More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_0917 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_0917  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 225 aa  458  9.999999999999999e-129  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.372898  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0413  DNA repair protein RadC  59.11 
 
 		 229 aa  278  4e-74  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.319313  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05605  putative DNA repair protein  59.82 
 
 		 231 aa  271  6e-72  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.762004  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1153  DNA repair protein  48.18 
 
 		 233 aa  228  7e-59  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0523  DNA repair protein RadC  47.51 
 
 		 231 aa  226  2e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.000000000215475  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0820  DNA repair protein RadC  47.77 
 
 		 232 aa  223  2e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1494  DNA repair protein  46.79 
 
 		 233 aa  215  5.9999999999999996e-55  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000647961  decreased coverage  0.0000976606 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5144  DNA repair protein RadC  45.91 
 
 		 234 aa  210  2e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0101  DNA repair protein RadC  45.98 
 
 		 243 aa  209  4e-53  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1532  DNA repair protein RadC  45.5 
 
 		 237 aa  207  1e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0894  DNA repair protein RadC  43.61 
 
 		 227 aa  197  2.0000000000000003e-49  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.823184 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1467  DNA repair protein RadC  42.22 
 
 		 230 aa  173  1.9999999999999998e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1642  DNA repair protein RadC  43.17 
 
 		 235 aa  169  2e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000389911  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3582  DNA repair protein RadC  37.1 
 
 		 229 aa  164  8e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3784  DNA repair protein RadC  40.09 
 
 		 231 aa  163  2.0000000000000002e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0523  DNA repair protein RadC  38.05 
 
 		 230 aa  163  2.0000000000000002e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3868  DNA repair protein RadC  39.64 
 
 		 231 aa  162  3e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.956659 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0382  DNA repair protein RadC  39.09 
 
 		 229 aa  162  3e-39  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3340  DNA repair protein RadC  40.44 
 
 		 233 aa  160  1e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000661948  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1319  DNA repair protein RadC  38.29 
 
 		 228 aa  160  1e-38  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000567698  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1630  DNA repair protein RadC  38.36 
 
 		 234 aa  160  2e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2135  DNA repair protein RadC  38.67 
 
 		 236 aa  158  6e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000438114  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4138  DNA repair protein RadC  37.1 
 
 		 228 aa  157  1e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.592557  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0222  DNA repair protein RadC  39.56 
 
 		 224 aa  156  3e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4351  DNA repair protein RadC  36.87 
 
 		 225 aa  155  4e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.579867  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4187  DNA repair protein RadC  36.87 
 
 		 225 aa  155  4e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4685  DNA repair protein RadC  36.87 
 
 		 225 aa  155  4e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.92537  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4587  DNA repair protein RadC  36.87 
 
 		 225 aa  155  5.0000000000000005e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.46911  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2303  DNA repair protein RadC  35.91 
 
 		 229 aa  155  6e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.432419  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4545  DNA repair protein RadC  36.41 
 
 		 225 aa  154  8e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0086  DNA repair protein RadC  39.56 
 
 		 224 aa  154  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4198  DNA repair protein RadC  36.87 
 
 		 225 aa  154  1e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000602972  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2479  DNA repair protein RadC  34.93 
 
 		 245 aa  154  1e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4376  DNA repair protein RadC  40.64 
 
 		 224 aa  154  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0839768 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0899  DNA repair protein RadC  36.41 
 
 		 226 aa  153  2e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0662  DNA repair protein RadC  36.41 
 
 		 225 aa  153  2e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.92951  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2550  DNA repair protein RadC  36.28 
 
 		 226 aa  153  2e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.727412  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0065  DNA repair protein RadC  35.29 
 
 		 227 aa  152  4e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4572  DNA repair protein RadC  36.41 
 
 		 225 aa  152  5e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345161  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2111  DNA repair protein RadC  40.28 
 
 		 227 aa  152  5e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4299  DNA repair protein RadC  35.94 
 
 		 225 aa  150  1e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1530  DNA repair protein RadC  39.53 
 
 		 227 aa  150  1e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0606843  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  40.18 
 
 		 224 aa  150  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  38.74 
 
 		 224 aa  150  1e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70230  DNA repair protein RadC  40.18 
 
 		 224 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0546  DNA repair protein RadC  35.78 
 
 		 228 aa  149  3e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2399  DNA repair protein RadC  39.81 
 
 		 227 aa  149  3e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  38.36 
 
 		 224 aa  149  4e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2549  DNA repair protein RadC  36.24 
 
 		 227 aa  149  5e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_511  DNA repair protein RadC  35.78 
 
 		 228 aa  148  5e-35  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000324187  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  38.97 
 
 		 224 aa  147  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  39.91 
 
 		 224 aa  147  1.0000000000000001e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2712  DNA repair protein RadC  38.74 
 
 		 224 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0215  DNA repair protein RadC  41.12 
 
 		 213 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1430  DNA repair protein RadC  37.74 
 
 		 228 aa  147  1.0000000000000001e-34  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  39.37 
 
 		 224 aa  146  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0598  DNA repair protein RadC  38.22 
 
 		 223 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  37.9 
 
 		 224 aa  146  3e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1254  DNA repair protein RadC  39.81 
 
 		 225 aa  146  3e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.700963  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0881  DNA repair protein RadC  33.63 
 
 		 228 aa  145  4.0000000000000006e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.701712  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1541  DNA repair protein RadC  38.67 
 
 		 232 aa  145  4.0000000000000006e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000897994  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2301  DNA repair protein RadC  38.36 
 
 		 224 aa  145  5e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0358  DNA repair protein RadC  38.81 
 
 		 224 aa  145  5e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0528  DNA repair protein RadC  38.81 
 
 		 224 aa  145  5e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.204187  unclonable  0.0000000000301239 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2732  DNA repair protein RadC  36.07 
 
 		 228 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2588  DNA repair protein RadC  36.99 
 
 		 224 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.16454 
 
 
-
 
NC_002936  DET0572  RadC family DNA repair protein  35.02 
 
 		 222 aa  144  8.000000000000001e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.611512  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0100  DNA repair protein RadC  37.56 
 
 		 223 aa  144  9e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.234069  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1220  DNA repair protein RadC  38.86 
 
 		 215 aa  144  1e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2162  DNA repair protein RadC  37.5 
 
 		 218 aa  143  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0386  DNA repair protein RadC  34.84 
 
 		 229 aa  143  3e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1101  DNA repair protein RadC  35.55 
 
 		 226 aa  143  3e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0046  DNA repair protein RadC  38.39 
 
 		 224 aa  142  3e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.178856  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2322  DNA repair protein RadC  37.39 
 
 		 224 aa  142  4e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0102136 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1235  DNA repair protein RadC  38.39 
 
 		 222 aa  142  4e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1513  DNA repair protein RadC  36.99 
 
 		 222 aa  141  7e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0514  DNA repair protein RadC  35.75 
 
 		 241 aa  141  8e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120777  hitchhiker  0.000000000242554 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2564  DNA repair protein RadC  35.87 
 
 		 229 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0491  DNA repair protein RadC  36.99 
 
 		 226 aa  140  1.9999999999999998e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  37.5 
 
 		 224 aa  139  1.9999999999999998e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2155  DNA repair protein RadC  37.38 
 
 		 223 aa  140  1.9999999999999998e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.365065  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3564  DNA repair protein RadC  35.56 
 
 		 224 aa  139  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.469153  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3142  DNA repair protein RadC  38.86 
 
 		 226 aa  139  3.9999999999999997e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00442306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0327  DNA repair protein RadC  35.62 
 
 		 225 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000320995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3678  DEAD/DEAH box helicase-like  37.9 
 
 		 224 aa  138  6e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00158019  normal  0.0453807 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1761  DNA repair protein RadC  35.11 
 
 		 223 aa  138  7.999999999999999e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0176  DNA repair protein RadC  36.36 
 
 		 225 aa  138  8.999999999999999e-32  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.260187  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1818  DNA repair protein RadC  37.78 
 
 		 222 aa  137  1e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.852458  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3048  DNA repair protein RadC  38.14 
 
 		 221 aa  137  2e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000891178  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  36.07 
 
 		 224 aa  136  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3450  DNA repair protein RadC  37.55 
 
 		 238 aa  137  2e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.268052  normal  0.632907 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2119  DNA repair protein RadC  38.05 
 
 		 227 aa  137  2e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2291  DNA repair protein RadC  37.09 
 
 		 242 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0121519 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2073  DNA repair protein RadC  39.73 
 
 		 243 aa  135  4e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00545763 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2972  DNA repair protein RadC  36.99 
 
 		 224 aa  135  4e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0056  DNA repair protein RadC  35.02 
 
 		 225 aa  135  4e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.183755  normal  0.0623388 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14250  DNA repair protein RadC  36.16 
 
 		 228 aa  135  5e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000326992  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3837  DNA repair protein RadC  38.84 
 
 		 225 aa  135  5e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00013144  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1917  DNA repair protein RadC  36.82 
 
 		 237 aa  135  5e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2777  DNA repair protein RadC  37.13 
 
 		 238 aa  135  6.0000000000000005e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>