC  75.23 
 
 
222 aa  362  3e-99  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.266168  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0598  DNA repair protein RadC  74.32 
 
 
223 aa  348  3e-95  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0831  DNA repair protein RadC  71.75 
 
 
223 aa  339  2e-92  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.950681  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1513  DNA repair protein RadC  66.67 
 
 
222 aa  339  2e-92  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0735  DNA repair protein RadC  70.27 
 
 
223 aa  338  4e-92  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0382  DNA repair protein RadC  45.09 
 
 
229 aa  212  3.9999999999999995e-54  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2303  DNA repair protein RadC  43.95 
 
 
229 aa  207  1e-52  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.432419  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1530  DNA repair protein RadC  45.05 
 
 
227 aa  193  1e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0606843  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1319  DNA repair protein RadC  41.1 
 
 
228 aa  192  3e-48  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000567698  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0899  DNA repair protein RadC  45.41 
 
 
226 aa  191  8e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2550  DNA repair protein RadC  44.95 
 
 
226 aa  186  3e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.727412  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0514  DNA repair protein RadC  43.69 
 
 
241 aa  182  3e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120777  hitchhiker  0.000000000242554 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0523  DNA repair protein RadC  47.35 
 
 
230 aa  182  4.0000000000000006e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3582  DNA repair protein RadC  45.13 
 
 
229 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2549  DNA repair protein RadC  42.34 
 
 
227 aa  178  7e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4587  DNA repair protein RadC  42.66 
 
 
225 aa  177  1e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.46911  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4545  DNA repair protein RadC  42.66 
 
 
225 aa  176  2e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4351  DNA repair protein RadC  42.66 
 
 
225 aa  177  2e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.579867  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4187  DNA repair protein RadC  42.66 
 
 
225 aa  177  2e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4685  DNA repair protein RadC  42.66 
 
 
225 aa  177  2e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.92537  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1467  DNA repair protein RadC  43.75 
 
 
230 aa  175  6e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4198  DNA repair protein RadC  42.2 
 
 
225 aa  175  6e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000602972  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1825  DNA repair protein RadC  41.67 
 
 
233 aa  174  7e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0662  DNA repair protein RadC  41.74 
 
 
225 aa  173  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.92951  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4572  DNA repair protein RadC  42.2 
 
 
225 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345161  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4299  DNA repair protein RadC  41.74 
 
 
225 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3340  DNA repair protein RadC  43.11 
 
 
233 aa  171  7.999999999999999e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000661948  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1220  DNA repair protein RadC  43.06 
 
 
215 aa  171  9e-42  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0546  DNA repair protein RadC  42.34 
 
 
228 aa  170  1e-41  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1235  DNA repair protein RadC  43.06 
 
 
222 aa  170  1e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2111  DNA repair protein RadC  39.46 
 
 
227 aa  171  1e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3868  DNA repair protein RadC  44.84 
 
 
231 aa  169  2e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.956659 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2399  DNA repair protein RadC  39.46 
 
 
227 aa  170  2e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3784  DNA repair protein RadC  45.29 
 
 
231 aa  169  2e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2135  DNA repair protein RadC  43.12 
 
 
236 aa  169  4e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000438114  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1630  DNA repair protein RadC  42.92 
 
 
234 aa  168  6e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_511  DNA repair protein RadC  40.54 
 
 
228 aa  166  2e-40  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000324187  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0572  RadC family DNA repair protein  41.44 
 
 
222 aa  166  2.9999999999999998e-40  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.611512  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0065  DNA repair protein RadC  41.59 
 
 
227 aa  165  5e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0386  DNA repair protein RadC  44.34 
 
 
229 aa  164  6.9999999999999995e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0881  DNA repair protein RadC  38.39 
 
 
228 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.701712  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0215  DNA repair protein RadC  40.38 
 
 
213 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0536  DNA repair protein RadC  47.3 
 
 
229 aa  162  3e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.604905 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2564  DNA repair protein RadC  36.73 
 
 
229 aa  161  6e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05605  putative DNA repair protein  39.17 
 
 
231 aa  161  7e-39  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.762004  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4138  DNA repair protein RadC  43.44 
 
 
228 aa  160  1e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.592557  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1642  DNA repair protein RadC  39.91 
 
 
235 aa  159  4e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000389911  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1541  DNA repair protein RadC  43.11 
 
 
232 aa  158  6e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000897994  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1465  DNA repair protein RadC  38.28 
 
 
222 aa  157  1e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1153  DNA repair protein  37.1 
 
 
233 aa  156  2e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1307  DNA repair protein RadC  40.36 
 
 
231 aa  156  3e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00169173  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1494  DNA repair protein  37.56 
 
 
233 aa  155  3e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000647961  decreased coverage  0.0000976606 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0176  DNA repair protein RadC  38.79 
 
 
225 aa  155  6e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.260187  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1430  DNA repair protein RadC  40.57 
 
 
228 aa  155  7e-37  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0101  DNA repair protein RadC  36.99 
 
 
243 aa  154  1e-36  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2479  DNA repair protein RadC  39.38 
 
 
245 aa  154  1e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1101  DNA repair protein RadC  37.09 
 
 
226 aa  152  4e-36  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0630  DNA repair protein RadC  37.56 
 
 
229 aa  152  5.9999999999999996e-36  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0413  DNA repair protein RadC  34.23 
 
 
229 aa  151  7e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.319313  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5144  DNA repair protein RadC  36.97 
 
 
234 aa  151  7e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4352  DNA repair protein RadC  41.7 
 
 
227 aa  151  8e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000113857  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14250  DNA repair protein RadC  39.52 
 
 
228 aa  151  8.999999999999999e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000326992  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0523  DNA repair protein RadC  36.41 
 
 
231 aa  151  8.999999999999999e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.000000000215475  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1412  DNA repair protein RadC  39.53 
 
 
227 aa  150  1e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  39.37 
 
 
224 aa  149  2e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  39.37 
 
 
224 aa  150  2e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0100  DNA repair protein RadC  39.11 
 
 
223 aa  149  2e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.234069  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1095  DNA repair protein RadC  37.14 
 
 
217 aa  149  3e-35  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.912816  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1231  DNA repair protein RadC  38.97 
 
 
246 aa  148  7e-35  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.375575 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2155  DNA repair protein RadC  39.15 
 
 
223 aa  147  9e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.365065  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4541  DNA repair protein  44.69 
 
 
186 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3481  DNA repair protein RadC  38.22 
 
 
233 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000421033  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  36.89 
 
 
224 aa  146  3e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2597  DNA repair protein RadC  37.33 
 
 
224 aa  144  8.000000000000001e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000367988  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3142  DNA repair protein RadC  39.82 
 
 
226 aa  143  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00442306  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0192  DNA repair protein RadC  36.61 
 
 
224 aa  143  2e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000306509  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0061  DNA repair protein RadC  38.81 
 
 
223 aa  143  2e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1532  DNA repair protein RadC  33.63 
 
 
237 aa  143  2e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2739  DNA repair protein RadC  40.45 
 
 
225 aa  142  4e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0820  DNA repair protein RadC  34.26 
 
 
232 aa  142  5e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4390  DNA repair protein RadC  36.36 
 
 
221 aa  142  5e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00436549  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3170  DNA repair protein RadC  41.48 
 
 
185 aa  142  6e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4100  DNA repair protein RadC  36.84 
 
 
221 aa  141  7e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0607652  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1718  DNA repair protein RadC  42.78 
 
 
184 aa  141  8e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1752  DNA repair protein RadC  42.78 
 
 
184 aa  141  8e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.351254  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0585  DNA repair protein RadC  35.75 
 
 
242 aa  141  9e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.92591 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4009  DNA repair protein RadC  37.32 
 
 
221 aa  140  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.273398  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1225  truncated DNA repair protein RadC  43.33 
 
 
184 aa  140  9.999999999999999e-33  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.247593  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0794  DNA repair protein RadC  38.14 
 
 
256 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.132133 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4055  DNA repair protein RadC  37.32 
 
 
221 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0101  DNA repair protein RadC  36.62 
 
 
221 aa  141  9.999999999999999e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000716823  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3678  DEAD/DEAH box helicase-like  36.65 
 
 
224 aa  140  9.999999999999999e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00158019  normal  0.0453807 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4116  DNA repair protein RadC  37.32 
 
 
221 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00598559  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0777  DNA repair protein RadC  37.33 
 
 
229 aa  140  9.999999999999999e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3946  DNA repair protein RadC  37.32 
 
 
221 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0929037  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3928  DNA repair protein RadC  37.32 
 
 
221 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0713663  hitchhiker  0.00154722 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2667  DNA repair protein RadC  38.77 
 
 
243 aa  140  1.9999999999999998e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.391418  normal  0.581751 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2376  DNA repair protein RadC  33.33 
 
 
232 aa  138  4.999999999999999e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000665213  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>